佛教為了宣揚其教理，往往用一些淺顯的故事來講解很多深奧的道理；同時，為了強化釋迦牟尼這一崇拜對象在信徒中至高無上的地位，就十分重視對佛教創始人釋迦牟尼的宣傳。所以佛教寺院和石窟中，雕刻或繪制的有關釋迦牟尼傳記的故事（簡稱佛傳故事）隨處可見。
敦煌壁畫中主要有三類故事畫：第一種是佛傳故事，也稱“本行”故事，主要講述釋迦牟尼生平事跡；第二種是本生故事，主要講述釋迦牟尼前世的故事；第三種稱作“因緣故事”，講與佛相關的一些因果報應故事。佛教是講輪回、講報應的，認為現世的很多福或難，都與前世種下的“因”有關。雖然這些思想具有很強的迷信色彩，但許多本生故事最初是來源于古印度的民間傳說或寓言故事，具有樸素的勸善懲惡的思想，今天看來仍然具有一定的積極意義。此外，還有少量的佛教史跡故事畫，是講佛教發展史上的一些高僧或某些地方的佛教圣跡的傳說故事。
出游四門，北涼，第275窟
釋迦牟尼本名喬達摩·悉達多，大約在公元前565年誕生于古印度的迦毗羅衛國，父親是凈飯王，母親是王后摩耶夫人。關于悉達多太子的誕生，有著種種神異的傳說。據說摩耶夫人夢見了一個菩薩乘六牙白象而來，于是身懷有孕。按古印度的習俗，婦女生育當回娘家。于是懷胎將滿十月之時，摩耶夫人在很多宮女的陪伴下回家，途中經藍毗尼園，摩耶夫人覺得身體不適，便徐徐來到園中，當她手攀無憂樹時，太子從她的右脅生了下來。原來，釋迦不愿使母親受到分娩之痛苦，就從腋下降生了。太子剛生下來就能行走，他走了七步，每走一步后，腳下就生出一朵蓮花。他用手指天指地說：“天上天下，唯我獨尊。”這時天上有九條龍噴灑甘露為太子沐浴。摩耶夫人和太子回到宮中，凈飯王非常高興，為太子取名叫悉達多。
乘象入胎，唐，第57窟
太子從小學文習武，受到很好的教育，并娶覺善王之女耶輸陀羅為妻。他生活在宮中，享盡人間的快樂。然而，太子常常感到憂郁，因為他在城外出游時看到人間有疾病、衰老和死亡等諸多痛苦，陷入了苦苦的思索。這段經歷稱為“出游四門”。他想尋找一條解脫人間痛苦的途徑，在29歲那年，悉達多決定出家修行。為了避免國王阻攔，他在一個夜晚離城，到山中開始了苦修的生涯。這一經歷稱作“逾城出家”。
他每天只吃一點豆羹以維持生命，經過了6年的苦行，他感到苦修并不能解決問題，于是到尼連禪河洗盡了6年的污垢，并接受了牧女施舍的牛乳，慢慢地恢復了體力，當他在菩提樹下沉思默想時，戰勝了心中的一切魔障，突然間得到了大悟，從此，明白了人間的真諦。這件事稱作“降魔成道”。他開始收徒講學，宣揚他的理論，這就是“初轉法輪”。他所主張的教義就是佛教。他被尊稱為釋迦牟尼，意思是釋迦族的圣人。后人又稱他為佛陀，意為大徹大悟的人。佛教成立后，發展并不是十分順利，釋迦牟尼不斷地到各地說法，擴大佛教的影響。公元前484年，釋迦牟尼于拘尸那城的雙樹林中涅槃。
夜半逾城 唐，第57窟
