福州崇福寺位于福州北郊新店鎮象峰南麓，原為“祝圣道場”，舊稱崇福院，為福州五大禪林之一。是日本長崎崇福寺的祖寺。明崇禎二年(1629年)，該寺超然和尚東渡日本長崎圣壽山建“圣壽山崇福寺”，并為該寺第一代住持。現今,在日本長崎圣壽山亦有崇福寺，號稱西日本第一寺院,創建于明崇禎八年(1635年)。他們尊福州崇福寺為祖庭，曾來尋根認祖。 崇福寺院始建于宋太平興國二年(977年)，后廢。
明萬歷四十七年(1619年)僧跬存至，愛山水奇勝，遂與師弟諦詳商洽，擬創建養母堂。清理地基時發現“崇福禪院”寺額，遂發愿重興。跬存在其師鼓山涌泉寺永覺禪師支持下，派人四出募化，但最初僅建成小佛堂三間。
至崇禎五年(1632年)，大殿與法堂才相繼落成，并請江西名匠雕造一尊高3米多的阿彌陀佛像，法相莊嚴，冠于閩中諸寺(現此佛像無存)，于是朝山瞻禮的信徒漸多。
永覺禪師贈詩與跬存道：“北嶺云邊翠色濃，松窗竹幾寂寥中。焚香默坐惟觀息，一任山花白與紅。”鼓山道霈禪師亦為作記(制成匾，今存寺中)。后跬存及諦詳先后圓寂，又因明末各地兵亂，交通阻隔，外出募緣的僧徒亦無法返回，寺中的修建工作只得中輟。
清順治間(1644～1661年)跬存的弟子清安來主持寺務，稍見起色。清安寂后，康熙三十三年(1694年)其徒叔禪復蒞寺興建，經過5年的努力，才重修大殿及重建東西兩廡，初具叢林規模。其后繼起無人，又趨衰落。
道光二十三年(1843年)，寺原有田70畝，“因住持敗蕩，典賣幾空，止存寺前田根八畝，以致寺荒僧散。”(《侯官縣正堂示為捐贖寺產等事碑》)。
光緒二十一年(1895年)，鼓山涌泉寺古月禪師來此兼領寺務，重建大雄寶殿、鐘鼓樓、法堂、天王殿、方丈室、齋堂、客堂等，一切規制皆仿效鼓山涌泉寺。古月禪師于民國8年圓寂，崇福寺僧眾在寺內特辟一堂建塔紀念，稱中興崇福古月禪師塔。后由其嗣法門人必定禪師繼任住持，時有關當局默許農林學校強占寺產，必定護持甚力。
1957年，福州市佛教協會創辦佛教安養院于寺內，作為市區各寺院老弱、生活無依無靠的教徒歸依之處。“文化大革命”動亂期間，佛像全毀，佛事中斷。
1976年寺院獲得新生，1979年被列為開放寺院，著手整修殿堂，重塑佛像，恢復正常佛事活動。
1983年，福建佛學院女眾班設在寺內，作為培養愛國愛教的接班人基地。至今，畢業的尼眾遍布海內外。
1989年11月，寺中隆重舉行傳常法師榮膺方丈的升座典禮。之后十多年里，寺廟不僅重新修葺了原有殿堂，重塑了菩薩金身，并增建了福建佛學院女眾部教學樓和師生宿舍、骨灰寄存室等，使古老的崇福寺煥然一新。
1992年寺廟被列為市級文物保護單位。
2003年3月,八十三歲的傳常法師因年高退隱，由中國佛教協會理事、福建省佛教協會副會長如妙法師榮膺升座為尼方丈。
