內容來源：會造景的設計獅
綠水與水質混濁常常令人混淆不清，因為綠水未必會呈現綠色的水色。依據傳統水族界的說法，造成綠水的成因，不外乎磷酸和硝酸偏高。然而攪動底床往往是爆發綠水的元兇。其引誘綠水的根本原因，依據Tom Barr 的說法，就是 NH4！強光、不穩定的CO2、磷酸和硝酸，都只是「促進」綠水成長的因子，并非真正「誘發」的因子。一旦綠水發生了，對付的方法不外乎五種：紫外線殺菌燈、活水蚤、硅藻土過濾器、化學藥品和遮光法。紫外線殺菌燈可說是最常使用的方式?；钏檫€來不及協助吞食綠水，自己往往就已經變成了其他生物的佳肴；硅藻土過濾器價格昂貴，也必須經常清理，不怎么符合經濟效益；化學藥品則是我們最不愿使用的手段。Tom Barr 對于綠水的處置，所建議使用遮光法如下。
其過程如下：
遮光三日，其間每日換水 50-60%，同時關閉 CO2 的供給，每日以每 10 公升相對 1ml 的方式添加戊二醛（也就是建議劑量的四倍），每日盡可能徹底清理藻類，增加水面的流動以提供較多的氧氣。三日之后開始施肥并供給 CO2，此時供給 CO2 要很小心，另外執行每周兩次的換水，直到綠水完全消失為止。
不過看完 Tom Barr 這樣的遮光法，相信絕大部分的草友都寧可買個紫外線殺菌燈來使用。預防綠水最好的方法，就是在修剪水草或翻動底床時，配合適度的換水，如此一來降低了 NH4 暴露劑量與時間，這也是預防許多藻類萌發的最好方法。
硅藻
硅藻就是一般水族愛好者口中所稱呼的褐藻，硅藻可說是地球上最重要的生物之一，占了整個地球總生物質量的 1/4，況且單單硅藻就能提供地球上 30% 的氧氣供應量，而大型生物如鯨魚或微小生物如細菌者，也都要以硅藻為生，硅藻可說是地球上最重要的生物之一。
但是硅藻在水族缸內可就不怎么討喜了。有礙觀瞻是很多藻類不受歡迎的重要原因，水族愛好者往往忽略了藻類的重要生態功能。硅藻在水族缸中雖不受歡迎，但也很少造成草友們的困擾，因為以硅藻為生的食藻生物很多，例如小精靈、螺類和蝦颣，很容易就將硅藻清理掉。但硅藻所謂的消除，其實并非真正的消失，只不過是眼不見為凈罷了硅藻有礙觀瞻并不討喜，還好是容易對付的藻類。
至于硅藻發生的原因，從水中的低氮（N）高磷（P）以及二氧化硅（SiO2）過高都有人提及。目前比較廣為接受的說法是水中的硅酸過高加上弱光是硅藻最喜好的環境。尤其是新設置的水族缸之巖石或底砂，如果含有高濃度的硅酸，被認為是硅藻誘發的環境，硅藻的誘發被認為與硅酸有關，但 Tom Barr 有不同的見解。
不過見解常常與眾不同的 Tom Barr 最近對于硅藻又有不同的看法，他認為硅藻的誘發并非因為水中的硅酸，而「懷疑」可能是 NH4 所致！
Tom Barr 舉出研究證據說明水中硅酸與氨氮對硅藻成長的影響，發覺氨氮才是促進硅藻大量成長的關鍵營養。而我們的水族缸通常在「新」設缸時比較會發生硅藻，在一兩個星期后硅藻往往也會自動消失（看不見），新設缸的硝化系統尚未完整建立，水中的 NH4 自然也會比較高，這也是讓 Tom Barr 懷疑 NH4 才是誘發硅藻大量繁殖的重要觀察。
綠塵藻
綠塵藻事實上是游動孢子，通常發生于水族缸的玻璃表面上。綠塵藻形成一層灰塵狀的綠色黏膜，在嚴重的情況下會整個覆蓋住水族缸的玻璃。綠塵藻到底怎么誘發的，還不是很清楚。但綠塵藻偏愛強光。將玻璃面的綠塵藻刮干凈了，并無助于綠塵藻的再發。因為綠塵藻就在水里面，況且能夠在水中漂浮 30-90 分鐘后，再度依附至玻璃面上。
