本文旨在對現有股權架構下不同投資主體在不同階段的稅負進行分析，所指公司僅指《公司法》規定的有限責任公司，不含股份有限公司。
一、公司股東常見的主體形式
有限責任公司的股東可以是自然人、法人或非法人組織，常見的股東主體形式為自然人、有限公司和合伙企業（下文如無特殊說明，均含個人獨資企業）。由于本文不考慮控制權問題，為便于理解，故本文以公司如下股東結構為例進行分析。
（一）股東均為自然人
根據央廣網2022年6月14日報道，截至2021年末，全國企業的數量達到4842萬戶，其中99%以上都是中小企業。[4]而在這些諸多企業中，絕大部分股東身份為自然人。翻開中國A股上市公司的招股說明書，很多公司在上市前也多是自然人股東直接持股擬上市公司，如常青股份（603768）、曲美家居（601700）、松發股份（603268）等，出現這樣結果的原因通常分為兩種情況：一是創業者有創業需求，在決定設立公司時未作過多考慮，以兩個甚至多個投資者為股東進行工商登記，從而形成自然人直接持股的情形，這種公司設立時更多的考慮是對公司的控制權，股權比例以51%、49%或67%、33%居多；另一種情形是公司設立之初就有上市考慮，就是想利用自然人直接出售股票免征個人所得稅的優惠政策。[5]由于本文僅考慮有限責任公司，故后續對于自然人持股的第二種情形，本文暫不做分析。
（二）股東為有限責任公司
《公司法》第三條第一款：“公司是企業法人，有獨立的法人財產，享有法人財產權。公司以其全部財產對公司的債務承擔責任。”選擇用有限責任公司作為投資主體成為目標公司的股東，一方面是出于稅收角度考慮，該稅收優惠政策將在后文中詳述。另一方面，就是利用有限責任公司的有限責任。在2014年《公司法》修改時，將注冊資本實繳登記制改為認繳登記制，不再要求提供驗資報告等，主要出發點是為了讓公司設立更為便捷，成本更為低廉，有利于大眾更好創業。雖然作為股東的有限責任公司，通過股權穿透，最終投資主體依然是自然人，但是投資者可以用更小的投資成本，通過多層設立有限責任公司的方式最終持有目標公司股權，自然人股東可以以較低的認繳出資成本持有目標公司股權，在目標公司發生債權債務糾紛時，可以使用有限責任公司的有限責任保護最終投資者，達到以小博大的效果。
（三）股東為合伙企業
2007年6月1日修改生效的《合伙企業法》較修改前最大的變化之處在于，規定了一種新的組織體—有限合伙企業。[6]有限合伙企業與普通合伙企業的不同之處在于：除了“普通合伙人”（GP）之外，合伙人中還包括“有限合伙人”（LP）。普通合伙人對合伙企業債務承擔無限連責任，有限合伙人則對合伙企業債務承擔有限責任。有限合伙企業另一個優勢在于，無論是利益分配還是合伙人的權力分配，都可以在合伙協議中自由約定。該法生效后，被大量使用于公司的股權激勵，投資者為了激發核心員工的工作潛能，同時又不想公司的控制權被削弱，有限合伙企業恰好可以實現企業家心中理想的“錢權分離”。由投資者成立有限合伙企業并擔任GP,被激勵員工作為LP，并以該有限合伙企業作為目標公司股東，GP控制有限合伙企業，享有合伙企業決議的全部表決權；LP不享有表決權，僅享受合伙企業對外投資的財產收益權，即只分“錢”、不分“權”。這樣的股權激勵方式，既讓投資者“權力”不流失，也讓被激勵對象享受目標公司發展帶來的更多紅利，很快成為股權激勵平臺的首選模式。
例：（轉自股權律師段海宇）
馬云是螞蟻金服的實際控制人，那么，馬云是怎么控制螞蟻金服的呢？現在就讓我們解剖一下螞蟻金服的股權架構。
