今天是第1059期日報。
The Lancet Oncology[IF:36.418]
① 特定微生物、菌群代謝產物通過多種機制，引發或調控癌癥的發生；② 腸道菌群對宿主免疫系統的調節會影響抗癌免疫，菌群紊亂可能會增加癌癥風險；③ 共生菌群影響免疫檢查點阻斷劑、干細胞移植、放/化療和細胞療法的療效和毒性；④ 菌群可作為癌癥治療的生物標記物，但需考慮多種生物、環境、社會影響因素；⑤ 糞菌移植、益生菌、膳食干預與益生元等手段有望用于提高抗癌療效；⑥ 進一步研究需要將實驗、檢測技術標準化，并建立更可靠的實驗模型。
Modulating the microbiome to improve therapeutic response in cancer
02-12, doi: 10.1016/S1470-2045(18)30952-5
【主編評語】共生菌群與宿主的密切互作，為癌癥治療提供了新的切入點。近期在《The Lancet Oncology》發表的綜述回顧了大量基礎和臨床研究，闡釋了共生菌群在癌癥及抗癌治療中的作用，影響菌群的因素以及各種菌群干預手段在癌癥治療中的潛在作用，對于了解菌群與癌癥的關聯、提高抗癌治療療效具有參考價值。（@小腸君）
Science[IF:41.058]
① 在飲水中添加25%的高果糖玉米糖漿（HFCS），腸道腫瘤易感的APC突變小鼠每天攝入這種飲水后，腫瘤體積和惡性程度顯著增加；② APC突變小鼠的腫瘤惡化情況與肥胖及代謝疾病無關；③ HFCS增加了腸腔和血清中果糖和葡萄糖含量，兩種糖類均被腫瘤組織轉運并利用；④ 腫瘤組織中，果糖被轉化為果糖-1-磷酸, 激活糖酵解、增加脂肪酸生成并促進腫瘤生長；⑤ 飲食中的葡萄糖和果糖可能協同促進腫瘤發生進程。
High-fructose corn syrup enhances intestinal tumor growth in mice
03-22, doi: 10.1126/science.aat8515
【主編評語】高果糖玉米糖漿常被用來作為飲料增甜劑。《Science》近期發表研究，在腸道腫瘤易感小鼠模型中，發現飲水中增加高果糖玉米糖漿具有促進腸道腫瘤生長的效果，顯示葡萄糖和果糖在促進腸道腫瘤生成過程中存在協同作用。該結果對評估高果糖玉米糖漿及相關飲料的促癌風險、指導科學飲食具有重要參考價值。（@小腸君）
JAMA[IF:44.405]
① 在美國納入平均年齡為51.6歲的29615名成年參與者，其中44.9%為男性，31.1%為黑色人種；② 在中位數為17.5年的跟蹤時間內，共發生5400例心血管疾病（CVD）和 6132 例全因性死亡事件；③ 每天每額外攝入300mg膳食膽固醇或者半個雞蛋 ，與罹患CVD或發生死亡事件的風險升高具有顯著相關性；④ 膽固醇攝入量的增加是額外攝入雞蛋帶來的主要風險因素；⑤ 美國人群中高膳食膽固醇或雞蛋攝入量會提高罹患CVD或死亡的風險，攝入量的多少影響風險大小。
Associations of Dietary Cholesterol or Egg Consumption With Incident Cardiovascular Disease and Mortality
03-19, doi: 10.1001/jama.2019.1572
【主編評語】2015年美國膳食指南調整中，放開了對每日膽固醇和雞蛋攝入量的限制。然而《JAMA》近期發表的研究顯示，美國人群中更多的膳食膽固醇或雞蛋攝入會提高心血管疾病或死亡的風險，攝入量的多少影響風險大小。該結果對制定或更新膳食指導具有重要參考作用。（@小腸君）
Nature Reviews Drug Discovery[IF:50.167]
① L-色氨酸（Trp）通過犬尿氨酸代謝途徑（KP）參與免疫、神經元功能和腸內穩態調節;② 靶向治療KP失衡需特別關注吲哚胺-2,3-雙加氧酶1（IDO1）、IDO2和色氨酸-2,3-雙加氧酶以及犬尿氨酸單加氧酶，及不同的抑制結合機制；③ Trp代謝涉及腸道、菌群、免疫細胞、肝臟和大腦，代謝產物犬尿喹啉酸可調節認知、情緒、行為，并有神經保護作用，喹啉酸會促進神經退行性變；④ Trp代謝生成的小分子是激活不同免疫細胞中芳香烴受體的分子來源。
Tryptophan metabolism as a common therapeutic target in cancer, neurodegeneration and beyond
02-13, doi: 10.1038/s41573-019-0016-5
【主編評語】《Nature Reviews Drug Discovery》近期發表綜述，總結了色氨酸代謝對免疫系統、神經系統的影響及作用機制，強調了該過程在開發針對多種疾病的新型藥物中的巨大潛力，值得參考。（@小腸君）