描繪釋迦牟尼生平的佛傳故事，大多是依據佛經中的有關記載來畫的。佛經中往往把釋迦牟尼神格化，帶有很多神異的色彩。這也是敦煌壁畫故事畫的一個特色。在莫高窟時代最早的洞窟第275窟南壁就出現了佛傳故事畫，表現悉達多太子在出家前“出游四門”，分別遇見老人、病人、死人及僧人的情景，由于壁面損毀，只剩下三個場面。畫中人物形象具有西域人物的特征，而城門的建筑則是明顯的中國傳統建筑形式，門樓的屋檐及斗拱等歷歷可見。
石窟中的佛傳故事畫大多選取一兩個有代表性的情節來表現，如釋迦誕生前摩耶夫人夢見白象的場面，稱作“乘象人胎”。悉達多太子決定離家修行而騎馬逾城的場面，稱為“逾城出家”。這兩個情節，一個象征著釋迦的誕生，一個象征著釋迦牟尼修行的開始，是壁畫中最為常見的佛傳場面。在隋及唐初的洞窟中往往在正面龕兩側分別畫出這兩個情節，具有裝飾效果。如第57、209、329窟就是典型。一邊是菩薩騎白象從空中而來，伴隨著還有很多天人演奏音樂；另一側是悉達多太子乘馬騰空而起，有四個小天人托著馬足，周圍飛天散花飛行，氣氛熱烈。
降魔變 北魏，第254窟
降魔成道和初轉法輪也是表現佛傳的重要場面。前者表現釋迦牟尼成道時，魔王波旬深恐釋迦的成道威脅到自己，就率眾魔軍前來企圖殺死釋迦牟尼。可是面對眾魔圍攻，釋迦鎮定自如，以神通力擊敗了魔軍，使眾魔伏首歸降。表現這一主題的畫面也稱降魔變，在印度和犍陀羅的雕刻中就很常見。敦煌北魏壁畫中的降魔變在構圖上完全繼承了外來構圖形式和形象性，如第254窟南壁上，佛安坐在中央，周圍各式各樣的妖魔手執各種武器，向佛襲來。畫面下部描繪魔軍敗北后跪在佛前的樣子，左側還描繪了三個美女正對著釋迦搔首弄姿，而下部右側則有三個面貌丑陋的老女人。這是表現魔王波旬見魔軍不能戰勝釋迦，便施美人計，企圖以美女來誘惑釋迦；但釋迦不為所動，并施神力，把美女變成了又丑又老的老婆子。
初轉法輪表現的是釋迦牟尼成佛后到鹿野苑第一次說法的情景，也稱鹿野苑說法。通常描繪佛在說法，佛前有兩只鹿象征著鹿野苑，并有三個圓形的法輪。佛兩側畫有比丘5人，代表最早跟隨釋迦的5個比丘，在北魏第260、263窟都畫有初轉法輪圖，特別是第263窟壁畫保存如新。
涅槃圖 北周，第428窟
涅槃圖也是佛傳中的一項重要內容，釋迦牟尼的涅槃意味著肉體的消失和靈魂的升華，從此進入不生不滅的狀態，對于佛教來說，從此佛不再是一個實體的人物，而是一個永遠存在的精神導師。因而涅槃就是佛教的最高境界。涅槃圖在佛教藝術中具有十分崇高的地位，這一點與基督教藝術中描繪被釘在十字架上的耶穌表現的是同樣一種宗教境界。北周第428窟西壁的涅槃圖是莫高窟最早的涅槃圖，其表現方法與中亞的佛教藝術一致，描繪佛安詳地臥在雙樹下，周圍有眾多的弟子環繞，弟子們表情悲哀，大弟子迦葉撫足憫哭。全圖充滿了傷感的情調。
佛傳圖局部 北周，第290窟
