義熙十四年(418)十二月，緊鑼密鼓準備改朝換代的劉裕，為了應“昌明之后有二帝”的讖語，派人縊殺司馬德宗，謊稱因病駕崩。同時，他擁立司馬德宗的胞弟——33歲的瑯玡王司馬德文繼位，做了東晉末代皇帝。
司馬德文與司馬德宗是一母所生的親兄弟。太元十一年 (386)，孝武帝司馬曜的淑媛陳歸女生了他，比他的胞兄司馬德宗小四歲。
司馬德文7歲時，被封為瑯玡王。
他不忘乃祖乃宗。劉裕北伐時，他自動上疏要求隨軍前往洛陽，修復了西晉皇帝的陵墓。
他篤于兄弟情誼。常常隨侍在司馬德宗的身邊，照顧這個不會說話、不能行動的胞兄，在宮廷內外很受稱道。桓玄篡位，他被降為石陽縣公，同被廢黜為固安王的司馬德宗一起被安置到潯陽(今江西九江);隨桓軍的進退而遷徙不定，最后被劫持到江陵(今湖北江陵)。桓玄敗死，桓氏一族幾乎被殺盡，做了漏網之魚的桓振謀圖報復。一天，他持槍躍馬，突然闖進司馬德宗的住處，瞪圓雙眼，怒氣沖沖地說：“我們桓氏家族有什么對不住國家的地方，而遭到滅族慘禍?”司馬德文正服侍在他胞兄身邊，回答說： “殺掉你們全族，并不是我們兄弟二人的主意。”一句話，說得桓振下馬拜服，就這樣為他胞兄解了難。劉裕得勢后，便尋找暗殺司馬德宗的機會。司馬德文看透這一心機，形影不離地守候在他胞兄身邊，使劉裕下不得手。劉裕最終殺掉司馬德宗，是利用了司馬德文不在他胞兄身邊的機會。
在當時人們心目中，他是一個賢王。
他常常為東晉的國祚擔憂。他在王府里，曾讓隨從們做射馬的游戲。有人勸說他：“馬是皇族的姓，你讓隨從射馬是不吉利的。”他被提醒，就不再玩這種游戲了。
但是，眼見東晉帝國的大廈即將傾覆，他自感無力支撐，便到佛教里尋求一點精神上的安慰。他鑄錢千萬，用來布施。又造了一尊高一丈六尺的金質佛像，他步行幾十里，親到瓦官寺把這尊佛家圣物迎接到京師里來。
由此看來，他又是一個精神空虛無所作為的親王。
劉裕把司馬德文撮上皇帝位子，僅是為應司馬曜之后有兩個皇帝的讖語之數。過了一年半，元熙二年(420)六月，傅亮秉承劉裕的密旨，暗示司馬德文禪位。當傅亮把禪位詔的草稿送到面前時，他欣然接受，說：“晉朝早已失去了天下，事至今日正該這樣辦!”于是親自照樣謄寫。劉裕即位后，把他廢為零陵王，安置在秣陵 (今江蘇南京報恩寺附近)。
從此以后，司馬德文深慮禍機。同被廢黜的皇后褚靈媛，形影不離的伴隨在他的身邊，為了預防被毒，一湯一水都經她親自檢查。這樣過了一年。永初二年 (421) 九月，劉裕派褚靈媛的哥哥褚叔度把她誑出，隨后，早已埋伏好的兵士翻墻而入，把司馬德文刺殺在臥室。他只有36歲，無辜地做了東晉皇朝的殉葬品。
他被謚為晉恭帝，葬于沖平陵。
晉代自秦始元年 (265) 司馬炎代魏，到元熙二年 (420) 司馬德文為劉裕所代，以禪位始，前后共存在了155年。
