達爾文創建的整個人類進化學說，其中有一個必不可少的前提條件，那就是，當時氣候的巨大變遷使森林大片消失，類人猿在這樣的情況下被迫從樹上下到地面，由猿到人的進化過程就從此開始了。如果這個條件不存在，那么整個人類進化體系就不能成立。
起源于東非大裂谷的南方古猿一直被認為是人類的始祖，“露露”的化石就在此處發現。因此，東非大裂谷自然環境的變遷，成了支撐人類進化學說的關鍵。科學家稱，500萬—12萬年之前，由于東非氣候突然變冷，大片的熱帶雨林消失了，這就迫使人類的遠祖——南方古猿從樹上下到開闊的大草原，從四肢攀援到練習用兩足行走，于是乎，古猿脫掉身上的獸毛，最后變成了人。
進化論的這個前提只是一個假設，當然許多人都希望這個假設可以成立，以便一勞永逸地解決人類的起源問題。但是，最近一些科學家在東非地區的考察，卻使達爾文的人類進化學說中環境變遷這個至關重要的前提一下子變得不存在起來。
美國耶魯大學金斯頓考古隊對東非的地理、氣候做了十分細致的考察研究。他們對肯尼亞大裂谷南端的圖根山丘的碳化士壤進行了同位素檢測，結果發現，自從1550萬年以來，大裂谷地區的雨林和草原的混合就跟今天完全相同，根本不存在上述傳統所說的氣候大變化。要知道，東非古人類的考古化石最上限也不過400萬年，也就是說，非洲的古猿竟然可以在虛擬的自然條件之下完成從獸類向人的進化，這是不是太荒唐了？這支考古隊在最后的報告中寫到：“人類的進化是相當復雜的過程。這（指東非大裂谷地區氣候的考察結果）可能迫使我們要尋找其他的因素來解釋人類下地行走的原因：為了食物和為了占領更加優越的生態環境；受到其他物種的競爭，等等。”如此說來，人們要想使自己的學說成立，非要迫使東非古猿下地行走不可，不論這些古猿是否愿意，非下來不行，即使不是真的自然環境變遷，我們也要虛擬出一個自然環境變遷的事實出來。看來，我們這套進化理論過分脆弱了，也過分霸道了。
不僅如此，考古學所發現的古化石，是支撐人猿同祖進化理論的主要證據，但正是在這方面，更顯示出其脆弱的本性。
首先，現在我們考古中發現的人類化石量極少，越是往前，化石量就越少，考古學家往往根據幾顆牙齒或一個、半個頭蓋骨化石為依據，進行洋洋灑灑地推論，明顯證據不足。
1995年初，中國科學院發表了一篇總結性的文章，介紹中國古人類考古50年來的主要成績。讀著這篇文章，明顯感覺證據不足。比如，著名的元謀猿人，也就發現了兩顆內側門牙，一左一右；藍田猿人只有一個下頷骨；丁村人，只有三顆牙齒，一小塊頭蓋骨；馬壩人，只有一個不完整的頭蓋骨；柳江人，只有一個完整的頭蓋骨，四個完整胸椎及五段肋骨；資陽人，只有一塊頭蓋骨，一塊完整的硬腭；山頂洞人略多一些，有三個完整的頭蓋骨，幾十顆牙齒和一些脊椎骨。要知道，從元謀猿人到山頂洞人中間有150萬年的時間，我們僅憑一點點資料竟然能勾畫出人類150萬年的發展史，真有些不可思議。你怎么能用一小塊頭骨就確定它是人還是猿，或者是其他什么東西？無論如何，讀著古人類學家給我們的結論，總有一種模模糊糊的感覺。
外國的古人類研究同樣存在這個問題。《化石》雜志1995年第一期曾報道，埃塞俄比亞的亞的斯亞貝巴舉行了一次記者招待會，會上，科學家展示了大約450萬年前人類始祖的化石，命名為南方古猿，其證據：頭城后部一小塊，耳骨和牙齒的一些碎片。1856年，在德國迪賽爾多夫城附近的尼安德特河谷的一個山洞里，人們發現了一塊不完整的頭骨和幾根腿骨化石，從此，尼安德特人竟然成了早期智人的代名詞，雖然后來又有少量發現，但證據乃不充分。
