最近關注中亞和新疆問題，追溯這一地區的歷史時感覺頭緒很亂，這里被許多帝國和民族征服過，人種、宗教、文化多樣而復雜，甚至中亞國家自己也搞不明白自己到底來自何方。當沒有足夠多的歷史材料說明問題的時候，神話就代替了歷史。但是神話不能代替歷史，頭緒雖亂還得一步一步地理清才是。根據已有的知識，要搞清楚中亞和新疆的歷史問題，中華帝國、俄羅斯帝國（蘇聯）、印度、奧斯曼帝國、波斯、阿富汗、蒙古帝國、大英帝國、帖木兒帝國等可能是繞不過去的，他們都曾經在此活動過，留下了歷史的痕跡。有鑒于此，我計劃未來一段時間試著去縷一縷這一地區的歷史發展脈絡，以便為下一步的研究計劃打下基礎。首先需要關注的是蒙古帝國。成吉思汗及其子孫對歐亞的大陸的軍事征服活動使得這一地區被重新洗牌，許多國家都滅亡了，新的汗國又產生了，并對未來數百年這一地區的歷史產生了深遠的影響。
蒙古帝國建立后屢次對外擴張，成吉思汗在位時即先后與西夏、金朝、西遼、花剌子模等敵對，其繼承人又經過兩次大規模的西征，至1259年蒙哥去世前已控制了包括蒙古高原、中國西北、東北、華北、中亞、西亞以及東歐在內的廣大地域。
在蒙古帝國擴張的過程中，成吉思汗的子孫被分封在被征服區域建立了四大汗國：
金帳汗國（1242—1502年，也稱欽察汗國），成吉思汗長子術赤因西征有功受封為欽察汗。術赤死后他的次子拔都繼承汗位，并于1242年建立金帳汗國，位于俄羅斯咸海和里海北部，占有東歐和中歐地區。14世紀末，金帳汗國呈現衰敗局面。花剌子模、克里木、保加爾逐漸從金帳汗國中分裂出去，金帳汗國同時又遭到中亞帖木兒帝國的侵襲。到15世紀時，欽察汗國已經分裂成為八個獨立的小汗國（阿斯特拉罕汗國、諾蓋汗國、克里木汗國、西伯利亞汗國、喀山汗國、大帳汗國等）。16世紀50年代，沙皇伊萬四世統治時期先后占領了喀桑、阿斯特拉罕、克里木三個汗國。1502年金帳汗國被伊凡三世所滅。
窩闊臺汗國（1225—1309年），窩闊臺汗國成立于1225年，由成吉思汗把今阿爾泰山以西一些土地封給其子窩闊臺。位于中亞的葉密立河流域，都城在葉密立（新疆的額敏縣）。1304年，察合臺汗國入侵窩闊臺汗國，元軍趁機進攻，察八兒兵敗，投靠察合臺汗國。1309年察八兒在察合臺汗國的內爭中失敗，為察合臺系后王怯伯所敗，逃入元朝境內，窩闊臺汗國滅亡，其地多被納入察合臺汗國。
察合臺汗國（1227—1369年），由成吉思汗次子察合臺及其兒子哈剌旭烈及他的后人管理，建于1227年。初領有西遼舊地，包括天山南、北路與裕勒都斯河和瑪納斯河流域及今日阿姆河、錫爾河之間的地區(最強時由阿爾泰山至咸海)。14世紀中葉察合臺汗國分為東察合臺汗國和西察合臺汗國兩部分。西察合臺汗國1369年亡于帖木兒帝國（1370—1506年），東察合臺汗國（1347—1507年）后被葉爾羌汗國（1514—1680年）吞并，而葉爾羌汗國又被蒙古準噶爾部（1678—1759年，被清朝滅亡）所滅。
伊兒汗國（1256—1335年），也稱伊利汗國，成吉思汗第四子拖雷之子、蒙哥和忽必烈胞弟旭烈兀所建。旭烈兀及其繼承者自稱伊利汗。該汗國曾一度統治過波斯。1262年，欽察汗國別兒哥汗為爭奪旭烈兀控制下的阿塞拜疆地區，雙方激戰兩年多。別兒哥雖然退回，但此后兩蒙古汗國經常為領土爭端發生沖突。1335年不賽因死后，伊利汗國迅速瓦解，權臣﹑統將各自擁立傀儡可汗，互相攻殺。1393年被帖木兒帝國所滅。
早在成吉思汗時期，成吉思汗的各個兒子則均聽從成吉思汗的號令，故所封的汗國成為一個有機的整體，服從大汗的領導。成吉思汗死后由其三子窩闊臺繼承汗位，窩闊臺死后由其子貴由即位。貴由在任時間不長，他死后蒙古各派系對大汗的繼承人存在爭論，到蒙哥汗（成吉思汗幼子拖雷長子）的繼承權問題一度形成了危機。蒙哥死后，其弟忽必烈和阿里不哥在1260年由于爭位走向分裂。1264年忽必烈（即元世祖）擊敗阿里不哥后奪得汗位后，原屬大蒙古國的術赤后王封地、察合臺后王封地、窩闊臺后王封地和忽必烈之弟旭烈兀的封地取得了事實上的獨立地位。1271年忽必烈定國號為“大元”，在其所控制領地內（包括今中國大部和蒙古高原）的中國中原建立了元朝，蒙古文則稱為“大元國”（Dai ?n Ulus）或“大元大蒙古國”（Dai ?n Yeke Mongghol Ulus），并隨后于1279年滅南宋。自此大蒙古國的法統為元朝所繼承。除與元朝敵對的窩闊臺汗國后來滅亡外，其余三大汗國名義上為元朝的宗藩國，其實際獨立地位也為元廷所承認，原“大蒙古國”已不復存在。后四大汗國又陸續分出其他的小汗國。元朝則滅亡于明太祖朱元璋建立明朝時的1368年，其后明朝長期和四大汗國與其他分裂出來的汗國同時并存，直到16世紀所有大小汗國完全滅亡時。
明朝洪武元年（1368年）八月，徐達率軍攻陷元大都（今北京），元惠宗北逃至上都，后逃到應昌，并多次組織反抗，失敗后在應昌去世。在明軍的繼續追擊下，元政府逃離中原，最終來到漠北，與明軍對峙。建文四年（1402年），北元為韃靼所代替。
