一：身份驗證
合伙制私募股權基金企業的設立階段需要經歷核名以及注冊這兩個過程，以上海為例，需要全體合伙人親自辦理身份證驗證手續后方可設立。這讓很多管理合伙人(GP)頭痛不已。因為現在國內市場的LP的構成還是以富有個人為主，并不像國外成熟的機構LP占主導地位，試想一下，讓LP們(最多可為49人)一起浩浩蕩蕩地去工商局親自辦理身份驗證手續是何等的壯觀及不便。
不僅僅是設立階段，而且合伙份額轉讓也涉及到當事人到工商局進行驗證身份的真實性，以免投資人的權益受損。據筆者了解，因為身份驗證流程之繁瑣，讓諸多的GP被迫走出上海，到更為便利的區域進行注冊。
二：簽署頁
私募股權基金的LP很可能來自全國各地，互不認識，在GP的感召下進行投資。LP簽署合伙協議等文件時，有的工商局允許采用簽署頁的模式，也即每個LP將其各自簽署頁整合好附在后面，而有的工商局則不允許，要求LP的簽字需要集體簽署在一至幾頁紙上，這就給合伙文件的簽署帶來很大的障礙。GP無法同時在全國各地進行推廣和簽署文件，而必須把簽署頁傳來傳去。更有甚者，若某LP簽署了文件之后，又決定不投資了，簽署頁不得不作廢并重新簽署。不得采用簽署頁，這讓GP們心有余悸。
三：文件繁瑣
關于私募股權基金的注冊，實踐中的操作慣例是先注冊一個殼機構，而后再進行合伙人變更，以簡化上述流程。在變更上，合伙企業需要辦理工商變更登記，需要有一整套變更文件需要簽署，例如《企業變更登記申請書》、新《合伙協議》、《出資確認書》、《入伙協議》、《退伙協議》、《變更決定書》等多份文件，LP們搞不清楚簽署這些文件派什么用處，增加了很多疑問，大大增加了簽署難度。而相比而言，信托型的基金投資人僅簽署幾份信托合同，簡便易行。
四：工商審查
有限合伙型的私募股權基金注冊中遭遇的另外一個比較大的障礙是各地工商局對于有限合伙企業的認識不一，導致對于《合伙協議》的接受度不太統一，造成很大不確定性。筆者曾經服務過一個基金，該基金以委托貸款的方式向另外一家企業提供貸款并收取利息。注冊地工商局認為有限合伙企業不能進行該項業務，導致該基金無法進行變更登記。也遇到某些工商局，認為律師提供的《合伙協議》不符合他們的要求，一律要求用統一的版本進行登記。這些都導致實踐中登記備案的是一套《合伙協議》、而實際履行的又是另外一套《合伙協議》，黑白文本出現將致使未來法律風險增大。
五：監管升級
合伙型私募股權基金本來為認繳制，即有目標項目時LP才需要注入投資款，但自2011年9月1日起，天津對合伙型股權基金監管升級，執行新的規定其中包括：1、注冊股權投資合伙企業認繳資本不得少于1億元，實繳不得少于2000萬元;2、機構LP最低認繳1000萬元人民幣，自然人LP最低認繳200萬元人民幣，且應由金融機構提供金融資產證明; 3、注冊60天內必須到相關部門備案，5億元以上到國家發改委進行備案、1-5億元到市發改委備案;4、委托當地銀行進行托管。繼天津之后，蘇州也相繼發布類似的文，根據這些條文，合伙制股權投資基金企業注冊時首期需要出資20%，并進行驗資，變成部分實繳制。這樣一來，殼幾乎無法設立。
鑒于上述原因，不少GP在實踐操作上不得不主動地、或者被動地采取許多不規范的做法，以便關于有限合伙企業的工商注冊和變更，例如：
1. 按近乎統一的《合伙協議》版本在工商局登記注冊，備案的《合伙協議》與實際履行的《合伙協議》不一致，存在黑白合同問題;
2. 僅注冊一個合伙企業的殼機構，LP是GP關聯人士，代持全部LP的股份，不進行工商變更登記，以1-3年期的短期固定收益型基金最為常見;
3. 僅注冊一個合伙企業的殼機構，LP代持，同時循環使用該殼機構。也即第一期基金期滿終止后，由第二期基金繼續使用。
無論是黑白合同的問題、還是LP份額代持的問題，都將給私募股權基金帶來很大的隱患。特別是LP份額代持的問題，投資人的利益未能通過工商變更登記的方式鎖定，不僅LP的權益不能得到法律的保障，而且GP很可能會導致非法集資的嫌疑。如果循環使用一個殼機構的話，根據《合伙企業法》第八十一條的規定，“有限合伙人退伙后，對基于其退伙前的原因發生的有限合伙企業債務，以其退伙時從有限合伙企業中取回的財產承擔責任。”故循環使用殼機構還可能導致先LP為后LP進行買單賠償的事件發生，這都將可能產生嚴重的后果。
總之，在目前中國關于私募股權基金的監管處于法出多門但卻又實質為真空的狀態下，各地政府和工商部門對于合伙型基金的管理尚無法統一，注冊的便利度成為GP們甚至比地方的財政優惠政策還要重要的考慮因素，選擇有限合伙企業的注冊地也成為普遍現象和GP們的無奈之舉。