事實上，關于人類進化體系中的化石不完整性，早在19世紀英國的郝胥黎就曾指出過，人類不能直接從猿進化而來，中間存在一個巨大的化石空白區。至今的考古學也同樣證實，所謂的新人之后有4萬年的化石空白，這4萬多年里，正在進化中的猿類跑到哪里去了呢？難道是跑到另外一顆星球去完成進化了嗎？實際上，不但是人類，幾乎所有的生物都沒有進化中期的化石，為解決這種尷尬，科學家只有提出“突變學說”，即生物的進化不是逐漸完成的，而是在一個特定的環境下突然發生的。但這也是假設，而且更加沒有證據。
其次，在考古測定方面也存在許多問題。目前我們考古測定通常使用碳—14測定法，但碳—14很不穩定，年代越遠，差距也就越大，在人類化石的測定方面，有的誤差幾萬年或幾十萬年。比如，元謀猿人170萬—100萬年，相差了70萬年，藍田猿人115萬—75萬年，相差了40萬年。
還有，關于人類起源的研究時間并不算長，在20世紀初期的時候，一些學者認為，人類大約出現于4000多年以前，后來經過考古發現，把這個年代逐步高移1萬年、2．5萬，結果定為4萬年。再往后，美國科學家提出了10萬年說，現在又提出了450萬年說，這種大動蕩的本身也說明了一些問題，而且在這其中也伴隨著相當大的學術爭論。
因此，有不少人對這套進化模式持懷疑態度。盡管從猿到人的進化中有許多諸如考古等方面的證據，但仔細分析起來，其中仍不難發現許多問題，如猿人和古人之間的過渡類型是什么？古．人是如何向新人飛躍的？是什么力量促使他們變化的？為什么缺少中間類型的化石？
有人從進化的角度提出疑問：脊椎動物的四肢都著地，這樣分散了脊椎骨的壓力，這從生物學的角度來講是合理的。而人卻是直立行走的，直立人的脊椎所承受的壓力過分集中，反而不如四肢行走的脊椎動物合理，為什么會發生這種進化呢？它是進化還是退化？
現在有一個問題需要注意，由于人與動物的最大區別（在外形上）就是人能直立行走，而動物則是爬行，因此我們總是想盡辦法去解釋這種區別，由于人比動物要先進得多，因此在解釋時，我們總是首先確定這種區別的合理性，總是將這種區別看成是首尾相接的進化證據，這是不是也是一種誤區呢？大家都在討論直立行走的好處，那是因為我們人就是直立行走的，為什么不去分析一下四肢行走的好處呢？
按照一般觀念認為，人類手腳的分工是在勞動過程中形成的，自然環境的變化將古猿趕出叢林，從而使前肢進化為手臂。而東非大裂谷地區的考察已經證實，這個前提條件至少在東非是不存在的，那么促使猿人手腳分工的環境又在哪里呢？同時，我們發現，藍田猿人和山頂洞人，他們生活的地區并不是大平原或草原，而是植物比較茂密的山區，世界其他地區的猿人生活環境也基本與此相類似。而在這種自然條件之下，用四肢行走難道不比只用后肢行走更為有利一些嗎？怎么會發生手腳分化的進化呢？
再者，用血漿蛋白分子差異程度的定量測定發現，人與現在的大猿、黑猿最為接近，大約在4000萬年以前，人與大猿、黑猿分手。可奇怪的是，經過4000萬年漫長的歲月，大猿和黑猿幾乎沒有什么明顯的變化，它們永遠屬于靈長類哺乳動物，照目前的進化程度看，它們再經過4000萬年也不會進化成智人和現代人。如果進化論是生物界的普遍規律，那么這個規律應該適合所有生物的進化，既然已經有一支猿類進化為人，那么我們為什么沒有發現正在進化的其他猿類呢？或者說我們為什么至今沒有發現其他猿類進化成人的趨勢？為什么地球上只有人類的進化獲得了如此速度？
如果從整個地球生物界來考慮，動物的進化雖然在體形上會有很大的不同，但在功能和特點上卻是應該有同步進化的特點，看一看我們周圍的動物吧！哺乳類動物中有許多特點和功能是相同的，從中可以看出它們是沿著一條本質相同的軌跡在進化。而我們人類卻是整個動物界的奇跡，我們進化的軌跡與它們根本不同，簡直就是兩回事，除了人以外，我們再也找不著直立行走的動物。如果說直立行走標志著動物的進化，那么這種進化就不應該單單反映在人類身上，而在其他動物之間也應該有類似的進化發生，這才符合整個地球動物進化的規律。然而在其他動物中，我們看不到一點點直立行走的趨向，這是為什么呢？如此追問下去，我們人類的進化譜系究竟是怎么來的呢？