最完整地表現佛傳內容的壁畫當數第290窟人字披頂的佛傳圖，表現了從佛的誕生、出家直到成道為止的故事。如連環畫一樣，在人字披的兩披各以三段長卷畫幅相接續，共六段畫卷，畫出87個情節，可稱為最長的連環畫了。畫面線描流暢而清晰，色彩簡淡，以建筑、山水為背景，人物造型簡練，體現出早期壁畫故事畫藝術的成就。五代的第61窟也在南、西、北三壁的下部利用屏風畫分割的形式，畫出完整的佛傳故事。它的內容更為豐富，從佛誕生之前的種種傳說故事到佛涅槃為止，共畫出128個情節，是莫高窟內容最為豐富的故事畫，在現存的佛教藝術中也是十分罕見的。畫面中還可以看到當時人們的社會生活的種種面貌，如宮中生活、歌舞宴樂、騎射比武、市井生活、農耕景象等等，反映了中古社會的種種生活狀況。
九色鹿本生局部 北魏，第257窟
九色鹿本生故事本來是古印度流傳很廣的傳說，佛教產生后，這個故事也編入了佛經中。故事講的是在古代印度的恒河岸邊，住著一只美麗的鹿，它的皮毛花紋燦爛，有九種顏色，所以稱為九色鹿。一天，九色鹿正在河邊散步，突然聽到河里傳來一陣急促的呼救聲。九色鹿循聲跑去，只見一個落水的人正在激流中掙扎。善良的九色鹿見狀，不顧自己的安危，毅然跳進激流中，游到落水人跟前，把那人背在背上，奮力游回了岸邊。
落水的人千恩萬謝，跪在九色鹿前說：“恩人啊，真不知道怎樣報答你才好。”九色鹿平靜地說：“不用感謝，但有一點請你答應我：就是你回去后千萬不要把我所在的地方告訴任何人。人們貪圖我的毛皮，可能會加害于我。”落水之人指天發誓說：“我決不把您的行蹤告訴任何人。如果違背誓言，讓我全身長滿毒瘡，痛苦而死。”當他回到城里時，看到城門口貼著一張告示，很多人正在圍觀。
原來這個國家的王后做了一個夢，夢見一只十分美麗的九色鹿。醒來后她要求國王把九色鹿捕來，取下毛皮來為她做衣服。國王以為只不過是一個夢罷了，未必就真有九色鹿；但為了滿足王后的要求，就叫人貼出一張告示，上面寫著：有知道九色鹿行蹤者，愿意分一半的國土給他，并賞賜金銀無數。那個落水人看到的正是這一則告示，在重金的誘惑下，落水的人變得無比貪婪，便忘記了自己的誓言，向國王報告了九色鹿所在的地方。
第二天，國王帶著大批軍隊來到了恒河邊的那一片樹林。九色鹿根本不知道大難快要降臨，它正在林中午睡。它的好友烏鴉把它叫醒時，國王的軍隊已經將它團團包圍了。九色鹿突然看見落水的那個人在國王前面帶路，馬上明白了一切。它昂首走向國王，對國王說：“賢明的君主啊，我曾有恩于你的國家，為何卻要殺我？”接著它把前一天在恒河邊救人的事一五一十地告訴了國王。
國王聽了十分感動，他說：“鹿為獸類，尚且知道善惡，而人卻怎么能做出此等忘恩負義的事？”于是下令，從此以后不許任何人傷害九色鹿。那個落水之人自從告密以后，渾身長滿了毒瘡，發出惡心的臭味，不久便痛苦而死。這個故事畫在莫高窟第257窟的西壁，畫家采用了中國傳統的長卷式連環畫的形式，按兩頭到中央的順序，詳細描繪了故事發展的經過，把九色鹿向國王陳述事情經過的場面畫在中央，突出了九色鹿正直善良的品格，它昂然挺立的形象給人以深刻的印象。
薩埵本生 北魏，第254窟