從螞蟻金服的股權架構可見，我們發現馬云首先注冊了一家注冊資本1010萬元的“云鉑公司”，馬云是其唯一股東，然后以云鉑公司做GP，其他阿里系高管做LP控制了君瀚、君澳兩家有限合伙企業。然后通過有限合伙企業作為螞蟻金服的股東，控制螞蟻金服。
馬云之所以能夠通過區區1010萬元控制上萬億的螞蟻金服，這是因為，有限合伙架構可以實現錢權分離，GP出資很少，但可在合伙協議中約定享受全部話語權；LP雖然沒有話語權，但未來可享受投資收益財產權。馬云就是通過控制云鉑公司→云鉑公司控制君瀚、君澳→君瀚、君澳控制螞蟻金服，輕輕松松用1010萬元資金，就撬動起一個萬億市值的金融帝國。
不過，值得注意的是，馬云并沒有直接成為兩家合伙企業的普通合伙人（GP），而是先注冊成立了云鉑公司，讓云鉑公司成為普通合伙人（GP）。如此折騰為哪般？原因可能有二：
第一，風險隔離。按《合伙企業法》的規定，普通合伙人要對合伙企業的債務承擔無限連帶責任。馬云設置了云鉑公司作為GP，如此，兩個合伙企業的債務均由云鉑公司承擔無限連帶責任，在云鉑公司，馬云作為股東只需要在出資范圍內承擔有限責任，因此，云鉑公司好似一道防火墻，隔離了馬云對君瀚合伙和君澳合伙的連帶責任。
第二，調整靈活。如果馬云作為有限合伙企業的GP，則不能再作為有限合伙企業的LP。但通過云鉑公司做GP，馬云既可以行使GP的權力，又可以再做合伙企業的LP。除此之外，如果未來更換GP，也不必修改君瀚合伙和君澳合伙的合伙協議，僅在云鉑公司層面更換股東即可。
那么，為什么馬云要設立兩個合伙企業君瀚和君澳呢？如果對螞蟻金服股權結構繼續追蹤就會發現，云鉑公司做GP的合伙企業可不止君瀚和君澳兩個，還有君潔合伙、君濟合伙。
二、不同投資主體出資階段的稅負分析
《公司法》第二十七條第一款：“【出資方式】股東可以用貨幣出資，也可以用實物、知識產權、土地使用權等可以用貨幣估價并可以依法轉讓的非貨幣財產作價出資；但是，法律、行政法規規定不得作為出資的財產除外。”第二款：“對作為出資的非貨幣財產應當評估作價，核實財產，不得高估或者低估作價。法律、行政法規對評估作價有規定的，從其規定。”從上述規定不難看出，股東出資除貨幣外，還包括實物、無形資產等可以依法轉讓的其他財產。無論是哪種投資主體作為股東，在保證資金來源合法的前提下，以貨幣方式出資的，除印花稅外均沒有稅收負擔；以財產形式出資的（以下統稱為“非貨幣性資產”），涉及先轉讓再投資兩個過程，需要對資產出資時的稅負進行分析。
（一）增值稅稅負
財稅〔2016〕36號《財政部、國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》第一條，在中華人民共和國境內（以下稱境內）銷售服務、無形資產或者不動產（以下稱應稅行為）的單位和個人，為增值稅納稅人，應當按照本辦法繳納增值稅，不繳納營業稅。[7]無論股東身份為自然人、合伙企業還是有限公司，在用非貨幣性資產對外投資時，轉讓環節屬于增值稅的征稅范圍，均要按照規定繳納增值稅。但同時需要注意到，用非貨幣性資產投資，是股東將自己的資產投資成立新公司，并沒有真正出售并取得對價的過程，所以為了鼓勵大家創業發展，國家關于非貨幣性資產投資時的增值稅出臺了相應優惠政策：
第一個優惠政策，國家稅務總局公告2011年第13號，納稅人在資產重組過程中，通過合并、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力一并轉讓給其他單位和個人，不屬于增值稅的征稅范圍，其中涉及的貨物轉讓，不征收增值稅。[8]
