文明斷裂、人種和文明失落是樓蘭的百年未解之謎。
斯文·赫定發現樓蘭舉世震驚，20世紀前30年成為外國探險家、考古學家的樓蘭“大探險時代”。
1901年3月4日至10日，斯文·赫定發掘樓蘭城內13個點，獲取大批漢魏和羅馬古錢幣、具有中亞希臘化風格的建筑木雕、佉盧文木簡、魏晉木簡、精美的中原絲織品等150余件。其中一件帶有精美小佛像的佛殿裝飾件，是迄今為止中國境內發現的最早的佛像藝術品，堪稱無價之寶。
1906年和1914年英國考古學家斯坦因到樓蘭進行大規模的考古。他將樓蘭遺址逐個編號，從LA編至LR，考察并發掘了數十個遺址，初次揭開樓蘭古文明面貌。斯坦因除獲取大量文物外，最主要的是他在樓蘭LC古墓群中發掘出土了帶人頭像的紡織殘片，西方學者認為上面的人頭像是希臘神話中的赫拉斯像。斯坦因還發掘出了兩具樓蘭男性頭骨，并將他們帶回國，后經英國人類學家基恩證實為歐洲白種人，這一發現震驚了世界。
1908年日本大谷光瑞考察隊的橘瑞超到達樓蘭，發現“李柏文書”。李柏文書是前涼西域長史李柏寫給焉耆國王的書信，它為研究中原政府經營西域提供了第一手資料。
1934年斯文·赫定組織中瑞西北考察團再作樓蘭之行。考察隊員貝格曼在孔雀河的一個支流找到一大批樓蘭古物，并發掘出一具女性木乃伊。因其衣著華貴，被稱為“樓蘭女王”。這片伯格曼稱為“小河”的廢墟，從此又神秘消失于沙海。在此后的幾十年中，中外考古學家多次想找到“小河”，但始終未果。
考察團中方考古學家黃文弼因孔雀河水擋道，未能到達樓蘭。他在孔雀河北岸發現“土垠遺址”，并在“土垠”東西兩邊發現大批漢代烽火臺。漢朝為保障絲綢之路的暢通，一直將長城沿羅布泊北岸修到西域都護府所在地輪臺。
30年的喧囂之后，樓蘭再度陷入沉寂。1964年10月16日，中國第一顆原子彈在羅布泊爆炸成功，樓蘭成為軍事禁區。
1979年，借中日合拍《絲綢之路》的機緣，中國考古學家第一次到達樓蘭，中國學者在樓蘭被發現半個多世紀后，才實現到樓蘭考古的夢想。
1979年12月22日，新疆考古學家王炳華帶領的考古隊發現古墓溝墓地。這次發現具有劃時代的意義，將樓蘭文明推至3800年前的青銅時代，并發現古墓溝所葬者為原始歐洲人種。
1980年，新疆女考古學家穆舜英發現“樓蘭美女”。這是一具保存完好的女尸。“臉面清秀、鼻梁尖高、眼睛深凹、毛發、皮膚、指甲都保存完好，甚至連長長的睫毛都清晰可見，深棕色的頭發蓬散披在肩上”，穆舜英在考察報告中動情地寫道。女尸系3380年前遺存，白種人。
1980年至1983年新疆考古研究所對樓蘭地區古遺址進行了大規模普查，發現許多新石器遺存。
1995年樓蘭西北的營盤古墓爆出驚人發現，東西方文明是那樣完美地集中交匯在這里。考古學家認為營盤墓地是羅布泊地區100年來發掘面積最大、文化內涵最為豐富的一處墓地。
尤其是那個戴著麻質貼金面具的15號墓主人。考古學家林梅村評價說：既有漢晉時代的絹、縑、綺、絲繡、織金錦、漢代銅鏡，也有中亞藝術風格的麻質面具、黃金冠飾、金耳環、金戒指、波斯安息王朝的玻璃器具和藝術品，乃至希臘、羅馬藝術風格的各類毛紡織品，可謂盡收天下寶物。
100多年來，有關樓蘭的每一次發現都炫人眼目。但是一個發現和一個發現似乎有某種聯系又都彼此孤立，人們無法找到文明和文明之間的聯系，樓蘭就這樣被擺在歷史空蕩蕩的舞臺上，沒有任何布景和說明。