在莫高窟第254窟南壁還畫出了“薩埵本生”的故事。講的是古代印度國王有三個兒子，最小的名為摩訶薩埵。一天，兄弟三人一起在山林中游玩，返回的路上，發現一只母虎躺在崖下，已餓得奄奄一息，旁邊還有幾只小虎，餓得嗷嗷直叫。三人都很同情，但誰也想不出救助它們的辦法。薩埵想找一些食物給老虎吃，但哥哥告訴他：老虎只吃新鮮血肉，別的東西無濟于事。于是薩埵太子暗自決定要救活這些老虎。他讓兩個哥哥走在前面，自己悄悄地返回了老虎所在的地方，躺在地上讓老虎吃他。可是幾只老虎餓得連咬他的力氣也沒有了，薩埵很焦急，他找到一根木刺，爬到山崖上，用木刺刺破喉嚨，然后跳下山崖，落在母虎身旁。母虎和幼虎舐食薩埵流出的鮮血，漸漸地有了力氣，就把薩埵太子身上的肉吃光了。再說，薩埵的兩個哥哥發現三弟不見了，慌忙返回山中尋找，卻見山崖下只有一堆白骨，他們明白了薩埵為救老虎已經舍身，不勝悲痛，便匆匆回到王宮，報告了國王。國王和王后聞訊哀傷不已。兩兄弟收拾薩埵遺骨，造塔供養。這個故事情節十分曲折離奇，畫家把故事的全過程畫在一個方形的畫面中。畫的中心是三兄弟朝下觀望，沿著他們的視線，我們看到右下側一只面目猙獰的老虎，正在啃咬一個橫躺著的人，這是全畫面的中心；右側描繪薩捶太子刺項、跳崖兩個持續性的畫面，正與“飼虎”這一場面銜接起來，使畫面充滿了悲壯的色彩；左下側畫薩捶父母撫尸慟哭，更烘托了畫面的悲劇氣氛。整個畫面結構緊湊，色彩強烈，在視覺上給人以戲劇效果，是早期故事畫的優秀之作。
薩埵本生 北周，第428窟
同樣的內容也被畫在北周第428窟東壁，在這里畫家通過上下三段的長卷式畫面，把薩捶太子與二兄離家、進山、見虎、飼虎直到造塔供養等共14個情節一一詳盡地畫出來，這種連環畫的形式雖然不像第254窟畫面那樣集中、強烈，但卻描繪具體，明白易懂，所以北魏以后壁畫中，連環畫形式更為流行。
尸毗王本生 北魏，第254窟
在北魏第254窟北壁有一幅尸毗王本生，描繪古代一個叫尸毗王的國王樂善好施，立誓普救眾生的故事。一天，一只老鷹追逐一只鴿，鴿子生命危急，飛來飛去無處藏身，便來到了尸毗王的身邊，請求尸毗王保護它。這時，老鷹已經追來，向尸毗王要鴿子。尸毗王說：“我立誓要拯救一切生靈，希望你不要吃了這只鴿子。”老鷹說：“如果今天我不吃鴿子，便會受餓而死，你為何只救它卻不救我呢？”尸毗王說：“我給你其他的食品吧。”老鷹說：“我只吃新鮮血肉，其他一概不能吃。”尸毗王想到自己的誓言，既要救鴿子，又不能害了別的生靈，于是決定用自己的肉來換取鴿子的生命。他叫左右拿刀來，割自己腿上的肉給老鷹。老鷹對尸毗王說：“大王既然要用自己的肉代替鴿子，我也不敢貪多，就請用秤來稱夠與鴿子同樣重量的肉吧。”尸毗王又讓人找來一把秤，一頭放鴿子，一頭放從自己身上割下的肉。說來也怪，國王腿上的肉已經割盡，又把身上的肉也割完，還達不到鴿子的重量。國王想到自己的誓言，為了徹底救助這只弱小的鴿子，毅然舉身坐上了秤盤，決定把全身都施舍給鷹。這時天地震動，諸天神為尸毗王撒下鮮花，割下的肉一下子都復還于國王身上。只見帝釋天與大臣滿面笑容站在國王前面說：“恭喜你成就了無上正果。”