講反科學主義的人解釋說，這種用于版本升級的反科學主義所反的只是“科學主義”，而且它只反“科學主義”，并不反科學。但是，不管如何說明與解釋，反科學主義這個術語，在中文語境中極易引起誤解，它幾乎不可避免地會被理解為“反科學-主義”。在我看來，如果不是意在張揚反科學-主義，那么，與其在極力辯解的情況下去反-科學主義，何不避免用這個術語，而用清楚的語言去反對你所不贊成的具體思想和觀點呢？
熱心于反科學主義，也許意在呼喚人文精神。但是，為什么在呼喚人文精神之際，非要設立一個“科學主義”的靶子，將人文精神同崇尚科學當作相互排斥、此消彼長的東西呢？它們難道不應該是相互補充、相得益彰的嗎？
反科學主義者所傳承的是哈耶克《科學的反革命》（1952）、郭穎頤《中國現代思想中的唯科學主義》（1956）以及當代西方后現代主義中反科學思潮的一貫做法：對科學主義作泛化的理解，非但“科學萬能論”（嚴格地說，這類科學主義者在現實生活中是十分罕見的）是科學主義，而且將科學方法及評價標準在社會研究領域的運用（如社會學、經濟學等社會科學的產生與發展）也視為是科學主義，甚至對科學與真理的熱愛也不免被指責為科學主義。反科學主義者從相對主義立場出發，否認并力圖解構由現代科學體系所展現的真理性、合理性與客觀性概念；在社會、道德價值上，不但將科學技術的社會運用所帶來的負面后果歸罪于科學，而且從總體上對科學發展與社會發展之間的關系給出負面判斷。
的確，二十世紀后期，科學技術發展的社會運用帶來的環境污染問題，生態破壞問題，資源枯竭問題，人口爆炸問題，以及其他一些問題，日益引起人們的嚴重注意。人在自然界中生存條件的許多方面，人和自然和諧調協的許多方面，有走向更形惡化的危險。應當看到，正是許多自然科學家和社會科學家在這方面先知先覺，向人們發出了警告和呼吁。呼吁有兩種傾向：一種是向前看；一種是向后看。向后看，就是對科技和工業發展作消極評價，持否定態度，似乎科技和工業發展以前的人類狀態，才是值得懷念的美好狀態。向前看，則是清醒地研究我們面對的問題，相信這些問題總是能夠在科技和工業的進一步發展中，在人類社會的進一步成熟中，在以人為本的、全面的、協調的、可持續的發展觀的進一步確立和貫徹中，得到解決。就是說，要在更高的水平上取得科學和技術與自然、與人、與社會的更加協調的發展。不是回到過去，而是推進到更高階段的將來。不是否定科學和工業發展，而是否定工業的盲目發展。不是回到人和自然關系的蒙昧狀態，而是要開辟人和自然關系的更加自覺的新狀態，依托于科學和工業的更加健康、更加符合科學態度和人文精神的新發展的狀態。
科學和技術的發展為善還是作惡，這取決于人所在的社會，而不是科學和技術的本性。怎樣發展科學和技術的社會運用的為善的那一面，避免和防止它為惡的那一面，這取決于人們改進社會的努力，取決于人們控制技術后果的能力，而不取決于科學技術本身。而且，科學技術本身正是避免技術惡果的有效武器。當然，我們還要運用人文的武器，法治的武器，等等。但是，科學和技術的武器，畢竟是不可缺少的。你難道能夠不用科學和技術這個武器，而拿起反科學反技術的武器嗎？你難道真能退到近代科學和工業化以前的時代去嗎？更不用說退到原始的伊甸園去了。
再看對社會的研究的科學化進程問題。
經濟學、社會學等學科的學術實踐，已經在相當清楚的意義上展現了在這些領域應用科學方法與評價標準的可能性、正當性乃至于重要性與成效，這樣，這種方法論上的創新就不應該被貶稱為“科學主義”，與“科學萬能論”相提并論。
當然，自然科學同社會科學是有區別的。研究的對象不同：一個是自然界，無生命無意識的和有生命低意識的自然界，一個是社會和人文，是有意識有能動性的人所組成的人類世界。就是在自然科學內部，由于研究對象的不同，無生命自然界的科學同有生命的自然界的科學之間、低等生命自然界的科學同高等生命自然界的科學之間，都還是有不同的，何況自然科學同社會科學之間呢？
但是，不能因為有不同就否認對社會的研究可以成為科學。研究社會的科學同研究自然界的科學一樣，都屬于（或者說應該屬于）科學；而各門社會科學，又都屬于人文。這樣，社會科學的存在和發展，就在科學同人文之間架起一座橋梁，擔負著科學與人文的交融和結合的重任，而用“科學主義”的貶義詞把對社會的研究排除在科學之外，只能加深科學與人文的隔閡和相輕。
在后現代思潮影響下，極端相對主義流行，剝奪了科學的客觀真理的內容，將科學只當作是一種“敘事”、一種“社會建構”。這樣一種思想在大多數科學家以及更大范圍的科學共同體那里是沒有市場的；但是，當這種思想通過媒體炒作而被演繹為一種時尚，就可能會造成這樣情況：取消科學與迷信、偽科學的分界，為迷信和偽科學的泛濫提供了理論支持。這樣一種現實的社會危害，是提倡科學文化的人們不能不嚴肅面對和認真正視的。
