一、什么是土地增值稅的合作建房？
合作建房是指一方出地，一方出資金，雙方共同取得土地使用權，共同完成房地產開發全部流程，共擔風險，即通常所指的雙抬頭。對于一方出地，一方出資金，雙方共同成立項目公司從事房地產開發的行為；或是如一方收取固定利益，不承擔責任和風險的則不屬于合作建房。
二、合作建房的項目清算主體是誰？
根據國務院令第138號第二條：轉讓國有土地使用權、地上的建筑物及其附著物（以下簡稱轉讓房地產）并取得收入的單位和個人，為土地增值稅的納稅義務人（以下簡稱納稅人），應當依照本條例繳納土地增值稅。因此對于以合作雙方的名義共同立項，建成后按約定比例分房的，應當分別作為納稅主體。
三、土地增值稅清算處理不同意見探討
根據財稅字〔1995〕48號 第二條，關于合作建房征免的問題：對于一方出地，一方出資金，雙方合作建房，建成后按比例分房自用的，暫免征收土地增值稅；建成后轉讓的，應征收土地增值稅。
這里只說明了分得房屋后再轉讓的情形需要繳納土地增值稅。那么具體怎么繳？合作各方的可扣除項目包括哪些并沒有說。目前流行有兩種觀點，以分房環節和銷售環節發生的賬務及土增稅處理分別闡述。如下：
觀點一
出地方：分房環節，視同實現部分土地使用權的銷售，以分得房屋公允價值確認收入，以賬面全部土地成本為成本，按轉讓土地使用權計算征收土地增值稅。銷售環節，以實際銷售收入確認收入，原分回房屋的入賬價值為房屋取得成本，按轉讓舊房屋及建筑物計算征收土地增值稅。前后共要交兩次土地增值稅。
出資方：分房環節，分出部分房屋視同銷售，結轉分出部分房屋開發成本的賬面成本，以換出房屋的公允價確認為土地使用權成本。銷售環節正常確認收入，以分房環節確認的土地使用權成本再加上分得房屋比例部分確認的建安成本。按銷售開發產品的相關規定交納土地增值稅。
筆者分析：贊成此觀點的應當是視同出地方將土地使用權全部轉讓給了出資方，由出資方全權負責開發。那么此種情況應滿足的條件是出資方具有房地產開發資格。此種方法處理多數情況下增加了出地方的稅收負擔，減少了出資方的稅收負擔。
與此觀點一致的地方性文件：穗地稅函[2010]170號（已全文廢止且無相關延續性文件）第十二條，對于以下合作建房形式開發房地產項目的，如何確認有關收入和扣除項目金額問題（一）一方出地、一方出資合作開發房地產項目，雙方不成立合營企業，合作中出地方以轉讓部分土地使用權（房地產）為代價，換取部分房地產所有權，出資方以轉讓部分房地產所有權為代價，換取部分土地使用權（房地產）。對于上述出地方以轉讓部分土地使用權（房地產）為代價，換取部分房地產所有權的，按“187號文”第三條第一項確認收入，對于出資方以轉讓部分房地產所有權為代價，換取部分土地使用權（房地產）的，按“187號文”第三條第一項分別確認收入和取得部分土地使用權所支付金額。
觀點二
出地方：分房環節，同樣也視同部分土地使用權換房子，但不確認收入，將交換房屋部分的土地使用權歷史成本直接轉為房產開發成本，且不需要繳納土地增值稅。再銷售環節，正常確認收入，以賬面的土地使用權價值、開發成本等按銷售開發產品的相關規定交納土地增值稅。
出資方：分房環節僅將交換房屋部分建安成本轉為土地使用權取得成本，銷售環節正常確認收入，以賬面的土地使用權成本、建安成本等按銷售開發產品的相關規定交納土地增值稅。
筆者分析：贊成此觀點的應是視同一方出地、一方出資，雙方共同出力一起合作開發。視同雙方共享資源，各自開發各自比例的房屋，建成后分別確權到各自名下。以歷史成本計量可扣除成本。
