在外交上取得成果的同時，孔子在國內大力推行仁德政治，使社會上很快形成禮義風氣，商人經營誠信，百姓路不拾遺。于是，他開始采取措施，加強國君公室的權威，抑制公卿大夫們的勢力。
孔子執政，很短時間就使魯國大治。齊國人對此十分擔心。為了消除魯國強大對齊國可能造成的威脅，齊國君送大批美女樂師到魯國，離間孔子與國君的關系。糊涂的正卿季桓子不僅接受了齊國的女樂，還和國君一起，迷戀歌舞，多日不理朝政。
孔子不過五年的努力，就在政壇上嶄露頭角，正是躊躇滿志的時候。此時56歲的他，思想成熟，非常期望能施展政治抱負。他規勸魯定公，但沒有效果。他繼續勸說，魯定公卻回避不再見他了。
孔子徹底失望。于是帶領顏回、子路、子貢、冉有等十多個弟子，離開魯國，開始周游列國的生涯，尋找施展才能的機會。
他們先到衛國，開始時受到國君衛靈公的禮遇，但不久后，衛國出現動亂，他們被監視。因為擔心有人闖禍，孔子決定離開衛國，前去陳國。
然而，在前往陳國，途經匡地時，被當地人誤認為孔子是魯國的陽貨。陽貨曾經欺負過匡地人。因此，他們被圍困了五天。在慌亂中，顏回失散，好不容易才會合。
從匡地逃出來后，他們打算前往晉國。但晉國出現內亂，未能前往，只得返回衛國，住在衛國大夫蘧伯玉家里。
在這期間，孔子被衛靈公美麗的少夫人南子召見。孔子應召，會見了南子，引起多方的猜疑。衛靈公晚年無心政治，不想再用孔子。孔子始終不得志。
孔子60歲那年，衛國又出現內亂。于是一行人前往曹國，然后又去了宋國。
一天，孔子和弟子們正在一棵大樹下練習禮儀，宋國司馬桓魁闖進來，把大樹砍倒，想加害孔子。孔子只好離開宋國。
孔子一行人打算經鄭國去陳國。他們微服過境，進入鄭國后，孔子與弟子們失散了。孔子一個人站在鄭國都城東門，等候弟子們前來尋找，被人嘲笑為“喪家之犬”。這可以說是孔子周游列國期間的寫照。
孔子在陳國住了三年。期間，陳國幾次被晉國和楚國攻打。因此，他們多次往返于陳國和蔡國，在蔡國也住了三年。
有一次，陳國的大夫得到楚昭王派人前來聘請孔子去楚國做官的消息，擔心對陳國不利，于是派人包圍孔子一行人，使他們在陳國和蔡國邊境絕糧七日，許多弟子因饑餓病倒，不能行走。
后來，他們被楚國人前來解救，才脫了險，從蔡地到了葉地。葉地的大夫葉公，向孔子詢問如何行政的問題，并與孔子討論道德問題。
真可謂生不逢時，孔子到楚國后不久，楚昭王就去世了。孔子在楚國無所作為，只好又返回衛國。途中遇見了隱者。
在衛國期間，晉國的趙簡子打算出兵攻打范氏和中行氏。中牟城的行政長官叫佛肸，不服趙簡子，據守中牟城，反叛趙簡子，召請孔子前去議事。孔子有意前去，又被子路阻止。
魯哀公十一年（公元前484年），孔子的弟子冉有被季氏聘請，回魯國做事。冉有率領魯軍在郎地抗擊齊軍，大獲全勝，立下戰功。
正卿季康子詢問冉有的指揮才能從哪里學來？冉有回答是跟孔子學的。季康子覺得孔子有政治價值。于是派人迎接孔子回魯國。孔子終于結束顛簸流離的周游列國生活。
這一年，孔子68歲，離開魯國已經14年了。
孔子回到魯國后，被魯國人尊稱為“國老”。初期，魯哀公與季康子經常向孔子詢問如何行政的事，但始終沒有給孔子委以重任。
回國后，孔子繼續從事教育，以及整理文獻的工作，喜歡上《易》書，為《易》書撰寫十篇解釋，被稱為十翼。有了十翼的《易》，被后人稱為《易經》。
孔子用詩書禮樂作為教材，身體力行，忠誠盡心地教育學生。他一生教授的弟子大約有三千人。據說精通六藝（禮、樂、射、御、書、數六種技藝）的著名弟子有七十二人，其中冉有最出色。
孔子70歲時，唯一的兒子孔鯉去世。第二年，最得意的門生顏回去世。又過一年，孔子聽聞衛國政變，預感到身在衛國的子路有危險。子路果然被害。接二連三的噩耗，使孔子深受打擊。
魯哀公十六年，農歷二月十一日（公元前479年4月11日），孔子因病去世，埋葬在魯國都城北，泗水之上（即今日曲阜市孔林）。
孔子去世令弟子們非常難過，不少弟子為他廬墓守孝三年，子貢廬墓六年。很多弟子及魯國人搬到孔子墓地居住，據說有上百戶人家。因此那里得名孔里。
孔子去世后，魯哀公親自撰文，表彰孔子，并將孔子的故居改為廟堂，陳列孔子生前用過的物品，供前來訪問的人參觀。
孔子弟子們在孔墓周圍廬墓守孝，舉行各種追思會，與都城里對民眾開放的孔子廟堂，里外遙相呼應，制造“克己復禮”，要求各國恢復仁德社會的輿論，對各個諸侯國都產生很大的影響。孔子思想因此傳播天下。
