一、關于出資問題 1．出資方式
新公司法第二十七條擴大了出資物的范圍，規定凡可以用貨幣估價并可以依法轉讓的非貨幣財產均可作價出資。由此可見，股權、采礦權、海域使用權等財產權均可作為出資財產。但同時，其也以但書的方式對出資財產進行了限制，即“法律、行政法規規定不得作為出資的財產除外”。2005年12月22日，國務院修改并公布的《公司登記管理條例》規定，股東不得以勞務、信用、自然人姓名、商譽、特許經營權或者設定擔保的財產作價出資。該條例系行政法規，且公布于新公司法之后，能否據此認定上述禁止出資財產不能出資，現存爭議。此外，借款、債權是否屬于公司法所規定的可出資財產，也存紛爭。
關于勞務可否出資，肯定觀點認為，勞務出資符合公司出資多樣化的國際趨勢，勞務擁有為實踐所需的價值性，實務中存在勞務出資情況。我國合伙企業法明確規定勞務可以作為出資方式。否定觀點認為，公司成立之初，勞務既不具有現實存在的價值性，又不易準確量化，且在公司解散或破產時難以變現，這將削弱公司資本的擔保機能。
關于設定擔保的財產可否出資，肯定觀點認為，盡管財產設定擔保，其權利行使受到一定的限制，但可以通過條件限制和加重出資人責任的手段解決其存在的出資瑕疵問題，且對擔保物本身的價值超出擔保的債權的價值部分，出資人的出資并不存在瑕疵。否定觀點認為，用擔保物出資，會使公司的財產處于不確定的狀態，存在權利瑕疵，將影響公司資本的穩定，損害其他出資人及公司債權人的利益。
關于借款可否出資，中國人民銀行《貸款通則》第二十條第一款第（三）項規定：“借款人不得用貸款從事股本權益性投資，國家另有規定除外。”能否據此認定借款出資的效力，存在不同觀點：（1）該規定系倡導性法律規范，且《貸款通則》系行政規章，即使可以作為裁判規范，在司法實務中也僅參照適用。（2）在金融領域，行政規章具有相當于行政法規的地位。該規定系管理性禁止性法律規范，違反并不絕對無效。（3）該規定系效力禁止性法律規范，違反其規定，出資行為絕對無效。
關于債權可否出資，肯定觀點認為，債權系可以用貨幣估價并可以依法轉讓的財產，故其可以作為公司出資方式。實行授權資本制的大陸法系國家和地區大多對債權出資采取了較為寬容的態度。否定觀點認為，債權與物權相比，在性質上具有不宜作為出資形式的特性，如債權具有不安全性、隨意性、隱蔽性，對公司債權人構成威脅。
2．出資不足與抽逃出資的法律責任
關于股東出資不足、抽逃出資的法律責任，公司法及最高人民法院《關于企業開辦的企業被撤銷或者歇業后民事責任的承擔問題的批復》、最高人民法院《關于產業工會、基層工會是否具備社團法人資格和工會經費集中戶可否凍結劃撥的批復》、最高人民法院《關于人民法院執行工作若干問題的規定》等進行了規定。上述規定區分開辦人設立的企業是否具有法人資格，規定其在出資不足及抽逃出資的情況下承擔不同的法律責任。實踐中占主導地位的觀點認為，抽逃出資與瑕疵出資性質不同，后者存在股東應對公司債務承擔無限責任的情形，而前者無論抽逃多少，都不影響公司獨立法人人格，股東僅在所抽逃資金的范圍內承擔責任。但也有觀點認為，抽逃出資行為是對法人有限責任原則的違反，抽逃后的公司資金未達到法定最低資本，公司并不真正具有法人人格。上述規定會產生不良的司法導向，即出資人可以采取足額出資后抽逃出資或不足額出資但使企業具有最低注冊資本金的方式，達到其只承擔在出資不足或抽逃出資范圍內承擔有限清償責任的目的。因此，需對抽逃出資的民事責任修改完善。
3.關于公司追繳出資權的追繳期限問題
有觀點認為，對于未履行足額出資義務的出資人，公司享有出資追繳權，出資者負有補足出資的義務，以體現公司資本充實原則。在規定公司享有追繳出資權的同時，一些國家對公司追繳出資權行使的時效作出了規定，如德國《有限責任公司法》第9條第2款。我國應對該問題進行研究完善。
二、股權確認和股權轉讓問題
1．股權確認