Nature Reviews Immunology[IF:41.982]
① 芳香烴受體（AHR）與熱休克蛋白、AHR互作蛋白、共伴侶p23和蛋白激酶SRC組成伴侶復合物，維持結構穩定；② AHR與激動劑結合活化后，在細胞核與調控元件及轉錄因子結合來調控基因表達；③ 活化AHR通過調控樹突細胞和T細胞，影響宿主的固有和適應性免疫；④ AHR可調節腸上皮細胞生長、通過上皮內淋巴細胞和先天淋巴細胞極化發揮抗炎和抑制病原菌的作用；⑤ AHR被可穿過血腦屏障的激動劑激活，調節中樞神經系統，可作為治療神經系統疾病的新靶點。
The aryl hydrocarbon receptor: an environmental sensor integrating immune responses in health and disease
03-01, doi: 10.1038/s41577-019-0125-8
【主編評語】芳香烴受體可與來自環境、膳食、微生物代謝的多種信號分子結合，參與靶向調控基因表達。《Nature Reviews Immunology》近期發表綜述，總結了目前芳香烴受體調節免疫、神經功能的研究進展，對于研究體外信號因子對免疫、神經系統的影響機制具有重要參考價值。（@小腸君）
Nature[IF:41.577]
① 借用基因拷貝數多態概念，從887份人腸道菌群基因組中鑒別出了7479個結構變異（SV）；② SV在人腸道菌群中普遍存在，長度、所含基因、在不同宿主內的豐度各異；③ SV與微生物適應性相關，與CRISPR、產抗生素相關的SV數量多，與看家基因相關的SV數量少；④ 發現了124個與人類血壓、血糖、膽固醇、腰圍、體重和年齡相關的SV，其中40個SV與健康指標的相關性在人群隊列中得到證實；⑤ 通過分析SV上的基因，可推測共生菌群與宿主互作的機制。
Structural variation in the gut microbiome associates with host health
03-27, doi: 10.1038/s41586-019-1065-y
【主編評語】菌株水平的基因差異可能意味著功能上的顯著變化。《Nature》近期發表研究，在人類腸道菌群中發現了基因拷貝數多態現象，同時發現結構和豐度存在差異的微生物基因簇與人類宿主健康存在關聯。該研究提出的概念和研究方法，有助于在基因功能水平闡釋共生菌群與宿主的相互作用，對目前的共生菌群研究有重要參考價值。（@小腸君）
Nature[IF:41.577]
① 從地理分布、表型多樣的人群中收集3810份糞便宏基因組數據，組裝出60664個原核生物基因組草圖；② 這些基因組提供了2058個菌種水平的新操作分類單位（OTUs），將已知腸道細菌分類類群增加了50%；③ 個體水平，新發現的OTUs對腸道菌群α-多樣性豐富度和菌種豐度的平均貢獻分別為33%和28%，這些OTUs在農村人口中較多；④ 臨床大數據顯示，許多疾病與新發現的OTUs相關，或有助于優化疾病預測模型；⑤ 難培養腸道微生物缺少特定生物合成途徑。
Novel insights from uncultivated genomes of the global human gut microbiome
03-13, doi: 10.1038/s41586-019-1058-x
【主編評語】腸道中大部分微生物難以被培養。《Nature》近期發表研究，從人群糞便宏基因組中組裝出60664個原核生物基因組草圖，新發現了2058個菌種水平的新OTUs，并發現新OTUs與許多疾病存在相關性。該結果大大增加了已知腸道細菌種類，對于菌群分析相關各領域都有極大意義。（@小腸君）
Science[IF:41.058]
① 電子斷層成像技術顯示，小鼠腸道中，分節絲狀菌（SFB）可直接“鉤”住腸上皮細胞（IEC），并在鉤尖處觸發內吞囊泡形成；② 這些囊泡含有能誘導Th17細胞的SFB細胞壁蛋白，經內體-溶酶體網絡，在IEC內從頂端運輸至基底外側；③ 該內吞過程依賴于肌動蛋白調節因子CDC42，若IEC缺乏CDC42，則SFB誘導的細胞內吞和IEC內抗原蛋白轉移作用受損，使SFB誘導的Th17細胞減少；④ 這種微生物黏附觸發的內吞作用，可能是SFB獨有的。
Endocytosis of commensal antigens by intestinal epithelial cells regulates mucosal T cell homeostasis
03-08, doi: 10.1126/science.aat4042
