單細胞研究如火如荼，必不可少的就是看文獻。小編給大家整理了各大期刊六月發表的單細胞研究相關文獻，希望能給大家帶來靈感。
以下文章按照影響因子從高到低進行排列：
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IF:43
文章標題：Cellular crosstalk in the development and regeneration of the respiratory system
發表期刊：NAT Rev Mol cell Biol
影響因子：43.351
PMID：31217577
發表時間：2019 Jun 19
摘要：呼吸系統（包括周圍肺、大氣道和氣管）是陸地生命的最近適應進化之一。為了支持呼吸氣體的交換，呼吸系統和心血管系統是相互聯系的，而這種相互聯系本質上需要多種細胞類型之間的復雜相互作用。
直到最近，這種復雜性已經阻礙了我們理解呼吸系統如何發展并適應產后傷害以維持動態平衡。新的單細胞測序技術的出現、細胞和組織成像技術的發展以及細胞譜系追蹤技術的進步已經開始填補這一空白。從這些研究中得出的觀點是：呼吸系統的細胞和功能異質性甚至大于預期，且具有高度的適應性。
在這篇綜述中，作者探索了協調呼吸系統發育和再生的細胞串擾，討論了經典的細胞與發育生物學研究和最近的單細胞分析，以提供一個完整的理解：cellular niches如何控制呼吸系統的發展，與外部環境相互作用，并對傷害作出反應。
2
IF:43
文章標題：Individual brain organoids reproducibly form cell diversity of the human cerebral cortex
發表期刊：Nature
影響因子：43.07
PMID：31168097
發表時間：2019 Jun 05
摘要：為了對人腦的發展和疾病有基本的了解，需要建立人腦的實驗模型。人腦的類器官（organoids）在這方面有著前所未有的希望；然而，其卻被類器官-類器官的高度變異所困擾。這使得人們懷疑人類大腦的發育過程是否可以在胚胎發生的背景之外發生，其可重復性程度與內源性組織相當。作者在文中證明，前腦背側的類器官模型能夠可靠地生成豐富的適合人類大腦皮層的細胞類型。作者對從21個單個類器官中分離出來的166,242個細胞進行了單細胞RNA測序(scRNA–seq)分析，發現95%的類器官產生了幾乎無法區分的細胞類型簡編，遵循著類似的發育軌跡，具有與個體內源性大腦相似程度的類器官-類器官的可變性。此外，來源于不同干細胞系的類器官在所產生的細胞類型中表現出一致的重復性。這些數據表明，中樞神經系統復雜細胞多樣性的可重復發展不需要胚胎的背景，并且終末細胞身份的建立是一個高度受限的過程，可以從不同的干細胞起源和生長環境中產生。
3
IF:41
文章標題：Obesity remodels activity and transcriptional state of a lateral hypothalamic brake on feeding
發表期刊：Science
影響因子：41.037
PMID：31249056
發表時間：2019 Jun 28
摘要：當前的肥胖流行是全球主要關注的健康問題。盡管人們一致認為大腦調節能量穩態，但控制肥胖的神經適應機制尚不清楚。采用高通量單細胞RNA測序和縱向體內雙分子鈣成像相結合的方法，作者觀察了肥胖小鼠模型中下丘腦外側區（LHA）的功能變化。LHA是一個高度保守的大腦區域，負責調節飲食。LHA谷氨酸能神經元的轉錄譜受肥胖影響，表現出神經元活動的改變。在整個肥胖過程中跟蹤個體LHA谷氨酸能神經元的編碼特性，發現出現大大減弱的獎賞反應。這些數據表明，飲食如何擾亂內源性進食抑制系統的功能，從而促進過量進食和肥胖。
4
IF:26
文章標題：Cross-species single-cell analysis of pancreatic ductal adenocarcinoma reveals antigen-presenting cancer-associated fibroblasts
發表期刊：Cancer Discov
影響因子：26.37
PMID：31197017
發表時間：2019 Jun 13
摘要：癌癥相關的成纖維細胞(CAFs)是胰腺導管腺癌(PDAC)進展和耐藥的主要因素。作者通過單細胞RNA測序（scRNA-seq）將CAFs分為三個不同的亞群（myCAFs、iCAFs、apCAFs），確定每個亞群的特定功能和特征。文中證實了肌纖維母細胞CAFs(myCAFs)和炎癥性CAFs(iCAFs)的存在，并定義了它們在體內的獨特基因特征。此外，作者還描述了一種表達MHCⅡ類基因和CD 74基因、但不表達經典的共刺激分子的新的CAFs。作者將此細胞群命名為抗原呈遞CAFs(apCAFs)，并發現在模型系統中以抗原特異性方式激活CD4 + T細胞，證實了它們被推測的免疫調節能力。總之，作者的跨物種分析為研究PDAC免疫和進展中CAF亞型的不同功能鋪平了道路。
5
IF:23
文章標題：The immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis
發表期刊：Nat Immunol
影響因子：23.53
PMID：31209404
發表時間：2019 Jun 17
摘要：狼瘡性腎炎是一種潛在致命的自身免疫性疾病，目前的治療不僅無效，且往往有毒。為了建立疾病的機制假說，作者對狼瘡性腎炎患者和健康對照受試者的腎臟樣本進行了單細胞RNA測序分析(scRNA-seq)，揭示了21個活躍在疾病中的白細胞亞群。我們發現B細胞局部活化與年齡相關的B細胞特征有關的證據和腎臟內單核細胞分化進展階段的證據。
