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顛覆認(rèn)知!首次發(fā)現(xiàn)自我拆分重組病毒

細(xì)胞是生物體基本的結(jié)構(gòu)和功能單位,但病毒只有蛋白質(zhì)外殼包裹著緊湊的核酸物質(zhì)(DNA或RNA),并不具備完整的細(xì)胞結(jié)構(gòu)。所以對于病毒而言,想要存活就必須寄生在宿主細(xì)胞中,并且借助宿主細(xì)胞的核苷酸和氨基酸來合成自身的一些組件,完成自己的基因組復(fù)制、蛋白質(zhì)外殼制造,以及組裝完整的新病毒。

在這個過程中,人們理所當(dāng)然地認(rèn)為,完整的病毒基因組只能同時感染一個宿主細(xì)胞,并在其中完成新病毒的復(fù)制、組裝和釋放。然而,最近eLife上發(fā)表的一項新研究顛覆了這一傳統(tǒng)認(rèn)知。

正如來自法國蒙彼利埃大學(xué)研究人員發(fā)現(xiàn)的那樣,一
些病毒不僅可以分成多個部分,分別感染宿主細(xì)胞,而且這些基因組分裂的病毒可以像拆散的拼圖一樣,分散在多個宿主細(xì)胞中蓬勃生存,然后這些在不同細(xì)胞中復(fù)制的病毒粒子,自我組裝成新的完整病毒并繼續(xù)感染。

| 法國國家農(nóng)業(yè)研究所的植物病理學(xué)家Anne Sicard(左)及其同事(右)

本次新研究的作者、法國蒙彼利埃大學(xué)和法國國家農(nóng)業(yè)研究所(INRA)植物病理學(xué)家Anne Sicard表示,病毒學(xué)中的經(jīng)典觀點認(rèn)為病毒復(fù)制周期發(fā)生在單個細(xì)胞內(nèi),但對于她和她的團(tuán)隊研究的多分區(qū)病毒(multipartite virus)來說,似乎并非如此,這些病毒的多個粒子獨(dú)立感染細(xì)胞,并在植物宿主細(xì)胞中獨(dú)立地復(fù)制。

分開感染的病毒基因組


多分區(qū)病毒已有半個多世紀(jì)的歷史,當(dāng)時的研究人員意識到病毒可以由兩個或兩個以上獨(dú)立的部分組成,而且每一個獨(dú)立的部分對于病毒感染都至關(guān)重要。例如,多分區(qū)病毒其中的一部分可能是制造關(guān)鍵酶所必需的,而另一部分則是制造包裝并轉(zhuǎn)運(yùn)病毒粒子的外殼所必需的。

但是,病毒為什么要把它的基因組分開呢?畢竟,將每一部分都很重要的基因組分成不同的部分,存在著相當(dāng)大的風(fēng)險,比如基因組的某些部分很容易丟失或組裝時落下,如果整個基因組的一部分丟失,那么剩下的基因組也基本就完蛋了。

科學(xué)家們在發(fā)現(xiàn)多分區(qū)病毒后也感到十分疑惑,“為什么病毒會這樣做呢?為什么要分開基因組?將這些片段單獨(dú)包裝有什么好處?” 荷蘭生態(tài)學(xué)研究所的進(jìn)化病毒學(xué)家Mark P. Zwart表示。

為了探索這些問題,研究人員曾開發(fā)模型來預(yù)測這種多分區(qū)的方式,將在什么情況下從一個更典型的病毒祖先進(jìn)化而來,所有這些理論都建立在假設(shè)所有的病毒片段必須同時感染一個細(xì)胞的基礎(chǔ)上。

但結(jié)果很令人困惑。2012年的一項研究得出結(jié)論,無論病毒基因組多分區(qū)的好處是什么,缺點都是如此之大,以至于不可能存在超過四個分段的病毒。然而,已知一些多分區(qū)病毒,如蠶豆壞死萎蔫病毒(FBNSV)有多達(dá)八個基因組片段,每個片段都由不同的病毒粒子所攜帶。從理論上講,它不可能進(jìn)化得來,但又如何解釋它的存在?

