作為一個主要針對房地產公司的特殊稅種，土地增值稅是房地產公司的第二道流轉稅，同時土地增值稅也是所有單行稅種中國家層面規定最粗放、受地方性政策影響最深的稅種，稅法的固定性與法定性，就是要減少征稅的隨意性并保證納稅人的橫向公平，我國的稅收立法權高度集中在中央，但是土地增值稅國家層面規定粗放無法操作，因而主要由地方性的稅收政策來補充以保證土地增值稅清算與征收的可操作性。
筆者對于土地增值稅的這種特殊性有一個自己的概括，如果其他稅種對于一個問題我們可以探討的是結果，那么對于一個土地增值稅問題我們可以探討的是可能，即一個問題可能會有幾種結果，并提前對這幾種結果進行預測，然后按有利于自己的結果進行溝通。
土地增值稅由于全國各地的政策不同，各省市的政策不同，甚至是一個市的各個區縣操作方法也不相同，因而難以對于一個問題直接給出結果，筆者也不想將本章寫成一個全國各省市的文件匯編或操作習慣集合，因為無論如何都無法提供出一個全國都可以普遍適合的案例或操作手冊。土地增值稅在細節上十里不同天，因而筆者只能最大限度地提取全國性的共通之處進行討論，然后輔以有代表性的地方性政策進行說明，來介紹這個表面上復雜但實際上比較簡單的稅種。
但是經過多年的稅收實踐及幾百個案例的積累，筆者認為，土地增值稅整體的結構還是固定的，是由國家層面的文件構成并全國統一執行的，各省市是在整體結構下做了一些文件的細化，因而我們還是可以就土地增值稅結構進行探討，對土地增值稅清算的幾種路徑進行分析。
土地增值稅名義上是流轉稅，但是征收的方法類似于企業所得稅，實質上是第二道企業所得稅，其風險管控的核心在于掌握土地增值稅的體系，土地增值稅查賬法將新建房（新房）與存量房（舊房）分成兩種截然不同的清算方法進行征收，其中新房又分為首次清算與尾盤清算，增值額的計算方法不同；還可以采用核定法征收。舊房查賬法稅法明文規定有兩種方法，實際上操作中是三種方法；同時舊房也采用核定法征收。因而一項開發產品可以有多種方法進行土地增值稅的清算，土地增值稅清算體系如表10-1所示。
土地增值稅清算體系將新建房與舊房分為兩種截然不同的清算方法，舊房不列入新建房土地增值稅清算的范圍，各省市又做了更進一步的規定，例如：
遼地稅發〔2007〕102號第七條規定，房地產開發企業納稅人建造商品房，已自用或出租使用年限在一年以上再出售的，應按照轉讓舊房及建筑物的政策規定繳納土地增值稅，不再列入土地增值稅清算的范圍。
京地稅地〔2008〕92號第七條規定，房地產開發企業建造的商品房，已自用或出租使用年限在一年以上再出售的，應按照轉讓舊房及建筑物的政策規定繳納土地增值稅，不再列入土地增值稅清算的范圍。
那么新建房與舊房的主要區別是什么？財稅〔1995〕48號規定，新建房是指建成后未使用的房產。凡是已使用一定時間或達到一定磨損程度的房產均屬舊房。使用時間和磨損程度標準可由各省、自治區、直轄市財政廳（局）和地方稅務局具體規定。這是國家層面最上位的新建房與舊房區分的概念性定義。
但是江蘇的規定就顯得更有開創性，蘇財稅〔2007〕45號規定，土地增值稅中的舊房，是指已建成并辦理房屋產權證或取得購房發票的房產，以及雖未辦理房屋產權證但已建成并交付使用的房產。
因而新建房與舊房的界線并不是不可逾越的，房地產公司也可以通過舊房的清算方法來實現土地增值稅的清算。
表10-1
了解了土地增值稅征收的體系，就可以選擇清算方式，同時再對不同的清算方式土地增值稅的具體計算方法進行處理。這是土地增值稅結構性角度的風險管理與戰略性籌劃。
【案例10-1】
甲房地產公司在江蘇S市開發了一個湖景別墅項目，項目可售面積為20000平方米，土地與建安成本小計10000萬元，無金融機構借款利息，房屋平均售價為2萬元。甲房地產公司在緩解資金壓力后，將部分別墅5000平方米先租給目標業主，然后銷售過戶。當地稅務機關對于二手房屋統一采取核定征收土地增值稅，非住宅核定率為交易金額的3％，契稅稅率為3％，營業稅及附加為5.6％，印花稅不考慮。
