五指毛桃根有健脾化濕，行氣止痛，除痰止咳的功效。其藥性微溫，味辛甘，因其有行氣止痛的作用，可用作治療肝硬化腹水，慢性肝炎，肝胃作痛等癥狀。健脾化濕之功便可用作治療水腫，風濕性關節炎等病癥。除痰止咳的作用最適合治療勞傷咳嗽之癥。可單用干根1~2兩，水煎服。
亦可配伍其它藥材一起用，如：五指毛桃根25克，麥門冬25克，十大功勞葉15克，白茅根50克，石菖蒲10克。這樣配伍便可治療慢性支氣管炎，每日1劑，水煎分兩次服。
五指毛桃根也是食療養生的好藥材，有補氣升陽的作用，因此民間常用五指毛桃根代替北芪。用土雞一只（約2.5斤）配五指毛桃根50克，千斤拔25克，黨參15克，紅棗6枚，一起燉湯服用，既強壯身體，提高免疫力，又味美好喝。
