現代中醫的方劑學教材體系，基本是以清代醫家汪昂所著《醫家集解》《湯頭歌訣》為樣本演化而來。從第一版至21世紀(或稱新世紀)多版教材，雖然內容逐漸豐富，條理愈益清晰，具有一定的時代經驗要求等，但總的體系無實質性的改變。汪昂根據當時學者跟師學藝，在老師的口傳心授下，邊學理論，通過大量的臨床實踐和解惑釋疑中，逐步理解方劑的配伍，組方規律，主治等達到掌握方劑學的有關理論和靈活運用方劑的目的。為了使學者適應當時社會需求，汪氏依己之見，將歷代較為常用的300余首正方及有關附方進行比較詳盡的分析等，該書適應了當時學習方劑的初學者的經驗需要。
但是從中醫史上來看，中醫藥的理論體系與邏輯卻不是汪昂《醫家集解》所能統括得了的。按照現在發掘和發現的中醫古籍來看，中醫藥體系應該是按照《神農本草經》《黃帝內經》《輔行訣》《傷寒雜病論》中方劑組方原則、理論、結構來架構。而這些中醫古籍中中藥組方理論就是陰陽五行、五運六氣、司歲備物、性味歸經等，如《輔行訣》中透漏出的《湯液經法》的性味體用經法圖，正是仲景《傷寒雜病論》的基本組方原理。而這一切又豈是汪昂《醫家集解》所能取代的？又豈是現代中醫《方劑學》教材所能洞解的？
君臣佐使的理論最早見于《黃帝內經·素問》，中間由宋·成無己引入對《傷寒論》方藥進行配伍解說，經后世歷代醫家不斷發揮，逐漸成為認識或解說方劑的重要理論工具。第六版方劑學教材之前，多版教材均是將“君臣佐使”按“組方原則”述及的，第七版的兩個版本則均從“方劑結構”立論，將“君臣佐使”作為典型方劑的一種結構及反映方中藥味配伍關系的一種規則來認識，其作為中醫闡發制方原理的一種理論模式在方解中的地位進一步得以明確，但是為什么是這樣一種組方原理與結構，卻不得而知。知其然不知其所以然也。
現代中醫歷版方劑學教材中的方解模式經歷了一個演變過程和認識理解過程。第一版的按語中幾無君臣佐使的提及，敘述簡單。第二版與第一版相近，僅在個別方的方解中出現按君臣佐使類述藥群功用，也沒有藥物之間關系的敘述，如白虎湯方解：“方中石膏清陽明經熱，除熱盛之煩躁，為本方君藥。知母清熱養陰，以治胃熱消渴，為本方臣藥。甘草、梗米和胃養陰，為本方使藥。藥雖四味，清熱、除煩、止渴之功卻很顯著?！?/span>第三、第四版將“君臣佐使”易為“主輔佐使”，用于部分方劑的方解，并開始注意對藥物配伍主次關系的敘述。第五版開始恢復“君臣佐使”并用于大部分方劑的方解，第六、第七版則廣泛用于幾乎全部方劑的解說，并重視對方內各部配伍關系的論述。由此可以看出，“君臣佐使”雖較早出現于古代方論中，但其作為現代方解的一種理論工具，經歷了一個漸進的發展過程，在學科中理論地位的確立還是比較晚近的事。這樣一個基礎性的理論問題，在現代中醫體系中還沒有完全認識清楚，可見在中醫組方其他方面的解讀也就僅僅限于經驗層次而已了。
基于君臣佐使的界定對方中藥物配伍角色的劃分是方解中的重要環節，也是解析方劑結構及配伍理論的前提?？疾飕F代中醫歷版方中君臣佐使的藥物，你會發現多版教材中內容彼此相左，甚為普遍。
