那天突然在NCBI上發現了一個蛋白質互作、分子對接的工具
……還蠻有意思,這個工具就叫宜必思……
輸入PDB ID后,就可以查詢了,
這里就隨便輸了一個蛋白的PDB ID……
點擊上面的Network圖,也是可以放大的
,這里顯示的是這個蛋白的互作細節,其實這個就已經和STRING差不太多了:
點擊后也會有具體的細節
,比如蛋白與蛋白的相互作用(
PPI):
都能直接顯示出蛋白間的結合位點
:
你如果想看清楚這個蛋白互作關系的話
,可以直接下載藍框里的互作文件,然后用NCBI的Cn3D軟件打開文件:
里面就是3D的蛋白結構,可以自由旋轉調整
,看看具體的互作位點,或者化合物與蛋白對接的結合位點……
蛋白和化合物的分子對接也是一樣的
:
或者是展示一下蛋白與DNA/RNA的結合序列
:
具體序列的結合差不多就是這樣了
:
這個工具還是蠻有意思的,可以分析分析蛋白互作,
以及化合物和蛋白的分子對接,這個可比STRING來得直接得多了呢…… 好了,有興趣的話可以自己百度一下找找看,實在不行就回復“
公克”(不要在評論區回復
),要么就直接星球上見(當然,進不去也無所謂
)。好吧,今天就先給你們策到這里吧,祝你們心明
眼亮
。
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