第二個優惠政策，財稅〔2016〕36號《營業稅改征增值稅試點有關事項的規定》第一條（二）不征收增值稅項目：“5.在資產重組過程中，通過合并、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力一并轉讓給其他單位和個人，其中涉及的不動產、土地使用權轉讓行為。”[9]
第三個優惠政策，財稅〔2016〕36號《營業稅改征增值稅試點過渡政策的規定》第一項，下列項目免征增值稅：“（二十六）納稅人提供技術轉讓、技術開發和與之相關的技術咨詢、技術服務。上面三個優惠政策文件，投資人在進行投資時，可以適用不征稅或免稅政策，可以減輕投資人在投資階段的增值稅負擔。”
（二）所得稅稅負分析
《企業所得稅法實施條例》第十二條第二款：“企業所得稅法第六條所稱企業取得收入的非貨幣形式，包括固定資產、生物資產、無形資產、股權投資、存貨、不準備持有至到期的債券投資、勞務以及有關權益等。”[10]財稅〔2015〕41號第五條：“ 本通知所稱非貨幣性資產，是指現金、銀行存款等貨幣性資產以外的資產，包括股權、不動產、技術發明成果以及其他形式的非貨幣性資產。”[11]
以非貨幣性資產進行投資應當如何處理？《企業所得稅法實施條例》第二十五條：“企業發生非貨幣性資產交換，以及將貨物、財產、勞務用于捐贈、償債、贊助、集資、廣告、樣品、職工福利或者利潤分配等用途的，應當視同銷售貨物、轉讓財產或者提供勞務。”財稅〔2015〕41號第一條：“ 個人以非貨幣性資產投資，屬于個人轉讓非貨幣性資產和投資同時發生。對個人轉讓非貨幣性資產的所得，應按照“財產轉讓所得”項目，依法計算繳納個人所得稅。”無論是公司還是自然人，以非貨幣性資產對外投資取得股權，均要視同銷售計算繳納所得稅。
在非貨幣性投資階段，兩類主體均有相對應的稅收優惠政策可以適用。財稅〔2014〕116號第一條：“一、 居民企業（以下簡稱企業）以非貨幣性資產對外投資確認的非貨幣性資產轉讓所得，可在不超過5年期限內，分期均勻計入相應年度的應納稅所得額，按規定計算繳納企業所得稅。”[12]財稅〔2015〕41號第三條：“ 個人應在發生上述應稅行為的次月15日內向主管稅務機關申報納稅。納稅人一次性繳稅有困難的，可合理確定分期繳納計劃并報主管稅務機關備案后，自發生上述應稅行為之日起不超過5個公歷年度內（含）分期繳納個人所得稅。”對企業而言，非貨幣性資產投資，可以適用“均分五年”繳納企業所得稅的稅收優惠政策；對自然人而言，可以適用“五年分期”繳納個人所得稅。但從目前稅收文件看，尚無關于合伙企業以非貨幣性資產投資相關的稅收優惠政策出臺。
（三）其他一些需要了解的稅收優惠政策
無論是對公司（包括合伙企業）還是自然人而言，對非貨幣性資產的規定雖略有不同，但作為最常見的房產所有權、土地使用權，均屬于非貨幣性資產。而該兩項資產在轉讓時會有土地增值稅和契稅的征稅規定，尤其是房產價值，會隨著時間的推移，出現大幅升值現象，如果在投資階段就征收土地增值稅，對投資者而言，將會是非常大的稅收負擔。近期，國家稅務總局相繼出臺了關于房產、土地投資的稅收優惠政策，值得投資者關注：財政部、稅務總局公告2021年第21號第四條：“單位、個人在改制重組時以房地產作價入股進行投資，對其將房地產轉移、變更到被投資的企業，暫不征土地增值稅。”[13]財政部、稅務總局公告2021年第17號第六條資產劃轉，第二款：“同一投資主體內部所屬企業之間土地、房屋權屬的劃轉，包括母公司與其全資子公司之間，同一公司所屬全資子公司之間，同一自然人與其設立的個人獨資企業、一人有限公司之間土地、房屋權屬的劃轉，免征契稅。”第三款：“母公司以土地、房屋權屬向其全資子公司增資，視同劃轉，免征契稅。”[14]