原來帝釋天為了檢驗尸毗王對于施舍是否真誠，便與大臣分別變為老鷹和鴿子來試驗，果然尸毗王于忍辱、施舍都意志堅定，符合佛教修行的要求。壁畫上，畫家著力刻畫了尸毗王這一形象，他頭微向前傾，表現出慈祥大度而又無所畏懼的精神。他一手托著鴿子，一手揚起阻擋老鷹。在他的左側，一個面目兇狠的人正在一手操刀，一手用力取肉；右邊一人，一手提著秤，秤的一邊放著鴿子，一邊則是坐著的尸毗王。周圍畫出國王的眷屬們悲傷痛哭，更襯托出國王的安詳與平靜。
睒子本生局部 北魏，第299窟頂
睒子本生講的是一個孝道的故事：古代迦夷國有一對長者夫婦，他們雙目失明，幸而晚年得子，取名睒子。睒子長大后對父母十分孝順。長者夫婦早就向往著到遠離城市的山中過清凈的修行生活，兒子長大能夠照顧父母時，他們一家便住到深山里去了。睒子與周圍鳥獸和諧相處，每日到溪邊汲水，專心侍奉父母。一天，睒子身披鹿皮衣，去溪邊級水，這時正好迦夷國國王帶兵到山中打獵，見溪邊有不少野鹿，就彎弓射箭，卻沒想到射中了正在溪邊取水的睒子，睒子驚叫道：“你一箭射殺了三道士啊！”國王見射中了人，心中十分后悔，忙到跟前看望，聽了睒子的話卻十分不解，便問睒子，睒子說明了盲父母將無人照顧，難以在山中生活，說完便死了。國王非常難過，表示要代睒子養活盲父母，便親自到盲父母處說明情況。睒子的父母隨國王來到睒子死去的地方，失聲痛哭，他們的哭聲感動了天帝，于是天帝派人救活了睒子，并使盲父母雙目復明。
這個故事畫在北周第461、438、299窟都有描繪，其中第299窟畫的最具代表性。畫在窟的頂部北側、沿藻井邊緣的一條長畫卷形式的壁面上，故事由兩頭向中間敘述，左側由左至右描繪如夷國王在宮中，乘馬出行，射獵及睒子中箭等情節。右側則由右至左描繪睒子在山中侍奉父母，國王引盲父母到溪邊，撫尸痛哭等場面。故事的結尾放在畫面的中央，突出了睒子的形象。
善事太子本生故事畫在北周第296窟的窟頂，講的是古代寶鎧國國王有兩個兒子，一名善事，一名惡事。善事太子心地善良，常常把國庫打開，把寶物施舍給窮人。可是，時間長了，國庫漸漸空虛，大臣們頗有議論。善事太子感到應該想一個更好的辦法，讓人們都能得到財富。這時，有人告訴他在海底龍王處有如意寶珠，要什么就有什么。善事決定到大海里去找如意寶珠，這時惡事也想跟著去，于是善事與惡事辭別父母，分別率兩條大船向大海深處進發。路上遇上了金山、銀山，貪婪的惡事搬了很多金銀上船，結果船載過重而傾覆。而善事太子堅持向前進發，在盲導師的帶領下，經過很多艱難曲折，終于到達龍宮，向龍王求得如意寶珠。善事太子返回途中在一個島上與惡事相遇，兄弟倆共述別離之情。惡事見善事取得寶珠，心生嫉妒，趁善事睡著的時候，用毒刺刺瞎了善事的雙眼，搶走了寶珠，獨自先行回國，又編造謊言，說善事太子已死，自己取得了寶珠。善事在夢中突然被刺瞎雙眼，卻不知是惡事所為。過了很久，有一牧牛人趕牛而過，牛用舌頭舔出善事眼中的毒刺，善事太子隨牧人來到了利師跋國，他請牧牛人幫他做一把琴，他每天在街上彈琴賣藝為生。