???問題80：甲房地產公司節稅多少？
（1）全部直接銷售模式下土地增值稅測算。
扣除項目=10000×1.3+20000×2×0.056=15240（萬元）
增值額=20000×2-15240=24760（萬元）
土地增值稅=24760×0.5-15240×0.15=10094（萬元）
（2）先租后售模式下的土地增值稅測算。
1）直接銷售15000平方米土地增值稅測算。
扣除項目=（10000/20000×15000）×1.3+15000×2×0.056=11430（萬元）
增值額=15000×2-11430=18570（萬元）
土地增值稅=18570×0.5-11430×0.15=7570.5（萬元）
2）先租再售5000平方米稅收測算。
根據蘇財稅〔2007〕45號規定，土地增值稅中的舊房，是指已建成并辦理房屋產權證或取得購房發票的房產，以及雖未辦理房屋產權證但已建成并交付使用的房產。因而先租再售5000平方米房屋土地增值稅按舊房進行清算，按交易金額的3％核定征收土地增值稅。
土地增值稅=5000×2×0.03=300（萬元）
方案（2）稅收合計：7570.5+300=7870.5（萬元）
因而方案（2）與方案（1）相比，稅收節稅2223.50萬元。
在該案例中，由于舊房只要滿足使用達到一定年限就可以按核定征收，并不需要進行過戶而增加契稅。
土地增值稅清算前，稅務機關通常會要求企業完成項目的決算，并對成本扣除有特殊的嚴格要求，要求提供決算報告、簽訂合同、取得發票、資金已付四個條件全部滿足的條件下才能扣除成本。
筆者實踐發現，由于應付賬款的存在，大部分企業經過溝通在滿足提供決算報告、簽訂合同、取得發票三個條件的情況下可以扣除成本。但是另有極少數企業，在滿足提供決算報告，參考合同內容的情況下可以扣除成本。
一、首次清算計算公式
土地增值稅清算計算過程其實比較簡單，按以下三個步驟進行。
第一步，計算扣除項目與增值額；計算增值額的扣除項目，具體為：
（1）取得土地使用權所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定繳納的有關費用。
（2）開發土地和新建房及配套設施（以下簡稱房增開發）的成本，是指納稅人房地產開發項目實際發生的成本（以下簡稱房增開發成本），包括土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發間接費用。
土地征用及拆遷補償費包括土地征用費、耕地占用稅、勞動力安置費、有關地上與地下附著物拆遷補償的凈支出、安置動遷用房支出等。
前期工程費包括規劃、設計、項目可行性研究和水文、地質、勘察、測繪、“三通一平”等支出。
建筑安裝工程費是指以出包方式支付給承包單位的建筑安裝工程費，以自營方式發生的建筑安裝工程費。
基礎設施費包括開發小區內道路、供水、供電、供氣、排污、排洪、通信、照明、環衛、綠化等工程發生的支出。
公共配套設施費包括不能有償轉讓的開發小區內公共配套設施發生的支出。
開發間接費用是指直接組織、管理開發項目發生的費用，包括工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費、周轉房攤銷等。
（3）開發土地和新建房及配套設施的費用（以下簡稱房地產開發費用），是指與房地產開發項目有關的銷售費用、管理費用、財務費用。
財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，按第（1）、（2）項規定計算的金額之和的5％以內計算扣除。
凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用按第（1）、（2）項規定計算的金額之和的10％以內計算扣除。
上述計算扣除的具體比例，由各省、自治區、直轄市人民政府規定。
