東南亞包括中南半島和南洋（馬來）群島兩大部分。
南洋群島位于太平洋與印度洋之間。主要有蘇門答臘島、爪哇島（人口最多）、婆羅洲（加里曼丹，面積最大）、蘇拉威西島、菲律賓群島、帝汶島、和巴厘島等。因群島以馬來人為主，所以又叫“馬來群島”，在中國稱“南洋群島”，國際上也稱東印度群島。群島上的國家有印度尼西亞、菲律賓、文萊、馬來西亞（東馬來西亞）、東帝汶和巴布亞新幾內亞（大部分地區）。新幾內亞島有時不納入馬來群島。以伊斯蘭教為國教的國家包括有印尼、馬來西亞、文萊三國。馬來西亞、文萊、新加坡為前英國殖民地；印尼為前荷蘭殖民地；菲律賓為前美國/西班牙殖民地；東帝汶則為前葡萄牙殖民地。
整個馬來地區最早興盛的土著政權，是公元7世紀興起于蘇門答臘島東南部巨港一帶的三佛齊王國（7世紀中--1293年，又稱室利佛逝）。在三佛齊立國的數百年間，最大的挑戰一直來自于爪哇島。滿者伯夷（1293--1478年）崛起于東爪哇，并向中、西部擴張。大約在公元1350年前后，滿者伯夷滅亡了三佛齊并一統馬來世界。
有了強大的海軍，整個14世紀成為了滿者伯夷的世紀。加里曼丹島沿岸、蘇拉威西島、馬來半島、蘇門答臘島、馬魯古群島那些原來臣服過三佛齊的馬來政權，在14世紀中期都逐漸成為了滿者伯夷的屬國。滿者伯夷信仰印度教，但也沒有禁止其它宗教信仰。
作為連接兩大洋的馬來地區，受到中國和印度兩大大文明中心影響。由于華夏文明的內斂性，以及本身文化對熱帶地區的不適應性，這一影響更多是從印度方向傳遞而來的。公元11世紀，伊斯蘭化的突厥人開始大舉入侵印度，印度河流域（巴基斯坦）率先完成了伊斯蘭化進程。印度教徒只能在印度腹地堅持自己的信仰。隨著阿拉伯人在整個印度洋上的開拓，孟加拉灣占據統治地位的印度教大國——“朱羅帝國”在13世紀的崩潰，使得孟加拉地區加入了伊斯蘭世界。13世紀中后期始建于蘇門答臘島西北端亞齊地區的“巴塞蘇丹國”，是伊斯蘭教在馬來地區第一個蘇丹國。
1397年，滿者伯夷徹底攻滅了三佛齊這個屬國。后旅居于此的華人梁道明復國，建新三佛齊王國，明朝曾在此地置舊港宣慰使。1405年，在阿拉伯商團勢力的支持下，源出舊三佛齊的“馬六甲王國”正式建立。1414年，馬六甲王國的創始人迎娶了來自巴塞蘇丹國的公主，馬六甲王國后來也稱馬六甲蘇丹國。公元1470年，馬六甲王國滅新三佛齊王國。新生的馬六甲王國在泰國大城王朝與爪哇滿者伯夷帝國的包夾中生存。馬六甲王國在泰國大城王朝的逼迫下，被迫從淡馬錫搬遷至馬六甲的拜里米蘇拉，并向泰國的大城王朝納貢稱臣。
公元1405年-1433年，鄭和奉命七次出海遠洋。借助大明王朝擴張海外影響力的大勢，在15世紀的上半葉，馬六甲控制了馬來半島南部，還跨越海峽，控制了相對應蘇門達臘島海岸線（今印尼廖內省地區）。隨著馬六甲蘇丹國的強勢崛起，爪哇島也在15世紀后期至16世紀，掀起了伊斯蘭化浪潮，并迫使滿者伯夷帝國的印度教統治者，逐漸將勢力范圍退縮自東爪哇地區（直至滅亡）。今天的巴厘島，成為了滿者伯夷/印度教文化的最后遺存之地。
1511年，葡萄牙人的艦隊攻陷馬六甲王國，馬六甲的穆斯林統治者，放棄了家族經營已逾百年的馬六甲城，退守馬來半島最南端的柔佛地區（今馬來西亞柔佛州）。原本最早接受伊斯蘭文化的亞齊地區，一個新的蘇丹國--亞齊蘇丹國崛起了。利用奧斯曼帝國的庇護與幫助，亞齊蘇丹國迅速得以強大。這樣，馬六甲海峽形成了三足鼎力的格局：強勢崛起的伊斯蘭新勢力——亞齊蘇丹國、舊勢力柔佛蘇丹國和葡萄牙人。
1602年，荷蘭商人建立了“荷蘭東印度公司”。東印度公司幾乎承擔了所有原本應由政府承擔的責任（同時也是權力），不僅能夠自行組建雇傭軍性質的軍隊，并發動殖民戰爭，還能夠發行貨幣、建立殖民地，乃至與有關國家訂立政治條約。1603年，荷蘭海軍在馬六甲海峽擊敗葡萄牙艦隊，取得了東印度群島的主導權。將荷屬東印度的政治中心，設立在了爪哇島的西端的雅加達。
荷蘭人為了解決人力問題，從中國東南沿海招募的“契約華工”。契約華工或者“下南洋”行為一直延續到20世紀30年代，數量超千萬。對“契約華工”一事推動最大的，是后來的大英帝國。已至后來東南亞各地，華人主導了當地經濟。
1799年，荷蘭結束了東印度公司，此后荷蘭人以“荷屬東印度”為行政框架，對荷蘭東印度公司開拓的殖民地進行政治整合，并最終形成了現在的印尼。
