東廠的職能是“訪謀逆妖言大奸惡等，與錦衣衛均權勢”。一人掌理，委以緝訪刺探的大權。起初，東廠只負責偵緝、抓人，并沒有審訊犯人的權利，抓住的嫌疑犯要交給錦衣衛北鎮撫司審理；但到了明末，東廠也有了自己的監獄。
東廠監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，并有權將監視結果直接向皇帝匯報。依據監視得到的情報，對于那些地位較低的政治反對派，不經司法審判，東廠可以直接逮捕、審訊；而對于擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權后也能夠對其執行逮捕、審訊。
東廠入內即擺設大幅岳飛畫像，提醒東廠緹騎辦案毋枉毋縱。東廠的首領稱為東廠掌印太監也稱廠公或督主，是宦官中僅次于司禮監掌印太監的第二號人物。通常以司禮監秉筆太監中位居第二、第三者擔任，其官銜全稱為“欽差總督東廠官校辦事太監”，簡稱“提督東廠”。
除此以外，設掌班、領班、司房四十多人，由錦衣衛撥給，分為子丑寅卯十二顆，顆管事戴圓帽，著皂靴，穿褐衫。其余的人靴帽相同，但穿直身。
具體負責偵緝工作的是役長和番役，役長相當于小隊長，又叫“檔頭”，共有一百多人，也分子丑寅卯十二顆，一律戴尖帽，著白皮靴，穿褐色衣服，系小絳。役長各統帥番役數名，番役又叫“番子”，又叫“干事”，這些人也是由錦衣衛中挑選的精干分子組成。
東廠不僅在機構及人員配置上更加精干合理，而且在偵緝行動上制訂了相當嚴密的制度。如每月初一東廠都要集中布置當月的偵緝工作，廠役在東廠內抽簽決定所負責的地盤。在文獻記載中可以發現，東廠廠役的工作種類都有特殊的名稱。例如監視朝中各部官員會審大獄及錦衣衛拷訊罪犯者名為“聽記”，在各處地方官府訪緝者名為“坐記”，還有某位官員有何舉措，或某城門捕得要犯，胥吏記錄上報東廠者名為“打事件”。
東廠常用的刑具有18套，什么夾棍、腦箍、攔馬棍、釘指等等都包括其內。其中有一項刑罰叫做“杖刑”，特務對于“杖刑”的執行非常有講究，對一般的犯人行刑官只說“打著問”，意思是不必太重；要求打重一些的，就說“好生打著問”；要求狠狠打，不論死活的就說“好生著實打著問”。一般來說，只要犯人被抓進來，18種刑具都要受過一遍。