不僅不少方中的臣藥、佐使藥，甚至個別方中的君藥確定都有不同。僅以炙甘草湯為例，如第三版和第四版均以炙甘草為君，其中前者將臣佐合述，以清酒為使；后者臣佐分述，即以生地、黨參、大棗、麥冬、麻仁、阿膠為臣，以桂枝、生姜為佐，無使藥；第五版則回避按君臣佐使敘述。之后的各版均以地黃為君，以炙甘草等為臣，其中第六版無使藥，《新世紀教材·方劑學》以清酒為使，《21世紀課程教材·方劑學》以麻仁、阿膠、桂枝、生姜為佐，清酒為使。從目前現代中醫諸版中有關“君臣佐使”劃分來看，盡管總論中對“君臣佐使”各部均有明確界定，但在具體方藥分析中則是見仁見智，尚存爭議，反映了“君臣佐使”作為一種理論工具在具體運用中尚缺乏統一的規則。
君藥理論的研究一直是現代中醫方劑學的熱點研究領域之一。君藥的定性，一直是現代醫家探尋的熱點，爭論頗多。在現代中醫的教材中，君藥是針對主病或主證起主要治療作用的藥物的涵義是一致的。
例如21世紀高職高專教材《方劑學》、全國中醫藥高職高專衛生部規劃教材《方劑學》、全國高等學校中醫藥對外教育規劃教材《方劑學》。君藥組方原則論，例如普通高等教育中醫藥類規劃教材。君藥組方結構論，例如普通高等教育“十五”國家級規劃教材。還有君藥組方原理論等等。
現代實驗研究君藥定位主要可以概括為藥效學研究君藥法、藥動學研究君藥法、藥劑學研究君藥法等等。這些現代中醫的君藥理論都沒有明確提出、提到君藥病機論。歸根結底，就是按照疾病主要癥狀來安排君臣佐使。但是癥狀一樣，其背后的病機并不一樣。如有學者對古代400余個方劑、驗案及現代300余篇臨床報道中的治療哮喘的方劑中的藥物類型、構成比、主要藥物及其出現頻率進行了系統分析，結果發現哮喘方涉及中藥16類，主要是化痰、解表、理氣、清熱、溫里、祛濕、收斂、活血、瀉下、熄風類藥物等等，不同功效藥物都能治療哮喘，這恰恰說明了哮喘的癥狀是不可靠的，只有其導致哮喘的病機才是決定君臣佐使的唯一因素。
在號稱“方宗”的段富津主編的第六版《方劑學》教材中也是君臣混亂，病機不明，主要表現在用藥量上。經過統計發現，六版《方劑學》中共選方356首，其中正方208首，附方148首，其中含《傷寒論》和《金匱要略》的仲景經方共86首。僅這86首經方就發現存在劑量問題的竟占57首?？煞譃椴话磽Q算標準定劑量和計量方法不統一兩個方面。
不按換算標準定劑量。由于古今衡量不等，必然存在換算問題。這一點六版《方劑學》是做了明確說明的：漢之一兩，可用3g。古方容量引宋《重修政和本草》“凡云半夏一升者，洗畢稱五兩為正；蜀椒一升者，三兩為正；吳茱萸一升者，五兩為正”。根據國務院指示：從1979年1月，中藥處方藥物計量單位一律采用“克”為單位的公制。十六兩進制與公制計量單位換算，一錢等于3.125g，一兩等于31.25g，一斤(16兩)等于500g。六版教材《方劑學》是明確這種換算方法的，并且也強調了劑量對方劑效果的重要性，但是，不按換算標準定劑量的現象在教材中屢見不解的。如：細辛，在射干麻黃湯和當歸四逆湯中原用量為3兩，如按一兩3g計，尚應該用9g，而教材中確僅用了3g，少用了6g。少用了2/3的劑量，該對方劑療效產生什么樣的影響，令人難以設想。麻黃，在大青龍湯和越婢湯中原用量為六兩，以一兩3g為計，應該用18g，而教材中卻僅用了12g和9g，少用了6g和9g，少用了1/3和1/2的劑量。生姜，與原方劑量差別更為懸殊。在小半夏湯和橘皮竹茹湯中，生姜俱用半斤，以一兩3g計量換算，也該用24g，而教材卻分別用10g和9g，少用了一多半劑量。
