1787年，黎昭統帝正式將年號改為昭統。追崇父親黎維祎為佑宗皇帝，尊母親阮氏玉素為皇太后。黎昭統帝對文教比較重視，他試圖恢復科舉，并開創了十科取士的制度，但未能施行。昭統帝又在阮有整的建議下大肆搜刮北河各地寺廟、道觀，熔毀其銅鐘鑄造“昭統通寶”。
阮有整驅逐了鄭槰之后，被昭統帝封為鵬忠公，加封平章軍國重事，委以重任。雖然鄭槰被驅逐，但鄭主的勢力并沒有被完全消滅，北河各地的將領依舊支持鄭主。丁錫壤奉鄭槰暫居于桂陽縣，阮有整不得不派大軍前往征討，但不能勝。鄭槰退往南真定，范廷僐傳檄各地要求討伐阮有整，并約昇龍的裴時潤為內應。但裴時潤被揭發而遭到殺害，阮有整隨即派部將黃曰選前往討伐鄭槰。鄭槰大敗，逃往安廣。楊仲濟、黃馮基也先后起兵討伐阮有整，但皆被打敗殺死。
在消滅鄭主殘余勢力之后，阮有整的權勢越來越大。昭統帝開始猜忌阮有整，與內翰黎春治、吳為貴等人密謀召阮有整入宮議事，欲趁機毒死阮有整，但被內翰武楨勸止。這被阮有整得知，由此，阮有整與昭統帝出現矛盾，從此以后不再上朝。同時大興土木修建自己的府邸，其權勢擬于鄭主。
阮有整的一系列行為都被阮惠得知。此前阮惠率軍南還的時候，留別將阮裔鎮守乂安。阮裔陰懷異志，與昇龍的阮有整互相勾結。阮有整認為乂安可圖，派遣陳功燦等出使富春，要求阮惠將乂安割讓給后黎朝。阮惠大怒，將陳功燦等人投入江中溺死。從此以后，阮惠認為阮有整是政治投機分子，深惡其為人。
此時阮惠得知阮有整在昇龍為所欲為，遣使要求阮有整回到富春。阮有整以北河境內不寧為由拒絕前往。于是阮惠派武文任前往征討，昭統帝命阮有整御敵。武文任趁夜大破阮有整，阮有整逃回昇龍，挾持昭統帝以及太后、皇妃、宗室等人棄城逃往京北鎮（今北寧省）。武文任率軍追及，擒殺阮有整。
武文任在昇龍擁立黎維為監國，而昭統帝則逃到了至靈縣，被阮有整的舊將黃曰選迎到了真定，以張登揆家為行在，圖謀恢復。但不久黃曰選戰敗被殺，昭統帝輾轉逃到了京北的諒江府糾集遺臣反抗，皇太后阮氏玉素則逃到了高平的奧隘，遣使向清朝求救。
與此同時，武文任圖謀割據昇龍自立，被阮惠發兵襲殺，以吳文楚代領其眾。而后黎朝求救的書信到達了南寧，清朝的兩廣總督孫士毅、巡撫孫永清奏聞乾隆帝。乾隆帝派孫士毅出兵安南，試圖恢復后黎朝。
清朝大軍入侵的消息傳至安南，西山軍大為驚駭，紛紛潰散。昭統帝在糾集山南人馬，皇弟黎維?也在宣光、興化一帶糾集遺臣，協助清軍。消息傳到昇龍之后，西山軍的將領吳文楚知昇龍難以防御，拋棄了昇龍城，退往三疊山（位于寧平省和清化省交界處）。
孫士毅率清軍進入昇龍，黎昭統帝也前來參謁。孫士毅在軍營中宣讀了乾隆帝的詔書，將事先準備好的璽授頒發給昭統帝，冊封其為安南國王。
黎昭統帝復國之后，一切行動都受到了孫士毅的制約。昭統帝名義上是安南國王，實際上權力全部掌握在孫士毅手中。而由于有孫士毅在，黎昭統帝發布詔書的時候都不敢使用后黎朝的昭統年號，而是使用清朝的乾隆年號。黎昭統帝每天都要到孫士毅的軍營里參謁，候聽軍國機務。其出行時沒有儀仗隊，只有文臣武將十余人跟隨，昇龍的百姓幾乎都不知道出行的是皇帝；偶爾有知道的人都私下談論，認為安南從來沒有出現過如此卑屈的皇帝。有時候孫士毅不予接見，只是簡單地讓傳令兵通報沒有事務，讓昭統帝回去休息。后黎朝的遺臣們都很失望，但無可奈何。
群臣奏請處罰曾經投靠西山軍的官員，昭統帝將這些官員或被關押入獄或被免職。昭統帝剛剛復位，不少安南人前來投奔。但昭統帝將所有事務都給孫士毅管理，孫士毅反斥責這些人急功近利。清軍自恃有功，看不起軍中的安南人，甚至加以羞辱。而且黎昭統帝對群臣進行封賞時，只提拔了跟隨自己流亡的人，對其他有功的大臣則不予重用。這又令遺臣們離心離德。而昭統帝生性心胸狹隘。有宗室之女嫁給西山朝將領而懷孕，昭統帝令人剖腹殺其子；又砍去三名皇叔的腳投于宮市示眾，使得人心惶惶。皇太后阮氏玉素自高平回京，見其作為，憤而拒不入宮。后經阮輝宿的勸解，方才入宮居住。
孫士毅自從攻占昇龍之后，日夜飲酒作樂，不以為備。與此同時，阮惠率西山軍北上，在乂安進行充分休整之后，在除夕和春節期間對清軍發動總攻。清軍毫無防備，大敗，孫士毅率殘部逃回清朝境內。黎昭統帝也令人接皇太后阮氏玉素和自己的元子黎維詮，從鎮南關逃入清朝境內，被安置在南寧。后黎朝遺臣黎維??、丁迓衡、丁令胤等人也陸陸續續逃到南寧跟隨。皇弟黎維祗保護皇妃阮氏金準備投奔清朝，但道路不通，于是在宣光糾集遺臣反抗西山軍，黎維祗兵敗被俘殺。阮氏金則流落民間。