因為某種原因，這些游動孢子避開了水草、巖石和沉木，總是挑選玻璃表面來附著。限制營養的作法無法擊退綠塵藻，況且只會讓水草處于營養缺乏的狀態，也會產生另外的問題，尤其是其他品種的藻類之萌發。目前根除綠塵藻最好的方法，是由 Tom Barr 所發現的。Tom Barr 宣稱不必理會綠塵藻并且任其成長，在 10-20 天的日子里都不必去刮玻璃，過了這段時期以后，綠塵藻開始形成一大塊厚度不一的薄膜，而且開始由水族缸的玻璃面上自己剝落。當整片綠塵藻開始自然剝離時，正是整片將綠塵藻移除的好機會。利用此一方法，綠塵藻便能受到很好的控制，根據 Tom Barr 提供的方法于三周后將綠塵藻清除的水草缸。
絲藻
絲藻 是黑孢藻屬的藻類，有時候容易與水棉屬的發藻相互混淆。絲藻通常長在葉片的邊緣，長度可達 30 cm 的細絲狀。絲藻與發藻也經常一起出現并糾纏在一起，絲藻在池塘也經常造成困擾。
絲藻的誘發原因還不是很清楚。雖然絲藻在池塘也常造成很大的困擾，德國水族界將絲藻視為水質良好的指標，也就是說利用控制水質的方式來抑制絲藻的效果有限。另一種說法是過量的鐵質容易引發絲藻，因此有人建議使用固態鐵肥，而非液態鐵肥。但是過多鐵肥能引發絲藻的說法，遭到 Tom Barr 的駁斥。
玫瑰鯽具有清理絲藻的效果。
至于絲藻的清除，可利用筷子或牙刷加以卷起丟棄。至于生物防治法方面，飛狐或大和米蝦都是清理絲藻的好幫手。此外玫瑰鯽對于清理絲藻的功效，也頗受草友們的肯定。
發藻
發藻其實就是水綿屬的植物，常常附著于成長慢速的水草、底床或沉木上，發藻的呈現灰綠色，摸起來滑滑黏黏的感覺，其長度通常不超過 4 cm。這和絲藻是不一樣的。
發藻其實就是水綿，在野外也很常看見、光靠控制營養來著手，并無法有效的抑制發藻的成長。預防的措施比較重要，任何新加入水族缸的水草或魚蝦，都要先做好消毒防范的工作，例如使用雙氧水或者漂白水來消毒。
一旦看見發藻的蹤跡，就必須立即采取行動
一旦發藻的成體或孢仔突破了這一道關卡，后續的根除就比較麻煩了。采取立即的行動很重要，手動清理的方式包括使用筷子或牙刷將發藻卷除，不要指望發藻會自動消失。一旦發藻附著在底砂上，最好的方式是翻動底砂上的發藻，并將之埋入底砂下方 2 cm 以上，將發藻活埋入無光照的底砂中致死。至于附著于水草上的發藻，必須好好的修剪，這的確很麻煩，但至少我們也學到了教訓，日后不會等到一發不可收拾的時候才想到要清除整理，一發不可收拾的發藻肆虐......。
當然過濾器也得徹底的清洗，以免殘存的發藻成體與孢子日后有機可乘。，發藻的生物防制法效果不錯，或者說發藻其實是不少魚蝦的零食與補品，包括黑殼蝦與大和米蝦都是常用的除藻生物，只不過并非每個地方的草友都像臺灣草友那么幸福，可以用低廉或賤價購得大量的黑殼蝦或大和米蝦來協助清除發藻。
一眉道人清理發藻的功效備受美國草友的推賞。
其實會啃食發藻的魚類也不少，除了我們所熟知的飛狐以外，櫻桃燈與一眉道人對于清理發藻的功效，都受到了美國草友的肯定，尤其是一眉道人，由于體型較大的關系，對于清除發藻的功效更是驚人。
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