教材中不按3g一兩換算的仲景方有39首，占近一半，劑量差別較大。如教材明確說過半夏、吳茱萸以一升五兩為正，但是實際卻沒有這樣執行。半夏，小陷胸湯、半夏瀉心湯原方俱用半升，在麥門冬湯、半夏厚樸湯則俱用一升，而教材卻分別用了12g、12g和10g、12g，如果依半夏一升以五兩為正換算，則當換算成7.5g、7.5g和15g、15g，而教材在前兩首方劑中卻分別多用了4.5g，而在后二首方中又分別少用了5g、3g。吳茱萸，吳茱萸湯中原方劑量為一升，按上述換算應為15g，而教材卻只用了9g，少用了6g。芒硝，在大黃牡丹皮湯中用三合，在調胃承氣湯中用半升，從藥物質地和密度而言，芒硝肯定比半夏重，即便與半夏同重，一升以五兩為計，則為15g。古方容量，十合為一升，芒硝一合為1.5g，三合為4.5g，半升則為7.5g。所以芒硝在前方中當用4.5g，在后方中當用7.5g。但教材卻不遵這種換算，明知故犯地在大黃牡丹湯中多用了4.5g，在調胃承氣湯中多用了2.5g。其它如射干麻黃湯之五味子，炙甘草湯之麥冬，瓜蔞薤白白酒湯之薤白皆是如此類似。教材是教學標準，出現這些混亂君臣佐使的不標準問題，是不應該的。
計量方法不統一。這方面的現象較之前一種似乎更為突出，同一方中存在兩種以上計量方法，有的按一兩3g計，有的則不遵此換算標準。如：葛根芩連湯、大柴胡湯、越婢湯中其它藥物均按一兩3g計算，惟獨三方之君藥不按此計。葛根半斤成了15g，柴胡半斤成了12g，麻黃六兩成了9g。苓甘五味姜辛湯中諸藥皆按一兩3g計，唯獨細辛三兩僅為5g。麻杏薏甘湯中甘草一兩用3g，而麻黃半兩卻用6g，薏苡仁半兩又用了12g。一兩反不如半兩，這令人很難理解。再如：射干麻黃湯中射干三兩以9g，而細辛三兩卻僅以3g，何以厚此薄彼；冬花、紫苑各三兩各用6g，干姜、麻黃四兩而均用9g，又何以如此偏愛不等。更有甚者，桃花湯中赤石脂、粳米各一斤用25g，干姜一兩用6g，劑量大而用量反小，劑量小者反用大量，也不知有何根據，是何道理，很使人迷惑。
同一方內計量標準不一已是很大的混亂了，但在不同方中這種情況又更普遍一些。如：桂枝湯等方以一兩3g計算，而豬苓湯卻一兩9g計算。麻黃，在麻黃湯中三兩計為9g，射干麻黃湯中四兩也計為9g，越婢湯中六兩還計為9g。不知為什么，古方的量差在教材中莫名其妙地被取消了。對研究古方配伍十分不利。比如：橘皮竹茹湯中生姜半斤用9g， 小半夏湯中的生姜半斤則用10g；大柴胡湯中的柴胡半斤用12g，葛根芩連湯中的葛根半斤卻為15g，越婢湯、麻杏石甘湯中的石膏半斤用18g，小柴胡湯中的柴胡半斤卻用24g，而黃土湯中灶心黃土半斤則用30g。同時半斤，在教材中已不再等量。