（4）與轉讓房地產有關的稅金，是指在轉讓房地產時繳納的城市維護建設稅、印花稅。因轉讓房地產繳納的教育費附加，也可視同稅金予以扣除。
（5）對從事房地產開發的納稅人可按第（1）、（2）項規定計算的金額之和，加計20％的扣除。
增值額=銷售收入-扣除項目
第二步，計算增值率，增值率=增值額/扣除項目；
第三步，根據增值率，選擇稅率與速算扣除系數（見表10-2）。
表10-2
土地增值稅=增值額×稅率-扣除項目×速算扣除系數
1）不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的。
式（10-1）中，銷售收入是權責發生制的全口徑收入，銷售成本主要按已取得發票來確認，稅金及附加是指實際已交的稅金及附加。這時就出現了收入與扣除項目的不匹配，收入是按合同確認的全口徑收入，但是成本與稅金及附加是以收付實現制為基礎進行確認的。
土地增值稅加計扣除項目中“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本，包括：土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發間接費用”，與會計口徑上的開發成本最大的不同，是會計口徑上的開發成本包含了資本化利息的金額，土地增值稅加計扣除項目中不包含資本化利息。另有一些不同體現在土地增值稅法與會計準則對于開發間接費用的外延界定不同，由于會計準則中開發間接費包含的內容過于寬泛但是總金額不大，需要逐條進行財稅差異調整，但是不對土地增值稅的清算結果產生大的影響。
國稅函〔2010〕220號規定：土地增值稅清算時，已全額開具商品房銷售發票的，按照發票所載金額確認收入；未開具發票或未全額開具發票的，以交易雙方簽訂的銷售合同所載的售房金額及其他收益確認收入。銷售合同所載商品房面積與有關部門實際測量面積不一致，在清算前已發生補、退房款的，應在計算土地增值稅時予以調整。因而土地增值稅清算時的收入是按發票或合同確認的全口徑銷售收入。
財法字〔1995〕6號規定：與轉讓房地產有關的稅金，是指在轉讓房地產時繳納的營業稅、城市維護建設稅、印花稅。因轉讓房地產繳納的教育費附加，也可視同稅金予以扣除。營業稅金及附加強調的是繳納，在土地增值稅清算時，部分收入未滿足營業稅納稅義務時點而未繳時，可以通過預繳營業稅的方式來減少土地增值稅清算的永久性差異，預繳的營業稅可以抵減以后期間應納的營業稅。營改增后不存在該問題了。在轉讓新建房時，印花稅不作為與轉讓房地產有關的稅金進行扣除。
成本的扣除口徑有一個從嚴變寬的變化過程。國稅發〔2006〕187號規定：“房地產開發企業辦理土地增值稅清算時計算與清算項目有關的扣除項目金額，應根據土地增值稅暫行條例第六條及其實施細則第七條的規定執行。除另有規定外，扣除取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、費用及與轉讓房地產有關稅金，須提供合法有效憑證；不能提供合法有效憑證的，不予扣除。根據國稅發〔2006〕187號的要求，扣除取得土地使用權所支付的金額、房地產開發成本、費用及與轉讓房地產有關稅金，須提供合法有效憑證，實際上表達的是憑票才能扣除的思想。部分稅務機關由于稅源緊張，會要求提前進行土地增值稅的清算，這時房地產企業的一些成本未達到付款時點無法取得發票，又額外造成了房地產企業的稅收負擔。國稅發〔2009〕91號對這個問題進行了放寬，第二十一條規定“在土地增值稅清算中，計算扣除項目金額時，其實際發生的支出應當取得但未取得合法憑據的不得扣除”，提出了根據經濟業務進行具體問題具體分析的思想，要求應當取得但未取得合法憑據的不得扣除，改變了成本必須憑票扣除的做法，部分稅務機關會參考合同內容允許部分沒有發票的成本可以稅前扣除，例如，《重慶市地方稅務局關于轉發國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（渝地稅發〔2007〕145號）規定，各項預提（或應付）費用除另有規定外不得包括在扣除項目金額中。對與商品房等非同步建設的項目內非營業性公共配套設施支出，能夠提供有權部門批文、規劃設計、預算并且與施工、供貨單位簽訂了建設（供貨）合同的（四個條件同時具備），以所簽合同金額作為扣除金額。這是一個非常重大的進步。
