1848年美墨戰爭結束后，加利福尼亞歸屬美國，惡魔島成為美軍的軍事城堡，島上配備了105門大炮等軍事設施，監視著舊金山灣的動態。1907年惡魔島成為美國的軍事監獄，直到1933年美國軍方將所有權移交給了司法部，之后惡魔島正式變成聯邦監獄，并監禁著許多臭名昭著的重型犯。
1907年惡魔島成為美國的軍事監獄，有趣的是，惡魔島的大部分建筑都是由囚犯建造而成。
惡魔島曾發生過囚犯成功逃離的越獄事件，1962年莫里斯，安吉林、安吉林3名囚犯在監獄里挖出了一條隧道，并用雨衣制成救生筏逃離了惡魔島，從此沒有了這三個人的消息。不過并不是所有越獄囚犯都像他們那么幸運，因為惡魔島位于波濤洶涌的海域，并且附近還有鯊魚出沒。
惡魔島并不是因為社會輿論導致關閉，而是因為維護成本過高，由于惡魔島位于海上，建筑常年受到海水的侵蝕，并且每周都需要運淡水維持島上的運作，比其他聯邦監獄高出三倍開支，所以導致關閉。
1971年惡魔島被納入舊金山金門國家公園，游客可以提前預訂，并預訂渡輪前往，如今每年有超過150萬人次訪問惡魔島，雖然惡魔島曾經關押著重型犯，或許是受到《勇闖奪命島》電影作品魅力的影響，每年都有許多游客慕名而來，而該島也成為舊金山排名第二的旅游景點。
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