2010年，中國中醫藥局積極爭取財政部公共衛生資金，支持開展“中醫藥古籍保護與利用能力建設項目”。該項目由山東中醫藥大學等9家行業內中醫文獻研究機構承擔，馬繼興、張燦玾和李經緯、余瀛鰲等21位行業內外資深專家牽頭指導。本項目是中國繼1982～1986年兩批重點中醫古籍整理之后，又一次由政府主導的大規模古籍整理工作。該項目以出版通行本、傳世本為目標，對未曾整理出版過的400余種重要中醫藥古籍進行了校注整理。
本套叢書涵蓋了醫經、基礎理論、診法、傷寒金匱、溫病、本草、方書、內科、外科、女科、兒科、傷科、眼科、咽喉口齒、針灸推拿、養生、醫案醫話醫論、醫史、臨證綜合、綜合20個門類，跨越唐、宋、金元、明以迄清末。《中國古醫籍整理叢書》是新中國成立以來，在中醫古籍整理出版工作中規模最大的一次，體現了當代中醫文獻研究成果。絕大多數中醫藥古籍是第一次校注出版，一批孤本、稿本、抄本更是首次整理面世。
01.醫經（十四種）
001.《內經博議》
002.《內經提要》
003.《內經精要》
004.《醫經津渡》
005.《素靈微蘊》
006.《難經直解》
007.《內經評文靈樞》
008.《內經評文素問》
009.《內經素問校證》
010.《靈素節要淺注》
011.《素問靈樞類纂約注》
012.《清儒內經校記五種》
013.《勿聽子俗解八十一難經》
014.《黃帝內經素問詳注直講全集》
02.基礎理論（十二種）
001.《運氣商》
002.《運氣易覽》
003.《醫學尋源》
004.《醫學階梯》
005.《醫學辨正》
006.《病機纂要》
007.《臟腑性鑒》
008.《校注病機賦》
009.《內經運氣病釋 附內經遺篇病釋 內經運氣表》
010.《松菊堂醫學溯源》
011.《臟腑證治圖說人鏡經》
012.《藏腑圖書癥治要言合璧》
03.傷寒金匱（四十四種）
001.《傷寒考》
002.《傷寒大白》
003.《傷寒分經》
004.《傷寒正宗》
005.《傷寒尋源》
006.《傷寒折衷》
007.《傷寒經注》
008.《傷寒指歸》
009.《傷寒指掌》
010.《傷寒選錄》
011.《傷寒緒論》
012.《傷寒源流》
013.《傷寒撮要》
014.《傷寒纘論》
015.《醫宗承啟》
016.《桑韓筆語》
017.《傷寒正醫錄》
018.《傷寒全生集》
019.《傷寒論證辨》
020.《傷寒論綱目》
021.《傷寒論直解》
022.《傷寒論類方》
023.《傷寒論特解》
024.《傷寒論集注（徐赤)》
025.《傷寒論集注(熊壽誠)》
026.《傷寒微旨論》
027.《傷寒溯源集》
028.《訂正醫圣全書》
029.《傷寒啟蒙集稿》
030.《傷寒尚論辨似》
031.《傷寒兼證析義》
032.《張卿子傷寒論》
033.《金匱要略正義》
034.《金匱要略直解》
035.《高注金匱要略》
036.《傷寒論大方圖解》
037.《傷寒論辨證廣注》
038.《傷寒活人指掌圖》
039.《張仲景金匱要略》
040.《傷寒六書纂要辨疑》
041.《傷寒六經辨證治法》
042.《傷寒類書活人總括》
043.《張仲景傷寒原文點精》
044.《傷寒活人指掌補注辨疑》
04.診法（二十三種）
001.《脈微》
002.《玉函經》
003.《外診法》
004.《舌鑒辨正》
005.《醫學輯要》
006.《脈義簡摩》
007.《脈訣匯辨》
008.《脈學輯要》
009.《脈經直指》
010.《脈理正義》
011.《脈理存真》
012.《脈理宗經》
013.《脈鏡須知》
014.《察病指南》
015.《崔真人脈訣》
016.《四診脈鑒大全》
017.《刪注脈訣規正》
018.《圖注脈訣辨真》
019.《脈訣刊誤集解》
020.《重訂診家直訣》
021.《人元脈影歸指圖說》
022.《脈訣指掌病式圖說》
023.《脈學注釋匯參證治》
05.針灸推拿（十種）
001.《針灸節要》
002.《針灸全生》
003.《針灸逢源》
004.《備急灸法》
005.《神灸經綸》
006.《傳悟靈濟錄》
007.《小兒推拿廣意》
008.《小兒推拿秘訣》
009.《太乙神針心法》
010.《楊敬齋針灸全書》
06.本草（五十八種）
001.《藥征》
002.《藥鑒》
003.《藥鏡》
004.《本草匯》
005.《本草便》
006.《法古錄》
007.《食品集》
008.《上醫本草》
009.《山居本草》
010.《長沙藥解》
011.《本經經釋》
012.《本經疏證》
013.《本草分經》
