倪瓚的繪畫理論，從觀念上推進了中國文人畫的發展，而他的繪畫實踐，則更充實了文人畫的寶庫，更直接地影響著后世畫家。
倪瓚極為鮮明的繪畫風格，從其傳世真跡分析，可以分為以下四類：
前景坡石雜木、叢篁茅亭；中景空白象征水面；遠景沙腳山巒，或一重或數重，或平緩或高聳。簡稱“一河(湖)兩岸”。如《紫芝山房圖》、《秋亭嘉樹圖》、《六君子圖》、《漁莊秋霽圖》、《贈周伯昂溪山圖》。
·《紫芝山房圖》縱80.5cm，橫34.8ccm，紙本，水墨，立軸 (臺北故宮博物院藏)
·《秋亭嘉樹圖》縱134cm，橫34.3cm，紙本，水墨，立軸 (北京故宮博物館藏，與前圖甚相似，遠景尤類)。
·《六君子圖》縱61.9cm，橫33.3cm，紙本，水墨，立軸（上海博物館藏）
亦為倪氏常見體裁，兩株幽木配以坡石、叢竹，都在一個層次中，簡潔疏秀。如，《古林幽篁》、《樹石幽篁》、《叢篁古木》、《苔痕樹影》、《竹石喬柯》。
·《古林幽篁》縱88.6cm，橫30cm，紙本，水墨，立軸（北京故宮博物院藏）
·《苔痕樹影圖》縱91.5cm，橫33cm，紙本，水墨，立軸（無錫博物館藏）
關于倪瓚設色山水：倪云林甚少設色畫，是人所共知的。
這是他的性格和意趣所決定的。他甚至很少在自己的作品上鈐印。大約是怕鮮明的朱紅破壞了水墨的清逸氣。
·《水竹居圖》縱55.5 cm，橫28.2cm，紙本，設色，立軸（中國歷史博物館藏）
《六硯齋筆訣》載有李日華的一段話：“倪云林著色山水，余見五、六幅各有意態。戊辰三月在金陵，王越石示余一幅，乃為周南老作者云嵐霞靄，尤極鮮麗。所寫松皆枯毫渴筆，就意為之，而天趣溢出，周南老題云：云林小景，著色者甚少。嘗客寒齋，間作一、二。觀共繪染，深得古法，殊不易也。”（周南老為倪瓚好友。倪氏墓志銘即他所撰。）
·《水竹居圖》局部
尚有現藏于北京國家博物館的《水竹居圖》青綠設色，筆致軒潤渾厚，有董巨遺意。該畫作于癸末，倪氏四十三歲。兩幅設色之中，一為中年，一為晚年；一為青綠，一為淡彩。可大體想見倪氏這類作品的風神。
王原祁對元四家中黃、倪兩家研習頗深，他在一幅擬設色云林小幅中題曰：“學畫至云林，用不著一點工力。有意無意之間，與古人氣運相為合撰而已。至設色更深一層不在取色，而在取氣，點染精神，皆借用也。”所謂“用不著一點工力”，是指純任自然，平淡天真而言，屬于文人畫的高級階段。
·王原祁《浮嵐暖翠》縱19cm，橫23cm，設色紙本，鏡片
“不在取色，而在取氣”，則是一個新鮮的論點，與“六法”中“隨類敷彩”有很大區別，而且十分吻合倪氏“聊寫胸中逸氣”的說法。只可惜倪氏現存設色作品太少，這一新論點不能得到充分的印證。但是，王原祁的設色畫，卻頗具說服力，很有借色取氣的樣子，應該是倪氏設色法啟示的結果。