關于股權確認的標準，存在多種不同的觀點：（1）應以投資行為作為股權確認的標準。（2）應以股東名冊的記載作為確認股東資格的依據。與此相似的觀點是，以出資證明書或者公司章程記載作為股權確認的標準。（3）以公司登記機關的登記內容作為股權確認的根據。但以上三種觀點都有相反意見。另有觀點認為，確認股權不能以單一事項作為標準，應根據具體情形綜合考慮股權權屬的實質要件（投資行為）和形式要件（公司股東名冊記載和公司登記機關的登記）。在實質要件與形式要件不一致時，應根據爭議當事人的不同決定取舍：當事人均為股東的，應側重于審查實質要件；糾紛發生在公司與股東之間或股東與第三人之間的，應側重于審查形式要件。
2．名義股東和實質股東
關于名義股東和實質股東之間的關系，有觀點認為，其類似于合同法規定的委托關系。另有觀點認為，其更與信托關系相類似。
關于名義股東、實質股東與公司之間的關系，一種觀點認為，盡管名義股東與實質股東之間的約定不能對抗公司，但如果公司或公司的絕大多數股東均明知名義股東與實質股東之間的關系而未表示異議，則實質股東可以直接向公司主張權利。另一種觀點認為，公司應當只認可名義股東。
關于名義股東與實質股東之間因為權屬問題產生訴訟時，公司應否作為當事人參加訴訟，有觀點認為，公司無須參與訴訟，法院確定權屬后，公司有義務執行法院的判決。另有觀點認為，公司是否參加訴訟應根據當事人的訴訟請求確定。如果實質股東僅主張股權權益，則公司無須加入訴訟；如果實質股東主張確權以求得名實一致，公司必須加入訴訟，公司明確表示不同意實質股東加入公司的，法院不能強行判決實質股東為公司名實一致的股東。
3．股權轉讓合同的效力
有限責任公司股東對外轉讓股權，須經其他股東過半數同意。因為有這個法定要求，對未經其他股東過半數同意，股權轉讓合同的效力問題產生了意見分歧。一種觀點認為，該合同為效力待定合同，換言之，是附生效條件的合同，這個條件就是過半數的其他股東同意其對外轉讓。另一種觀點認為，該合同是附履行條件的合同，合同成立后就生效。至于其他股東過半數同意的規定，僅僅是對合同履行所附的條件。
多數觀點認為，該合同既非效力待定合同，也非附履行條件的合同，其效力始于成立之時。股東對外轉讓股權，簽訂合同就應當履行，轉讓人有義務向公司的其他股東征求同意，為合同的履行創造條件，如果合同不能履行，轉讓人應承擔違約后果，除非合同約定免除其責任。
4．瑕疵股權轉讓的效力
一種觀點認為，股權存在瑕疵，如果轉讓人沒有履行說明義務，則構成對重大事實的隱瞞，屬于欺詐行為，受讓人有權主張撤銷轉讓合同。相反觀點認為，轉讓人對公司的實際情況未予隱瞞則不構成欺詐，受讓人不能以出讓人未適當履行出資義務為由主張撤銷股權轉讓合同。
5．強制執行股權時何時行使優先購買權
強制執行股東的股權，須以拍賣程序變現。對于在拍賣程序的哪一環節由其他股東行使優先購買權存在不同觀點：（1）股東的優先購買權應在競價結束、拍賣師落槌時行使。（2）股東可在拍賣底價確定時行使優先購買權。
三、法人人格否定問題
關于適用公司人格否認制度的條件，有觀點認為，應符合下列條件：第一，公司法人已經取得獨立人格；第二，股東實施了濫用公司人格的行為，如人格混同、財產混同、虛擬股東、不正當控制等；第三，上述行為造成了債權人利益或社會公共利益的損害；第四，濫用公司人格行為與債權人或公共利益損害之間具有因果關系；第五，人格否認制度僅在公司無清償能力時才能適用。
關于適用法人人格否定制度的原則，有觀點認為，主要是誠實信用、禁止權利濫用、公序良俗和公平正義的法律原則。另有觀點認為，應平衡好公司人格獨立與公司人格否認的關系，堅持公司人格獨立和股東有限責任原則，只是在特定情形下，作為公司責任制度的例外加以適用。