同一計數，多少不一，同一容量，輕重不等。如：大棗，在桂枝湯中12枚用3枚，射干麻黃湯中7枚也用3枚；甘麥大棗湯中10枚只用5枚，橘皮竹茹湯中30枚也用5枚；十棗湯中的10枚則用10枚，而葶藶大棗瀉肺湯的12枚卻僅用5枚。改變古方用量，只要有道理本無不可，但是不遵計數標準就未免有些太隨意了。再如：同是半升半夏，溫經湯用6g，小柴胡湯、生姜瀉心湯卻用9g，而小陷胸湯、半夏瀉心湯則用12g；同是一升半夏，麥門冬湯用10g，半夏厚樸湯卻用12g，小半夏湯則用15g；同是半升薤白，枳實薤白桂枝湯用6g，瓜蔞薤白半夏湯則用12g；同是半升五味子，射干麻黃湯用3g，小青龍湯則用6g；同為麥冬，半升在炙甘草湯中用10g，而一升卻在溫經湯中僅用9g，而七升在麥門冬湯中才用70g。
同一藥物，半升與一升相近，而半升與半升則多少差別懸殊，一升與一升又輕重劑量不等。如此計量，就會給學中醫者留下很多疑團。不論怎樣，總應遵照原方君臣佐使標準，否則學習《方劑學》與《傷寒論》《金匱要略》，研究書中藥物劑量時該如何遵從？以哪一家為準？中醫藥的系列教材，應有一個協調一致的統一標準，不應各自有一套劑量。六版《方劑學》教材的劑量問題，如果詳細列析還遠不止如此，這還只是粗略分析了仲景的86首經方，就占了57首，其余的方劑還不知被改變了多少呢！究其深層次原因，就是因為不懂中醫的病機、不懂中藥方劑的君臣佐使。
再如“十五”《方劑學》教材在君臣佐使、藥量方面也是如此不規范，這只能說明現代中醫對于方劑學的基本組方原理和機制根本就不明白，可以隨心所欲的意淫和自以為是。在教材第六章“方劑的服法”中有“歷代衡量與稱的對照表”，所有藥物用量是以“古時一兩，今用一錢”換算。但是本教材收錄的仲景方中以個、升、枚為單位的藥物非常不規范，并且其方在臨床使用頻率非常高，給學中醫者是一種誤導和無可適從之感。
如在含有杏仁方中，麻黃湯其杏仁用量是70個，現代用量是6g；麻杏苡甘湯杏仁用量是1O個，現代用量也是6g；大青龍湯中杏仁用40個，現代用量也是6g；麻杏石甘湯中，杏仁是50個，現代用量是9g。在含有半夏的系列方，原方有用半升和一升的量。半夏瀉心湯中半夏是用半升，現代參考量是12g；半夏厚樸湯中半夏是一升，現代參考量也是12g；小半夏湯中半夏一升，現代參考量竟然是20g；麥門冬湯半夏用一升，現代參考量又變成6g。再如桃仁，在大黃牡丹湯用50個，現代參考量為9g；桃仁承氣湯桃仁用50個，現代參考量為12g；下瘀血湯中桃仁是20個，現代參考量為12g。附子系列方中用量也同樣懸殊。如大黃附子湯中，附子用3枚參考量是12g；麻黃附子細辛湯、麻黃附子甘草湯、真武湯各用附子1枚，參考量為9g；四逆湯四逆加人參湯、白通湯用附子各1枚，參考量為15g；附子湯用附子2枚，參考量為15g等等。
方源出自同一本書中，各方之間換算懸殊如此之大，對學者來說是一種誤導。中醫的生命力在于療效。在中醫的臨床療效中，藥物的質量、用量、使用方法及診斷水平又是互相依賴的。某個環節出現錯誤，就會影響療效。而現代中醫們不尊重歷史，不尊重原著，實際上就是不遵重中醫。歷代醫家都視《傷寒雜病論》為方書之祖，組方制方的圭杲，認真研讀后可成為醫林大家。作為現代中醫教材卻視之如兒戲，想當然的隨意改動經方藥量，體現出現代中醫對于中醫方劑君臣佐使的無知與無畏。
