由《財政部國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》財稅[1995]48號文件第一條規定：對于以房地產進行投資聯營的，投資聯營的一方以土地(房地產)作價入股進行投資或作為聯營條件，將房地產轉讓到所投資、聯營的企業中時，暫免征收土地增值稅。對投資、聯營企業將上述房地產再轉讓的，應征收土地增值稅。
根據上述規定，公司將接受投資的土地再轉讓的話就應該繳納土地增值稅，問題是在計算土地增值稅的扣除項目時，可扣除的土地使用權價款是按接受投資時作價價款還是按投資方購入土地使用權時支付價款?
目前，實務中有很多種觀點，有人認為，因為投資環節免了土地增值稅，再轉讓時扣除的土地成本也只能是投資方原購入土地的成本，也就是第一個環節免征的土地增值稅在這一環節應補回;另一種觀點則認為，接受投資的土地再轉讓雖然應該繳納土地增值稅，但可扣除的土地成本應該是土地的投資作價，而不是投資方購入土地使用權時支付原始成本。這樣，在第一個環節免的稅，就不必再第二個環節補回。
我們認為，第二種理解是正確的。因為，投資環節免征土地增值稅是國家明文規定的，其享受政策的主體是投資方。而第二個環節納稅的主體是被投資企業，被投資企業接受土地投資已付出了相應的對價(土地評估作價換取的投資份額)，如果在征稅時不允許其按投資作價扣除成本，只允許扣除投資者原始購買成本的話，就會導致原來投資方享受的稅收減免，又由被投資方交回去了，這顯然是不合理的，因為這樣勢必侵犯了被投資方其他股東的利益，所以不應該是這種理解。
事實上，此問題國家稅務總局在2009/06/04日曾做出過答復，根據《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》(財法字[1995]6號)規定：“第七條條例第六條所列的計算增值額的扣除項目，具體為：
(一)取得土地使用權所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用。根據上述規定，在計算土地增值稅的扣除項目時，可扣除的土地使用權價款是按接受投資時作價價款和按國家統一規定交納的有關費用。
所以，接受投資的公司在計算土地轉讓環節土地增值額時，可扣除的土地價款應為接受土地投資時的作價，及評估價。