【主編評語】腸道菌群在免疫調控中有重要作用。《Science》發表的一項最新研究，通過電鏡技術，直觀的“看”到小鼠腸道內，分節絲狀菌（SFB）通過微生物黏附觸發的內吞作用（MATE）與腸上皮細胞（IEC）發生互作的形態，該過程中，能誘導Th17細胞的SFB抗原“借道”IEC，經細胞內運輸轉移至IEC底部，進而活化Th17。該研究不僅揭示了SFB調節Th17的機制，以及IEC的抗原呈遞作用，同時還是使用高分辨率電鏡技術分析微生物-宿主互作機制的一個范例。“Seeing is believing”這句話在生物學微觀研究中恐怕永不過時。（@李丹宜）
Science[IF:41.058]
① 腸道上皮細胞（IEC）的內質網應激反應會引發多反應性IgA反饋，該免疫反饋可以抵御腸道炎癥；② IEC的內質網應激會引起B1b細胞激活和擴增，該過程不依賴于共生菌群與T細胞，并伴隨著腸道上皮固有層和腸腔內IgA的增加；③ 有細胞自噬缺陷的健康人腸道上皮會表現出內質網應激反應，這類人群中表達IgA的漿細胞數量有所增加；④ 發生內質網應激反應時，IEC將信號傳遞到腹膜，引發不依賴于T細胞的、具有屏障保護性的IgA免疫反饋。
Epithelial endoplasmic reticulum stress orchestrates a protective IgA response
03-01, doi: 10.1126/science.aat7186
【主編評語】IgA免疫反饋的誘發可不依賴于T細胞。Science近期發表研究，發現腸道上皮細胞的內質網應激反應，可以不經過T細胞信號通路引發IgA免疫反饋，保護腸道上皮、抵御腸道炎癥。該結果對了解腸道上皮免疫調控具有重要參考作用。（@小腸君）
ANNUAL REVIEW OF CLINICAL PSYCHOLOGY[IF:13.278]
① 菌群-腸-腦軸有雙向作用，涉及機制包括應激反應、免疫、短鏈路脂肪酸、神經遞質的產生、迷走神經、血清素、膽汁酸和內源性大麻素系統等；② 情緒障礙、焦慮癥、精神類疾病、神經發育障礙患者的菌群都有特征性，益生菌、益生元治療有一定緩解作用但效果不一致；③ 需進一步開展人體研究，包括分析特定患者群體中菌群組成，以及益生菌、益生元、菌群移植和飲食等干預效果；④ 各實驗室技術和方法需要標準化，確保菌群數據的一致性和通用性。
Man and the Microbiome: A New Theory of Everything?
02-20, doi: 10.1146/annurev-clinpsy-050718-095432
【主編評語】菌群對腸-腦軸具有關鍵影響。《ANNUAL REVIEW OF CLINICAL PSYCHOLOGY》發表的綜述全面總結了菌群-腸-腦軸的作用機制、涉及的精神類疾病以及菌群干預手段的效果，并對該領域的研究方向提出了建議，對于系統性了解菌群-腸-腦軸與精神疾病的關聯具有重要參考價值。（@小腸君）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 果蠅中，去甲基化酶KDM5水平不足可導致腸道屏障功能損傷，并使果蠅呈現“自閉”樣社會行為異常，伴隨腸道菌群失調，植物乳桿菌減少、條件致病菌過度繁殖；② 補充植物乳桿菌或給予抗生素可改變腸道菌群，還可部分改善KDM5缺陷型果蠅的行為、壽命和腸道異常，并降低腸道和腦內過高的5-羥色胺水平；③ KDM5以依賴于其去甲基化酶活性的方式，在轉錄水平上抑制IMD/Rel先天免疫通路的過度活化，促進宿主-菌群穩態，經腸腦軸影響果蠅社交行為。
Drosophila Histone Demethylase KDM5 Regulates Social Behavior through Immune Control and Gut Microbiota Maintenance
03-19, doi: 10.1016/j.chom.2019.02.003
【主編評語】KDM5家族蛋白是一種組蛋白去甲基化酶，參與基因的表觀遺傳調控。此前有研究表明，在智力殘疾和自閉癥患者中，存在KDM5功能喪失型基因突變。南京醫科大學劉星吟團隊主導的最新研究，發現腸道菌群在KDM5突變相關的社會行為異常中有重要介導作用。通過使用多種KDM5缺陷型果蠅模型，該研究揭示出，KDM5通過調控先天免疫通路，影響腸道屏障和菌群組成，經腸腦軸改變果蠅社會行為，并表明靶向腸道菌群的干預方法可在一定能程度上改善果蠅的社會行為異常。相關成果發表在Cell Host and Microbe上，對于研究宿主-菌群互作和菌群-腸-腦軸等都很有借鑒價值。（@李丹宜）
Molecular Psychiatry[IF:11.64]
