《素問-調經論》曰：“夫邪之生也，或生于陰，或生于陽。其生于陽者，得之風雨寒暑；其生于陰者，得之飲食居處、陰陽喜怒”。
《內經》根據致病因素的內外來源不同將其分為陰陽兩類：
“風雨寒暑”概指六淫而言，邪從外入，故屬陽邪；
“陰陽”指勞傷，“喜怒”指七情：由于七情變動、飲食起居失常，則病由內生所以屬陰邪。
正因為病邪有從內、從外的不同，故而才將疾病歸納為外感病與內傷病兩大類。
《內經》此種對病因的陰陽分類，是我國最早的病因分類法；也是后世“三因論”分類法的基礎。
其中“六淫”是四時氣候反常所形成的致病因素。
根據四時陰陽消長規律，六淫之邪又各有其不同的陰陽屬性。風、暑、火為春夏主氣，陽長陰消，故屬陽；濕、燥、寒為長夏及秋冬主氣，陰長陽消，故屬陰。
由于六淫的陰陽屬性不同，四時主氣的性質各異，因而其致病特點及臨床表現也各不相同，故臨床上則根據其致病特點和癥狀表現來辨別病因，這就形成了“審癥求因”的理論原則。
內因，主要包括“七情太過”與“飲食勞傷”兩大類。
《內經》的病因學特別重視情志和房勞致病。因而調攝精神情志和慎房事就成為養生防病、延年益壽的重要方法。
情志活動，原本就是感官接受外界事物刺激后于五臟產生的不同反映，一般來講屬于正常的生理活動范圍；只有突然、強烈或長期的情志刺激才能成為致病因素，并且根據不同情志傷害不同臟腑，提出了“七情太過，反傷五臟”的理論。
《內經》理論在唯物生命觀思想的指導下，否定了鬼神致病的迷信觀念；在“人與自然協調”及“形神統一”觀念的基礎上，認識到“外在自然氣候變化”與“內在情志活動的刺激”、“飲食不節”、“勞倦過度”等是導致疾病發生的兩大重要因素。
前者乃風寒暑濕燥火主時之六氣淫勝所致，故而稱為“六淫”；后者則概括為七種情志活動，稱之為“七情”及飲食勞傷。
以上兩部分內容共同構成了《內經》的病因學說，也成為了臨床辨證論治的主要依據。
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