在大多數細胞中觀察到明顯的干擾素應答。兩種趨化因子受體CXCR 4和CX3CR1被廣泛表達，暗示了其在細胞販運中可能起到重要作用。尿液和腎臟免疫細胞的基因表達高度相關，這表明尿液可能成為腎活檢的替代品。
6
IF:23
文章標題：Transcriptional dynamics of pluripotent stem cell-derived endothelial cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing
發表期刊：Eur Heart J
影響因子：23.239
PMID：31242503
發表時間：2019 Jun 26
摘要：多能干細胞衍生內皮細胞產物對缺血性血管疾病具有治療潛力。然而，促使內皮細胞從多能分化和細胞規格分化的因素在很大程度上尚不清楚。本研究的目的是利用單細胞RNA測序(scRNA-seq)來描繪人類胚胎干細胞衍生內皮細胞(hESC-EC)定向分化的轉錄狀況和細胞動力學，并將這些細胞與來自不同血管床的成熟內皮細胞進行比較。
作者采用一種高效的定向8天分化方案產生hESC衍生的內皮細胞產物(hESC-ECP)，其中66%的細胞共同表達CD31和CD144。作者分別在第0天和第4天觀察到了大量均一的hESC和中胚層群體，隨后快速出現了明顯的內皮細胞和間充質細胞。偽時間軌跡識別了內皮細胞分化過程中內皮細胞定型和成熟的轉錄特征。使用第二株hESC細胞系RC11和另一種hESC-EC分化方案，通過scRNA-seq分析證實了轉錄信號的一致性。共有105,727個細胞進行了scRNA-seq分析。全局轉錄組比較揭示了hESC-EC的轉錄結構，其不同于新鮮分離、培養的人內皮細胞和器官特異性內皮細胞。
作者確定了血管細胞和間充質細胞的轉錄分叉，以及支持定型和成熟的新的轉錄特征。hESC-ECP的轉錄結構不同于成熟人EC和胎兒EC。
7
IF:23
文章標題：Single Cell Analysis of the Normal Mouse Aorta Reveals Functionally Distinct Endothelial Cell Populations
發表期刊：Circulation
影響因子：23.054
PMID：31146585
發表時間：2019 May 31
摘要：形成動脈壁的細胞會導致多種血管疾病，而這些細胞群的細胞異質性程度尚未得到充分的表征。單細胞RNA測序的最新進展使得識別和表征細胞亞群成為可能。本文驗證了一種在正常血管中生成基于液滴的基因表達單細胞圖譜的方法，通過酶解四只完整的小鼠主動脈后，對10,000多個細胞進行單細胞測序。通過對主動脈細胞基因表達的聚類分析，確定了代表每一種主要動脈細胞類型的10個細胞亞群：成纖維細胞、血管平滑肌細胞(VSMCs)、內皮細胞(ECs)和免疫細胞（包括單核細胞、巨噬細胞和淋巴細胞）。最顯著的細胞異質性出現在3種不同的EC群體中。對這些EC亞群的基因集進行富集分析發現了1個淋巴管EC簇和另外2個更專門進行脂蛋白處理、血管生成和細胞外基質生成的細胞群。這些亞群在對西式飲食的反應中持續存在并表現出類似的基因表達變化。Vcam1和Cd36的免疫熒光證實了整個主動脈EC亞群的區域異質性。作者提出了主動脈中所有細胞的綜合單細胞圖譜。與傳統方法相比，作者通過整合每個細胞1,900多個基因的表達，更好地描述了細胞的異質性。
8
IF:22
文章標題：Single-Cell RNA Sequencing of the T Helper Cell Response to House Dust Mites Defines a Distinct Gene Expression Signature in Airway Th2 Cells
發表期刊：Immunity
影響因子：21.522
PMID：31231035
發表時間：2019 Jun 14
摘要：初始CD4+T細胞分化為功能多樣的T輔助(Th)細胞亞群。Th2細胞在哮喘中起著致病作用，但缺乏對其轉錄譜清晰的描述。作者對過敏性氣道疾病的房塵螨（HDM）模型中的淋巴結，肺和氣道的T輔助細胞進行了單細胞RNA測序（scRNA-seq）。scRNA-seq解析了初始CD4 +T，Th1，Th2，調節性T（Treg）細胞和CD4+T細胞群對I型干擾素的應答。Cd200r1, Il6, Plac8, Igfbp7等基因在氣道中的Th2細胞富集轉錄，它們的mRNA表達譜得到染色質可及性分析和流式細胞儀分析結果的支持。與脂代謝相關的通路在Th2細胞中得到富集，糖和脂代謝的作用得到關鍵代謝通路抑制劑的實驗支持。
9
IF:21
文章標題：Sensory lesioning induces microglial synapse elimination via ADAM10 and fractalkine signaling.
發表期刊：Nat Neurosci
影響因子：21.126
PMID：31209379
發表時間：2019 Jun 17
摘要：小膠質細胞可迅速響應神經活動和炎癥的變化來調節突觸連接。細胞外信號，特別是神經元衍生分子，在突觸中驅動這些小膠質細胞的功能仍然是一個關鍵的開放性問題。作者在文中表示已知抑制皮質活動的晶須損傷誘導小膠質細胞介導的突觸消除。這種突觸消除依賴于小膠質細胞的受體Cx3cr1?/?的信號傳遞，而不依賴補體受體3。此外，缺乏Cx3cl1的小鼠在消除突觸方面存在嚴重缺陷。單細胞RNA測序（scRNA-seq）顯示Cx3cl1來自皮質神經元，ADAM10是一種將CX3CL1切割成分泌形式的金屬蛋白酶，在晶須損傷后特異性地在IV層神經元和小膠質細胞中上調。最后，ADAM 10抑制Cx3cr1?/?和Cx3cl1?/?突觸消除缺陷。這些結果共同確定了大腦皮層突觸重塑所必需的神經元-小膠質細胞信號，并揭示了利用背景依賴性免疫機制來重塑哺乳動物大腦中的突觸。