樓蘭出土的文物散布在世界各地，倫敦、漢城、京都、東京、新德里、北京、烏魯木齊，樓蘭文物無處不在，這些文物涉及了地理、人種、考古、語言文字等等學科，需要眾多的學者進行解讀。它所涉及的每一個問題，都足以讓人用一生的精力來研究探索。比如，印歐人的遷徙，樓蘭的消亡，羅布泊的遷移，佉盧文的識讀等等，對樓蘭的解讀某種意義上是對人類文明史的解讀，樓蘭因此成為一個世界的考古圣地，一門顯學。但現在的研究僅僅是揭開了樓蘭神秘的一角。
考古學家林梅村說：“樓蘭連同他們古老的文明永遠長眠于塔克拉瑪干沙漠之下。一個具有數百年文明史的王國不復存在了；一個融匯東西方文化精華而形成的樓蘭藝術絕跡了；一個充滿詩情畫意的綠洲變成了貧瘠的荒漠；一個曾與我們榮辱與共的古民族消失了。這里講述的是一個完全真實的故事，既不夸張，亦無編造，只是缺少細節。”
樓蘭的謎很多，但一百多年來考古學家致力于解開的三個大謎仍然沒有結果。
一是文明斷裂之謎。
一個樓蘭是3800年前的文明，它的典型代表是太陽墓地、樓蘭美女，以及后來發現的小河墓地；另一個樓蘭是漢晉時期的樓蘭城邦文明。兩個文明相隔著1600年的大鴻溝，人們無法找到它們之間的延續與過渡，3800年前的樓蘭文明，顯然不是后來發現的樓蘭城邦文明，兩個樓蘭根本就不是一回事，沒有證據表明后一個樓蘭的人是前一個樓蘭人繁衍而來。
為什么3800年前的文明在1600年后的文明里找不到延續的證明？比如太陽墓地里的那草編的小簍，它們早已被漢地的漆器代替，還有陶器、木器。高高的尖頂插著翎羽的氈帽也不見了，毛氈制品還在用，但已經精細得看不出當年的粗陋了。
前樓蘭文明的斷裂之謎還沒有答案，后樓蘭文明再一次發生斷裂。對于東方的中國來說，《后漢書·西域傳》對樓蘭的講述戛然而止。公元175年，這部史書對整個西域的記載就此絕筆。此時的東漢，已不是一個國力強大的帝國，而是內亂紛擾無力西顧了。而西方世界對樓蘭的向往也似乎在一個時間節點上突然之間消失。
樓蘭失落了，漫漫的中華典籍里再也沒有關于它的記敘。樓蘭失落了，它失落于茫茫沙海。至于什么時候它國破人亡，什么原因導致一個西域大國的滅亡再也沒人知曉。
時間以千年的跨度跳躍向前，對于這個西域國家的記憶逐漸散漫以至于無。即使是我們從歷史上再次讀到樓蘭這個詞，也無從印證它的存在。所以當這個樓蘭再一次出現的時候，才那么耀人眼目。
然而樓蘭文明那些困擾世人的謎也同時裸呈著，讓人更加困惑。盡管從找到樓蘭到現在已經100多年了，但迷惑并不因此而減少一點點。
本世紀初，樓蘭人種問題就成為樓蘭文明最大也最為難解的謎。
根據遺傳學體質特征，現代人類被分為三大人種：蒙古人種（黃種人）、高加索人種（白種人）和尼格羅人種（黑種人）。人類學家根據人頭骨的各種比例來判斷人的種群屬性。
高加索人種一向被認為分布于歐洲、西亞和北非，而亞洲大部分地區和美洲則以黃種人為主。
羅布泊地區的古代居民屬于何人種，一直是考古學家和人類學家致力解決的問題。
樓蘭向世人呈現了紛雜斑斕的信息，以至于人們在多彩多樣的選擇面前不知道如何是好，這使樓蘭的文明更加撲朔迷離。
英國人類學家基思發現，樓蘭人具有顯著的非蒙古人種特征。德國人類學家約爾特吉等更進一步確認，樓蘭人具有明顯的印歐人特征，或者說，在他們研究的約在公元1-3世紀的5具樓蘭人的頭骨中，其中4具是歐洲白種人。
西方語言學家發現，樓蘭人使用的官方文字是佉盧文，這種文字并不是在塔里木盆地起源的，它們來自于昆侖山那一端——古代印度——但讓人迷惑的是，這種文字早在公元2世紀的時候就被古印度廢棄，變成了一種死文字，何以在公元3-4世紀還在樓蘭使用？
這還不是樓蘭復雜難解的全部。受斯坦因的委托，英國和法國的語言學家用了30年的時間將樓蘭文書用拉丁文轉譯了出來，但是，人們再次驚詫地發現，佉盧文只是樓蘭人的宗教和官方語言，而不是樓蘭人本族的語言，就像英語只是印度的官方語言而非印度的本族語言一樣，那么樓蘭語到底是什么語言？樓蘭人到底是什么人？
