李世民已經成功登上帝位，他繼續消除政變產生的影響。
李世民開始直面已經被殺的李建成和李元吉兩人的地位問題，畢竟作為李唐皇族的兩位重要人物，李世民不可能完全抹殺他們的存在，必須為他們下一個結論。
所以他還是追封了他的兩位親生兄弟。哥哥李建成被追封為息隱王，弟弟李元吉被追封為海陵剌王，但是顯然這兩人都被降了一個檔次，本來的儲君李建成被降成了親王，而本來是親王的李元吉被降成了郡王。
而且謚號也都給的不高。但是李世民終究還是沒有直接將他的兄弟們廢為庶民，而且也允許如魏征和王圭等東宮舊臣一起去送葬。
十三年后，李世民將庶出的皇子李福，過繼給李建成作為嗣子，以傳承香火。
十六年后，李世民恢復了李建成的太子封號，也恢復了李元吉的親王爵位。
這一階段李世民已經逐步開創了“貞觀之治”，在當時玄武門之變的影響已經被李世民基本消弭干凈了，但是李世民始終擔心后世對他奪位政變的評價，因此晚年的李世民開始渴望把對后世的影響也進一步消除，所以他開啟了要求觀看史官記載的先河。而且也很可能逼迫史官修改了史書的記載，這也是為什么司馬光在編撰《資治通鑒》時直言唐初的歷史不可盡信。