三、不同投資主體經營中的稅負差異分析
投資者在設立公司時，通常需要考慮的因素較多，首先是控制權設計的考慮，是51%相對控股還是67%的絕對控股，這是股東最初博弈的結果；其次是投資主體的確定，是以自然人、合伙企業還是有限公司作為股東，該種設計多半是從公司穩定性或稅收角度進行了思考；第三，有些身份敏感人員會通過股權代持方式簡接持有目標公司股權，以達到參與投資的目的。上述幾種情況，一旦投資主體確定，也即股權架構確定后，在公司經營甚至在股權轉讓過程中，不同投資主體將會有不同的稅負差異。
（一）股權持有期間分紅的稅負差異
自然人直接進行工商注冊登記，成為有限公司的股東，在我國公司股權架構中十分常見。為便于對未分配利潤進行計算，本節的企業所得稅均按照25%的稅率繳納（暫不考慮小微企業、高新技術企業、特殊地區等有企業所得稅稅率優惠的情形）。《個人所得稅法》第三條，個人所得稅的稅率：（三）利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。[15]也即企業要將當年的利潤中的25%繳納企業所得稅，再將剩余未分配利潤按照20%稅率代扣代繳個人所得稅后分配給自然人股東，自然人股東取得分紅的整體稅負為40%。
雖然通過股權穿透，作為股東的有限公司的最終投資人也是自然人，但此時對于有多種經營業務類型的自然人股東而言，以有限公司作為目標公司股東，更有利于資金的靈活應用。《企業所得稅法》第二十六條，企業的下列收入為免稅收入：（二）符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益。[16]也就是說，作為股東的有限公司（須為居民企業）從目標公司取得的分紅，是免稅收入，可以利用分紅款進行再投資。若自然人股東取得分紅后再投資，在取得分紅的時候是需要先繳納20%的個人所得稅，對于有再投資需求的自然人股東而言，顯然以有限公司作為目標公司股東的稅負更低。
財稅〔2008〕159號第三條，具體應納稅所得額的計算按照財稅〔2000〕91號及財稅〔2008〕65號的有關規定執行。[17]財稅〔2000〕91號第五條，個人獨資企業的投資者以全部生產經營所得為應納稅所得額；合伙企業的投資者按照合伙企業的全部生產經營所得和合伙協議約定的分配比例確定應納稅所得額，合伙協議沒有約定分配比例的，以全部生產經營所得和合伙人數量平均計算每個投資者的應納稅所得額。[18]國稅函〔2001〕84號第二條，關于合伙企業對外投資分回利息、股息、紅利的征稅問題：以合伙企業名義對外投資分回利息或者股利、紅利的，應按 《通知》所附規定的第五條精神確定各個投資者的利息、股利、紅利所得，分別按“利息、股息、紅利所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。[19]從上述三個文件可以看出，雖然以合伙企業名義投資目標取得分紅，也是按照“利息、股息、紅利所得”的20%繳納個人所得稅，看上去對合伙企業的合伙人稅負相同，但是合伙企業可以按照合伙協議對分紅的具體分配比例進行約定，有利于滿足不同合伙人對分紅比例的不同要求。
（二）股權轉讓時的稅負差異
無論是何種形式的投資主體，其在轉讓目標公司股權時，均不是增值稅的征稅范圍，不征收增值稅。