014.《本草正義》
015.《本草匯箋》
016.《本草匯纂》
017.《本草發明》
018.《本草發揮》
019.《本草約言》
020.《本草求原》
021.《本草明覽》
022.《本草詳節》
023.《本草洞詮》
024.《本草真詮》
025.《本草通玄》
026.《本草集要》
027.《本草輯要》
028.《本草纂要》
029.《識病捷法》
030.《藥性提要》
031.《藥征續編》
032.《藥性纂要》
033.《藥品化義》
034.《藥理近考》
035.《食物本草》
036.《食鑒本草》
037.《炮炙全書》
038.《分類草藥性》
039.《本經序疏要》
040.《本經續疏證》
041.《本草經解要》
042.《青囊藥性賦》
043.《分部本草妙用》
044.《本草二十四品》
045.《本草經疏輯要》
046.《本草乘雅半偈》
047.《生草藥性備要》
048.《芷園臆草題藥》
049.《類經證治本草》
050.《神農本草經贊》
051.《神農本經會通》
052.《神農本經校注》
053.《藥性分類主治》
054.《藝林匯考飲食篇》
055.《本草綱目易知錄》
056.《湯液本草經雅正》
057.《新刊藥性要略大全》
058.《淑景堂改訂注釋寒熱溫平藥性賦》
07.方書（三十七種）
001.《醫便》
002.《衛生編》
003.《袖珍方》
004.《仁術便覽》
005.《古方匯精》
006.《圣濟總錄》
007.《眾妙仙方》
008.《李氏醫鑒》
009.《醫方叢話》
010.《醫方約說》
011.《醫方便覽》
012.《乾坤生意》
013.《懸袖便方》
014.《救急易方》
015.《程氏釋方》
016.《集古良方》
017.《攝生總論》
018.《攝生秘剖》
019.《辨癥良方》
020.《活人心法》
021.《衛生家寶方》
022.《見心齋藥錄》
023.《壽世簡便集》
024.《醫方大成論》
025.《醫方考繩愆》
026.《雞峰普濟方》
027.《飼鶴亭集方》
028.《臨證經驗方》
029.《思濟堂方書》
030.《濟世碎金方》
031.《揣摩有得集》
032.《亟齋急應奇方》
033.《乾坤生意秘韞》
034.《簡易普濟良方》
035.《內外驗方秘傳》
036.《名方類證醫書大全》
037.《新編南北經驗醫方大全》
08.臨證綜合（三十種）
001.《醫級》
002.《醫悟》
003.《丹臺玉案》
004.《玉機辨癥》
005.《古今醫詩》
006.《本草權度》
007.《弄丸心法》
008.《醫林繩墨》
009.《醫學碎金》
010.《醫學粹精》
011.《醫宗備要》
012.《醫宗寶鏡》
013.《醫宗撮精》
014.《醫經小學》
015.《醫壘元戎》
016.《證治要義》
017.《松厓醫徑》
018.《扁鵲心書》
020.《慎齋遺書》
021.《折肱漫錄》
022.《濟眾新編》
023.《丹溪心法附余》
024.《方氏脈癥正宗》
025.《世醫通變要法》
026.《醫林繩墨大全》
027.《醫林纂要探源》
028.《普濟內外全書》
029.《醫方一盤珠全集》
030.《醫林口譜六法秘書》
09.溫病（七種）
001.《傷暑論》
002.《溫證指歸》
003.《瘟疫發源》
004.《醫寄伏陰論》
005.《溫熱論箋正》
006.《溫熱病指南集》
007.《瘟疫條辨摘要》
10.內科（十二種）
001.《醫鏡》
002.《內科摘錄》
003.《證因通考》
004.《解圍元藪》
005.《燥氣總論》
006.《醫法征驗錄》
007.《醫略十三篇》
008.《瑯嬛青囊要》
009.《醫林類證集要》（上中下冊）
010.《林氏活人錄匯編》
011.《羅太無口授三法》
012.《芷園素社痎瘧論疏》
11.女科（三十四種）
001.《廣生編》
002.《仁壽鏡》
003.《樹蕙編》
004.《女科指掌》
005.《女科撮要》
006.《廣嗣全訣》
007.《廣嗣要語》
008.《廣嗣須知》
009.《孕育玄機》
010.《婦科玉尺》
011.《婦科百辨》
012.《婦科良方》
013.《婦科備考》
014.《婦科寶案》
015.《婦科指歸》
016.《求嗣指源》
017.《坤元是保》
018.《坤中之要》
019.《祈嗣真詮》
020.《種子心法》
021.《濟陰近編》
022.《濟陰寶筏》
023.《秘傳女科》
024.《秘珍濟陰》
025.《黃氏女科》
026.《女科萬金方》