在經受東方西方文明之風的熏染之后，樓蘭可能真的很難辨認他的底色了。考古學家們同樣發現，樓蘭也曾一度使用過漢語作為他們的官方語言。樓蘭出土了大量的漢文木簡，樓蘭的貴族們曾經把學習漢語和中國文學作為一種時尚。
佉盧文是一種從右向左橫寫的文字，漢語是從右豎寫的文字；一個是寫在楔形木牘或者羊皮上，另一個是寫在木簡上。兩種文明無論從外形、質感還是從內容上都大有不同，但在樓蘭卻并行不悖，這真的是出乎意料。
中國人類學家韓康信認為，至少在青銅時期，具有原始形態類型的歐洲人種已分布在羅布泊地區。現在已知的是以離樓蘭不遠的古墓溝為代表的距今3800年前的文明。這是迄今為止所知歐亞大陸上時代最早、分布最靠東方的歐洲人種集群。
樓蘭故城東郊東漢墓的頭骨分析表明：這個時期，樓蘭居民是“高加索人種的印度-阿富汗類型”。他們和古墓溝人同屬白種人的范疇，但又是不同的分支。樓蘭故城人種是否由古墓溝人演化而來，則沒有證據。
典型的蒙古人種則出現得較晚。大約在漢晉時期的墓葬中才有發現。
已有的考古材料表明，遠在三四千年前，羅布泊地區最早的居民是白種人。而又在歷史的某個時期，他們悄然退出了他們生活的家園不知去向。
一個世紀以來，中外學者一直致力于考證這個神秘民族的來龍去脈。他們是從什么地方，經過什么途徑來到樓蘭地區的？他們是誰，哪個民族？他們又是如何消失的呢？
然而所有的考古材料都是零星的。于是添加了想象與猜測的說法有多種多樣。
比較流行的說法是：樓蘭的歐洲人是遠古時期一支漂泊東方的印歐人古部落。他們由于某種原因向東遷移，并最終定居下來。
英國人類學家亨寧認為他們就是公元前2300年左右出現在波斯西部的游牧民族古提人。公元前3000年末，古提人突然從近東消失，一直是一個歷史學上的謎。亨寧認為他們經過長途跋涉，遷入了羅布泊。
反對遷移說的學者也不在少數。他們認為這些歐洲人就是羅布泊的土著居民。
人們一直沒有放棄對樓蘭人種的研究和探索，近年來DNA技術的突破性研究給探索樓蘭人種之謎帶來了更大的可能。美國斯坦福大學的遺傳學家已經從樓蘭的木乃伊身上取出了線粒體DNA，初步的研究表明，樓蘭人和西北歐洲人有遺傳學關系。中國科學院遺傳研究所的研究人員也在收集新疆現代居民的DNA標本，以便和古代木乃伊的DNA進行比較，以了解更多的人類演化信息
或許有一天，新的技術真的能夠說明樓蘭人是哪一種人，但是誰又能解開樓蘭人的遷徙之謎呢？這個神秘的族群，什么時候、因為什么原因、通過什么途徑來到塔里木盆地的呢，現在他們又消散到了哪里？而后來建造樓蘭城的人又是誰呢？樓蘭城后來又是怎么失落的？
自公元前2世紀見載于歷史典籍的樓蘭，到公元4世紀已淪為沙漠。最經典的證明就是東晉高僧法顯到印度求經路過樓蘭的所見：上無飛鳥，下無走獸，狂風猛起，鬼魅四出，枯骨遍野，城郭不再。法顯在他的旅行記里這樣寫道：“沙河中多有惡鬼、熱風，遇則皆死，無一全者。”
一個具有數百年歷史的王國不復存在了，一個融匯東西方文明精華的文明失落了。
考古學家在樓蘭找到的最晚的有年代的漢文木簡是建興18年，即公元330年。佉盧文提到的最后一位樓蘭國國王是伐色摩那，在位約在公元321-334年。
樓蘭文明大約失落于此。
當年有著文明靈光的地方，如今只是一片死寂的沙漠。環羅布泊西南岸，排列著一串大小不一的古城，它們是：土垠遺址、營盤古城、樓蘭LE城、樓蘭古城、海頭古城、米蘭遺址等等數十個之多。還有由東北向西南穿越整個羅布泊的長城烽燧和用于屯田的戍堡。如果將這些古城串聯起來，那么沿著塔克拉瑪干大沙漠的南緣，可以看到一條生命和文明的鏈條。