我們生活在地球，對地球自然界生物的進化是有相當直觀的認識，進化是為了更好的生存，而自然界里更好生存的前提條件是什么呢？跑得快，使你可以有更多機會捕捉到食物，逃避攻擊；身子靈巧，可以使你巧妙逃避天敵的進攻；目光敏銳，可以更早發現食物或前來進攻的對手；力氣大，可以輕易打敗對手，保護自己；爪牙鋒利，可以具備極其有效的進攻武器。可我們人類是向這些條件進化的嗎？不，不是。進化沒有給我們飛快的速度、靈巧的身軀、鷹一般的目光、牛一般的力氣、猛虎一樣的利爪，我們什么都沒有。那么，自然界為什么要如此進化人類呢？這種進化有什么合理性呢？一點都看不出來，可以說，我們人類自從產生以來，就與這個自然社會格格不人，要么我們是錯誤的，要么自然界是錯誤的。
時至今日，許多人依然認為，人類的進化是源于自然的壓力，這些壓力包括洋流、冰川、地軸傾角、氣候、生物變化等等。但是人類自從誕生以來就生活在地球上，與地球上許許多多動物同樣經歷著來自大自然的各種壓力，由于這種壓力是共同的，因此由壓力引起的變異也應該具有趨同性。可人類的進化道路恰恰與其他動物沒有絲毫的相同之處，這又是為什么呢？
如果談到人類與其他動物的智力問題，達爾文的進化論更是左右碰壁，而智力問題又是人與動物區別的根本所在，沒有人能夠回避得了。
人類的智力來得莫名其妙。智力的發展應該有兩個條件：第一是相對艱苦的生活環境，為了生存就需要用更多的智力去獲取食物；第二是動物的群居性，群居的動物可以形成一定的社會模式，要求以更高的智力來處理。這兩個條件都符合我們人類，我們曾經有過相對艱苦的生活環境，我們也是群居動物。但問題在于，這個理論根本沒有普遍性，對許多動物而言，目前的生活環境比以往任何時候都要艱苦，人類的捕殺與環境污染就使許多動物快要絕種了，地球上群居動物決不僅僅是人類，連螞蟻都是群居動物。在這兩個條件符合的情況下，其他動物的智力發展水平如何？這是一個不需要回答的問題。
人種問題也是進化論不好解釋的謎案。現在世界上基本有黃、白、黑、棕色四大人種，這四種人分布在世界各地，就其居住地區來說，黃種人基本在亞洲，白種人基本在歐洲，黑種人基本在非洲，而棕色人種則在澳洲，美洲的印第安人大至屬于黃種人系，即蒙古人種。這四色人種的區別不僅僅在膚色上，而且在生理結構方面也有細微的差別。比如說，黑種人血液當中所含紅血球就與黃種人不同，它能輸送更多的氧氣，因而黑種人在運動方面有得天獨厚的條件；黃種人的味覺系統是全世界最發達的，因此中國菜也是五味俱全，花樣繁多；而白種人的味覺系統則十分遲鈍，只好在吃的方面簡單一些了，等等。
如果進化論是正確的，那么這四個人種應該是由四種猿演變而來。然而，進化論又斷言，從猿進化到人是自然界中的偶然現象，地球上只有一支猿類進化成了人，所以它不可能普遍適應靈長類的進化模式。這本身不是很矛盾嗎？既然已經有一支猿類進化成了人，那么其他猿類為什么不可以進化成人呢？既然只有一支猿類可以進化成人，那么四色人種又是怎么來的呢？如果說有四支不同顏色的猿遺傳進化成了四色人種，這本身是違背進化論的，而且我們也找不到地球上曾經存在過黃猿、白猿、黑猿、棕色猿的證據。
