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重磅!不花錢的分子對(duì)接平臺(tái)上線了

今天的題目略顯浮夸,“重磅”這樣浮躁的字眼竟然也被我們用上了。

但分子對(duì)接平臺(tái)值得這兩個(gè)字,因?yàn)檫@個(gè)分析找公司至少千把塊,用這個(gè)工具,一分錢不要!

為啥這么貴?

因?yàn)楹每矗盼恼吕镲@著增加逼格,進(jìn)而增加期刊接受率(我猜的,但誰不喜歡圖片好看的文章呢)。
還因?yàn)闀?huì)做的人少,計(jì)算生物學(xué)專業(yè)的同學(xué)會(huì),一般人都不會(huì)。
但其實(shí),凡是你的文章或課題結(jié)果里涉及到小分子和靶蛋白結(jié)合,多肽和蛋白結(jié)合,蛋白和蛋白結(jié)合的結(jié)果,都可以增加分子對(duì)接的數(shù)據(jù),相當(dāng)于增加了原子水平的的結(jié)合證據(jù),如此顯然就可以讓結(jié)論更加Solid啦。
隨便搜一篇,比如在這篇Nature Communications上的文獻(xiàn)里,作者在實(shí)驗(yàn)的基礎(chǔ)上,進(jìn)行了分子對(duì)接,以說明 QPD-OTf 和驅(qū)動(dòng)蛋白-1的結(jié)合。

再比如我們平常生信分析里經(jīng)常會(huì)分析到蛋白相互作用,針對(duì)某個(gè)靶蛋白篩選出一些小分子呀,都可以加上了。實(shí)驗(yàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)上下游蛋白直接作用.....
分子對(duì)接(Molecular docking)就是從原子水平,通過計(jì)算機(jī)模擬技術(shù),研究分子之間的相互作用過程。
這個(gè)工具支持零基礎(chǔ),零代碼,基于靶蛋白的小分子、多肽、蛋白對(duì)接分析,高清結(jié)果圖可在論文中直接使用。

比如

再比如

使用方法小白化。

第一步登錄工具,頁面簡(jiǎn)潔無比,頂部支持小分子,多肽,蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)的對(duì)接分析,分子哪個(gè)選哪個(gè)。

左邊可見只需三步完成:第一步是從PDB數(shù)據(jù)庫選擇蛋白的三維結(jié)構(gòu)(PDB是目前收錄蛋白三位結(jié)果的數(shù)據(jù)庫,基本上你想研究的蛋白都能找到。),可以直接搜關(guān)鍵詞或者輸入PDB編號(hào)。

第二步:系統(tǒng)自動(dòng)會(huì)選擇使用原對(duì)接口袋(位置)還是全蛋白對(duì)接范圍。

第三步:選擇小分子,是從PubChem數(shù)據(jù)庫(也是一個(gè)收錄小分子化合物的權(quán)威數(shù)據(jù)庫,基本都能找到),也可以直接搜關(guān)鍵詞或者輸入CID編號(hào)。

第四步:點(diǎn)擊開始對(duì)接

出圖!

左邊按結(jié)合能排序,越低越好(好理解,需要結(jié)合的能量越低,就越說明能結(jié)合)

可以導(dǎo)出對(duì)接結(jié)果的原始文件,投稿不用怕了。

直接點(diǎn)擊下載按鈕,設(shè)置超高清分辨率,獲得高清圖片。

文章寫作呢?

不怕,方法學(xué),結(jié)果,圖例寫作示例也都有了啦,中英文對(duì)照哦,(當(dāng)然,也可以用AI寫作助手根據(jù)關(guān)鍵詞搜索,匹配海量文獻(xiàn)語料)。

以下是某個(gè)專做分子對(duì)接收費(fèi)的老鐵的試用反饋

。看到這,我們就放心了,2個(gè)月爆肝沒白干

對(duì)不起老鐵,這是科研者之家的使命:“降低科研門檻,提高科研效率,創(chuàng)新科研教育模式”。

希望這個(gè)工具對(duì)大家有用。

本月推文額度有限,順便把另一個(gè)小工具講一下哈。

就是最近給臨床的同學(xué)整了一個(gè)可以分享臨床指南(Guideline)的小工具,大家自行分享就行,目前有超過500 個(gè)指南,大家自由分享,閱讀學(xué)習(xí)。

最近更新:

1. “審稿人/回復(fù)信”寫作工具總量超135萬個(gè)段落。

2. Crosscheck自助查重系統(tǒng)上線,采取市場(chǎng)成本價(jià):1.5萬字35元

3. AI寫作助手CNS期刊等語料開始錄入。

4. Scihub永久鏈接上線(首頁底部按鈕)

5. 簡(jiǎn)明統(tǒng)計(jì)學(xué)工具上線,包含6種場(chǎng)景。

6. 智能選刊助手上線。

7. 課題思路助手上線。

8. 服務(wù)器第七次擴(kuò)容,提升檢索速度(8月23日0點(diǎn)-1點(diǎn))

9.AI寫作助手檢索速度進(jìn)入“毫秒級(jí)”時(shí)代

10.CNS語料庫上線

11.自建語料庫功能上線

12.CNS語料庫再次增加1000萬

13.自建語料庫,語料支持收藏、導(dǎo)出、打印

14.家族迎來首個(gè)新成員:臨床生信之家 www.aclbi.com它為”生信0代碼”而生。

15.每日文獻(xiàn)速遞上線

16.同義替換功能上線

17.風(fēng)禾云課堂上線

18.文獻(xiàn)單詞我愛記上線

19.Figdraw繪圖平臺(tái)上線

20.22年影響因子預(yù)測(cè)上線

21.獲國(guó)家級(jí)高新技術(shù)團(tuán)隊(duì)認(rèn)證

22.AI降重改寫上線

23.中文版Pubmed上線

24.24小時(shí)預(yù)審平臺(tái)上線(巧了,名字和序號(hào)竟然正好一樣了哈)

25.專刊/特刊追蹤系統(tǒng)上線

26.實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)探索工具上線

27.臨床指南匯上線

28.分子對(duì)接平臺(tái)上線

http://www.home-for-researchers.com

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