式（10-1）是房地產公司土地增值稅增值額計算的最高金額。國稅函〔2010〕220號規定：財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，在按照“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的5％以內計算扣除。凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用在按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10％以內計算扣除。全部使用自有資金，沒有利息支出的，按照以上方法扣除。因而沒有利息支出的房地產企業，也可以按“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和的10％扣除房地產開發費用。
???問題81：為什么式（10-1）中直接按1.3加計扣除，而稅法規定是“房地產開發費用在按‘取得土地使用權所支付的金額’與‘房地產開發成本’金額之和的10％以內計算扣除”？
雖然國家政策層面規定，對于“房地產開發費用在按‘取得土地使用權所支付的金額’與‘房地產開發成本’金額之和的10％以內計算扣除”，有“以內”兩個字。但是大部分省份都有補充文件，取消了“以內”兩個字。例如蘇地稅發〔1995〕103號規定：《細則》第七條（三）項“房地產開發費用”是指與房地產開發項目有關的銷售費用、管理費用。凡財務費用中的利息支出能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額，其他房地產開發費用按《細則》第七條（一）、（二）項規定計算的金額之和的5％計算扣除；凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用按《細則》第七條（一）、（二）項規定計算的金額之和的10％計算扣除。
滬地稅地〔1995〕36號規定：財務費用中的利息支出，凡能夠按轉讓房地產項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額。其他房地產開發費用，按《細則》第七條（一）、（二）項規定計算的金額之和的5％計算扣除。凡不能按轉讓房地產項目計算分攤利息支出或不能提供金融機構證明的，房地產開發費用按《細則》第七條（一）、（二）項規定計算的金額之和的10％計算扣除。
房地產公司對于“取得土地使用權所支付的金額”與“房地產開發成本”金額之和可以加計扣除20％，因而可以按1.3直接計算加計扣除項目。
2）利息支出凡能夠按清算項目計算分攤并提供金融機構證明的，允許據實扣除，但最高不能超過按商業銀行同類同期貸款利率計算的金額：
土地增值稅=增值額×稅率-扣除項目×速算扣除系數
利息如何按清算項目進行計算分攤，是目前為止一直沒有明確文件進行規范的一個關鍵點，在實踐過程中，相當一部分稅務機關將利息按建筑面積在清算項目之間進行分攤。但是筆者認為，利息還可以按會計準則——資本化利息的規范進行分攤，該想法也從一個省的清算做法里得到證實。
利息支出如果想據實扣除，必須提供金融機構證明，銀行委貸的利息支出從政策的角度完全滿足利息可以據實扣除的形式條件，在部分地區可以稅前扣除。
江蘇省內稅務機關口徑委貸利息不得扣除，但是江蘇省的稅務機關口徑也僅是通過法規解讀的形式發布，而沒有形成正式的文件。因而從土地增值稅的角度，房地產公司從非金融機構借款，以銀行委貸的形式發放節稅效果最優。