不久國王果園的人見他可憐，就讓他幫助看管果園，善事太子用繩子系上鈴，每聽到鳥聲，就拉鈴趕鳥，閑時就在樹下彈琴自娛。利師跋國王有一個美麗的公主，她到果園散步時，聽到善事太子的琴聲十分動人，就常常來聽善事彈琴，并與善事聊天，日子久了，她漸漸愛上了這個盲人。可是國王不同意他們結婚，公主卻十分堅定，國王只得同意，讓他們結婚了。后來才知道善事太子的來歷，大家非常驚喜，原來從前公主就已許配給了寶鎧國的善事太子。于是，國王派很多人護送善事太子回國。這個故事畫以二段橫卷式畫面由右至左的順序表現，共描繪了42個情節，其中太子出游、施舍以及耕作、漁人捕魚、乘船航海等場面都表現得細膩而富濃厚的生活氣息。
五百強盜成佛圖局部 西魏，第285窟
五百強盜成佛的故事，也叫“得眼林”故事。
古代印度某國有五百強盜經常搶劫作亂，后來國王派官兵與強盜激戰，終于把五百強盜全部收捕，處以極刑：有的挖眼，有的割鼻，強盜們在樹林中痛苦哀號。哭聲驚動了天上之佛，于是佛以慈悲心從天而降，為他們說法，使他們悔悟而爭相皈依佛門。佛就撒下神藥，使他們的傷口愈合、眼睛復明。五百強盜們改邪歸正，努力修行，終于個個都成了正果。
這個故事表明即使是作惡多端的強盜，只要放下屠刀，也可以立地成佛。在莫高窟第285窟和第296窟都畫有這一故事。西魏時代的第285窟南壁，以長卷式連環畫的形式描繪這個故事，畫面從左至右繪出了官軍與強盜作戰，強盜被捕、受刑、山中流放，佛為其說法，五百強盜皈依等情節。畫家不僅畫出了人物，而且對周圍的環境也很注意，畫出了高大的樓房，遠處的山密、樹木和水池，以及在山中的禽獸等。特別是佛為強盜說法的場面，畫出了山丘環繞的水池，池中綠水蕩漾，還有鴨子、鷺鴦等水禽；山中可見鹿子、狐貍等獸類；在佛的身后是一片翠竹。如果拋開故事內容，那么，我們看到的完全是一幅情趣盎然的山水畫。佛說法時的這種平和美麗的氣氛與畫面表現的官軍與強盜作戰的殘酷場面形成鮮明的對比，具有很高的藝術性。第296窟南壁也描繪了同樣的內容，也是采用長卷式的畫面，自右至左詳細表現了官軍出征、與五百強盜激戰、俘獲強盜、對強盜處刑、強盜悲鳴、佛對強盜說法、強盜皈依等情節，畫面強調對強盜的戰斗和處刑，有意炫耀王權的力量。
佛教初傳中國的時候，講究修六度(也稱六波羅蜜，指布施、持戒、忍辱、精進、禪定、智慧等6種修持內容)，因此，壁畫中充滿了關于施舍、忍辱和犧牲精神的本生故事，有的故事很難為中國人所接受。
在南北朝時經歷了較長時間的儒、釋、道之間的斗爭，北魏武帝和北周武帝的時候，就曾采取了大規模的滅佛行動，拆毀寺院，破壞佛像，迫使僧尼還俗等，給佛教以沉重的打擊。這樣，使佛教不得不采取更為靈活的措施來適應中國的文化環境。為了與儒家思想妥協，宣揚孝道的故事也就多了起來，于是佛教快速地與中國傳統文化相融合了。敦煌壁畫中故事畫的發展也反映了佛教歷史上的這一史實。由于佛教需要描繪大量的故事畫，也刺激了中國故事畫藝術的發展。