可見，現代中醫們忽視方劑原創者的學術思想和學術觀點問題十分嚴重?，F行《方劑學》教材中選取的是歷代著名中醫學家的經典名方，可以稱為“中醫各家學派代表方述要”。以新世紀教材《方劑學》為例，該書收載正方182首，涵蓋不同醫家及其專著共59種，其中《傷寒論》與《金匱要略》方共48首，占26.37%；金元四大家及張元素方25首，占13.74%；《太平惠民和劑局方》19首，占10.44%；《溫病條辨》12首，占6.59%；《景岳全書》6首，占3.29%；《醫學心悟》5首，占2.74%；其他醫家及其代表方67首，占36.81%。若按照各家學派的角度統計，則可分得更多更細。中醫各家學術流派的學術思想、學術觀點當然不盡相同，奇怪的是從五版到七版的《方劑學》教材都有不同程度地置方劑原創者的學術思想和觀點于不顧，過多采用現代中醫編者自己的理解。
可以看出來，現代中醫在中醫方劑學的繼承與研究中，無論是組方理論上，還是方劑學的整體結構與歷史數據上，至今都沒有一個系統的科學化的標準，完全是一盤散沙狀態，各說各話。甚至在最基本的方面也是如此。如目前不同《方劑學》教材對《傷寒雜病論》中的方劑數目就沒有統一數字，鄧中甲主編的《方劑學》認為《傷寒雜病論》中方劑是323首，而謝鳴主編的《方劑學》與高漢森主編的《方劑學》則認為《傷寒雜病論》中方劑是314首，另有孫廣仁主編的供中醫藥類專業用《中醫基礎理論》認為《傷寒雜病論》中方劑是269首，還有專門研究《傷寒雜病論》的著作統計數目是260首等等。
同一經典方劑，不同功效，不同解釋。如麻杏石甘湯，鄧中甲《方劑學》歸在解表劑中，主治“外感風邪，邪熱壅肺證”，即麻杏石甘湯不是單一的解表劑而是表里雙解劑；謝鳴《方劑學》歸在解表劑中，主治“肺熱壅盛證”，高漢森《方劑學》歸在解表劑中，主治“肺熱喘咳證”，即麻杏石甘湯主治是肺熱證而非表證。又如止嗽散，鄧中甲《方劑學》歸在解表劑中，主治“風邪犯肺證”，即病變部位在肺，謝鳴《方劑學》歸在祛痰劑中，主治“風痰咳嗽證”，而高漢森《方劑學》歸在祛痰劑中，主治“風邪犯肺咳嗽證”。再如鄧中甲《方劑學》認為腎氣丸主治腎陽不足證，方中附子、桂枝是主藥，高漢森《方劑學》認為腎氣丸主治腎陽不足證，干地黃是方中主藥，而謝鳴《方劑學》認為腎氣丸主治腎陽不足證，重點闡述附子、桂枝、干地黃在方中的作用特點。再如炙甘草湯，鄧中甲《方劑學》與高漢森《方劑學》均認為方中生地黃是主藥，而謝鳴《方劑學》則認為炙甘草是方中主藥，等等不一而足，諸如此類的互相矛盾之處，在現代中醫的方劑學教材中比比皆是。不再例如了。
中醫界有一句話，說的是中醫的特點，即中醫是“個體化治療的醫學”。這句話什么意思？現代中醫們就認為是辨證論治等等，其實所謂“個體化治療”指的是同病異治和異病同治，為什么會這樣？就是因為是辯機論治，而不是辨證論治?，F代中醫認為中醫還有一個特點，即傳統中醫有“雙相治療作用”，同一種中藥，不同劑量、不同君臣佐使，就具有截然不同、甚至相反的兩種作用，這實際上是辯機論治的體現，而不是辨證論治的邏輯。