???問題82：滿足什么條件扣除項目才可以加計扣除20％？
《土地增值稅暫行條例實施細則》（財法〔1995〕6號）規定：根據條例第六條（五）項規定，對從事房地產開發的納稅人可按本條（一）、（二）項規定計算的金額之和，加計20％的扣除。在實踐操作過程中，“從事房地產開發”的形式要件是具有房地產開發資質，具有房地產開發資質是滿足加計扣除20％的第一個條件，曾有混業經營的商貿公司、工業企業，由于具有房地產開發的資質，在土地增值稅清算時扣除項目都可以進行20％的加計扣除。
再根據國稅發〔2007〕132號：對于取得了房地產產權后，未進行任何實質性的改良或開發即再行轉讓的，審核是否按稅收規定計算扣除項目金額，核實有無違反稅收規定加計扣除的情形。進行實質性開發或改良是可以進行加計扣除20％的第二個條件。
二、土地增值稅的重要概念
土地增值稅中有幾個非常重要的核心概念，掌握了這幾個核心環節，土地增值稅的整體風險就可以控制。
1．征稅對象
國務院令〔1993〕138號規定：土地增值稅是對轉讓國有土地使用權、地上建筑物及其附著物并取得收入的單位和個人，就其轉讓房地產所取得的增值額征收的一種稅。國稅函發〔1995〕110號對土地增值稅的征稅對象做了如下解釋：土地增值稅僅對轉讓國有土地使用權的征收，對轉讓集體土地使用權的不征稅。因而在房地分離的情況下，如果僅轉讓建筑物卻不轉讓國有土地使用權，那么不屬于土地增值稅的征稅范圍。對轉讓房地產并取得收入的征稅，對發生轉讓行為而未取得收入的不征稅。如通過繼承、贈與方式轉讓房地產的，雖然發生了轉讓行為，但未取得收入，就不能征收土地增值稅。
2．清算單位
國稅發〔2006〕187號規定：土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算。對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算。這又是一個缺少核心概念的論斷，對于一個混合了別墅、商業、住宅的多業態項目，如果施工上分期施工，由于各種開發產品業態的增值率并不相同，如何認定分期并進行分期清算，成為決定土地增值稅稅負的關鍵性因素。國家層面沒有對分期如何認定進行明確，各省也不相同。以江蘇為例，江蘇省地方稅務局《關于印發〈土地增值稅清算管理規程〉的通知》（蘇地稅發〔2009〕72號）第十七條規定：清算審核時，應審核房地產開發項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算；對于由發改委或規劃部門批準的分期開發的項目，是否以分期項目為單位清算。因而江蘇對于立項采取了以發改委或規劃部門批準兩個口徑，根據房地產開發的習慣，發改委與規劃部門往往對于分期的處理是不同的，并不是統一的。在2010年之前，江蘇省各地地稅局對分期認定的法律要件解釋為規劃局的規劃許可證。但是2010年后，江蘇省地稅局將土地增值稅“分期項目”分期認定的法律要件統一解釋為發改委的立項批復，地方稅務局以土地增值稅清算操作口徑解答的方式發送給房地產企業，但是并無正式的文件明確。從江蘇全省來看，各地市縣仍然將這兩種口徑作為土地增值稅分期的依據，并不統一。
更有甚者，雖然蘇地稅發〔2009〕72號明確規定“普通標準住宅與其他類型的房屋分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅”，根據這一規定，除普通標準住宅外，同一清算單位中的不同類別的商品房不分別計算增值額和增值率。但一些地區仍然堅持如果一個項目有不同業態應先按業態分別計算增值額、增值率與土地增值稅，最后匯總繳納土地增值稅。