與此觀點一致的地方性文件：渝地稅發[2011]221號（已全文廢止且無相關延續性文件）第四條，關于合作建房的征免稅問題
對一方出部分土地，一方出資金，雙方合作建房的，適用以下征免規定：
（一）對出土地方按合作建房的約定轉移土地權屬的，暫免征收土地增值稅。
（二）對房屋建成后，按約定比例房屋初始確權仍為出土地方和出資金方的，不屬于土地增值稅征管范圍，不征收土地增值稅。
（三）對出土地方房屋初始確權后再轉讓的，應按規定征收土地增值稅，同時將合作建房時轉讓出的土地歷史成本調整為房屋建造成本，按規定予以計算扣除。
（四）對出資金方房屋初始確權后再轉讓的，應按規定征收土地增值稅，同時將合作建房時發生的還建房支出調整為取得土地使用權支付的地價款，按規定予以計算扣除。
（五）對按照合作建房約定進行了價款結算支付的，出土地方和出資金方應按結算支付或收到的價款，相應調整其房屋建造成本和取得土地使用權支付的地價款。
《濟南市土地增值稅清算工作指南（試行）》（已失效且無相關延續性文件）第十三條關于合作建房的土地增值稅征免稅問題
（一）對一方出土地，一（多）方出資金，不成立合營企業，并同時滿足以下條件的合作建房行為，在進行土地增值稅清算時適用本條第二款的規定：
1、合作建房各方需簽署合作建房協議并以合作各方名義共同辦理合建審批手續；
2、合作建房各方需依法共同辦理國有土地使用權權屬變更登記；
3、合作建房各方至少有一方應該具有房地產開發經營資質。
（二）對于同時滿足本條第一款所列條件的合作建房，按以下規定進行土地增值稅稅務處理：
1、建成后按合作協議各自辦理初始確權，分房自用的，暫免征收土地增值稅；
2、對出土地方將分回房屋在初始確權后再轉讓的，應按規定征收土地增值稅，同時將因合作建房而轉讓出去的部分土地的歷史成本調整為分回房屋的建造成本，按規定予以計算扣除；
3、對出資金方將分回房屋在初始確權后再轉讓的，應按規定征收土地增值稅，同時將合作建房時發生的還建房開發成本支出調整為分回房屋的取得土地使用權支付的地價款，按規定予以計算扣除；
4、對合作方按照合作建房協議的約定支付的補差款，出土地方和出資金方應按實際支付或收到的價款，相應調整其分回房屋的建造成本和取得土地使用權支付的地價款；
5、除在合作建房協議中約定的分配房屋外，一方通過另行約定的方式（包括簽訂專門條款、合同、補充協議等）將原分配給自己的房屋再轉讓給其他合作方的，不管轉讓方是否開具發票，均視同銷售不動產處理。其按合同約定的價格取得的轉讓收入應計入土地增值稅應稅收入。若轉讓價格明顯偏低，又無正當理由的，應按下列方法和順序確認：
（1）按本企業在同一地區、同一年度銷售的同類房地產的平均價格確定；
（2）由主管稅務機關參照當地當年、同類房地產的市場價格或評估價值確定。
上述所稱“同一年度”、“當年”是指其作出約定并簽署協議的當年。
四、結語
綜合上述內容，發現與此塊內容相關的地方性政策規定非常巧合的都失效了，且無替代性文件出臺。說明這部分內容的爭議確實很大。我們再回到財稅字〔1995〕48號 關于合作建房的征免稅問題規定，對分房環節分房自用的暫免征收土地增值稅。筆者認為若是按觀點一的思路處理，視同土地使用權轉讓給出資方。而正常房地產開發過程中房開企業建成后初始確權環節也是不需要征收土地增值稅的。那么根據觀點一的做法應該算是正常征稅，并不存在免稅的說法了。因此認為觀點二更加符合48號文的精神。
——來源：一葦咨詢