從春秋戰國時期的方書《五十二病方》載方300首左右，到《湯液經法》的360首，再到張仲景的《傷寒雜病論》載方314首、唐代孫思邈的《備急千金方》載方5300首、宋代王懷隱等人的《太平圣惠方》載方16834首、明代朱棣的《普濟方》載方51739首等等?？梢钥吹剑绻凑瞻Y狀去組方君臣佐使的話，也就那么幾張方劑，而事實卻是隨著時間推移，方劑數量巨量增加。一種癥狀、一種疾病可以有無數種治療方劑，其原因就是古代中醫是按照病機組方君臣佐使，以不變應萬變，只要病機確定，可以組成無數張方劑。但到了現代中醫這里，就變成了組方主癥論了，這不僅是中醫的一種倒退，更是現代中醫的的無知。
中藥方劑功效不是憑空產生的，而方劑功效所反映的中醫邏輯正是中醫病機。一首方劑往往由幾味藥物組成，每味藥物都有自身的特定功效，組成方劑后，并不代表每味藥物的功效都在配方中體現出來，也就是說方劑的功效不等于組成藥物之功效的總和，而是通過君臣佐使配伍使其按照五行病機產生以偏糾偏的臨床效應。徐靈胎曰：“方之與藥，似合而實離也……故方之既成，能使藥各全其性，亦能使藥各失其性”，正是說明了病機與病癥之間的標本關系所在。
現代中醫往往套用西醫診斷，以某病用某藥，對號入座，忽視了辨機論治之本。如感冒即用所謂抗病毒的板藍根、大青葉等，而不辨其屬寒屬熱、表實表虛、四時節氣，分別從麻黃湯、桂枝湯、銀翹散之意化裁組方。又如治癰疽即用所謂抗菌藥物，如銀花、連翹、黃連、黃柏、蒲公英、紫花地丁等，組方中不辨陰證、陽證、虛證、實證而分別采用消、補、托之法。再如治療高血壓即用所謂降壓的天麻、鉤藤、石決明、決明子、夏枯草等組方，而不辨其是陰虛所致，或痰瘀所致，或血虛所致。總之，現代中醫臨床中藥運用大致有辨癥用藥、辨病用藥、辨證用藥、辨體用藥、辨痼疾用藥、辨期用藥、辨時用藥、辨地域用藥、辨中藥藥理作用用藥等九種常用方法，就是沒有辯機用藥。
現代中藥學研究熱衷于從西醫藥理學角度出發，于是出現了參照、兼容中藥現代藥理的組方思維方式。一種情況是以辨證組方為主，配伍具有現代藥理作用的中藥，如葶藶子，過去一般認為其苦泄之力較峻烈，只宜于實證，對肺虛喘促、脾虛腫滿等證則非所宜，但現代中醫藥理研究發現，葶藶子具有強心甙樣作用，臨床上單用研末服或配伍附子、黃芪等溫陽益氣扶正的藥物，用治肺心病、心力衰竭、小便不利、面目浮腫喘滿。另一種情況是將中藥按藥理作用機理組方。如治療慢性遷延型肝炎或慢性活動型肝炎谷丙轉氨酶長期增高者，根據黃芪、白術、茯苓能抑制乙肝表面抗原；茯苓促進抗體生成、穩定內環境、增加適應力，并可影響肝細胞及乙肝病毒；貫眾、七葉一枝花、地耳草有抑制乙肝表面抗原的作用；丹參活血化瘀，改善微循環，促進肝細胞恢復的機理，并加忍冬藤、半枝蓮共同組成通陽解毒湯，降酶可用野葡萄根、水楊梅根、葡伏堇；球蛋白高加衛茅、龍葵進行治療等等。
