準噶爾汗國是蒙古人所建立的最后一個草原帝國，其巔峰時期控制著西蒙古和整個新疆地區，與清帝國前后對峙了一百多年。
自元朝被明軍趕出中原之后，蒙古高原就分裂成了“厄魯特蒙古”和“喀爾喀蒙古”兩大部分。厄魯特蒙古在明代被稱之為“瓦剌”，當年制造土木堡慘案的也先就是該部盟主。
到了明朝后期，厄魯特蒙古共有五大部族，分別是：土爾扈特部、和碩特部、準噶爾部、杜爾伯特部、輝特部，各部落首領主要都是外姓，不是成吉思汗的后裔。
與厄魯特蒙古不同，喀爾喀蒙古（也就是我們今天所說的外蒙古），其首領大多是黃金家族后裔，而蒙古大汗的位子也一直由喀爾喀蒙古把持著。
“厄魯特蒙古”和“喀爾喀蒙古”就如同中國的南北朝時期，是蒙古民族的大分裂時代，而也正是由于蒙古人的不統一，才給了清朝征服蒙古的機會。
從明朝建立開始，厄魯特和喀爾喀就開始互相征伐，一直持續到明朝滅亡，雙方也未分勝負。后來隨著清帝國的崛起，喀爾喀蒙古東部和南部地區被清軍降服，形成了后來的內蒙古。而在征服內蒙古的過程中，蒙古末代大汗林丹汗也被清軍擊敗，后來病死在了青海，其子向多爾袞投降并獻出了傳國玉璽，大蒙古帝國正式滅亡。
林丹汗死后，蒙古群龍無首迫于清軍的強大，“喀爾喀蒙古”和“厄魯特蒙古”均向清朝稱臣，而此時的清朝忙于平定關內陸區，于是對“喀爾喀蒙古”和“厄魯特蒙古”都非常拉攏。
而就在明末清初之際，厄魯特蒙古中的準噶爾部逐漸崛起，到1671年噶爾丹成為準噶爾部臺吉（臺吉類似于漢人的藩王、國王，比大汗低一級）。
噶爾丹繼位后先是擊敗了厄魯特蒙古的盟主，和碩部大汗鄂齊爾圖，自己也開始稱汗，正式建立準噶爾汗國，成為厄魯特蒙古的新盟主。緊接著他又向南滅掉了茍延殘喘的東察合臺汗國，向東擊敗了哈薩克汗國，將整個新疆和蒙古西部納入自己的版圖。
在統一厄魯特蒙古后，噶爾丹準備效仿成吉思汗，開始了統一全蒙古的軍事行動。
1688年噶爾丹率兵3萬進入喀爾喀蒙古，喀爾喀蒙古諸部不敵噶爾丹，紛紛逃亡內蒙古地區，向大清皇帝求救。康熙帝在接到求救之后派遣2萬多人前去迎敵。
此時距離清兵入關已經過去40年了，八旗的戰斗力真的大不如前了，面對著強悍的準噶爾騎兵，清軍在烏爾會河遭遇慘敗，康熙帝聞之大驚，而噶爾丹在獲勝之后立即率軍南下，直撲北京。
噶爾丹南下的消息震動清廷，康熙下令京師戒嚴，之后迅速總計動員了10萬大軍前去迎戰。
面對著康熙的親征，噶爾丹沒有一絲的恐懼，在他眼中，此時此刻的局勢像極了470多年前“野狐嶺之戰”。
公元1211年，蒙古人的民族英雄成吉思汗在內蒙古的野狐嶺擊敗了金國40萬大軍，正式拉開了滅金戰爭，而建立金國的女真人就是滿人的祖先。如今時過境遷，蒙古再度與“女真人”進行大戰，噶爾丹試圖復制成吉思汗的成功。
1690年，10萬清軍與3萬準噶爾軍在內蒙古東部的烏蘭布通展開血戰。不過由于感染痢疾，康熙并沒有親自上陣，此戰清軍統帥是康熙帝的親哥——和碩裕親王福全。