塔克拉瑪干的西域36國，很早就進入了農耕文明，史稱“居國”。而北部新疆則是以游牧為主的“行國”。這些城邦居國以其當絲綢之路的重要地理位置，傳遞著東西方文明。
樓蘭是絲綢之路南北兩道的分界點，走絲綢之路必經樓蘭。《史記·大宛列傳》稱樓蘭“當空道”，可見其地理位置的重要。
絲綢之路被人形象地稱為“橫系在歐亞大陸上的金腰帶”。在張騫“鑿空西域”以前，這條黃金大道就以民間的方式存在。
考古學家林梅村考證，早在公元100年前，羅馬人就明確地知道東方有個樓蘭。
斯坦因在樓蘭城發現的一件魏晉時期的木簡載“……今為住人買四千三百二十六匹”。斯坦因據此推斷，樓蘭運轉絲織品的數量巨大。有“可觀的人口”和較為發達的農業經濟。考古學家還從出土的佉盧文解讀出樓蘭人采用的度量衡是希臘制，由此推斷樓蘭必與希臘羅馬人有直接的貿易關系。著名考古學家王炳華說，當年樓蘭的重要性和繁華程度，就像今天的香港、上海、新加坡，是一個令人向往的地方。
然而商賈使節馳驛于城下的景象不復存在，昔日的繁華之地，今天成為野駱駝的樂園。
樓蘭文明是如何失落的？
這是一個爭論了一個世紀的疑問，至今沒有人能夠給出一個清晰的答案。
歸納十幾種說法，大約有三種說法比較有代表性：
自然環境變化。斯坦因是此說的最先提出者，上個世紀初他從樓蘭考察回國后就發表了冰川退縮導致河流流量減少，土地沙漠化，樓蘭廢棄的觀點。
政治經濟中心的轉移。絲綢之路使樓蘭興盛，也使樓蘭衰落。兩晉以后，絲綢之路改走北道，中原在樓蘭的屯兵墾田事業向北轉移，樓蘭轉向衰落，最終放棄。
人類活動破壞了自然的和諧。在創造高度文明的同時，也以驚人的速度制造著沙漠。考古學家林梅村認為這是“世界三代文明的共同悲劇”。人類在征服自然走向文明的歷史進程中，每一次進步幾乎都伴隨著對地球環境的巨大沖擊。他舉例說北非是人類文明的搖籃之一，巍峨聳立的金字塔代表了埃及文明的巔峰狀態，這也是人類文明的巔峰狀態。然而埃及文明創造者們留給子孫后代的遺產，除了古老的文明外，還有90％完全沙漠化的土地。人類文明的另一個發源地美索不達米亞經歷了同樣的遭遇。蘇美爾、亞述、阿卡德和巴比倫人相繼在公元前4000-前2000年間，創造了令世人嘆為觀止的城市文明。然而，這些古文明的發祥地如今卻是不毛之地。
羅布泊近百年的變化從另一個側面印證著林梅村的說法。近百年來，羅布泊因來水斷絕，漸趨縮小，直至干涸。1924年，塔里木河在尉犁縣改道進入孔雀河，向東注入羅布泊洼地，形成了近代羅布泊。1930年至1931年，羅布泊南北長約100公里，東西寬55公里，面積3200平方公里，呈不規則橢圓形。此時人們還可以蕩舟進入羅布泊。1942年以后，孔雀河水徑流減少，羅布泊湖體收縮。1952年，尉犁縣拉伊河口英曼里一帶筑起一道大壩，塔里木河改流入故道，東南注入臺特馬湖，不再進入羅布泊。至60年代初期，塔里木河下游修筑水庫，孔雀河上先后筑起多道堤壩，將塔里木河的水截入大西海子水庫，羅布泊來水斷絕。后來連大西海子水庫也干涸了，造成沙漠化不斷擴大。學者認為，羅布泊的近百年變化完全可以比照樓蘭。
盡管可以有種種精確的論據論證樓蘭文明的失落，但誰也無法知道樓蘭人國破城毀、四處逃散時的情景，誰也無法知道他們的哭號和眼淚了。
那些失去家園的樓蘭人今何在？
為了解答這個深重的疑問，國家已經啟動新疆三代居民研究工程，科學家們試圖用DNA技術尋找古代樓蘭人，或許不遠的將來，我們會在哪個活著的民族的血統里找到一絲樓蘭人的血脈，發現樓蘭文明的最終走向。