但是政策變化還遠遠沒有結束，蘇地稅規〔2012〕1號又出臺了新的突破性規定，帶來實務中更大的混亂：土地增值稅以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算，對于國家有關部門批準的分期開發的項目，以分期項目為單位進行清算。對國家有關部門批準的開發項目或分期項目開發周期較長，納稅人自行分期開發的，其收入、成本、費用按規定分別歸集的，主管稅務機關可將自行分期項目確定為清算單位。它允許將自行分期項目確定為清算單位。
蘇地稅規〔2012〕1號同時規定：土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。同一開發項目中包含多種類型房地產的，按以下類別作為核算對象，分別計算收入、扣除項目金額、增值額、增值率，繳納土地增值稅。（1）普通標準住宅；（2）其他類型住宅（含普通住宅和非普通住宅）；（3）非住宅類房產。這又改變了蘇地稅發〔2009〕72號“普通標準住宅與其他類型的房屋分別計算增值額、增值率，繳納土地增值稅”的做法。
一個項目包含多種類型房地產，采用幾分法清算以及地下車庫到底合并歸屬到哪種類別，是土地增值稅清算中影響清算結果的關鍵因素。由于地下車庫在土地增值稅清算中基本都是虧損的，因而地下車庫歸屬到哪種類別的房地產，就會整體上降低該類別房地產的增值率。
3．普通標準住宅
對于普通標準住宅，財稅〔2006〕141號規定：“普通標準住宅”的認定，可在各省、自治區、直轄市人民政府根據《國務院辦公廳轉發建設部等部門關于做好穩定住房價格工作意見的通知》（國辦發〔2005〕26號）制定的“普通住房標準”的范圍內從嚴掌握。但是具體到各個省，規定不同，仍以江蘇為例，蘇地稅發〔1995〕103號規定：《細則》第十一條所稱的“普通標準住宅”，暫定為按當地政府部門規定和建筑標準建造，按商品房住宅價格管理的要求實行國家定價或限價，為安排住房困難戶、解決中低檔收入者住房而建造的經濟適用房、微利房、解困解危房、拆遷安置住房、落實私改房等。高級公寓、別墅、度假村等不屬于普通標準住宅。因而江蘇的普通標準住宅，實際上是經濟適用房、微利房、解困解危房、拆遷安置住房、落實私改房。
由于蘇地稅發〔1995〕103號對于普通標準住宅的認定明顯違反上位文件規定，在華潤地產的努力下，該文件現已被廢除，隨著納稅人維權意識的提高，已產生越來越多企業推動稅務政策與稅收征管習慣改變的案例。
4．成本分攤標準
與企業所得稅類似，土地增值稅對于成本的分攤標準，也提供了可售建筑面積、建筑面積、土地使用權面積三種標準，除了土地使用權面積的分攤標準主要用于以土地開發為主的房地產開發（即所謂的土地一級開發）外，對于常規的房地產開發業務，成本的分攤標準也提供了可售建筑面積與建筑面積的兩種分攤標準可供選擇，兩種標準的優劣及對稅收的影響已在企業所得稅章節中分析。
雖然土地增值稅中沒有進行明確的規定，但是筆者一直堅持，土地增值稅對于土地和建筑物也可以采用兩步走的成本分攤步驟。第一步，屬于多個房地產項目共同的土地成本，應按清算項目的占地面積占多個項目總占地面積的比例，計算確定各個清算項目的土地扣除金額。屬于多個房地產項目共同的建筑安裝成本，應按清算項目可售建筑面積占多個項目可售總建筑面積的比例，計算確定清算項目的扣除金額。第二步，屬于同一項目的土地成本、建筑安裝成本，按可售建筑面積占總可售建筑面積的比例，計算確定扣除金額。例如，津地稅地〔2011〕24號規定：根據土地增值稅實施細則和清算工作有關規定，取得土地使用權所支付的金額按實際轉讓土地面積占可轉讓土地總面積的比例分攤；房地產開發成本、費用金額按可售建筑面積占項目可售總建筑面積的比例分攤。遼地稅函〔2012〕92號也有類似的規定。
需要特別強調的是，地下建筑物可以辦出產證的地區，筆者認為地下建筑物仍然不應該分攤土地成本。理由有二：第一，土地成本與地上計容面積相關，與地下建筑面積不相關；第二，多數辦出產證的地下建筑仍然屬于地下車庫，地下車庫的銷售單價與地上建筑的銷售單價有天壤之別。目前地下建筑面積是否分攤土地成本全國并不統一，江蘇目前已要求分攤土地成本。