從目前現代中藥新藥的研發現狀來看，由于現代中藥復方新藥按照現代中醫所謂“辨證論治”（實際上就是西醫的對癥治療）的特點，與國際上新藥研發的“雞尾酒療法”或“固定劑量組合”的研發趨勢一致，導致現代中醫界又錯誤的以為現代中醫藥研究與國際接軌（接鬼）就是中醫藥研究的唯一方向，實際上與前文所說的“現代中藥學研究熱衷于從西醫藥理學角度出發，于是出現了參照、兼容中藥現代藥理的組方思維方式”如出一轍。2008年國家食品藥品監督管理局(SFDA)頒發的《中藥注冊管理補充規定》第5條規定：中藥復方制劑應在中醫藥理論指導下組方，其處方組成包括中藥飲片(藥材)、提取物、有效部位及有效成分。因此，中藥復方新藥的關鍵是組方，即如何在中醫藥理論指導下，組成一個有效、安全、質量可控的復方，則成為中藥復方新藥研發的關鍵科學問題。表面上，這話說的滴水不漏，但實際上，你問一下現代中醫們，什么是中醫藥理論、什么是有效部位及有效成分、什么是中藥復方組方的關鍵？它們就會不知所云了。
第418次香山科學會議“組分中藥研討會”上對組分中藥的定義是：組分中藥是指以“中醫藥理論”為基礎，遵循“現代中藥方劑的配伍理論與原則”，由“有效組分”或“有效部位”配伍而成的“現代中藥”。可以是單味藥的組分，也可以是復方的組分。復方組分中藥則是將兩種或多種中藥材的有效組分提取出來，將這些“有效組分”組方配伍并制備成復方中藥制劑。由于組分中藥的“藥效成分”基本明確，“作用機制”相對清楚，臨床適應癥比較確切，成為現代中藥復方新藥的一個新的研究方向。現代中藥藥效循證的中藥組方“優化”隨著中藥藥理學研究的不斷發展，通過正交設計、均勻設計等數理方法，以藥效學指標為評價標準的中藥組方優化的研究，已成現代中醫界的“共識”。此種研究技術以單一或多目標的西醫藥理學指標為標準，完全無視中醫藥的理論特征，篩選優化的中藥新藥復方在動物實驗中具有非常好的藥效，但在臨床試驗中往往沒有理想的結果。
現代中醫藥生物信息學的中藥組方優化生物信息學技術的快速發展使傳統中醫藥學君臣佐使理論的繼承與發展，以人不像人、鬼不像鬼的轉基因模式徹底進入“一個新的時期”。現代中醫藥以歷代中醫文獻數據庫、當代臨床數據庫、現代生物信息數據庫等為癥狀數據源，采用關聯規則、復雜網絡、復雜系統嫡聚類等數據挖掘技術，研究中醫組方用藥規律、中藥組方組效關系，開展中藥組方“優化”研究，這已經成為目前中藥新藥研究主流。先不說此類方法最大的缺點是虛擬技術，必須與臨床、實驗緊密結合，才能獲得驗證，同時，此類研究技術獲得的組方太寬泛，目標性不強。單單從繼承中醫理論來說，已經沒有一絲一毫的古代中醫的痕跡了。
現代中醫藥以病變部位為研究靶位，運用中藥有效成分組織分布分析技術，發現進入靶位的中藥有效成分，按照中藥復方新藥技術要求，依據中藥組方原則組成候選復方，進一步結合藥效學實驗，開展現代中藥“組方優化”研究，開展中藥靶位篩選的“組方優化”研究。臨床上，現代中醫的自擬方立法多違古訓，方劑的藥味甚多，倘病情復雜，方小恐病重藥輕，而投以大方重劑，然盡管如此，亦應辨明病機及標本緩急，治療亦應分先后主次，隨機更方，循序漸進。如此則無需守一呆滯大方。臨證往往精簡之小方，如輕舟快帆，直達病所，湊效甚捷。方藥繁雜的根本原因，乃辨機欠明，治療無定數，恐有遺漏，而采取“廣泛撒網”策略，由于“面面俱到”，一方即出，拘泥不變，而成刻板。殊不知藥物合用，有互相協同而增效者，有互相牽制而降效者，后者乃制方之忌。多用補藥、不分君臣佐使等等現象，于現代中醫的組方之中皆是常見之弊。
