年前咱們生信控的讀者給小編推了一篇文章，問是否能完全實現？
當然啦，小編不負眾望—望穿秋水—水到渠成的完成了文章的重復工作，所以屏幕前的你如果剛好有這方面或者其他個性化的分析需求，可以找小編搭訕啦！【小編的微信見文章末尾】
那么，本期小編就來跟大家嘮嘮這篇文章的分析思路，對課題還沒太多想法的童鞋可以參考借鑒，且看如何不做實驗就能發PLOS ONE！
文章就是??這個啦：
Published: December 15, 2017
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0189675
去年年底發表在PLOS ONE上，其主要研究目的是想說明高表達的lncNRA-PVT1能夠獨立且有效地預測葡萄膜黑色素瘤（uveal melanoma, UVM）患者的差預后。
一點科普：葡萄膜黑色素瘤是成人最常見的原發性眼內惡性腫瘤，在國外其發病率占眼內腫瘤的首位，在國內則僅次于視網膜母細胞瘤，居眼內腫瘤的第二位。主要經血循環轉移，全身轉移主要見于肝臟，肝轉移所致死亡率高達50%。
更多知識點可參考：
http://www.haodf.com/zhuanjiaguandian/shengxinan_3912973198.htm
本研究基于TCGA中UVM患者基因表達數據和臨床信息，涉及到的分析（不包括更換癌型后的重復分析），對照文章中的圖表，如下：
1、基因表達與臨床因素的卡方檢驗（Table1）
以PVT1表達中值作為分界點，將80個患者分為PVT1高表達組和低表達組，并分別統計每組中各臨床屬性對應的患者數，進行卡方檢驗。分析結果表明，lncRNA PVT1的高表達與葡萄膜黑色素瘤的多種惡性特征有關：older age (66.80 ± 11.55 vs. 56.50 ± 14.36, p = 0.0007), a higher proportion of epithelioid cell dominant disease (22/40 vs. 12/40, p = 0.024), more cases of distant metastasis (4/28 vs. 0/27, p = 0.043) , extrascleral extension (6/37 vs. 1/38, p = 0.043) and a higher death rate (20/40 vs. 3/40, p<>
2、基因表達與CNV/Methylation之間的相關性分析（Fig1）
從熱圖A中結果可大致看出，PVT1基因表達（PVT1 expression RNASeq）隨著拷貝數（Copy number gistic2 thresholded）的增加而增加，而與DNA甲基化程度（PVT1 DNA methylation）則存在負向相關性。圖B、C中則從統計上給予了佐證，分別表示高拷貝組基因表達顯著高于低拷貝組（圖B），而PVT1甲基化程度與基因表達之間則存在較強的負相關關系（圖C）。該結果提示，拷貝數和甲基化程度可能導致了基因表達水平的改變。
3、PVT1表達與生存分析（Fig2.A）
以PVT1表達中值將患者分為PVT1高表達組和低表達組，K-M生存曲線結果提示PVT1低表達患者（上圖藍色線）整體生存OS顯著優于高表達患者（p<>
4、甲基化與生存分析（Fig2.B）
有趣的是，作為PVT1表達失調的機制，低水平的PVT1 DNA甲基化也與不利的OS顯著相關（p<>
5、單因素和多因素生存分析（Table2）
單因素結果顯示，9個納入分析的因素中有4個：epithelioid cell dominant uveal melanoma, extrascleral extension, PVT1 expression, PVT1 DNA methylation 與UVM患者OS顯著相關（p<0.05,>
在多因素分析中，作者把年齡因素也加入到分析中，結果提示，年齡超過60歲(HR: 2.599, 95%CI: 1.049–6.437, p = 0.039), 上皮樣細胞為主 (HR: 4.385, 95%CI: 1.514–12.703, p = 0.006) ，PVT1高表達(HR: 12.015, 95%CI: 1.854–77.876, p = 0.009)均可獨立的預測UVM患者的差預后（p<0.05,>
至此，關于lncRNA PVT1在UVM中的分析內容就完成了，其后，作者將同一套分析內容放在皮膚黑色素瘤（skin cutaneous melanoma, SKCM）上復制了一遍，證明了PVT1與SKCM患者預后并無顯著關聯。
綜上，作者經過一系列分析（不知道你有沒有一種滿滿的套路的感覺...），最終證實了lncRNA PVT1在預測葡萄膜黑色素瘤患者預后中的意義！
怎么樣，是不是覺得這個思路...還是可以借鑒的？或者如果你有更符合自己預想的文章或者思路，歡迎交流討論！
