宣和四年(1122年)以寧江人洪伯通，出海遇風，號神獲庇，平安還家，遂"高大其像"筑一壇于廟西奉之。次年，朝廷派正使路允迪出使高麗國(今朝鮮)，雇用福建商船，寧江的船只被征集參加，洋尾人李振和鄉親們非常信仰媽祖，這次出國途中，船遇風險，路允迪號天求救，忽見到一女神舞于桅竿上，即風平浪息。
李振的堂兄弟李富，于南宋高宗建炎初年(1127~?年)率義兵乘海船赴長江前線抵抗金兵，海上遇到風浪，獲神救助安濟，回鄉后于白塘的浮嶼上創建了一座媽祖廟，又于紹興十九年(1149年)擴建圣墩廟，成為前后二進，移原祀西側的媽祖像于正中，把原祀于中的王者像移于左，原祀于左的白面郎像移于右。 元代成宗大德三年(1299年)李富的后人李茹倡修，并于前殿、后殿的中間新建一座蕃厘殿。這一座昭著數百年，名聞四方的圣墩廟，至元末興化的兵亂中毀廢，舊址到現在還沒有查明出來，只在古籍文獻上存有一篇宋寥鵬飛《圣墩祖廟重建順濟廟記》;另一篇元黃淵《圣墩順濟祖廟新建蕃厘殿記》和一首元詩人洪希文《題圣墩妃宮》七言古詩。 
宮廟主祀神是天上圣母，系宋紹興二十八年從湄洲祖廟分靈。宮內宮內共有媽祖神像4尊，其中一尊為宋代木雕，現暫存于東山媽祖行宮，其余2尊為2000年雕塑。
主要配祀神有:觀音菩薩、晏公、亞公、白蘭英公主。
宋·廖鵬飛
里有社，通天下祀之，閩人尤崇。恢閎祠宇，嚴飾像貌，巋然南面，取肖王侯。夫豈過為僭越以示美觀?蓋神有德于民，有功于國，蒙被爵號，非是無以彰其威靈也。郡城東寧海之旁，山川環秀，為一方勝景，而圣墩祠在焉。墩上之神，有尊而嚴者曰王，有皙而少者曰郎，不知始自何代;獨為女神人壯者尤靈，世傳通天神女也。姓林氏，湄洲嶼人。初，以巫祝為事，能預知人禍福;既歿，眾為立廟于本嶼。圣墩去嶼幾百里，元佑丙寅歲，墩上常有光氣夜現，鄉人莫知為何祥。有漁者就視，乃枯槎，置其家，翌日自還故處。當夕遍夢墩旁之民曰:"我湄洲神女，其枯槎實所憑，宜館我于墩上。"父老異之，因為立廟，號曰圣墩。歲水旱則禱之，癘疫祟則禱之，海寇盤亙則禱之，其應如響。故商舶尤借以指南，得吉卜而濟，雖怒濤洶涌，舟亦無恙。寧江人洪伯通，嘗泛舟以行，中途遇風，舟幾覆沒，伯通號呼祝之，言未脫口而風息。既還其家，高大其像，則筑一靈于舊廟西以妥之。宣和壬寅歲也。越明年癸卯，給事中
元·洪希文
我昔纜舟謁江干，曾覯帝子瓊華顏。
云濤激射雷電洶，殿閣□兀魚龍間。
此洲山島誰所構，面勢軒豁規層瀾。
壺山峙秀倒影入，乾坤擺脫呈倪端。
粉墻丹柱輝掩映，華表聳突過飛巒。
湘君小水幻靈骨，虞帝跡遠何由攀。
銀樓玉閣足官府，忠孝許人巫咸班。
帝憐遐陬雜鯨鱷，柄受水府司人寰。
五云殿邃嚴侍衛，仙衣法駕朝天關。
危檣出火海浪破，神鬼役使忘險艱。
靈旗毿□廣樂振，長風萬里翔虬鸞。
平洲遠嶼天所劃，古廟不獨夸黃灣。
至人何心戀桑梓，如水在地行曲盤。
升階再拜薦脯藻，不以菲薄羞儒酸。
日談書史得少瑕，石橋潛渡憑雕欄。
詩成不覺肝膽醒，松檜蓊檜鳴玦環。
騎鯨散發出長嘯，追逐縹緲乘風還。
