黃連素是一種重要的生物堿，是我國應用很久的中藥。可從黃連、黃柏、三顆針等植物中提取。它具有顯著的抑菌作用。常用的鹽酸黃連素又叫鹽酸小檗堿。黃連素能對抗病原微生物，對多種細菌如痢疾桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用，其中對痢疾桿菌作用最強，常用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病。臨床主要用于治療細菌性痢疾和腸胃炎，副作用較小。
黃連素具有高濃度殺菌，低濃度抑菌的特點。如果經常使用黃連素，不僅會使其抗菌效果降低，還可能出現類似抗菌藥物的細菌耐藥作用。因為細菌在與藥物的“抗爭”過程中得到了鍛煉，經常用黃連素相當于不斷增強細菌對藥物的抵抗作用。
需要注意的是，腹瀉可由細菌、病毒、真菌、寄生蟲等感染引起，也可由腸內菌群失調、腸易激綜合征等非感染性因素引起，應針對病因用藥。經常腹瀉應及時就診，查明病因后用藥。
