今天是生信星球陪你的第299天
大神一句話，菜鳥跑半年。我不是大神，但我可以縮短你走彎路的半年~
就像歌兒唱的那樣，如果你不知道該往哪兒走，就留在這學點生信好不好~
這里有豆豆和花花的學習歷程，從新手到進階，生信路上有你有我！
師兄找我做蛋白和蛋白的分子對接，我以前學的都忘了，只能現學現賣研究了一下下，順便寫了推送，周六要預答辯的我好像有點囂張啊。最近我寫的分子對接系列很容易被大家搜到，趁這次來推一波：
Autodock分子對接--1. 準備工作（用pymol查看三維結構，去除水分子，分離蛋白和小分子）
Autodock分子對接--2.蛋白和小分子的預處理（導出PDBQT）
先看一下蛋白質相互作用關系數據庫（如果無法打開屬于網絡問題，不要問我）：
實驗方法測定的蛋白質之間的相互作用。
主要收集模式生物物種中涉及的蛋白質間相互作用，是各種相互作用的數據集
實驗測定已知的及計算方法預測的蛋白質間相互作用
搜索基因名可以得到互作關系圖
剛性對接，目前可用免費的的都是剛性。蛋白結構用自己預測或者從PDB數據庫下載，詳見：
如何預測：蛋白質三維結構預測、結果解讀與評分
如果是下載的，如何預處理在這篇：Autodock分子對接--1. 準備工作（用pymol查看三維結構，去除水分子，分離蛋白和小分子）
步驟：選擇文件，輸入學術郵箱，最后一個跳過殘基選擇的框可以選上。然后提交。
同類還有http://vakser.compbio.ku.edu/resources/gramm/grammx/
下載top10的結果。
用PDBePISA來分析對接結果（http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html）。
上傳即可看結果。我做失敗了，可能是其中一個蛋白太小。所以結果解讀下次吧aaa我寫畢業論文去了。
