同治四年（1865年）阿古柏在英國和俄國的支持下，率軍入侵我國新疆，并建立“哲德沙爾汗國”，但當時清政府面臨著內憂外患，完全沒精力管新疆，致使阿古柏盤踞新疆十幾年。
對于是否要收復新疆朝堂上也是分成了兩派，李鴻章認為“新疆不復，于肢體之元氣無傷；海疆不防，則心腹之患愈棘”，并且李鴻章海防論的核心還是防范日本，他早在甲午海戰爆發的二十多年前就將日本對清朝的威脅提高到了沙俄對清朝的的威脅之上，原話是“日本狡焉思逞，更甚于西方，今日所以謀劃水師不遺余力者，大半為制馭日本起見”。對此主張“塞防”的湖南巡撫王文韶不認同，他認為“海疆之患不能無因而至，其所視成敗以為動靜者，則西陲軍務也”。
但無論是李鴻章的海防論還是王文韶的塞防論，都是走的極端，要么放棄塞防，要么放棄海防，實際上這二者皆不可取。左宗棠則持“海防”與“塞防”并重論。他認為“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以衛京師（京師指北京）；若新疆不固，則蒙部不安，匪特陜、甘、山西各邊時虞侵秩，防不勝防，即在北關山亦將無晏眠之日，所以時事之宜等，謨謀之宜定者，東則海防，西則塞防，二者并重。”左宗棠的建議得到了清政府的支持，年近七旬的他被任命為欽差大臣，督辦新疆軍務。但收復新疆可不是耍耍嘴皮子就行，那可是困難重重。
軍費難
不管是現代戰爭還是古代戰爭，都是十分燒錢的，剛經歷過太平天國運動和兩次鴉片戰爭的清政府根本就沒有多余的錢支持李鴻章收復新疆，慈禧太后只給了左宗棠200萬兩銀子，又讓各省給左宗棠的大軍籌集了300萬兩軍費，加一起也不過500萬兩銀子，這點錢根本不夠，沒辦法清政府又下令準許左宗棠自借洋款500萬兩。但經費仍然不夠，仗還得打啊，于是左宗棠又先后于光緒三年（1877年）、光緒四年（1878年）和光緒七年（1881年）向洋商借錢。統計下來左宗棠在同治十三年（1874年）至光緒七年（1881年）期間共向洋商借款1375萬兩，另外向華商借款846萬兩。
軍糧難
軍費的問題靠著借錢解決了，軍糧的問題又接踵而至。有人可能會說有了錢不就能想買多少糧食就買多少糧食了，這當然是不行的，很多商人都投機倒把，肯定會趁機哄抬糧價，況且軍糧所需十分巨大，再有錢短時間內要籌備這么多糧食也十分困難。左公也知收復新疆不是一時的功夫，就命西征軍前鋒部隊駐扎在哈密，興修水利，屯田積谷。此舉非常有效，光緒二年（1876年）屯田所產糧食有5160余石，可以解決大軍半年的軍糧所需。但畢竟屯田種糧需要一年的時間，眼下所需的軍糧還是得靠買買買解決。為了保證軍糧的供應，左宗棠建立了四條路線：
一是從甘肅河西購買軍糧，經嘉峪關、玉門關運送到新疆哈密；
二是由包頭、歸化、寧夏經蒙古運送到新疆東部的巴里坤古城；
三是在新疆東部就地購買糧食；
四是向沙俄購買，從齋桑泊運糧。
有了這四條路線，軍糧問題就解決了。
軍隊難
打仗靠的還是人，軍費軍糧都有了，可如果部隊不愿意去，那這仗也沒法打。畢竟當時的新疆屬于偏遠荒涼地帶，七萬多人馬中不是每個人都愿意去的，長途跋涉不說，光水土不服都能要了一部分人的命，到時候都不是死在戰場上，而是死在去新疆的路上。為此左宗棠也不勉強，只要是不愿意跟隨他去新疆的士兵，一律發放路費自行回家。其后左宗棠又對部隊進行精選壯丁、裁汰冗雜，既節省了糧餉開支，又加強了戰斗力。
在解決了重重困難后，左宗棠不負眾望，采取“緩進急戰、先北后南”的戰略方針，徹底消滅了阿古柏集團，收復了除伊犁外的新疆大部分地區。然而之后左宗棠并沒有指揮大軍一鼓作氣，收復新疆全境，這是為何呢？
阿古柏能夠占領新疆，是得到了英國和沙俄的支持的。尤其是沙俄，借助阿古柏侵占新疆的時機，于同治十年（1871年）悍然出兵占領伊犁。想要收復新疆全境，可不是光靠軍隊就行了，又涉及到與沙俄的外交問題。清政府便于光緒四年（1878年）派出了欽差大臣崇厚出使俄國，想要通過外交手段收復伊犁。沙俄內部對于是否歸還伊犁也是意見不一，直至崇厚到達沙俄半年后才給出了歸還伊犁的條件大致有三條：
一、中國僅僅收回伊犁城，伊犁西境霍爾果斯河以西、伊犁南境特克斯河流域以及塔爾巴哈臺（今新疆塔城）地區齋桑湖以東土地割讓給俄國；
二、支付俄國“代收代守”伊犁的軍費五百萬盧布（折合二百八十萬兩）
三、免去俄國在蒙古和新疆的貿易稅，并新開三條通商路線。
崇厚也是個喪權辱國的無能大臣，在沙俄的脅迫下簽訂了這份條約，即《里瓦幾亞條約》。國內得知簽訂的條約內容，輿論嘩然，張之洞上奏彈劾崇厚，“若盡如新約，所得者伊犁二字之空名，所失者新疆又萬里之實際”，要求朝廷將崇厚“拿交刑部，明正典刑”。左宗棠得知消息后更是憤怒不已，說“我得伊犁只剩一片荒郊，北境一二百里間皆俄屬部，孤注萬里，何以圖存”。清政府也是硬氣了一回，拒絕批復此條約并將崇厚革職查辦。
之后清政府改派英法公使曾紀澤（曾國藩的長子）出使俄國，與俄談判改約。為了給談判增加籌碼，左宗棠大軍再次開赴新疆直奔伊犁，并且做好了武力收復伊犁的準備。同時曾紀澤與俄國的談判也有了進展，爭回了中弄過一部分主權。條約主要內容是：中國收回伊犁，部分取消原約的割地條款；只允許俄國在嘉峪關、吐魯番設領事館；俄國在蒙古和新疆的貿易免稅改為“暫不納稅”。可惜的是霍爾果斯河以西及齋桑湖以東的地區仍然劃給了俄國，共計7萬多平方公里的領土，需要賠償的軍費也由500萬盧布漲到了900萬盧布。雖然此條約仍然是個喪權辱國的不平等條約，但相較于崇厚簽訂的舊約來說，能有這樣的結果也算不錯了。畢竟那時候的清朝要是與沙俄開戰，勝負難料，萬一失敗了恐怕連之前收復的新疆都要拱手相讓了。
不管怎么說，左宗棠收復新疆這一仗打得漂亮，讓清朝看到了中興的希望，也進一步促進了洋務運動的發展。只可惜1894年甲午海戰的失敗，撕掉了清政府最后一塊遮羞布，清朝喪失了東亞霸主的地位，掀起了列強瓜分中國的熱潮。
