張獻(xiàn)忠谷城再起的消息傳來(lái)，崇禎帝如坐針氈。為了挽救敗局，他決定起用楊嗣昌專剿張獻(xiàn)忠。崇禎十二年（1639年）八月二十五日，頒布任命諭旨以原官兼任兵部尚書(shū)為督師，賜給黃金100兩，大紅纻絲衣料4套，斗牛衣1襲，賞功銀4萬(wàn)兩，銀牌1500個(gè)，明確宣布各省兵馬自總督、巡撫、鎮(zhèn)將以下俱聽(tīng)節(jié)制，賜給上方寶劍，便宜行事，以嚴(yán)軍威。又在北京平臺(tái)設(shè)宴為他餞行，親自為他斟酒，并將手觴三爵賜給楊嗣昌。又賜給親筆題詩(shī)：“鹽梅今暫作干城，上將威嚴(yán)細(xì)柳營(yíng)。一掃流氛從此靖，還期教養(yǎng)遂民生。”他多么期望這位督師能夠馬到成功，力挽狂瀾。楊嗣昌跪頌御詩(shī)，且拜且泣，當(dāng)即表示決心：“誓死殺賊，二年之內(nèi)，必有以報(bào)陛下，不煩南顧之憂。”
楊嗣昌帶著朝廷的重托，懷著澄清四海之志出了北京，到達(dá)襄陽(yáng)。十月一日，楊嗣昌在襄陽(yáng)舉行誓師大會(huì)，革任總理熊文燦、太監(jiān)劉元斌、湖廣巡撫方孔炤、總兵左良玉、陳洪范等出席。正式宣布對(duì)張獻(xiàn)忠發(fā)起全面進(jìn)攻，并且明確了各地守將的職責(zé)。崇禎帝特意發(fā)布告諭：“欽命督師閣部奉宣皇上德意，原撫九營(yíng)人眾能殺張獻(xiàn)忠者準(zhǔn)撫，能解散脅從難民各回原籍者準(zhǔn)撫，能為良民自耕自食者準(zhǔn)撫，此諭。”他絞盡腦汁，精心炮制了專剿張獻(xiàn)忠的方案與計(jì)劃。這個(gè)計(jì)劃的基本點(diǎn)：會(huì)兵20萬(wàn)，拿出專剿經(jīng)費(fèi)550萬(wàn)兩，以襄陽(yáng)為專剿的大本營(yíng)，由他親自坐鎮(zhèn)指揮部署。任命左良玉為平賊將軍，張克儉為監(jiān)軍，永州（今湖南零陵）推官萬(wàn)元吉為軍前監(jiān)紀(jì)，馬乾為川東兵備僉事。在軍事部署上，命令湖廣官軍從房縣竹山向張獻(xiàn)忠部發(fā)起進(jìn)攻，以迫使義軍直入大寧、大昌，加以包圍消滅。如果張獻(xiàn)忠部走大寧、大昌下荊州，去襄陽(yáng)，則由楊嗣昌率部阻擊；如果張獻(xiàn)忠部走竹山、紫陽(yáng)進(jìn)入陜西，則由左良玉率部阻擊；如張獻(xiàn)忠部入四川，走夔門，則由四川巡撫邵捷春攔阻；并令邵捷春駐守夔州。這是他計(jì)劃的第一步。第二步，如果不能直接將張獻(xiàn)忠消滅在四川，則可利用四川山路狹窄地形與少數(shù)民族較多的特點(diǎn)，北面截?cái)鄺５溃厦娑笫卦颇锨福斜τ蓶|而西驅(qū)趕，迫使義軍進(jìn)入川西北少數(shù)民族地區(qū)，以挑起義軍與少數(shù)民族間的矛盾，消滅義軍，達(dá)到借刀殺人的目的。這個(gè)計(jì)劃稱之為圓盤計(jì)劃。
楊嗣昌出身進(jìn)士，機(jī)智有謀，身為督師，但沒(méi)有帶兵打仗的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)，一心想找一個(gè)能夠統(tǒng)兵打仗的將領(lǐng)作為他的膀臂。他左思右想，選定了左良玉。左良玉字昆山，山東臨清人。少為孤兒，由叔父養(yǎng)育成人，目不知書(shū)，但能左右射殺，且多智謀，打過(guò)不少大仗和硬仗，是一員不可多得的大將。此時(shí)舉薦他出任平賊將軍，就是要將剿滅張獻(xiàn)忠的重任托付給他。
一個(gè)新的圍剿張獻(xiàn)忠的高潮在楊嗣昌導(dǎo)演下拉開(kāi)了帷幕。明朝的主要將領(lǐng)左良玉、秦良玉、賀人龍、鄭嘉棟、李國(guó)奇、張應(yīng)元、汪云鳳、羅玉莘等都在向川東聚集。但是，戰(zhàn)局的發(fā)展，并不像他設(shè)想的那樣美妙。