對于“烏蘭布通之戰”，今天很多人都認為是清軍大勝，各路史書將噶爾丹的“駝城戰術”損地是一無是處，不堪一擊。
但其實清軍并沒有打贏噶爾丹，雖然最后噶爾丹選擇撤退，但主要是因為噶爾丹的彈藥用光了。而清軍則完全是靠著人多，槍多，大炮多的優勢，生生地把噶爾丹給“耗”跑了。
根據隨軍傳教士的記載，清軍在野戰肉搏中被蒙古人打得是七葷八素，根本沒有了當年吊打明軍的風采，而“滿人男子滿萬，則天下無敵”的神話也從此成為一個傳說。
戰后統計，清軍的傷亡遠遠大于準軍，就連康熙的大舅子佟國綱也在沖鋒中陣亡了，這令康熙大為悲慟。而反觀噶爾丹，僅僅損失了2000多人，傷亡并不大。不過倒霉的是，噶爾丹在撤退的路途中遭遇了瘟疫，數千名士兵病死，損失甚至超過了與清軍的交戰。
此戰噶爾丹最大的失誤就是兵力太少！即便他的軍隊驍勇善戰，但是僅以三萬人就想復制成吉思汗的成功，實在有些困難。要知道，當年成吉思汗可是集結了10萬大軍才敢與大金帝國開戰的，而清軍當年進攻大明的時候也至少有6萬人。相比之下，噶爾丹的區區3萬人真的不夠用。
很顯然，噶爾丹與成吉思汗不是一個檔次上的人物，噶爾丹太狂妄了，他在沒有完全統一蒙古的情況下就貿然與清帝國開戰，這是非常不明智的舉動。
當然，噶爾丹也有自己的苦衷。
就在他與清軍交戰之前，噶爾丹的后院突然著火了，他的侄子策妄阿拉布坦趁他舉兵東進之時抄了他的老家，讓噶爾丹失去了根據地。
這時噶爾丹最應該做的就是立即回去平叛，但噶爾丹狂妄地認為只要向東打敗清朝，策妄阿拉布坦就不足為慮，因此執意前行。
其實在第一次擊敗清軍之后，噶爾丹是可以乘勝與清廷議和的，這樣他就可以穩固自己在喀爾喀蒙古的統治，耐心地增強自己的實力。
而就算是清庭不接受議和并發兵來攻打他，憑借噶爾丹軍隊的戰斗力，只要他不主動出擊，躲在草原深處以逸待勞，便可以擊敗勞師遠來的清軍，以戰逼和。等到日后自己的統治穩固下來再出兵伐清，那時勝算會高很多。
不過第一次擊敗清軍的勝利沖昏了噶爾丹的頭腦，他認為清軍不過如此，于是希望一鼓作氣拿下北京。但他忘了自己總共只有三萬人，這么點人是不可能消滅大清帝國的，最后他受阻于烏蘭布通。
在烏蘭布通戰斗結束后，噶爾丹向西退去，但此時他的實力尚在，仍舊沒有放棄進攻清帝國的想法。而他的對手康熙也不是一個好惹的主兒，康熙深刻地了解噶爾丹的威脅，在經過了幾年準備之后，康熙決定出擊噶爾丹。
1696年，清軍投入8萬人在昭莫多（今蒙古國首都烏拉巴托附近）成功伏擊了噶爾丹，而噶爾丹由于人少（還是只有3萬），沒能頂住清軍的圍毆。
這一仗噶爾丹實打實地遭到了重創，從此一蹶不振。但是從戰爭過程來看，清軍贏得也不輕松，面對著兵力遠少于自己的噶爾丹，清軍只敢伏擊戰，而斬敵首級不過2000棵，俘虜也只有幾百個。
昭莫多之戰失敗后，噶爾丹依舊拒絕投降，而清軍則是繼續窮追猛打，噶爾丹最終于一年之后病死在了科布多的阿察阿穆塔臺（一說是服毒自殺），終年53歲。