如果說四色人種的確是由一支猿進化、變異而來，那么這種變異與自然生存又有什么關系呢？大家知道，依據進化論的觀點，生物的變異只是為了更好地適應自然環境，而且惟有適于生存的變異才可以保留下來。那么這支進化中的猿為什么要發生如此變異呢？非洲基本在赤道兩側，乃屬于熱帶地區，如果非洲黑猿要發生變異的話，也應該變異成白人，這樣可以反射一些太陽的光線，在物理學上也說得過去，可是非洲人種恰恰是黑色的，這如何解釋呢？問題還有，如果說非洲人是黑色的就是符合自然規律，那么美洲印第安人呢？他們一樣生活在赤道附近，所接受的紫外線與非洲人一樣多，為什么他們不是黑色的呢？再說白種人，現在白種人的老家歐洲，基本在北緯30°以北，已經過了北回歸線，像歐洲北部的一些國家，生活的緯度都很高，黑色皮膚不是更可以吸熱保溫嗎？可他們恰恰都是白色的，像冰雪般的顏色，這又是為什么呢？
人種問題不解決，進化論就不可能最后深得人心，就會有更多的人起來反對它。而到目前，還沒有一種關于人種問題的解釋讓人看起來有些道理，難怪日本東京大學的養老孟司教授說：“關于人種的差異，至少可以指出這樣或那樣的不同，至于為什么同，回答是完全不清楚的。”
近百年來，人們在全世界各地陸陸續續發現了一些十分稀有的人種，而這些人種的存在，本身就是對達爾文人類起源于古猿的批判。
1996年5月7日，《北京晚報》援引了新華社和國際電臺的報道：美國科學家在南極洲發現2億年前的人形化石。無獨有偶，法國巴黎大學植物學教授拉坦博士在非洲扎伊爾的原始森林中，發現了一個奇特的人種部落，他們的椎骨都突出體外，有的達幾公分，與我們熟知的食肉恐龍的脊椎骨很相似，被稱為“恐龍人”。拉坦博士推測，這些人“似乎是從史前爬行動物直接演化而來的”。但她不愿意透露該部落的準確方位，只是說在扎伊爾著名的斯蒂恩萊瀑布西南約480公里的密林中。這些恐龍人的祖先是誰？恐怕不會是猿類吧！因為地球上還沒有發現背上長角的猿類。
1958年，美國國家海洋學會的羅坦博士，在大西洋3英里深的海底，拍攝到了一些類似人的奇妙足跡。1968年，美國邁阿密城的水下攝影師穆尼，在海底看見過一個奇怪的生物，臉像猴子，脖子比人長四倍，眼睛像人但要大得多。本世紀30年代，美國南卡來羅納州比維市郊的沼澤地區，多次發現過“晰蝎人”，它們高達2米，長著一條大尾巴，每只手僅有三根手指，可以直立行走，力氣驚人，；能輕易掀翻汽車。這些生活在水中、沼澤中的類人生物，其祖先又是誰呢？
美國加利福尼亞大學工學院的生理學家韋西在智利安第斯山脈探險時，曾在澳坎基爾查峰海拔6600米處發現了藍色皮膚的人種。不但在南美洲，人們在喜馬拉雅山也曾發現過藍色皮膚的人種，在非洲的西部地區也有發現。如果按人種來說的話，這是一個全新的人種。
在厄瓜多爾境內亞馬遜河原始雨林中，人們曾發現過一個原始的部落，他們身體的其他部位與人無異，只是兩眼外突，手腳似蛙腳，趾間有短蹼相連，人們稱其為“圖皮人”。另外，在非洲南部還發現過“鴕鳥人”，他們的腳趾只有兩根，形成乃夾角，有趾甲，有的趾中有短蹼。這些人又是從哪里來的呢？
越來越多的證據證實，人類的起源問題，歷來都是一個古老的新問題，達爾文的進化論中關于人類起源的假設，并不能最終解決這個人們一直關心的問題。至今，“人類是從哪里來的”這個問題，依然原封未動擺在那里，它與人類初期提出這個問題時還是一樣的新鮮。1991年，日本科普期刊《科學朝日》，從當代科學界重大課題中篩選了七大難題，推出了現代科學的世界七謎：
1．宇宙的形成；
2．太陽系第十顆行星；
3．生命的起源；
4．生物形態的構成；
5．恐龍的滅絕；
6．人類的起源；
7．厄爾尼諾現象。
事實上，美國科學界也將人類的起源問題列為現代科學六大懸案之一。再往前，早在19世紀，英國的赫胥黎就對達爾文人類起源學說提出了疑問。20世紀即將過去，在進入21世紀之前，我們人類應該有權力知道：我們是從哪里來的？我們來到這個世界的真正目的是什么？
