事業單位分類，按照職能性質分為行政類、公益類和生產經營類。行政類又區分出行政類和執法類兩種，公益類細分公益一類、公益二類。不同類型改革方向和內容大不相同。
1、行政類事業單位改革。行政類事業單位是指承擔行政審批、行政許可、行政確認、行政備案、行政監督等職能的事業單位。根據法律法規規定，承擔政府行政審批等職能的，主體應該是政府的行政職能部門，但受編制和機構的總量控制，政府設定的職能部門數量有限，便委托一些事業單位代為執行，機構性質參照公務員管理（部分而非全部），行政類事業單位由此產生。本輪機構改革，各地方案都明確，將行政類事業單位納入清理范籌，無論全部、主要和部分承擔行政職能的事業單位，都將被剝離行政職能收歸機關，或整合到職能相近的機關。今后，除執法類機構外，不再單設或增設行政類事業單位。由于本次機構改革實行機構和編制限額管理，行政類事業單位的職能劃轉，只是職能劃轉，除極少部分人按照“編隨事走、人隨編走”隨職能劃轉過渡為公務員外，其余大部分人基本上保留到改制后的本單位或分流到其他事業單位安置，不可能全部隨職能劃轉置換為公務員。
2、公益一類事業單位改革。公益一類事業單位主要是指承擔科教文衛等行政輔助性服務和公益性服務的事業單位。其特性有兩點：一是沒有收費職能和權力，不宜由市場配置資源；二是由財政全額撥款供養（部分鄉鎮衛生院除外）。由于承擔著本應由政府承擔的基本公益服務，公益一類作為事業單位的主要類型，是國家重點保障確定要保留的事業單位，絕大部分會保持現狀，但部分可能會根據職能相近原則進行必要的整合。
3、公益二類事業單位改革。公益二類事業單位的基本特性是部分資源可由市場配置，即存在一定經營或收費職能。鑒于此，此類事業單位一般由財政差額撥款供養。改革有三個類型的方向：一類針對主要為行政機關提供輔助性服務或基本公益服務的，剝離其經營或收費職能，保留在事業單位序列，作為一類事業單位由財政供養；二是保持現狀，允許其保留經營或收費職能，保障其基本的公益服務職能。以上兩類占了公益二類事業單位大部。還有就是一部分效益較好的，也就是收費或經營職能占據其主體職能大部，可以實現自負盈虧的中介、營利性組織，如公證處、律師事務所、園林綠化工程處、殯儀館等，全部改企。包括縣級以上公立醫院和高校也在試點取消編制，實行備案制管理，即單位保留事業屬性，人員企業化。
4、生產經營類事業單位改革。這類單位使用的都是自收自支編制，或地方自籌自定編制，按照事業單位分類改革要求，在2020年底前，這類單位將全部改企。今后，國家將不再審批此類事業單位。其在職在編人員，部分隨職能劃轉分流到其他事業單位，其余人員全部取消編制實行合同制管理。從事業單位到企業，很多人擔心單位改企后自己會下崗，這點無需憂慮，正式在編人員不存在下崗風險，為了保持干部隊伍的穩定性，國家推行機構改革都明確要求平穩過渡，不會簡單地推向社會，造成新的結構性矛盾。對于這點，事業人員大可放心。