《企業所得稅法實施條例》第十六條，企業所得稅法第六條第（三）項所稱轉讓財產收入，是指企業轉讓固定資產、生物資產、無形資產、股權、債權等財產取得的收入。也即有限公司轉讓所持有目標公司股權應當作為轉讓財產收入，并入企業的收入總額，計算繳納企業所得稅。但稅法對企業轉讓目標公司股權明顯偏低是否可以由主管稅務機關核定未作明確規定。國稅函〔2010〕79號第三條：“ 關于股權轉讓所得確認和計算問題。企業轉讓股權收入，應于轉讓協議生效、且完成股權變更手續時，確認收入的實現。轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后，為股權轉讓所得。企業在計算股權轉讓所得時，不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額。”[20]國家稅務總局公告2011年第34號第五條，投資企業撤回或減少投資的稅務處理。投資企業從被投資企業撤回或減少投資，其取得的資產中，相當于初始出資的部分，應確認為投資收回；相當于被投資企業累計未分配利潤和累計盈余公積按減少實收資本比例計算的部分，應確認為股息所得；其余部分確認為投資資產轉讓所得。[21]上述兩個文件，進一步明確有限公司股權轉讓的收入確認、可扣除及不可扣除等事項，實務中具有較強的可操作性。
自然人股東轉讓股權，應當按照《個人所得稅法》中關于財產轉讓稅目，適用20%稅率計算繳納個人所得稅。針對實踐中經常出現的實際交易價格與備案價格不一致的情形，國家稅務總局公告2014年第67號第十條，股權轉讓收入應當按照公平交易原則確定。第十一條，符合下列情形之一的，主管稅務機關可以核定股權轉讓收入:（一）申報的股權轉讓收入明顯偏低且無正當理由的；（二）未按照規定期限辦理納稅申報，經稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的；（三）轉讓方無法提供或拒不提供股權轉讓收入的有關資料；（四）其他應核定股權轉讓收入的情形。[22]上述文件要求，個人需要按照公允價格轉讓股權，在扣除股權原值和必要費用后，繳納個人所得稅。若是明顯低價且無正當理由，稅務機關可以核定股權轉讓價格，從而確定應繳納稅費。
合伙企業作為股東進行持股，轉讓其持有公司股權取得股權轉讓所得時，根據稅總稽便函2018年88號文規定，以及現行個人所得稅法規定，合伙企業的投資者為其納稅人，合伙企業轉讓股權所得，應按照 '先分后稅 '原則，按照合伙企業的全部生產經營所得和合伙協議約定的分配比例確定合伙企業投資者的應納稅所額，比照 '個體工商戶生產經營所得 '項目，適用 5%-35%的超額累進稅率征稅。[23]此外，國家稅務總局于2018年第三季度針對合伙企業發生股權轉讓行為的自然人個稅征收作了明確的政策解讀。該政策發布后，各地方政府關于合伙企業轉讓股權所得的個稅問題逐步統一了口徑。但同時，該政策的實施致使創投企業稅負加重，嚴重影響到新創公司的投資環境，為此，財政部、稅務總局、發展改革委、證監會于2019年1月針對創投企業個人合伙人所得稅問題發布財稅〔2019〕8號文件，規定創投企業選擇按單一投資基金核算的，其個人合伙人從該基金應分得的股權轉讓所得和股息紅利所得，按照20%稅率計算繳納個人所得稅。[24]創投業選擇按年度所得整體核算的，其個人合伙人應從創投企業取得的所得，按照“經營所得”項目、5%-35%的超額累進稅率計算繳納個人所得稅。[25]稅法關于合伙企業轉讓股權所得時應當按照經營所得適用5%-35%稅率繳納個人所得稅，稅負明顯過高，但仍然有很多公司選擇使用合伙企業作為股東，其中的優勢已經在前文進行分析，此處不再贅述。