關于提起法人人格否定訴訟的程序要件，有觀點認為，該訴訟中，原告具有特殊性，由于法人人格否定制度是為保護第三人而設，故只能由受損害的第三人即公司債權人提起。被告也具有特殊性，法人人格否認的責任追索，主要針對積極股東，即實際參與公司經營管理，并能對公司的主要決策活動施加影響的股東。另有觀點認為，被告應為公司及其相關股東，相關股東原則上應為一人公司的股東、控制股東和實際控制人。關于在何種程序中否定法人人格，有觀點認為，由于只有在破產和執行程序中才能確認公司是否具有清償能力，是否需要否定法人人格，故法人人格否定訴訟只能存在于破產程序和執行程序中。另有觀點認為，只要符合法人人格否定要件，法院在審結案件時即可作出否定法人人格的判決或裁定。原則上，無否定法人人格之訴，就不得在執行程序中作出否定法人人格的裁定，故在執行中改變原判決，徑行作出法人人格否定裁定的做法應慎重。
博主注：
公司人格否認制度，又稱“刺破公司的面紗”或“揭開公司面紗”，指為阻止公司獨立法人人格的濫用和保護公司債權人利益及社會公共利益，就具體法律關系中的特定事實，否認公司與其背后的股東各自獨立的人格及股東的有限責任，責令公司的股東（包括自然人股東和法人股東）對公司的債權或公共利益直接負責，以實現公平、正義目標之要求而設置的一種法律措施。它是和公司人格獨立原則相對立的。
公司人格獨立原則過于注重了對股東利益的保護，卻對公司的債權人有失公平；它可能為股東特別是控制公司的股東謀取法外利益創造了機會，從而成為侵權責任的工具和手段。
四、關聯交易問題
《企業會計準則——關聯方關系及其交易的披露》、《上海證券交易所股票上市規則(2004年修訂)》、《深圳證券交易所股票上市規則（2004年修訂）》以及公司法等對關聯交易進行了規定。
對關聯交易的司法干預是由因關聯交易受到損害的公司及其投資人發動的，其享有訴權的主要依據是公司法第二十一條的規定。公司法賦予法院規制的關聯行為主要指關聯交易中的非常規交易行為，其中，“通過關聯關系”和“損害公司利益”，是證實違法關聯交易的兩條判斷標準。關于關聯關系及其具體范圍，一種觀點認為，公司法并未限定調控的關聯交易的范圍，應考慮認定關聯交易的量化標準，尤其是非控制股東或者持股低于某一標準的股東進行的關聯交易，是否應納入關聯交易審查范圍，需考慮。另一種觀點認為，可參照我國相關行政法規和規章的規定確定關聯關系及其具體范圍。《稅收征收管理法實施細則》和《關聯企業業務往來稅務管理規程》對關聯交易的范圍作出了具體規定，司法審判可借鑒。關于是否損害公司利益的問題，則需要公平、科學的交易價格評估機制予以支持。實踐中，如何認定是否屬于有損公司利益的關聯交易行為，還需要經驗積累。通常來講，主要表現為：關聯公司之間就收益、成本、費用與損益的攤計不合理或不公正。常見的類型有：關聯公司之間商品或股票的銷售或交易價格，明顯低于國際或國內市場上正常合理價格的；關聯公司之間相互融資而不計收利息的；關聯公司之間借貸款項，以明顯低于融資成本之利率計收利息等。
五、公司擔保問題
舊《公司法》第六十條第三款(董事、經理不得以公司資產為本公司的股東或者其它個人債務提供擔保。2006年1月1日實施的新《公司法》的相應規定是：第十六條，公司為他人提供擔保，依照公司章程規定，由董事會或者股東會、股東大會決議，并不得超過公司章程規定的擔保限額；第一百四十九條規定，董事、高級管理人員不得有下列行為：（三）違反公司章程的規定，未經股東會、股東大會或者董事會同意，將公司資金借貸給他人或者以公司的財產為他人提供擔保；)系禁止性條款。最高人民法院《關于適用〈中華人民共和國擔保法〉若干問題的解釋》第四條規定，違反前款規定提供擔保的，擔保無效。上述規定引發眾多爭議。一種觀點認為，該規定不僅適用于董事、經理以公司財產提供擔保的情形，也適用于公司董事會以公司財產提供擔保的情形，其立法目的在于維持資本確定原則及保護股東和債權人利益。另一種觀點認為，該規定的立法原意僅在于防止董事、經理濫用個人權力，并非在于限制公司董事會的擔保能力。公司股東會或董事會有權代表公司對外提供擔保，包括對其股東或其他個人提供擔保。實踐中，關聯公司互保現象普遍，絕對禁止將有礙經濟發展，使我國大量銀行債權脫保。
