具有條帶構造和隱晶質結構是瑪瑙最為主要的特征。按照顏色，條帶，雜質或包體等特點可將瑪瑙分為多個品種。
（1）按顏色分類
瑪瑙可按顏色分為白瑪瑙、紅瑪瑙、綠瑪瑙、紫瑪瑙、黑瑪瑙等品種。
（2）按條帶分類
縞瑪瑙：亦稱條紋瑪瑙，是一種顏色相對簡單、條帶相對清晰的瑪瑙。縞瑪瑙以黑、白相間或紅、白相間兩種條帶最為常見。
纏絲瑪瑙：當縞瑪瑙的條帶變得十分細窄時，又可稱為纏絲瑪瑙。較名貴的一種纏絲瑪瑙由纏絲狀紅、白相間的條帶組成。
（3）按雜質或包體分類
苔紋瑪瑙：一種具有苔蘚狀、樹枝狀圖案的瑪瑙。一般綠色由綠泥石的細小鱗片聚集而成；黑色由鐵、錳的氧化物聚集而成。苔紋瑪瑙在工藝上有較高的價值，哪些綠色、黑色圖案給人以豐富的想象，因此苔紋瑪瑙成為瑪瑙中的名貴品種。
火瑪瑙：在瑪瑙的微細層理之間含有薄層的液體或紅色板狀赤鐵礦等礦物質包體。在光的照射下可產生干涉、衍射效應，如果切工正確，火瑪瑙將顯示五顏六色的暈彩。
水膽瑪瑙：若封閉的瑪瑙晶洞中包裹有天然液體（一般是水），則被稱為水膽瑪瑙。如果液體被瑪瑙四壁遮擋時，整個瑪瑙在搖動時雖有響聲，但并無工藝價值；只有液體位于透明一半，透明空腔中的水膽瑪瑙才有較大的工藝價值。
（4）其他商業品種
雨花石分為廣義和俠義。廣義上雨花石是指各種卵狀礫石，它既包括千姿百態的瑪瑙石，也包括各種彩色的燧石、硅質石、石英石、脈石巖、硅化灰巖、火山巖以及各種蛋白石、水晶等。
俠義的雨花石是指產于南京雨花礫石層中的瑪瑙。由于雨花石具有紋帶狀的顯著特征，故古時稱之為“文石”或者“紋石”。雨花石具有紅、黃、藍、綠、褐、灰、紫、白、黑等多種色調，且花紋變化萬千，被譽為觀賞石中“天下第一美石”。
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