筆者提供的成本分攤標準與分攤方法是稅收實踐中相對采用比較多的，并不是絕對統一的，這也是土地增值稅清算的特色。例如，南通市地方稅務局則完全自主創新了一套自己的成本分攤體系，按單位建筑面積的銷售價格配比單位建筑面積銷售成本，在通地稅函〔2008〕100號中進行體現。
5．車庫的成本與收入確認
國稅發〔2006〕187號規定：房地產開發企業開發建造的與清算項目配套的居委會和派出所用房、會所、停車場（庫）物業管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學校、幼兒園、托兒所、醫院、郵電通訊等公共設施，按以下原則處理：建成后產權屬于全體業主所有的，其成本、費用可以扣除；建成后無償移交給政府、公用事業單位用于非營利性社會公共事業的，其成本、費用可以扣除；建成后有償轉讓的，應計算收入，并準予扣除成本、費用。
以上規定與國稅發〔2009〕31號文基本一致，但是水平高下立判。國稅發〔2006〕187號要求，公共設施建成后無償移交給政府、公用事業單位且用于非營利性社會公共事業的，其成本、費用可以扣除。而國稅發〔2009〕31號文則規定，無償贈與地方政府、公用事業單位的配套設施，成本可以扣除，并沒有要求必須用于非營利性公共事業。國稅發〔2009〕31號的水平明顯高于國稅發〔2006〕187號，因為企業將公共設施無償移交政府后，對于企業而言已經是屬于公益性質的移交，而政府取得這些物業后用于從事營利性或者非營利性事業，企業已無權也無力干涉，因而國稅發〔2006〕187號要求，公共設施建成后無償移交給政府、公用事業單位且用于非營利性社會公共事業的，其成本、費用可以扣除，有違操作習慣也無視中國國情。
對于車庫的處理各省也有不同的規定，筆者傾向于以下處理方法，認為最具法理。
兩證齊全、可有償轉讓的車庫（位），包括地上單獨建造的車庫和部分地下車庫（位），清算時，按已轉讓部分確認收入，并扣除相應的成本、費用。
利用地下人防設施作為車庫（位）的，由于地下車庫產權屬于國家，因而成本可以扣除。現在許多稅務機關要求企業發布人防地下車位移交公告后成本才能扣除，雖然從法理上存在瑕疵，但已被越來越多的稅務機關采用。
無產證的地下建筑物，如果簽訂銷售合同，則應該確認收入并扣除成本。如果簽訂租賃合同，則不確認收入，不扣除成本。
對于地下車位的處理各省之所以不同，主要還是由于對于《物權法》第七十四條的理解不同，《物權法》第七十四條規定：建筑區劃內，規劃用于停放汽車的車位、車庫的歸屬，由當事人通過出售、附贈或者出租等方式約定。部分省份認為，地下車庫在無法辦理產證的情況下，屬于不可轉讓的建筑物，因而不屬于土地增值稅的征收范圍，地下車庫的銷售收入不作為土地增值稅的清算收入，相關成本也不得扣除。另有一些省份認為，根據國稅發〔1993〕149號的規定“以轉讓有限產權或永久使用權方式銷售建筑物，視同銷售建筑物”，可以認為以轉讓永久使用權方式銷售建筑物的屬于銷售建筑物，可以作為土地增值稅的清算范圍。因而各省出臺了不同規定，即使同一個省也會隨著時間的推移產生不同的理解。例如，遼地稅函〔2009〕188號規定，對房地產開發企業長期出租地下停車位、一次性收取的租金相當于停車位銷售價值的，視同銷售，征收土地增值稅。遼地稅函〔2012〕92號又規定，轉讓有產權地下停車位取得的收入，計入土地增值稅收入，地方稅務機關允許其成本費用按照對應配比原則在土地增值稅清算中扣除。無產權地下停車位取得的收入，不計入土地增值稅收入，其成本費用地方稅務機關在土地增值稅清算中不允許扣除。其他無產權的建筑物等比照執行。
附10-1
