書院在組織管理上，形成了以下幾個(gè)特點(diǎn)：
第一，機(jī)構(gòu)簡單，管理人員較少。書院的主持人往往又是書院的主講人，一般由著名學(xué)者擔(dān)任。書院的負(fù)責(zé)人一般稱為山長(也有稱洞主、洞正、堂長、山主等)，書院的管理人員除山長外，有的還設(shè)有副山長、助教、講書等，協(xié)助山長管理書院教育教學(xué)等事宜。另外，學(xué)生也可以參與書院的管理。
第二，課程設(shè)置比較靈活，富有彈性，而且不同的書院在課程設(shè)置上有很大差異。教學(xué)則以學(xué)生自學(xué)、師生之間的自由研討為主。對學(xué)生的考查，亦注重德才兼?zhèn)浜推綍r(shí)考核。學(xué)生有日記冊，書院里的季考或歲考的成績要參照平時(shí)成績斟酌給定。
第三，設(shè)置、頒布嚴(yán)格的學(xué)規(guī)，進(jìn)行規(guī)范化、制度化的管理。書院所訂學(xué)規(guī)要求師生共同遵守互相監(jiān)督。
第四，書院經(jīng)費(fèi)自主。書院的主持人往往自籌辦學(xué)經(jīng)費(fèi)，其經(jīng)費(fèi)來源亦號(hào)稱多途，既有名人捐款，也有官方賜學(xué)田、賜房屋等。書院的開支主要用于教學(xué)、購書和進(jìn)行學(xué)術(shù)研究。
第五，注重形成獨(dú)具的特色。宋明之際的書院，每個(gè)書院都是某一大師學(xué)術(shù)研究的基地，許多著名的學(xué)者在主持自己的書院的時(shí)候，都注意形成自己書院落拓不群的鮮明個(gè)性，形成獨(dú)具的教學(xué)、科研特色。
書院在教育教學(xué)上，形成了以下幾個(gè)特點(diǎn)：
第一，書院既是教育教學(xué)組織，又是學(xué)術(shù)研究機(jī)構(gòu)。學(xué)術(shù)研究是書院教育教學(xué)的基礎(chǔ)，而書院的教育教學(xué)，又是其學(xué)術(shù)研究成果得以傳播和進(jìn)一步發(fā)展的必要條件，二者密切相聯(lián)，共生互動(dòng)。
第二，“百家爭鳴”與“門戶開放”。書院的教學(xué)繼承了稷下學(xué)宮的優(yōu)良傳統(tǒng)，采取“百家爭鳴”、門戶開放的政策。書院教學(xué)不拘泥于一家之言，允許不同學(xué)派之間進(jìn)行廣泛的辯鳴 。比如南宋時(shí)期朱熹和陸九淵是兩個(gè)不同學(xué)派的學(xué)術(shù)領(lǐng)袖，曾進(jìn)行過公開的論辯。但朱熹卻主動(dòng)邀請陸九淵到自己主持的白鹿洞書院講學(xué)，并把講學(xué)內(nèi)容刊刻在石頭上，以便于學(xué)生學(xué)習(xí)與參考，這為不同學(xué)派在同一書院講學(xué)樹立了榜樣，首開書院“講會(huì)”之先河。此后，許多書院的主講在講學(xué)中都?xì)g迎別人質(zhì)疑問難，進(jìn)行辯論，逐漸形成書院的“講會(huì)制度”，使我國古代高等教育的教學(xué)氣氛活躍，學(xué)術(shù)研究氣氛濃厚。而且，書院講會(huì)制度的盛行，不僅打破了各家書院之間的門戶之見，而且打破了師生之間在受業(yè)上的地域限制，學(xué)生來去自由，師生之間自由交流，形成了高等學(xué)校開放的辦學(xué)傳統(tǒng)。
第三，教學(xué)注重講明義理，躬行實(shí)踐，多采用問難論辯式，注重啟發(fā)誘導(dǎo)，因材施教，注意激發(fā)學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣，培養(yǎng)學(xué)生的學(xué)習(xí)能力。書院的大師在教學(xué)過程中，大抵是提舉綱領(lǐng)，由學(xué)生隨其深淺自行體會(huì)。至于教學(xué)內(nèi)容，對不同的教育對象各有差異，決不強(qiáng)求一致，學(xué)生學(xué)習(xí)進(jìn)度的快慢完全取決于自己的能力。對于學(xué)生學(xué)習(xí)中所遇到的疑難問題，更是隨其鉆研體會(huì)的程度，令其各有所思，不求一律。老師有時(shí)略加點(diǎn)化，啟發(fā)自悟，有時(shí)明白講解，以期徹悟。另外，書院教學(xué)注重知行結(jié)合，講求“躬行踐履”。書院的大師們認(rèn)為只教學(xué)生“讀書窮理”是不夠的，還必須把讀書窮理與“躬行踐履”相結(jié)合，引導(dǎo)學(xué)生把掌握的知識(shí)義理付之于親身實(shí)踐。書院的教學(xué)寓教于樂，注重激發(fā)學(xué)生的興趣。比如朱熹在白鹿洞書院講學(xué)期間，十分注重培養(yǎng)學(xué)生的學(xué)習(xí)興趣。他每有閑暇即赴書院留居，與生徒游泉石山水林木之間，寓講說、啟迪、點(diǎn)化于游樂之中。
第四，師生之間關(guān)系融洽，以道相交，感情深厚。
在中國古代教育史上，尤其是在私學(xué)教育中，形成了尊師愛生的優(yōu)良傳統(tǒng)。書院制度是由私學(xué)演化發(fā)展而來的，它理所當(dāng)然地繼承了私學(xué)這一光榮傳統(tǒng)。書院實(shí)行著自由擇師的制度，學(xué)生往往是慕名而來，師生之間以道義相守，以誠相待。學(xué)生跟隨老師的時(shí)間較長等都加深了師生之間的感情。比如，明代東林書院的師生共同關(guān)心時(shí)政，探討學(xué)術(shù)，議論得失，結(jié)下了深厚的感情，他們在諷議朝政慘遭迫害的情況下，生死相隨，矢志不移。
可以說，中國古代的書院是在官府或私家聚書、藏書的基礎(chǔ)上發(fā)展為以學(xué)者講學(xué)、士子求學(xué)為主的培養(yǎng)人才的機(jī)構(gòu)。科學(xué)地講，書院實(shí)質(zhì)上是一種綜合型的文化教育組織，它具有多種功能。既是圖書館、高等學(xué)校，又是研究院和學(xué)者以文會(huì)友的重要場所。同時(shí)，書院從事著書、編書、校書等事業(yè)，也開創(chuàng)了世界高等學(xué)校創(chuàng)辦圖書館和出版社的先例。總之，書院是中國古代傳統(tǒng)文化遺產(chǎn)中的瑰寶，是近千年來中國傳統(tǒng)文化傳承的物質(zhì)依托，對中國古代人才的培養(yǎng)與學(xué)術(shù)的發(fā)展、繁榮作出了重要貢獻(xiàn)。
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