1、產籍資料不健全。在為這些房屋辦理換證、補證等手續時一并健全產籍資料；申請轉移登記前需先換證，補全產籍資料。
2、房地權利主體不一致的。根據房地產管理法的規定，房地權利主體必須一致，如果要求產權人將土地使用證重新變更到原房屋所有權人名下，再為其換證，勢必造成社會的不穩定，浪費申請人的人力、物力，又增加土地部門的工作量。如果直接過戶，房屋的產籍資料又不健全。在這種情況下，提交現土地使用權人的土地使用證可為原產權人換證，并在登記簿備注欄及土地使用證復印件上注記土地使用權人已登記到﹡﹡﹡名下，原產權人領證后，隨即和下手產權人共同申請轉移登記。這樣，既保證了房地權利主體的一致，又健全了房屋的產籍資料，方便了群眾。
3、房屋所有權人的姓名填寫有誤的。如果戶口簿有記載，提交戶口簿即可；更多情況是戶口簿無記載，如果是同音字，可由村民委員會出具證明；如果是乳名、曾用名，可由村民委員會和二個與產權人無利害關系的村民，最好是當時的登記工作人員出具證明，受理后，在集體經濟組織內公告，經公告無異議即可登記發證。
4、房屋用地面積超出土地使用證所載面積的。根據國土資源部、中央農村工作領導小組辦公室、財政部、農業部《關于農村集體土地確權登記發證的若干意見》(國土資發[2011]178號)第七條“按照不同的歷史階段對超面積的宅基地進行確權登記發證。1982年《村鎮建房用地管理條例》實施前，農村村民建房占用的宅基地，在《村鎮建房用地管理條例》實施后至今未擴大用地面積的，可以按現有實際使用面積進行確權登記；1982年《村鎮建房用地管理條例》實施起至1987年《土地管理法》實施時止，農村村民建房占用的宅基地，超過當地規定的面積標準的，超過部分按當時國家和地方有關規定處理后，可以按實際使用面積進行確權登記： 1987年《土地管理法》實施后，農村村民建房占用的宅基地，超過當時規定的面積標準的，按照實際批準面積進行確權登記。其面積超過各地規定標準的，可在土地登記簿和土地權利證書記事欄內注明超過標準的面積，待以后分戶建房或現有房屋拆遷、改建、翻建、政府依法規劃重新建設時，按有關規定作出處理，并按照各地規定的面積標準重新進行確權登記”。根據上述規定，筆者的工作單位與國土部門溝通后，達成一致意見：1987年以前建成的房屋，按照房屋實際的建筑面積登記發證；1987年及以后建成的房屋，對房屋用地面積超出土地使用證所載面積5％以上的，超出部分不計產權面積，并在房屋平面圖上標記，由申請人簽字認可。
5、房屋坐落不明確或一人有多套房屋的。由村民委員會出具房與證對應關系證明，按現在統一的門牌號碼進行登記。
6、一房多證的情況。如果產權人為同一人時，注銷一本房產證即可；如果產權人為不同人時，只要當事人能夠協商解決、確認權屬，就給予登記。協商不一致的，由當事人通過法律途徑予以解決。
7、建筑面積及四至有誤的。申請換證、變更登記等重新測繪，由四鄰及村民委員會簽字蓋章，重新進行四至認定。
8、房屋所有權人不是本集體組織成員的。國土資源部、中央農村工作領導小組辦公室、財政部、農業部《關于農村集體土地確權登記發證的若干意見》(國土資發[2011]178號)第六條“已擁有一處宅基地的本農民集體成員、非本農民集體成員的農村或城鎮居民，因繼承房屋占用農村宅基地的，可按規定登記發證”、“非農業戶口居民(含華僑)原在農村合法取得的宅基地及房屋，房屋產權沒有變化的，經該農村集體出具證明并公告無異議的，可依法辦理土地登記”，根據上述規定，申請人提供用地、批建手續及村民委員會出具的外遷情況證明，經公告無異議的即可給予登記。