青地稅函〔2009〕47號：根據房地產相關法律、法規等有關規定，開發項目建筑區劃內，規劃用于停放汽車的車位、車庫的歸屬，由當事人通過出售、附贈或者出租等方式約定。據此，凡房地產開發企業與購房人簽訂銷售合同，約定將上述車庫、車位的所有權出售給購房人的，取得的收入并入非普通住房轉讓收入；附贈的車庫、車位因未取得轉讓收入，按出售開發產品計算銷售收入。利用地下基礎設施形成的停車場所，房地產開發企業與購房人簽訂合同，將停車場所法律法規規定期限內的使用權轉移給購房人的，向購房人取得的收入視同房地產轉讓收入，并入非普通住房轉讓收入；利用地下基礎設施形成的停車場所，作為公共配套設施計入扣除，房地產開發企業與購房人簽訂車庫、車位一定期限租賃使用權合同，其取得的租賃收入，不計入房地產轉讓收入。
津地稅地〔2011〕24號：實際操作中，房地產開發企業建造的地下車庫，可視其具體情況按以下方法確定：有產權且對外銷售的車庫，其收入應并入房地產銷售收入，相應的車庫開發成本應準予扣除。轉讓車庫使用權年限與所購房屋一致的，或者永久轉讓使用權的，可視同銷售，應歸集相應的收入和成本。以上情況之外的其他形式，產生的收入與建造成本均不予以歸集。
常地稅一函〔2008〕2號：對無產權車庫（車位）轉讓永久使用權、無固定期限或與房屋同期限讓渡使用權、一次性收取固定年限（20年以上）使用費的，其收入作為土地增值稅清算收入，相應的開發成本也準予扣除。對按年收取的車庫（車位）租賃收入不作為土地增值稅清算收入，相應的開發成本也不予扣除。
蘇地稅規〔2012〕1號規定：“人防工程的使用權和收益權未無償移交給全體業主的，其相關成本、費用不予扣除。”這是蘇地稅規〔2012〕1號的最大爭議之處，以收益權代替所有權，突破性地將不動產成本扣除與收益權相掛鉤，改變了所有權轉移進行稅前成本扣除的常規做法，違背了正常的成本扣除法理。《中華人民共和國人民防空法》第五條規定：“國家鼓勵、支持企業事業組織、社會團體和個人，通過多種途徑，投資進行人民防空工程建設；人民防空工程平時由投資者使用管理，收益歸投資者所有。”蘇地稅規〔2012〕1號突破了稅法的中性原則，對人防工程的收益權歸屬進行了傾向性的要求。
土地增值稅這種地方性的規定無法窮盡列舉，需要實操人員充分了解當地的稅收政策。
6．清算條件
國稅發〔2009〕91號第十條規定：對符合以下條件之一的，主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算。（一）已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85％以上，或該比例雖未超過85％，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的；（二）取得銷售（預售）許可證滿三年仍未銷售完畢的；（三）納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的；（四）省（自治區、直轄市、計劃單列市）稅務機關規定的其他情況。
后面三條沒有爭議，最容易引起爭議的是第一條，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85％以上，即需要清算，那么如何認定已轉讓？是指簽訂了銷售合同還是交房，還是產權過戶？對此問題沒有任何文件進行明確，因而部分稅務機關認為是按簽訂銷售合同，將土地增值稅的清算時點大大提前，以占用納稅人的經營資金。根據最高人民法院《關于審理商品房買賣合同糾紛案件適用法律若干問題的解釋》（法釋〔2003〕7號）第十一條的規定：對房屋的轉移占有，視為房屋的交付使用，但當事人另有約定的除外。房屋毀損、滅失的風險，在交付使用前由出賣人承擔，交付使用后由買受人承擔；買受人接到出賣人的書面交房通知，無正當理由拒絕接收的，房屋毀損、滅失的風險自書面交房通知確定的交付使用之日起由買受人承擔，但法律另有規定或者當事人另有約定的除外。因而與房屋所有權相關的風險自交房之時起轉移，合同簽訂時，房屋所有權相關的風險并沒有轉移，不能認為屬于房屋已轉讓。我國房屋所有權的轉移以登記為形式要件，那么是否必須以房屋登記才可以視為房屋已轉讓呢？稅法文件沒有明確，大部分稅務機關以交房作為房屋已轉讓的認定條件。