① 壓力暴露構建大鼠社交失敗模型，分為短期失敗延遲（壓力易感）和長期失敗延遲（抗壓）組大鼠；② 社交失敗后，易感大鼠腸道菌群α多樣性增加，抗壓組與對照組相似，兩組β多樣性發生顯著改變，厚壁菌門/擬桿菌門比例和桿菌綱/梭菌綱比例升高；③ 將易感大鼠的糞便移植給普通大鼠，可增加抑郁樣行為，增加腹側海馬區小膠質密度和IL-1β表達等促炎現象，但不增加社交過程中的焦慮樣行為；④ 移植抗壓大鼠的糞便不引發顯著行為或炎癥反應變化。
The gut microbiome regulates the increases in depressive-type behaviors and in inflammatory processes in the ventral hippocampus of stress vulnerable rats
03-04, doi: 10.1038/s41380-019-0380-x
【主編評語】長期壓力與抑郁、焦慮和創傷后應激障礙的發生有關。《Molecular Psychiatry》近期發表研究，通過構建大鼠行為學模型，并進行腸道菌群移植，發現壓力易感大鼠的腸道菌群對抑郁行為、大腦海馬區炎癥都有促進作用，表明腸道菌群在調控抑郁相關的行為模式和大腦炎癥方面具有重要作用，對研究焦慮、抑郁行為機制，開發相應治療措施具有參考價值。（@小腸君）
Nature Metabolism[IF:N/A]
① 腸道菌群組成及其代謝/衍生物影響宿主能量穩態；② 短鏈脂肪酸（SCFA）可作為能量來源并參與脂肪生成和糖異生等代謝途徑，還能刺激生成胃腸激素，與ClpB等菌群組分和菌群調控的神經遞質一起經腸腦軸影響進食；③ 膽汁酸、SCFA、內源性大麻素等可調節產熱和脂肪褐化，冷暴露、抗生素和運動等因素可經菌群影響能量代謝；④ 支鏈氨基酸相關代謝物、吲哚丙酸等色氨酸衍生物、氧化三甲胺等也參與代謝調節；⑤ 基于腸道菌群的療法有望改善代謝健康。
Microbial regulation of organismal energy homeostasis
01-07, doi: 10.1038/s42255-018-0017-4
【主編評語】腸道菌群對宿主代謝的影響，是菌群研究的一大熱點。《Nature Metabolism》近期發表綜述，回顧了近15年來該領域的主要進展，介紹了腸道菌群組成及其代謝物和衍生物對宿主代謝穩態的調控機制和與代謝疾病的關聯，以及多種內源和外源因素如何作用于菌群進而影響能量平衡。雖然很可能只是揭開了冰山一角，但這些發現無疑為基于腸道菌群治療代謝疾病的療法，奠定了一定的理論基礎。（@李丹宜）
Nature[IF:41.577]
① 在107個不同小鼠品系的肝臟中檢測到7775種蛋白和311種脂質，三酰甘油是品系間的標志脂質；② 大多數脂質在肝臟和血漿之間無相關性，但烷基磷脂酰膽堿、單己糖基神經酰胺和烯基磷酰二乙醇胺顯著相關；③ 血液中全肝神經酰胺、三酰甘油和二酰甘油是肝臟病理的脂質標志物；④ 鑒定出3981個及6765個SNP，分別影響了272種及252種肝臟及血漿脂質；⑤ 脂肪酸代謝酶、蛋白水解相關蛋白等蛋白參與脂代謝的調節，例如蛋白PSMD9調節肝臟和血漿脂質豐度。
An integrative systems genetic analysis of mammalian lipid metabolism
02-27, doi: 10.1038/s41586-019-0984-y
【主編評語】《Nature》上發表的一項最新研究，對107個不同品系小鼠的肝臟及血液中的脂質進行了全面系統的檢測分析，鑒定出了一些肝臟疾病的潛在脂質標志物，以及參與脂代謝的SNP，并鑒定出了一些參與脂代謝調節的蛋白。本文結果對研究脂肪代謝具有重要參考價值。（@沈志勛）
Gut[IF:17.016]
① 菌群與宿主構成共生功能體，共同進化；② 妊娠母體菌群的改變可間接影響胎兒，分娩時母系原始菌群可垂直傳遞給下一代，由母乳獲得的菌群可引導新生兒菌群建立和免疫發育等；③ 嬰幼兒隨著生長發育，菌群多樣性增加，免疫成熟；④ 孕期抗生素使用、剖腹產、配方奶喂養等，都可能改變正常菌群的定殖；⑤ 現代生活正消耗著原始菌群多樣性及其功能庫，可增加患免疫和代謝疾病的風險；⑥ 重建健康菌群、了解其在疾病中的可能機制，有助于制定防治措施。
Role of the microbiome in human development
01-22, doi: 10.1136/gutjnl-2018-317503
【主編評語】共生菌群與宿主共同進化，在人體發育中發揮重要作用，現代化對菌群的影響與多種慢性疾病的流行相關。《Gut》近期發表由美國幾位菌群領域的知名專家共同撰寫的綜述，從進化和發育的角度，探討了共生菌群（尤其腸道菌群）在生命早期營養和免疫等方面的作用，以及影響菌群正常建立的母體和現代化等因素。對于了解早期菌群發育和功能以及相關潛在轉化應用，很有幫助。（@李丹宜）
Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology[IF:16.99]
① 真菌組研究需要技術和生信分析標準化，以及完整的培養組數據庫；② 成人腸道真菌主要由囊菌門（70%）和擔子菌門（30%）中的10個屬組成，受環境、飲食等因素影響；③ 細菌和真菌間存在互惠、共棲或競爭等相互作用，是腸道菌群調控研究的熱點；④ 腸道真菌通過識別Toll樣受體、C型凝集素受體、半乳糖凝集素3和NOD樣受體及NKp30影響宿主免疫系統；⑤ 真菌組對炎癥性腸病、腸易激綜合癥、結直腸癌、酒精性肝病等有直接或間接影響，但仍需大量研究。
The gut mycobiota: insights into analysis, environmental interactions and role in gastrointestinal diseases
03-01, doi: 10.1038/s41575-019-0121-2
【主編評語】腸道真菌對宿主健康和疾病的影響日受關注。《Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology》近期發表綜述，系統性總結了目前腸道真菌組研究在真菌-細菌互作、真菌-宿主互作中取得的進展，也指出了目前檢測分析技術缺乏標準化等局限性，對于研究腸道真菌組具有重要參考價值。（@小腸君）
Nature Immunology[IF:21.809]
① 調節性T細胞（Treg）在維持腸道和皮膚屏障平衡中至關重要；② 和淋巴器官里的Treg不同，處于該屏障上的Treg表現出組織適應性功能；③ 腸道Treg主要調節對菌群和膳食的炎癥反應，受腸道細胞因子（如IL-2和TGF-β1）、菌群、代謝產物（如色氨酸和維生素A）等影響；④ 皮膚Treg主要促進皮膚傷口修復，可能受IL-2和IL-33等細胞因子、皮膚菌群、代謝產物（如維生素A）、紫外輻射等調節；⑤ 腸道和皮膚Treg與組織的互作或可為相關疾病提供新靶點。
Regulatory T cell adaptation in the intestine and skin
03-19, doi: 10.1038/s41590-019-0351-z
【主編評語】《Nature Immunology》上發表的一篇綜述，詳細介紹了在腸道及皮膚處，調節性T細胞（Treg）的亞群分布及特定功能，并討論了腸道及皮膚中的各類因素調節Treg的途徑與機制，值得一讀。（@沈志勛）
Nature[IF:41.577]
① 細菌受到動物細胞模式識別受體檢查時，環狀二核苷酸作為第二信使可以在感染期引起免疫應答；② 對細菌信號核苷酸進行系統生化篩選后，發現一個類cGAS/DncV核苷酸轉移酶（CD-NTases）蛋白家族，可利用嘌呤和嘧啶合成環狀二核苷酸和三核苷酸；③ CD-NTases在結構上較保守，其酶活性位點的關鍵連接處直接影響嘌呤或嘧啶的選擇；④ CD-NTases產生的環狀二核苷酸和三核苷酸激活不同宿主受體，調節病原體和共生菌群與動物或植物宿主的相互作用。
Bacterial cGAS-like enzymes synthesize diverse nucleotide signals
02-20, doi: 10.1038/s41586-019-0953-5
【主編評語】環狀二核苷酸在維持細菌穩態和致病性方面具有重要作用。Nature近期發表研究，報告了一個新的類cGAS/DncV核苷酸轉移酶（CD-NTases）蛋白家族，其產生的環狀二核苷酸和三核苷酸可調節病細菌與宿主的相互作用。該成果對解釋病原菌致病性、共生菌群穩態具有重要參考價值。（@小腸君）
Cell[IF:31.398]
① 細胞吸附型致病大腸桿菌（EPEC）可從宿主細胞質中直接抽取營養物質；② 依賴CORE蛋白復合物，EPEC在細菌表面組裝產生納米管，納米管插入宿主細胞抽提營養；③ CORE蛋白復合物是III型分泌系統的主要組分，表明EPEC的注射系統與宿主營養抽提系統存在同源性；④ CORE蛋白功能保守，當EPEC缺乏內源性CORE蛋白時，導入遠源CORE基因也能恢復其抽提宿主營養的功能；⑤ 致病菌廣泛存在抽提宿主營養的系統，有助于致病菌獲得競爭優勢。
Pathogenic E. coli Extracts Nutrients from Infected Host Cells Utilizing Injectisome Components
03-28, doi: 10.1016/j.cell.2019.02.022
