袋栽菇的品質好壞，關鍵在于發菌期的病害防治。因此，要提高袋栽菇產量，發菌期應采取以下6項措施。
1、優選原輔材料 制種用的材料如棉籽殼、玉米芯、木屑、麩皮、米糠及石膏、碳酸鈣等，應新鮮、干燥、無霉變、營養成分不摻假。使用前陽光曝曬1～2天，利用紫外線殺死其中的病原孢子。
2、合理采用料基 米糠和麩皮不僅是菌絲發育很好的氮源，同時又是碳源，其用量應隨環境相對濕度的變化而適當增減。用量過大易被雜菌利用而造成污染。因此，要適當控制其含量在18％～25％，高濕季節要減至18％。
3、調控料水比例 食用菌生長發育所需的水分絕大部分來自培養料，不同的栽培季節使用不同的裝料容器以及封口材料，料水比也不相同。過干菌絲生長量少，而且纖弱；過濕會引起菌絲腐爛及病害發生。
4、堵塞侵菌孔口 瓶子或袋子一定要扎好口，扎口不嚴很易導致雜菌的入侵。
5、防止培養料變質 培養料配好后應及時裝袋和滅菌，不然容易發酸變質。滅菌要徹底。無論是制作菌種還是熟料栽培，滅菌不嚴常導致病害的發生。
6、加強發菌期管理 ①適當降溫培養。大多數病菌是喜高溫的，除草菇外可適當降溫培養，這樣雖然菌絲生長速度較慢，但粗壯有力，而病原菌明顯減少。尤其是生料栽培培養溫度要在20℃以下。②降濕培養。食用菌在菌絲體生長期要求空氣相對濕度一般比病原菌低，因此，在發菌期空氣相對濕度應保持在60％左右，有效抑制病菌的發生。③及時翻堆檢查。接種2～3天后進行第一次翻堆檢查，發現受病原菌侵染的要及時撿出來。 | 