圖 | FBNSV導(dǎo)致的植物癥狀(Journal of Virology )

在這項最新研究中,INRA的植物病毒學(xué)家認(rèn)為,人們對于病毒學(xué)的一些理論假設(shè)肯定在哪里搞錯了。因此,研究人員決定對其中的關(guān)鍵假設(shè)——即所有病毒的基因組必須同時進(jìn)入同一個細(xì)胞才會發(fā)生感染——進(jìn)行驗證。以前之所以沒有人提出質(zhì)疑,是因為所有人都理所當(dāng)然地認(rèn)為這些多分區(qū)病毒的基因組片段必須在一起。

當(dāng)研究人員仔細(xì)觀察FBNSV感染過程時,果然發(fā)現(xiàn)了其中的“異常”。
通過使用不同顏色的熒光探針同時標(biāo)記兩個病毒粒子,研究小組發(fā)現(xiàn)在他們檢測的絕大多數(shù)單個寄主植物細(xì)胞中,病毒基因組片段是缺失的。此外,研究人員還發(fā)現(xiàn)病毒復(fù)制所需的蛋白質(zhì)存在于沒有基因組編碼片段的細(xì)胞中。

由此,研究人員推斷,病毒粒子必須在細(xì)胞之間共享基因產(chǎn)物——信使RNA或蛋白質(zhì),以便每個粒子都可以獨(dú)立復(fù)制,并將自身包裝成粒子以進(jìn)行傳播和再次感染

但在植物宿主細(xì)胞中,病毒所必需的基因產(chǎn)物是如何共享的,研究人員目前還不完全清楚。

圖 | 存在于不同細(xì)胞的病毒基因組片段(來源:eLife)

這個新發(fā)現(xiàn),解釋了多分區(qū)病毒如何在植物體內(nèi)維持感染,并揭示了一個關(guān)于病毒如何傳播的新秘密。例如,F(xiàn)BNSV寄宿于吃蠶豆植物的蚜蟲來傳播自己,這些小昆蟲必須一次性捕獲FBNSV的所有八個病毒粒子,并將它們引入同一植物才能成功傳遞感染,但是據(jù)推測,大部分感染過程都沒有成功,因為蚜蟲只捕獲了八個病毒粒子中的一部分。

這也就部分解釋了宿主內(nèi)部的問題,因為病毒粒子不必一起到達(dá)所有細(xì)胞,但在宿主之間傳播仍然存在難以解釋的問題。

病毒學(xué)新認(rèn)知


為什么病毒會從多分區(qū)的感染方式中受益,仍然值得探究。

研究人員提出一個想法,認(rèn)為基因組的劃分允許每個片段在不同頻率上發(fā)生變化,這是一種應(yīng)急的調(diào)節(jié)基因表達(dá)的方式,因為一個特定基因的活性水平可能取決于它在細(xì)胞中的復(fù)制數(shù)量。每次病毒感染一個新的宿主,片段的頻率就會發(fā)生變化,這可以讓病毒測試在新的細(xì)胞環(huán)境中基因表達(dá)的最佳程度。

美國坦帕大學(xué)的病毒學(xué)家Eric Freundt推測,如果宿主植物的先天防御僅破壞那些表達(dá)某些病毒蛋白的細(xì)胞,那么將病毒蛋白質(zhì)的基因分布到不同的粒子中,可能會保證病毒在某些細(xì)胞中不被發(fā)現(xiàn)。
Freundt認(rèn)為,另一種可能性是,如果病毒一次性產(chǎn)生所有蛋白質(zhì),可能會導(dǎo)致宿主細(xì)胞超負(fù)荷工作,并“累死”細(xì)胞。通過將其基因組分布在許多植物細(xì)胞中,病毒可以避免壓垮任何單個寄生的細(xì)胞。

果真如此,這些病毒似乎本能地避免把雞蛋放在一個籃子里。

不過,研究人員仍指出,以上這些只是假設(shè),多分區(qū)病毒的演變原因仍然很神秘。

Zwart指出,關(guān)于多分區(qū)優(yōu)勢的大多數(shù)想法都是關(guān)于基因組分割,而不是將病毒劃分為不同的感染單位。將基因組分成區(qū)段,允許病毒更容易地重組其基因的各種有利形式。

亞利桑那州立大學(xué)的病毒學(xué)家Arvind Varsani對此表示贊同,“從模塊化的角度來看,你可以看到多分區(qū)病毒的優(yōu)勢,每個模塊都可以獨(dú)立,病毒可以更快地獲得每個模塊,并通過混合和匹配來適應(yīng)新環(huán)境。”

(來源:Quanta Magazine)
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