【主編評語】腸道致病菌需要克服共生菌群和腸粘膜保護屏障的干擾才能順利定植。《Cell》近期發表研究，發現細胞吸附型致病大腸桿菌可以利用一種納米管系統直接攝取宿主細胞養分，而該納米管系統與細菌外分泌注射系統存在結構同源性，且廣泛分布于致病菌中。該結果對研究致病菌定植和致病機制有重要參考價值。（@小腸君）
Cell[IF:31.398]
① 免疫活化狀態會引發機體的體溫維持系統發生能量代償，導致基礎代謝率降低和體溫過低；② 這種由免疫引起的能量代償效應的發生，依賴于toll樣受體4（TLR4）對細菌標志物脂多糖(LPS)的響應，但不依賴于疾病狀態；③ 免疫系統通過重新編碼肝臟的代謝狀態，來影響機體能量的分配；④ 低代謝或能量限制（節食）狀態，會促進機體對細菌耐受作用而不是免疫攻擊作用；⑤ 低代謝狀態及相關行為，可能是機體耐受細菌感染的進化機制。
Energetic Trade-Offs and Hypometabolic States Promote Disease Tolerance
03-07, doi: 10.1016/j.cell.2019.01.050
【主編評語】機體抵御細菌感染需要耗費能量。《Cell》雜志近期發表研究，發現機體對于細菌感染的免疫作用會與體溫維持系統競爭能量，導致機體能量代謝降低、體溫降低，最終導致對細菌的耐受效應。該結果對解釋免疫反應的能量消耗問題、機體的免疫耐受機制以及節食對免疫的影響具有重要參考作用。（@小腸君）
Clinical Microbiology Reviews[IF:20.642]
① 從生物學上考慮，為了避免溶原性噬菌體可能帶來的新的致病性性狀，噬菌體治療應當選用裂解性噬菌體；② 噬菌體治療本身不能完全清除感染，而是達到一個細菌-噬菌體群落的動態平衡，根治仍然需要免疫系統的協同；③ 臨床案例表明噬菌體雞尾酒療法可有效應對多耐藥性細菌感染，口服、靜脈注射和腔內注射等手段均有嘗試；④ 噬菌體和抗生素聯用具有協同作用，可提高治療成功率；⑤ 噬菌體衍生酶、抗性和生物工程指引了未來發展方向。
Phage Therapy in the Postantibiotic Era
01-16, doi: 10.1128/CMR.00066-18
【主編評語】在抗生素時代來臨之前（1940左右），噬菌體已經被用于人類疾病的治療。隨著抗生素的發現和廣泛應用，噬菌體療法逐漸式微。如今，由于抗生素耐藥性的不斷加劇，噬菌體療法再度進入人們的視線。再度歸來的噬菌體療法同時也帶來了新的治療策略，包括與抗生素聯用，利用噬菌體衍生酶、噬菌體抗性和噬菌體生物工程等。（@高春輝）
Nature Communications[IF:12.353]
① 通過把現代控制論里的可達性推廣到結構可達性，可構建一個系統、有效的菌群控制理論，獲得對復雜菌群的控制能力；② 在該理論指導下，通過分析菌群生態網絡結構可找到最小驅動物種集合，進而通過調控驅動物種的豐度實現對整個菌群狀態的精確控制；③ 這一理論框架的可行性，得到隨機構造的復雜菌群數值驗證的肯定；④ 在限菌小鼠腸道菌群、海綿核心共生菌群的生態網絡進行的數值演示，進一步驗證了該理論模型的應用價值。
A theoretical framework for controlling complex microbial communities
03-06, doi: 10.1038/s41467-019-08890-y
【主編評語】菌群中的微生物存在復雜的生態學聯系，導致如何控制菌群是一門很“高深”的學問。而為了利用菌群造福人類，我們需要做到這一點。劉洋彧最新研究成果利用菌群生態網絡計算最小驅動物種，理論上實現了對菌群狀態的精確控制。對于這樣一個理論研究，小編是一頭霧水。敬請關注“熱心腸先生”公眾號獨家專訪中，劉老師本人的詳細解讀。（@高春輝）
Alimentary Pharmacology and Therapeutics[IF:7.357]
① 14名健康成年志愿者，每日食用4個獼猴桃（每個150g）或相同卡路里的飲料；② 獼猴桃可顯著增加小腸含水量、排便次數、糞便形狀分數，MRI結果顯示獼猴桃可顯著增加升結腸的T1松弛時間；③ 食用獼猴桃使結腸體積平均增加16%（即大便排泄總量增加），但這結果低于之前報道的車前草的效果（增加50%總結腸體積）；④ 健康成年人中食用獼猴桃未見有副作用，獼猴桃可作為改善輕度便秘的膳食替代品，但對于老年人需謹慎推薦。
Mechanisms underlying effects of kiwifruit on intestinal function shown by MRI in healthy volunteers
01-31, doi: 10.1111/apt.15127