關于公司能否提供擔保，世界各國（地區）規定不同，有的規定公司不能作擔保人，除非公司能證明被擔保的債務與公司有關；大多則規定公司可以對外提供擔保，但需經過相關程序決議。我國公司法第十六條對公司擔保采取了許可主義，但由于對外擔保將導致公司責任資產減少，尤其是關聯擔保易損害公司及中小股東的利益，故其同時進行了限制性規定。其將公司擔保區分為一般擔保（向公司股東或實際控制人之外的主體提供的擔保）與特殊擔保（向公司股東或實際控制人提供的擔保）兩種形式。對于一般擔保，依照公司章程的規定，由董事會或者股東會、股東大會決議。對于關聯擔保，則確定了兩個限定性條件：即必須經股東會或者股東大會決議；前款規定的股東或者受前款規定的實際控制人支配的股東，不得參加前款規定事項的表決。該項表決由出席會議的其他股東所持表決權的過半數通過。
關于關聯擔保的效力認定及法律責任承擔問題，還涉及到對以下問題的研究：公司內部法律關系和公司外部法律關系問題；公司章程等文件的公示力與債權人是否具有善意的關系問題；債權人的注意義務。
六、公司僵局訴訟問題
關于該類訴訟中公司及其他股東的法律地位，有四種觀點：（1）提起解散公司之訴為股東權利，導致公司僵局也系因股東間糾紛，故不應將公司列為被告。（2）因該訴針對公司與股東提起，故應將兩者列為共同被告。（3）公司與股東人格不同，且司法解散效力及于公司，故應由公司為被告，相對方股東為被告或第三人。（4）解散公司之訴實質是為變更股東與公司之間投資法律關系的變更之訴，故應將公司列為被告，其他股東列為第三人。
關于管轄，有觀點認為，公司僵局訴訟系因侵權引起，故應以侵權之訴確定管轄法院。另有觀點認為，公司僵局之訴應參照破產案件管轄的規定，由被告住所地法院管轄。
關于是否應將調解作為法院審理該類案件的必經程序，有觀點認為，公司法對此未作規定，法官可根據個案情況自主決定是否應先行調解。另有觀點認為，如果能夠通過調解解決公司股東或董事之間的僵局問題，使其他股東受讓起訴股東的股份，則可達到既使起訴股東退出公司取回出資，又使公司存續，其他股東和公司的利益不因公司解散而受到損害的雙贏目的。因此，將調解作為公司僵局訴訟的必經程序，有利于真正化解矛盾。
關于判決解散公司的法律后果，有觀點認為，公司法第一百八十四條的規定只明確了債權人享有可申請成立清算組的權利，而非一定要進行清算。另有觀點認為，法院作出解散公司的判決后，并不當然組織公司清算。公司應按該條規定自行組織清算；自行組織清算有障礙時，可由公司的股東或債權人等利害關系人申請法院指定有關人員組成清算組進行強制清算。
博主注：
所謂公司僵局，是指因股東間或公司管理人員之間的利益沖突和矛盾導致公司的有效運行機制失靈，股東會或董事會因對方的拒絕參會而無法有效召集，任何一方的提議都不被對方接受和認可，即使能夠舉行會議也無法通過任何議案，公司的一切事務處于一種癱瘓狀態。主要包括三種情況:1、兩個股東各持有50%的股份；2、兩方擁有相同數目的董事或者有權力選擇同樣數目的董事；3、小股東通過增加法定人數或投票要求的條件來保持否決的權力，并且在股東之間存在了實質的不同意見。
七、股東派生訴訟問題
關于管轄問題，爭議觀點有：（1）應按侵權糾紛確定管轄法院。（2）股東派生訴訟系因第三人侵犯股東的共益權而提起，該種行為可能基于合同產生，也可能基于侵權產生，故應按合同糾紛案件或侵權糾紛確定管轄法院。（3）按照前述觀點，在被告人數為多數時，多個法院享有管轄權易引發管轄糾紛，故應由公司所在地法院管轄。
關于法律文書的形式問題，存在應采取裁定的方式還是判決的方式進行裁決的爭議。
