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A房地產開發公司立項開發了一幢商住綜合樓，1層~4層是商業用房，5層~20層是住宅，住宅中有普通住宅和非普通住宅，現已符合土地增值稅清算條件。對該土地增值稅清算單位中既有普通住宅、非普通住宅、非住宅的情況下，是區分普通住宅、非普通住宅和非住宅三類分別計算土地增值稅，還是區分普通住宅和其他兩類分別計算土地增值稅？普通住宅核算的結果出現負增值是否可以抵減其他的增值額？普通住宅在會計處理上未分別核算是否能享受土地增值稅優惠？土地增值稅是以一個清算單位的增值額作為計稅依據，所以，清算單位劃分不同，會產生不同的土地增值稅清算結果。而在土地增值稅清算單位的確認上，《土地增值稅暫行條例實施細則》第八條規定，土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發[2006]187號）進一步明確規定，土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算。土地增值稅政策同時規定，對納稅人建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅。也就是說，一個清算單位如果開發的全部是普通住宅，其增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅；一個清算單位中即有普通住宅又有非普通住宅或非住宅的，如果普通住宅的增值額部分未超過普通住宅扣除項目金額20%的，也可以免征土地增值稅。但《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅[1995]48號）十三條規定，對納稅人既建造普通標準住宅又搞其他房地產開發的，應分別核算增值額，不分別核算增值額或不能準確核算增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用免稅規定。《國家稅務總局關于印發〈土地增值稅清算管理規程〉的通知》（國稅發[2009]91號）規定：“清算審核時，應審核房地產開發項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算；對于由發改委或規劃部門批準的分期開發的項目，是否以分期項目為單位清算；普通標準住宅是否與其他類型的房屋分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅。”結合上述政策:第一，同一清算單位中有普通住宅、非普通住宅或非住宅的，納稅人可以選擇按普通住宅和其他商品房兩類分別計算土地增值稅，或不分別計算土地增值稅。也就是說，除普通標準住宅外，同一清算單位中的不同類別的商品房一律合并計算土地增值稅。第二，同一清算單位應當是作為一個土地增值稅清算單位計算土地增值稅，但對一個清算單位中包含有普通住宅及其他商品房的，并且納稅人對普通住宅分別核算土地增值額的，如果普通住宅的增值額為負增值，則可以沖減同一清算單位其他商品房的增值額。這是因為：普通住宅需要分別核算的目的在于享受普通住房的優惠政策，但納稅人是否愿意分別核算應視納稅人的意愿，而不是必須分別核算。在普通住房分別核算結果為負增值，納稅人當然可以選擇合并計算，相應普通住宅中所隱含的負增值無形之中也就抵減了其他類型商品房的增值額。另外，如果普通住宅的增值率超過扣除項目金額20%的，也應當與其他商品房合并計算土地增值稅。第三，開發項目中同時包含普通住宅和其他商品房的分別核算，并非是要求在會計處理上要分別核算，而是在計算土地增值稅時應當分別計算。即應分別計算普通住宅和其他商品房收入及扣除項目。在普通住宅和其他商品房扣除項目的分攤上，應當參照《土地增值稅暫行條例實施細則》第九條規定，即可按轉讓土地使用權的面積占總面積的比例計算分攤，或按建筑面積計算分攤，也可按稅務機關確認的其他方式計算分攤。