【主編評語】《Alimentary Pharmacology and Therapeutics》上發表的一項最新研究，發現每日食用一定量的獼猴桃，可顯著增加排便次數，并改善糞便形態，提示獼猴桃或可用于改善輕度便秘。因受試者主要為中青年人，該結論不一定適用于老年人。（@沈志勛）
Gut[IF:17.016]
① 原發性硬化性膽管炎小鼠模型（Mdr2?/?小鼠）腸道菌群失調，且NLRP3炎癥小體活化增強；② Mdr2?/?小鼠的腸道菌群失調引起腸道屏障功能失調，增加細菌易位，從而增強肝臟中NLRP3炎癥小體介導的先天性免疫反應；③ 將Mdr2?/?小鼠的菌群移植給健康小鼠，可在后者中引起顯著的肝臟損傷，提示腸道菌群失調與膽汁淤積性肝病進展之間的因果關聯；④ IDN-7314可抑制炎癥小體的活化，緩解肝臟損傷，逆轉血清膽汁酸譜及腸道菌群的變化。
Intestinal dysbiosis augments liver disease progression via NLRP3 in a murine model of primary sclerosing cholangitis
03-14, doi: 10.1136/gutjnl-2018-316670
【主編評語】來自《Gut》上的一項最新研究，在原發性硬化性膽管炎小鼠模型中，發現腸道菌群失調與膽汁淤積性肝病進展之間存在因果關聯，腸道菌群的失調及易位通過激活NLRP3炎癥小體，介導肝臟先天性免疫反應的增強，從而引起肝臟損傷。（@沈志勛）
Advanced Functional Materials[IF:13.325]
① 新開發的BBR-CS/PT-NP納米顆粒藥物遞送系統，可響應pH/腸道菌群雙刺激，將小檗堿（BBR）特異性地遞送到結腸，增強與腸道菌群的互作；② 該遞送系統在胃和小腸中保持穩定，到達結腸后，由細菌產生的酶降解納米粒子釋放BBR；③ 在高脂飲食誘導的肥胖倉鼠中，用體系進行BBR給藥，可刺激短鏈脂肪酸的產生，抑制體重增加和脂肪沉積，降低血脂、血糖和細菌脂多糖水平，改善炎癥和胰島素耐受，緩解肝臟脂肪變性。④ 該體系的給藥效果強于直接給藥。
Dual‐Stimuli‐Responsive Gut Microbiota‐Targeting Berberine‐CS/PT‐NPs Improved Metabolic Status in Obese Hamsters
02-18, doi: 10.1002/adfm.201808197
【主編評語】小檗堿的代謝調控機制很可能涉及腸道菌群調控。中國醫學科學院藥物研究所 王璐璐和蔣建東團隊近期在《Advanced Functional Materials》上發表研究，報道了一種新型的小檗堿給藥體系，可以將藥物靶向遞送到結腸并直接作用于結腸菌群，提高了小檗堿的代謝調節療效。該體系對提高小檗堿用藥效率、闡釋小檗堿藥理機制、優化代謝疾病治療均有重要意義。（@小腸君）
Nature Communications[IF:12.353]
① 利用基于右旋氨基酸的順序標記代謝探針（STAMP），可評估移植菌群的活性；② 用熒光右旋氨基酸（FDAA）標記供體小鼠的腸道菌群，移植后用另一種FDAA標記受體小鼠菌群，成功定植的菌群同時具有兩種熒光標記；③ STAMP證明移植過程中存在高存活率的特定細菌類群；④ STAMP可用于評估糞菌移植效率；⑤ STAMP證實移植前所用抗生素的種類影響菌群移植效率，僅多粘菌素B促進了移植菌群在小鼠中的存活，萬古霉素、頭孢噻肟和甲硝唑均降低了移植效率。
Assessing the Viability of Transplanted Gut Microbiotas by Sequential Tagging with D-Amino acid-based Metabolic Probes
03-21, doi: 10.1038/s41467-019-09267-x
【主編評語】來自上海交大附屬仁濟醫院、北京大學和廈門大學的研究者近期聯合在《Nature Communications》發表研究，利用熒光氨基酸標記物開發了一種可衡量菌群移植效率的技術，并運用該技術發現了在菌群移植中生存率高的細菌類群，以及抗生素前處理對菌群移植的影響。對于評估菌群移植效率、開發有效的菌群調控手段具有重要參考價值。（@小腸君）
Nature Microbiology[IF:14.174]
① 斐濟群島地理位置相對獨立，群島上287人的糞便和口腔菌群在家庭成員和配偶間存在顯著的傳遞現象；② 相比于男性，女性攜帶的菌株與其接觸的家人和其他群體的菌株更相近；③ 口腔菌群與糞便菌群的傳遞模式并不完全相同；④ 無法判斷菌群傳遞的方向和直接程度；⑤ 使用核心SNP和可變基因組區域分析，從菌株水平的菌群信息就可以判定一部分配偶關系, 反映出個體在環境易感性、行為、社交關系上的相似性對于菌群傳遞網絡的影響。