英國東印度公司也為大英帝國在馬來地區獲得據點，如馬來半島西北部的“檳榔嶼”（1786年），此后又在馬六甲海峽拿下了馬六甲、新加坡兩個點。英國與荷蘭于1824年簽訂了“英荷條約”，劃分了雙方在東方的勢力范圍及相應的貿易原則。其中主要有：荷蘭將在印度沿岸及馬來半島的據點交給英國，英國則不介入新加坡海峽及馬六甲海峽主航道以南地區的爭奪。即認可廖內群島及蘇門答臘島屬于“荷屬東印度”的勢力范圍。而西方在南洋的最早開拓者——葡萄牙，只剩下南洋群島最東部的半個帝汶島（東帝汶）了。
1826年，英屬東印度公司決定整合在馬來亞的三個港口屬地，新加坡，檳城和馬六甲組成海峽殖民地。
1895年，英國將馬來半島四個受英國保護的馬來蘇丹國，雪蘭莪、森美蘭、霹靂和彭亨，組成馬來聯邦，首府吉隆坡。
1909年，英國人從暹羅手中獲得吉蘭丹、吉打、玻璃市、登嘉樓的管轄權，并于1914年加入了柔佛蘇丹國，五國蘇丹國組成馬來屬邦。
1948年，英國政府把馬來聯邦、馬來屬邦與原海峽殖民地中的檳榔嶼和馬六甲等11邦，合并為馬來亞聯合邦。
1963年9月16日，馬來亞聯合邦與東巴的沙巴、砂拉越與新加坡組成馬來西亞。為保持馬來人的主導權，1965年8月9日以華人為主的新加坡被迫退出馬來西亞。
在爪哇人征服馬來世界，并建立“滿者伯夷帝國”時，泰國在中南半島崛起。
中南半島
今天的中南半島，有越南、泰國、緬甸、柬埔寨、老撾五個國家。在14世紀之前，柬埔寨是中南半島最強大的國家，建立了中南半島最早的強大文明體史稱“高棉帝國”。高棉帝國經歷三個時代：扶南王朝（公元1世紀-7世紀）、真臘王朝（公元7世紀-9世紀初），吳哥王朝（公元802年~1431年）。高棉帝國的核心在湄公河平原。
中南半島一共有五條主要河流，分別是緬甸境內的薩爾溫江、伊諾瓦底江；泰國境內的湄南河；越南境內的紅河；以及最為知名的，就是流經了中南半島全部五個國家的湄公河。湄公河發源中國青海，在中國部分被稱之為瀾滄江，經由中國西南的橫斷山脈流入中南半島（緬甸、老撾）后，稱湄公河。
與高棉人同時代甚至更早，孟人以伊諾瓦底江平原南部為中心，也建立了一些城邦國家。高棉人則以湄公河下游平原為核心建立了高棉帝國，今屬泰國的湄南河平原則是雙方爭奪的緩沖區。一般認為，孟人和高棉人的祖先都是在公元前從云南方向擴散入中南半島的，兩族是同源的。
后來孟人遭遇到來自北方的緬人入侵，高棉人遭遇到來自西北方向的“泰人”入侵。公元13世紀中，湄南河平原北端崛起第一個泰人政權——“素可泰王國”（泰國第一王朝），素可泰王國在湄南河流域的統治持續了一個世紀?！?/span>
15世紀初，從素可泰王朝中獨立出來大城王朝吞并素可泰王朝，再次完成了整個湄南河流域的統一，這是“泰國第二王朝”（1350年—1767年）。在它的存續期間，緬人也在緬甸解決了北方撣人和南方孟人的問題，完成了統一，包括有：“緬甸第二王朝”——東吁王朝（1531—1752年）、“緬甸第三王朝”——貢榜王朝（1752～1885）。這也使得緬甸開始成為泰國西部最大的壓力源。上述兩個緬人王朝在崛起之初，都曾經向泰國方向擴張，并攻破曼谷。后者更是直接終結了大城王朝。
大城王朝被緬人終結之后，泰人很快便建立了“泰國第三王朝”——吞武里王朝”（1769年--1782年）。這個王朝很快便為不滿其統治的貴族、宗教勢力所顛覆，替代吞武里王朝統治泰國的“泰國第四王朝”，就是延綿至今的“曼谷王朝”了。
公元1431年，吳哥王朝的都城被泰人攻破。使得高棉人將都城南遷至金邊，以依靠西北方向的洞里薩湖，以及沿海的豆蔻山脈來保護王朝中心的安全。由于人口大量南遷，盛極一時的吳哥城逐漸在東南亞充沛的雨水作用下，重新恢復成了一片叢林之地。直到19世紀中葉，才被殖民柬埔寨的法國人重新“發現”。在越南人從紅河三角洲南下，占據了湄公河入海口的三角洲之后，曾經的中南半島霸主，退步成為一個東南亞二流國家。
緬甸第三王朝時期（1752～1885），緬甸國王企圖入侵印度邊界，使得占有印度的英國和緬甸在1824、1852、1885年三次爆發戰爭，最后緬甸王朝滅亡，緬甸成為英屬印度的一省，并將政府設于仰光。
越人（京族）的勢力原僅是局限于北部的紅河流域，后越南人沿長山山脈向南擴張， 17 世紀越人從高棉族手中奪取了湄公河的出?？冢紦朔饰值匿毓尤侵?/span>。
1858年，法國人在越南中部的峴港登陸，1861年占領了西貢。為了擁有越南的宗主權，1883年法國與中國爆發中法戰爭占領了越南，1885年占領了柬埔寨。1887年，法屬印度支那聯邦正式成立。老撾原是泰國（暹羅）的附庸，1893年的法暹戰爭（暹為暹羅，即泰國）中，暹羅不得不將湄公河東岸的土地割讓給法國，老撾也加入了“印支聯邦”。
