凡豆蔻者計有四種，曰：肉豆蔻、白豆蔻、紅豆蔻、草豆蔻，四者均為芳香類藥食兩用的本草。肉豆蔻為肉豆蔻科植物肉豆蔻Myristica fragrans Houtt.的干燥種仁。白豆蔻為姜科植物白豆蔻Amomurnkravanh Pierre ex Gagnep.或爪哇白豆蔻 Amomum compactum Solandex Maton 的干燥成熟果實。按產地不同又分為“原豆蔻”和“印尼白蔻”。紅豆蔻為姜科植物大高良姜Alpiniagalanga Willd.的干燥成熟果實。草豆蔻為姜科植物草豆蔻 Alpinia katsumadaiHayata 的干燥近成熟種子。四種豆蔻，名稱上相似，容易混淆。而今，2015版《藥典》將“白豆蔻”學名冠為“豆蔻”，在歷史上草豆蔻也有稱為“豆蔻”，這就更容易造成混淆。
肉豆蔻與草豆蔻的藥用歷史較為明朗。肉豆蔻入藥最早出現在五代時期，該時期的《藥性論》、《海藥本草》、《日華子本草》專業本草著作中均有提及。宋代《本草圖經》說：肉豆蔻，出胡國，今唯嶺南人家種之。今天肉豆蔻主產于東南亞馬來西亞、印度尼西亞、斯里蘭卡等國家，我國兩廣、云南也有栽培，與蘇頌前輩所載歷史情況基本相同。明代李時珍《本草綱目》解讀其名稱由來講：“花實皆似豆蔻而無核，故名。”白豆蔻入藥始載于宋代《開寶本草》，載“出伽古羅國，呼為多骨”，稍后的《本草圖經》表述說“白豆蔻，出伽古羅國，今廣州、宜州亦有之，不及蕃舶者佳。”可見彼時的白豆蔻就已經有原產與進口兩個品種。
紅豆蔻入藥也在五代時期就有之，《藥性論》、《海藥本草》也都有記載。李珣說紅豆蔻“云是高良姜子”，歷代及今將紅豆蔻誤認為是高良姜（姜科植物高良姜Alpinia officinarum Hance）果實的不在少數，諸如元代《湯液本草》、明代《本草綱目》、清代《得配本草》等均出現同樣的錯誤。巧合的是，清代《本草求真》記載也將紅豆蔻的根作為高良姜使用，張山雷先生在《本草正義》中也說紅豆蔻“諸家主治皆與良姜同一條理，是以今人方中，此藥不甚著名，蓋應用各證，俱以良姜之類當之足矣。”古人陰差陽錯的將紅豆蔻與高良姜混淆起來，且認為其功用基本等同，以至于后來用高良姜取代了紅豆蔻。
草豆蔻入藥以“豆蔻”之名首見于南北朝的《名醫別錄》，在缺乏植物學概念的古代，藥用草豆蔻的基質來源較為混亂，李時珍在《本草綱目》有記載說：“按揚雄《方言》云：凡物盛多曰蔻。豆蔻之名，或取此義。豆象形也。”古人以植物果實形態及數量來識別“豆蔻”，這也就難免將來源不同植物但外貌相似的果實“豆蔻”混為一談。據生藥學家徐國鈞院士等人考證，《本草圖經》、《本草蒙筌》、《本草綱目》、《本草求真》等本草典籍中所載的草豆蔻實際為山姜屬植物艷山姜 Alpinia zerumbet (Pers.) Burtt. & Smith ，艷山姜為古代藥用草豆蔻的主流來源，與今有所不同。
從藥用基源來講，白豆蔻、紅豆蔻、草豆蔻均為姜科近親植物，也就決定了白豆蔻、紅豆蔻、草豆蔻三者功用比較相近。而肉豆蔻為肉豆蔻科植物，與其他三種豆蔻非同科植物，也就必然存在一些差異。肉豆蔻自載入本草以來就以溫中行氣，澀腸止瀉為用，如《日華子本草》載其“調中下氣，止瀉痢，開胃消食”，《海藥本草》言其主“脾胃虛冷氣，并冷熱虛泄，赤白痢等。”白豆蔻、紅豆蔻、草豆蔻三藥都具有化濕除寒止嘔的作用，“白豆蔻芳香氣清，偏于行中上焦一切寒濕氣滯之癥；紅豆蔻辛熱，無行氣作用，長于溫胃散寒，燥濕醒脾；草豆蔻辛溫香燥，燥濕散寒力勝，善于燥濕健脾，適用于寒濕郁結中焦之癥。”誠見，肉、白、紅、草四種豆蔻來源不同、功效各異，又不可不辨了。
