雖然西羅馬滅亡了，但基督教還是被保留了下來，而且勢力越來越大。歐洲遍地都是宗教裁判所，任何不符合教義的言論都被迅速絞殺，哲學因為天性懷疑，也處在被封禁的行列中。
但諷刺的是，這時候基督教的神學家們卻發現了希臘哲學的好處。因為基督教在歐洲早已天下無敵很多年，除了在邊境和伊斯蘭教打打仗外就沒什么事了。閑著也是閑著，基督徒們又開始討論起神學問題來。
可是，有討論就有分歧。基督教神學家們為了維護自己的觀點，斥責對方是異端，展開了激烈的學術辯論。這辯論并不是校園辯論賽那樣的輕松，要知道異端在當時是很嚴重的罪名，不小心被人打成了異端，是可能會被判火刑，付出生命代價的。
于是為了取勝，神學家們想盡各種辦法。而說到辯論，哲學要說第二就沒人敢說第一了。自我陶醉了多年的神學家們這才意識到希臘哲學的價值，于是基督教的神學家們開始用各種辦法從東方獲取希臘文獻。
1215年，羅馬教皇的使節還禁止在學院里講解亞里士多德。可到了1260年，亞里士多德的著作就已經成了每個教會學校的必修課。
這在歐洲又掀起了一段研究哲學的高潮，所以此時的哲學研究被統稱作“經院哲學”。
“經院”這個詞聽著好像很有學問，實際上經院哲學和教父哲學一樣，基本沒什么意思。
我們只需要了解一下經院哲學的集大成者托馬斯?阿奎納就可以了。
阿奎納從小就立志要做個禁欲的修士。傳說有個年輕的姑娘到他的房間里誘惑他，他拿出一個燒紅的烙鐵把女孩趕出了房間，并且在門上烙了一個十字架。
他對生活毫無所求，不求名也不求利，一心只想單純地做學問。據說有一次和法國國王一起吃飯，他仍舊沉浸在神學思考中，想到痛快的地方，竟然猛敲桌子興奮地大喊大叫。他失禮的樣子把同席的修道院院長嚇壞了，但是法國國王卻很贊賞他。
阿奎納對基督教極其虔誠，在他著作旁邊的空白處，經常可以看到他隨手寫下的虔誠祈禱的文字。但非常可貴的是，他并不認為信仰可以代替思考。他曾說過：“來自權威的理論是最薄弱的。”沒有這種精神，他也不可能成為一個值得歷史大書特書的神學家，頂多只能是一個普通的苦行僧。
阿奎納的神學水平很高，被人稱為“天使博士”，他寫過兩本巨著《反異教大全》和《神學大全》。一聽書名就知道，這是兩本雄心勃勃、試圖包羅萬象的著作。不過到了晚年，阿奎納經過一次神秘體驗后，認為最有價值的知識是寫不出來的。與他的神秘體驗中獲得的啟示相比，他寫過的作品“都是稻草”，后來《神學大全》寫到一半就不寫了。
即便如此，阿奎納仍舊是經院哲學的高峰。他的理論對基督教影響深遠，直到今天，新托馬斯主義還是天主教的重要思想。
那么，這個經院哲學的代表人物，是怎么解釋上帝的吧！
阿奎納提出了五個方法來證明上帝的存在。這五個方法形式相近，這里我們只舉其中一個最簡單的，大致可以概括為：
世上萬事萬物都要有另一個事物作為它的原因。那么必然存在一個最初的原因，這個原因就是上帝。
這個思路特別的地方在于，它的形式是完全靠邏輯推理，而不是靠神學教義來證明上帝的存在。在他開創了先河之后，之后的很多哲學學派，也開始用類似的形式來證明，上帝是存在的。
對于虔誠的基督徒來說，這樣的證明已經足夠。但是對于非基督徒，這個證明還不能讓人滿意。
這是因為，從追問人生意義、追求個人幸福的角度說，上帝對于普通人最重要的意義在于：他是全知、全能、全善的。而且人類的靈魂必須永存不滅。
換句話說：
第一，上帝必須能夠知道每個人一生中所有的行為和遭遇。
第二，上帝必須有無上的善良，以便能對每個人的行為進行公正的評判。最好這評判標準還能事先公開，比如通過《圣經》的教誨。
第三，上帝也必須有無上的能力，可以對每個人實行獎懲。
第四，必須保證每個人的靈魂不滅，這樣未來的獎懲才有意義，不至于讓人們陷入虛無的深淵。
只有具備了以上條件后，上帝的存在才能為人提供巨大的安慰，才能夠指引人們的行動。
然而阿奎納的證明只是說世上存在一個人類無法感知的巨大力量，卻無法證明那股力量就是上帝，以及上帝能夠具備以上幾點能力。
而且，阿奎納的證明本身也有問題。
大哲學家羅素就曾對此反駁說：那什么是上帝存在的原因呢？如果“萬事必有因”，那么上帝的存在還要有自己的原因，上帝如果要依賴于外物存在，那么上帝就不是全能的。假如說上帝不依賴于外物存在，那么“萬事必有因”就不成立，那我們就允許有事物不依賴原因存在，那你為什么說這初始因就一定是上帝呢？也可以是其他事物啊。