Transmission of human-associated microbiota along family and social networks
03-25, doi: 10.1038/s41564-019-0409-6
【主編評語】《Nature Microbiology》近期發表研究，對斐濟群島上287人的腸道和口腔菌群進行核心SNP分析和可變基因組區域分析，闡釋了共生菌群在人群中的水平傳遞現象，發現菌群的相似性一定程度上可以反映人群的社交關系。該結果對于闡釋環境因素對共生菌群的影響、共生菌群的建立具有重要參考價值。（@小腸君）
eLife[IF:7.616]
① 分析五個國家470名健康或患病個體的310個唾液和糞便菌種，通過檢測細菌單核苷酸變異，在菌株水平分析細菌在消化道的傳播情況；② 口腔-腸道傳播是一個頻繁且連續的過程，絕大多數口腔菌種可在健康人中轉移并定殖于腸道；③ 類風濕性關節炎、結直腸癌患者腸道中富集的數個菌種來源于口腔，且機會致病菌種具有較強的轉移性；④ 需將消化道菌群作為整體考慮，口腔-腸道菌群轉移是塑造健康和疾病腸道菌群的重要過程。
Extensive transmission of microbes along the gastrointestinal tract
02-12, doi: 10.7554/eLife.42693
【主編評語】“病從口入”，《eLife》的一項最新研究似乎再次證實了這一點。該研究對比了470名參與者的唾液和糞便菌種，并在菌株水平分析了細菌從口入腸的情況，證實了腸道中定植部分機會致病菌是來自口腔，提示口腔菌群對腸道菌群健康的影響不容小覷。（@李丹宜）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 大腸桿菌Nissle株（EcN）缺乏分解復雜多糖的能力，但在宿主體內缺乏可利用碳源條件下，EcN通過攝取外源基因表達糖苷水解酶來分解多糖；② EcN基因組在無菌小鼠中發生的變化最大，其他細菌的存在會解除飲食成分對EcN基因演化的篩選壓力；③ 共生菌群多樣性低的條件下，小鼠體內的EcN會積累分解黏蛋白的基因突變，獲得分解腸粘液的能力；④ 攝入鏈霉素類抗生素后，宿主腸道中的EcN獲得穩定存在的鏈霉素耐藥基因。
Adaptive Strategies of the Candidate Probiotic E. coli Nissle in the Mammalian Gut
03-26, doi: 10.1016/j.chom.2019.02.005
【主編評語】《Cell Host and Microbe》近期發表研究，發現潛在益生菌大腸桿菌Nissle株在營養成分、抗生素藥物的篩選壓力之下會發生演化，獲得之前不具有的糖苷水解能力、腸粘液分解能力和抗生素耐藥性，可能影響益生菌運用的安全性。本研究所用的方法可用來評估潛在益生菌的安全性和基因操作潛力，對于開發益生菌產品具有重要參考價值。（@小腸君）
Cell Host and Microbe[IF:17.872]
① 對比健康人和克羅恩病（CD）患者的盲腸和結腸粘膜真菌，鑒定出與CD相關的真菌組成變化；② 常見的皮膚共生真菌——限制馬拉色菌，在攜帶與炎癥性腸病相關的CARD9（參與抗真菌免疫的信號轉導接頭蛋白）單核苷酸多態性的患者腸道中豐度上升，并可被CD患者的抗真菌抗體識別；③ 該CARD9基因變異可使人免疫細胞對這種真菌產生的炎癥細胞因子增強；④ 在野生型和限菌小鼠中，該真菌可通過依賴于CARD9的信號通路，加劇DSS誘導的結腸炎。
Malassezia Is Associated with Crohn’s Disease and Exacerbates Colitis in Mouse Models
03-08, doi: 10.1016/j.chom.2019.01.007
【主編評語】炎癥性腸病（IBD）與腸道菌群及其相關的免疫應答改變有關，近期有不少研究開始揭示腸道真菌組在IBD中的作用。《Cell Host and Microbe》的一項最新研究分析了克羅恩病患者的腸粘膜真菌組成的變化，發現一種馬拉色菌在攜帶IBD風險CARD9基因突變的患者中富集，并在小鼠模型中證實這種真菌可通過參與抗真菌免疫的CARD9信號來加劇結腸炎。這些發現提示，對于特定遺傳易感人群，靶向特定腸道真菌的療法，或能用于治療IBD。（@李丹宜）
感謝本期日報的創作者：張玲，小腸君，米見對，李丹宜，吳芹，Echo-gdm，張裕鈴，方芳，沈志勛，劉永鑫，高春輝，Roxy，祁玉麗