027.《彤園婦人科》
028.《女科百效全書》
029.《葉氏女科證治》
030.《婦科秘蘭全書》
031.《宋氏女科秘書》
032.《茅氏女科秘書》
033.《節齋公胎產醫案》
034.《秘傳內府經驗女科》
12.兒科（十四種）
001.《嬰兒論》
002.《幼科折衷》
003.《幼科指歸》
004.《全幼心鑒》
005.《保嬰全方》
006.《保嬰撮要》
007.《活幼口議》
008.《活幼心書》
009.《小兒病源方論》
010.《幼科醫學指南》
011.《痘疹活幼心法》
012.《新刻幼科百效全書》
013.《補要袖珍小兒方論》
014.《兒科推拿摘要辨癥指南》
13.外科（十二種）
001.《大河外科》
002.《外科真詮》
003.《枕藏外科》
004.《外科明隱集》
005.《外科集驗方》
006.《外證醫案匯編》
007.《外科百效全書》
008.《外科活人定本》
009.《外科秘授著要》
010.《瘡瘍經驗全書》
011.《外科心法真驗指掌》
012.《片石居瘍科治法輯要》
14.傷科（五種）
001.《正骨范》
002.《接骨全書》
003.《跌打大全》
004.《全身骨圖考正》
005.《傷科方書六種》
15.眼科（十五種）
001.《目經大成》
002.《目科捷徑》
003.《眼科啟明》
004.《眼科要旨》
005.《眼科闡微》
006.《眼科集成》
007.《眼科纂要》
008.《銀海指南》
009.《明目神驗方》
010.《銀海精微補》
011.《醫理折衷目科》
012.《證治準繩眼科》
013.《鴻飛集論眼科》
014.《眼科開光易簡秘本》
015.《眼科正宗原機啟微》
16.咽喉口齒（七種）
001.《咽喉論》
002.《咽喉秘集》
003.《喉科心法》
004.《喉科杓指》
005.《喉科枕秘》
006.《喉科秘鑰》
007.《咽喉經驗秘傳》
17.養生（十一種）
001.《易筋經》
002.《山居四要》
003.《壽世新編》
004.《厚生訓纂》
005.《修齡要指》
006.《香奩潤色》
007.《養生四要》
008.《養生類纂》
009.《神仙服餌》
010.《尊生要旨》
011.《黃庭內景五臟六腑補瀉圖》
18.醫案醫話醫論（三十八種）
001.《紀恩錄》
002.《胃氣論》
003.《北行日記》
004.《李翁醫記》
005.《兩都醫案》
006.《醫案夢記》
007.《醫源經旨》
008.《沈氏醫案》
009.《易氏醫按》
010.《高氏醫案》
011.《溫氏醫案》
012.《魯峰醫案》
013.《賴氏脈案》
014.《瞻山醫案》
015.《舊德堂醫案》
016.《醫論三十篇》
017.《醫學窮源集》
018.《吳門治驗錄》
019.《沈芊綠醫案》
020.《診余舉隅錄》
021.《得心集醫案》
022.《程原仲醫案》
023.《心太平軒醫案》
024.《東皋草堂醫案》
025.《冰壑老人醫案》
026.《芷園臆草存案》
027.《陸氏三世醫驗》
028.《羅謙甫治驗案》
029.《臨癥醫案筆記》
030.《丁授堂先生醫案》
031.《張夢廬先生醫案》
032.《養性軒臨證醫案》
033.《養新堂醫論讀本》
034.《祝茹穹先生醫印》
035.《謙益齋外科醫案》
036.《太醫局諸科程文格》
037.《古今醫家經論匯編》
038.《蓮齋醫意立齋案疏》
19.醫史（二種）
001.《醫學讀書志》
002.《醫學讀書附志》
20.綜合（二十九種）
001.《元匯醫鏡》
002.《平法寓言》
003.《壽芝醫略》
004.《杏苑生春》
005.《醫林正印》
006.《醫法青篇》
007.《醫學五則》
008.《醫學匯函》
009.《醫學集成》
010.《醫學辯害》
011.《醫經允中》
012.《醫鈔類編》（四冊）
013.《證治合參》
014.《寶命真詮》
015.《活人心法》
016.《家藏蒙筌》（上下冊）
017.《心印紺珠經》
018.《雪潭居醫約》
019.《嵩厓尊生書》十五卷
020.《醫書匯參輯成》（上中下冊）
021.《羅氏會約醫鏡》
022.《羅浩醫書二種》
023.《景岳全書發揮》
024.《新刊醫學集成》
025.《壽身小補家藏》
026.《胡文煥醫書三種》
027.《鐵如意軒醫書四種》
028.《脈藥聯珠藥性食物考》
029.《漢陽葉氏叢刻醫集二種》
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