關于公司的訴訟地位，爭議觀點有：（1）為使判決的效力直接及于公司，應將公司列為“形式上的被告”或“名義上的被告”，但其并非真正被告。（2）股東在股東派生訴訟中只是名義上的原告，公司才是真正受益人，實質上的原告，應將公司列為共同原告。（3）案件的處理結果與公司有法律上的利害關系，公司系為維護自己權益而參加訴訟的訴訟參加人，案件的最終結果歸屬于公司，故其應為無獨立請求權第三人。
關于訴訟費用擔保，爭議觀點有：（1）訴訟費用擔保制度的目的在于防止股東濫用派生訴訟制度提起訴訟，故只要被告提出請求，法院即可要求原告提供擔保。（2）訴訟費用擔保制度并不能達到限制惡意訴訟的目的，其限制了無經濟實力的股東行使訴權，故不應專門規定股東派生訴訟的費用擔保制度。（3）應參考日本等國的規定，并非所有訴訟原告都必須提供擔保，法院可依實際情況要求股東提供相應擔保。其適用標準是被告向法院提起申請，且有證據證明原告股東提起股東派生訴訟具有惡意。
關于撤訴，大多觀點認為，為防止在和解中原告股東與被告私下串通，原告股東獲得個人利益后撤訴，應對撤訴進行限制，由法院對撤訴、和解協議進行司法審查。
博主注：
股東派生訴訟是指公司的正當權益受到侵害,而公司怠于或拒絕追究侵害人的責任時,股東為了公司的利益以自己的名義替代公司對侵害人提起的訴訟。
1993年《公司法》中并未引進股東派生訴訟制度。2005年新《公司法》在廣泛借鑒國外先進立法經驗、判例和學說的基礎上，引進了股東派生訴訟制度。這標志著我國股東派生訴訟制度的建立。且移植了美國的竭盡公司內部救濟規則，即前置程序請求規則，即股東在行使派生訴訟提起權之前，必須首先請求公司董事會或監事會采取救濟措施，或者將糾紛交由公司內部機制予以解決，或者決定由公司自己提起訴訟。只有當公司明確拒絕股東請求或者對股東請求置之不理時，股東才能行使派生訴訟提起權。
八、公司解散、清算問題
關于清算中公司與解散事由出現前的公司是否為同一民事主體，有觀點認為，兩者在經營能力以及稱謂上均不相同，應認定出現了另一法人——清算法人，兩者并非同一主體。另有觀點認為，兩者是同一民事主體，應以該公司為訴訟主體，由清算組的負責人代表公司參加訴訟活動；未成立清算組的，仍由原法人機關代表訴訟。
關于清算中公司的能力，一種觀點認為，公司權利能力和行為能力受到限制，不能開展與清算無關的經營活動。另一觀點認為，公司可開展與清算目的有實質利害關系的經營活動。
清算中公司進行的與清算無關的經營活動依法被認定無效后，相對方應否承擔責任，存在爭議：（1）相對方不負有對解散后的公司是否已處于清算階段、其所從事的經營活動是否與清算有關進行審查的義務，除非清算中的公司在交易時明確表明該事實，故一般情形其不承擔過錯責任。（2）相對人在與解散的公司進行經濟交往時，應當負有一定的注意義務，故其應承擔相應的過錯責任，過錯的判斷應以其對前述事實是否明知或應知為標準。
關于解散公司生效判決的執行中止問題。司法實務中存在由解散清算向破產清算轉變的可能性，故對該情形下，應否裁定中止解散清算程序，存在爭議：（1）在解散清算程序啟動后，公司的所有債務均不能個別清償，直至公司財產和負債情況明晰后，通過清算方案的制定和認可，才可進行清償，除非該債權依法享有優先權。（2）解散清算畢竟不是破產清算，故解散清算中無需規定執行中止，而僅需在特別清算程序中對此作出規定。
關于清算義務人在何情況下應承擔民事責任，一種觀點認為，如果對承責條件規定非常嚴格，即僅在證據非常充分的情況下，才追究清算義務人的侵權責任、直索責任，則因債權人舉證相當困難，對責任追究將非常有限。另一種觀點認為，如果規定的條件比較寬松，如只要清算義務人在規定期限內不依法清算的，就應擔責，則可能招來違反法人制度的非議。故應由債權人根據案件實際情況，選擇對清算義務人責任的追究，如清算義務人的財產和公司法人財產混同、清算義務人不能證明其侵占份額的，清算義務人應當對公司的債務承擔連帶責任。
