毗盧寺位于南京市漢府街，始建于南朝，因廟中供養毗盧遮那佛，初名毗盧庵，為金陵名剎之一。后歷經滄桑，幾興幾衰。清咸豐年間毀于戰火。1884年，兩江總督曾國荃在原毗盧庵址擴建梵宇，改為毗盧禪寺。其時毗盧寺東至現明故宮、西至總統府、北至珠江路、南至長江路，遂成為金陵第一大寺。
民國時期，因其坐落在民國政治文化中心---長江路，而一躍成為全國佛教的中心。中國佛教會、中華佛學研究會、中國宗教聯誼會皆設于此，并在此成立首都中醫院，成為中國佛教研究和中醫學研究的中心，對中國佛、醫及文化有著不可估量的影響。
尚未就位的標牌
南京人的記憶中，毗盧寺在上世紀后半葉，逐漸消失，那里成了馬達轟鳴的工廠。“文革”期間，寺中3000尊佛像全部散失，佛堂成了江蘇無線電廠的車間和庫房，眾僧飄零四方。20世紀末，毗盧寺開始修復，2004年，基本復建成現今的模樣。
山門是寺院正面的門，象征“三解脫門”，即“空門”“無相門”“無作門”。毗盧寺原山門早已無存，1998年重建，2013年再度重建。現山門高10米，寬14米，三門六柱，整體造型古樸雄偉，其雕飾精美生動。
正對山門就是金水橋，過橋沿臺階而上，就到大雄寶殿。大雄寶殿坐北朝南，歇山頂式，小瓦磚墻，檐下懸紅底金字的“大雄寶殿”匾額。大雄寶殿東側是鐘樓，西側為鐘樓。2011年12月14日大雄寶殿修繕竣工、鐘鼓樓、禪堂落成并對外開放。
大雄寶殿內供奉毗盧遮那佛，是佛教密宗至高無上的本尊佛，為佛教密宗所尊奉最高神明，統率著全部佛和菩薩，是佛教密宗世界的根本佛。兩側楹聯：“光緒士年初建名剎經樓寶殿大士慈航菩薩路，如來萬緣中興道場富國安民祥云常繞石城天”。
大雄寶殿外墻面上文革時被毀掉的浮雕，現已精心修繕恢復。
