| 清理數字圖書館八法 |
| 《自然》雜志教你如何用軟件管理參考文獻 |
有了數字參考管理工具，被埋葬的知識和被發現之間只有一個關鍵詞搜索的距離。
圖片來源：the project twins
Adam Rocker并未指望管理其數字參考圖書館的軟件能提出開展研究的更好方法。不過，他的電子文件歸檔系統ReadCube會定期掃描圖書館，并推薦一些相關論文。這和一些音樂文件管理程序會強調所推薦的曲目頗為相似。Rocker說，這一功能帶來了一些出乎意料的收獲。
Rocker是一名研究生，目前在加拿大渥太華大學學習醫學。他曾研究過斑馬魚的細菌感染。當時，ReadCube推薦了一篇利用微流體誘捕斑馬魚的論文。這比他自己的方法要簡單很多，但Rocker通常不會閱讀微流體領域的文獻。他說，被提醒注意到這項研究“真的很有幫助”，盡管最終因太過寄希望于自己的項目而未采用這種替代方法。
正如Rocker所發現的，今天的文獻管理工具已經超出簡單的電子歸檔。如今，每個工具通過提供一系列不斷演進的額外功能吸引著顧客，就像瑞士軍刀一樣。
日前，《自然》雜志聚焦了8種工具：Colwiz、EndNote、F1000Workspace、Mendeley、Papers、Read Cube、RefME和Zotero。它們均參與了文獻管理市場的競爭，一些在簡化瀏覽過程和建立文獻圖書館方面表現出色，而其他工具專注于創建文獻目錄，通過共享工作空間的使用協助合作，或者推薦論文。
“馴服”文件
每種工具的存在都是為了幫助研究人員“馴服”被下載得雜七雜八且分散的PDF。大多數科學家會涉及這個問題：在他們從期刊網站——通常指定費解的字母數字代碼為文件名——抓取到PDF并將其大量轉儲到任何方便的文件夾中時，隨著文件的多個拷貝遍布硬盤，混亂便會很快出現。
“在科學界，或者至少從我的經驗來說，我們往往最終在桌面上會有這樣一個文件夾：它的里面充斥著3000個名字真的很詭異的PDF文檔。”西班牙巴塞羅那Bellvitge生物醫學研究所神經學家Raúl Delgado-Morales表示。
文件管理工具通過為硬盤建立索引解決了這一困擾。通常，將一個PDF拖動并放入應用窗口的過程，會觸發軟件嘗試利用數字對象唯一標識符（DOI）或標題對其進行辨認，并且從在線服務器上檢索相關元數據，比如標題、關鍵詞或作者名字。
研究人員還可指派軟件監控存放文檔的特定文件夾。隨后，他們能通過簡單地搜索作者名字、關鍵詞，或在一些情形下搜索自己的標注尋找PDF。比如，Delgado-Morales利用Papers組織他的文獻圖書館解決了這一問題。Papers是一款根據用戶選擇的任何方案自動重新命名文檔的應用程序。其他工具也提供類似功能，除了RefME。RefME是一款網站和手機應用程序，僅儲存參考資料列表而非PDF本身。
核心功能
大多數工具能幫助研究人員輸入來自多種在線資源的文獻。很多提供在應用程序內搜索諸如PubMed和谷歌學術等外部數據庫，以及能從期刊網站和其他網頁上抓取文獻數據的瀏覽器插件。
美國弗吉尼亞州喬治梅森大學Zotero項目負責人Sean Takats介紹說，成立于10年前的Zotero是一個免費的開源軟件項目，專門用于解決從網頁瀏覽器中提取信息的問題。“這是Zotero的關鍵功能，并且是同其他文獻管理工具相比最強大的功能之一。”RefME則利用智能手機的相機掃描條形碼，提供不同尋常的參考文獻選項。
參考文獻管理軟件最著名的功能之一是在一篇研究論文中插入文內引用，并以任何形式創建文獻目錄。被廣泛使用的商業軟件包EndNote提供這一功能已有數十年，但目前面臨著來自很多現代工具的競爭。
很多工具能同常見的文字處理軟件交互，因此輸入一篇研究文章的用戶只須選擇他們想提及的論文然后點擊按鈕讓代碼插入文檔中，即可標記文本內引用。隨后，用戶能根據上千種期刊的風格，從下拉清單中選中選項，創建文獻目錄和文內引用。
大多數工具包括用于閱讀并為文章作注解的內置PDF閱讀器——通常允許用戶搜索評論和注解，以及基于云端的在iPad和臺式電腦之間同步這些評論和PDF的能力。例如，在ReadCube中，PDF里的文中引用和作者名字能呈現為主動超鏈，提供直接獲取被引用文章和發表目錄的途徑。當在合作出版商的網站上查看并為PDF作注釋時，同樣的功能也是可用的。
在這些工具中，很多能辨認同圖書館中特定條目相關的文章，或者基于圖書館整體內容推薦文章。和ReadCube類似，F1000Workspace利用一種算法完成此項功能。它還會利用約1000位專家所作的推薦。不過，很多單機軟件產品也能推薦論文。
共享圖書館
目前，很多工具允許研究人員設置群組圖書館，或同遠程合作者共享重要論文，盡管這一過程被謹慎管理著，以防侵犯出版商的版權。比如，Mendeley公共群組中的人僅能共享關于一篇論文的信息，這相當于圖書館目錄的一個入口。只有私人群組中的用戶能共享并修改PDF，而群組必須升級到一個付費賬戶，才能添加超過3個人。
明尼蘇達大學組織心理學博士生Brenton Wiernik利用Zotero的共享圖書館完成涉及該領域中文獻系統性回顧和元分析的合作項目。他介紹說，此類工作可能牽涉到15～20人：一些人把文章下載到共享圖書館中；其他人閱讀它們；當然，更多人負責添加注釋和標簽，并且記錄關鍵數據。
根據Wiernik的介紹，這一過程和利用共享的云存儲文件夾類似，而額外的好處是Zotero能追蹤并保存元數據、筆記和注釋。比如，研究人員可利用專用標記指示他們正在處理一篇文章，以此告訴合作者應當處理不同文章，以避免重復工作。
F1000Workspace和colwiz均能將共享功能擴展到準備草稿和管理項目上。F1000Workspace公司產品研發經理Joao Peres介紹說，通過該工具，研究人員能利用插件將微軟Word草稿上傳到一個安全位置，從而使團隊成員對共享的拷貝進行評論，盡管文本無法在瀏覽器中被編輯。Peres計劃實行將論文直接從F1000Workspace發送給期刊編輯的“一鍵”文章提交功能，而這會從F1000Research期刊開始。colwiz還允許用戶將文件共享到一個在線驅動器，以供團隊成員查看和評論。
考慮到這些工具高度重疊的功能，用戶的選擇通常歸結于特定的個人偏好。比如，加州桑迪亞國家實驗室材料學家Richard Karnesky因開源精神而支持Zotero。
或許，利用文獻管理工具的最好原因在于此項技術能提供一種可搜索記憶的形式。禮來公司資深研究科學家Boyd Steere表示，想象一張堆滿了打印出來的論文的桌子。而如今，充斥著PDF的電子文件夾在很多方面同樣不容易操控。不過，有了數字參考管理工具，被埋葬的知識和被發現之間只有一個關鍵詞搜索的距離。（宗華）