（三）典型案例分析
由于稅收文件多以財政部和國家稅務總局名義對某一涉稅事項進行規定，文件數量多、內容廣、時效性強。很多投資者由于缺少專業稅務律師的指導，往往對文件的理解存在偏差，導致實際發生的結果與預期相差較大，多年經營成果沒有得到應有的投資回報，追悔莫及。
【案例】 國家稅務總局廣州市從化區稅務局鰲頭稅務所丙令限期改正通知書（穗從鰲稅限改〔2021〕1號）鄧灼標：你（單位）2019年9月轉讓廣東春盛生物科技發展有限公司和廣州春盛生物研究院有限公司股權事項的納稅申報，實施了不具有合理商業目的的安排而獲取了不當稅收利益。根據《中華人民共和國個人所得稅法》第八條規定，個人實施其他不具有合理商業目的的安排而獲取不當稅收利益的，稅務機關有權按照合理方法進行納稅調整，需要補征稅款的，應當補征稅款，并依法加收利息。請你（單位）自收到本通知書之日起15日內重新辦理2019年轉讓廣東春盛生物科技發展有限公司和廣州春盛生物研究院有限公司股權事項的納稅申報。[26]
筆者通過公開資料查詢得知，本次股權轉讓是經過提前稅務籌劃后進行的，主要是想利用稅收洼地個人獨資企業經營所得核定征收的稅務處理方式，個人獨資企業對外投資，股權轉讓時可以按照經營所得，核定應稅所得率，從而大大降低股權轉讓時的個人所得稅。
通過對相關公示信息查詢及各關聯公司的股權結構可以推導出，本次股權轉讓中的稅務籌劃主要分為三步：
第二步，鄧灼標以平價將以個人名義持股的兩家公司股權轉讓給蘇州康路生物科技有限公司
第三步，收購人溢價收購股權，原持有人套現離場，稅負核定。
本次股權轉讓的實質是：藥明康德公司看好鄧灼標所持有的2家公司發展前景，通過收購其股權達到控制目的，正常情況下藥明康德會直接和鄧灼標個人簽訂股權轉讓協議，直接支付股權轉讓款給鄧灼標，同時從股權轉讓款中代扣代繳個人所得稅。股權轉讓后，藥明康德公司直接持有廣東春盛生物科技有限公司和廣州春盛生物研究院有限公司的股權。由于藥明康德公司看好鄧灼標持有的2家公司發展前景，必然會溢價購買。如果直接轉讓，對于鄧灼標而言，會有增值部分20%的個人所得稅，稅負相對較重。所以就想利用一些優惠政策來降低稅負，進而有了在稅收洼地來賓市成立可以核定的個人獨資企業作為股權轉讓中間環節，以便更好地利用稅收優惠。
本次股權轉讓存在的問題：三個步驟的操作間隔時間過短，鄧灼標設立兩個獨資企業、兩個獨資企業又設立蘇州康路公司、鄧灼標將持有的兩個公司的股權轉讓給蘇州康路公司、蘇州藥明康德公司收購兩個獨資企業持有的蘇州康路公司股權，前后一共2個月時間，兩次股權轉讓，間隔過短，不太符合常理。所以才會被稅務機關認定為實施了不符合商業目的的安排而獲取了不當稅收利益，要求重新進行納稅申報，原本可以按20%稅率繳納個人所得稅，因為稅務籌劃的失敗，不僅沒有省稅，還要按照經營所得35%的稅率繳納個人所得稅，損失慘重。
四、結語
近年來，國家為了支持民營經濟的發展，實施了多種稅收優惠政策，公司在合理運用稅收優惠政策、設計股權結構時一定要考慮自身的經營情況，認真掌握稅收文件出臺的背景，切不可望文生意，防止因為稅收優化設計的不規范操作而被稅務機關查處補繳稅金和滯納金，嚴重的甚至還可能面臨刑事責任。本文僅分析了有限責任公司不同投資主體在不同階段的稅負，實務中的稅負問題通常會更加復雜，如對于新三板公司、上市公司、高新技術企業、非居民企業等不同類型的企業，還存在其他不同的稅務規定。同時，納稅人、扣繳義務人、納稅地點、納稅義務發生時間等因素也需要進行綜合考慮，最終達到在合法納稅前提下使投資者利益最大化。