崇禎十三年（1640年）正月，羅汝才在香油坪大敗湖廣巡撫方孔炤軍，轉(zhuǎn)入川東山區(qū)。閏正月，張獻(xiàn)忠與明主力左良玉等部在高頭壩、構(gòu)坪關(guān)等地幾經(jīng)交戰(zhàn)，互有勝負(fù)。得知左良玉軍已從城口廳之漁渡溪，總督陜西三邊侍郎鄭崇儉以及張應(yīng)元、汪云鳳從八臺(tái)山一齊朝著自己方向逼來(lái)時(shí)，急速命令部隊(duì)南移太平縣九滾坪，快速搶先占據(jù)瑪瑙山，迎擊來(lái)犯之?dāng)场?/p>
瑪瑙山位于四川太平縣北70里，東臨大巴山，北與陜西紫陽(yáng)、鎮(zhèn)巴相接，為蜀楚秦豫交界的要塞，號(hào)稱川東北隅的屏障，山勢(shì)高峻，道路崎嶇，易守難攻。
張獻(xiàn)忠的部隊(duì)率先到達(dá)瑪瑙山，據(jù)有山頂。左良玉糾合秦將賀人龍、李國(guó)奇，川將張令、羅尚文，楚將張應(yīng)元、汪云鳳入據(jù)瑪瑙山，分進(jìn)合擊，加緊圍剿，由副將張令與總兵羅尚文部擔(dān)任前鋒，左良玉為右翼軍，鄭崇儉為左翼軍，副將賀人龍、李國(guó)奇、張應(yīng)元、汪云鳳為后衛(wèi)，副將賈登聯(lián)、莫宗文率領(lǐng)游兵為預(yù)備，隨時(shí)策應(yīng)。左良玉環(huán)顧四周，觀察良久，深感強(qiáng)攻硬打難度很大。于是決定智取。左良玉以農(nóng)民軍叛徒劉國(guó)能（闖塌天）為向?qū)罚绯赊r(nóng)民軍運(yùn)糧人員，騙取信任，詭稱糧食已經(jīng)運(yùn)到，向張獻(xiàn)忠駐地開(kāi)來(lái)。
潘獨(dú)鏊是湖廣隨州應(yīng)山縣秀才，家中富有，由于知縣貪圖他家的錢財(cái)，被誣陷關(guān)進(jìn)了大牢，后越獄逃出，無(wú)處藏身，才投了張獻(xiàn)忠。因?yàn)樗形幕兄\略，很得張獻(xiàn)忠的信任，用為軍師。他被俘后，關(guān)在襄陽(yáng)監(jiān)獄，改名易姓叫劉若愚。官軍從俘虜中已得知他的真實(shí)姓名與身份，并且從他身上搜出的兩張白紙上有他寫(xiě)的兩首詩(shī)文。其中一首題為《白土關(guān)阻雨》，內(nèi)容是：秋風(fēng)白雨聲，戰(zhàn)客聽(tīng)偏驚；漠漠山云合，漫漫澗水平。前籌頻共畫(huà)，借箸侍專爭(zhēng)；為問(wèn)彼蒼者，明朝何是晴？白土關(guān)地在竹溪縣境內(nèi)。這首詩(shī)大概寫(xiě)于崇禎十二年（1639年)秋天張獻(xiàn)忠與羅汝才聯(lián)合攻打竹溪之時(shí)。這些詩(shī)文的發(fā)現(xiàn)，可以使這位張獻(xiàn)忠謀士的真實(shí)身份得到確認(rèn)。
張獻(xiàn)忠突出重圍北上，只有500人，后來(lái)失散的部隊(duì)聽(tīng)說(shuō)他還活著，又漸漸回到他的身邊。官軍原以為張獻(xiàn)忠在瑪瑙山戰(zhàn)役中已經(jīng)死去。在深山老林中找了3天，也沒(méi)有發(fā)現(xiàn)他的尸體。他們經(jīng)岔溪、千江河十二灣，到達(dá)太平縣與城口縣交界處的柯家坪，被尾追而來(lái)的四川副將張令趕上。
羅汝才以及原在房縣、均州地帶活動(dòng)的幾支農(nóng)民軍也被驅(qū)趕到夔東。五月下旬，張獻(xiàn)忠在上龕、長(zhǎng)荒與走出魚(yú)腹山困境的李自成會(huì)面。雙方都各有千余人。這是兩人繼谷城之后又一次會(huì)見(jiàn)。之后，各自率部為戰(zhàn)。李自成繼續(xù)留房縣，二十七日在胡其里遭到楊嗣昌部將劉士杰的阻擊，兵敗，軍中大印也失，乃離開(kāi)房縣、竹山北進(jìn)，向陜西轉(zhuǎn)移。
柯家坪地形復(fù)雜，亂峰錯(cuò)峙，溝深道險(xiǎn)，菁薄綿延。張令率兵馬5000人追來(lái)，分兵五路入山搜索。張獻(xiàn)忠在深山密林中設(shè)下埋伏，誘其深入，團(tuán)團(tuán)包圍。這時(shí)明軍才知道張獻(xiàn)忠還活著。時(shí)值盛夏，烈日當(dāng)頭，張獻(xiàn)忠切斷了柯家坪的水源，進(jìn)入的官兵們干渴難耐，靠采集野葡萄枝來(lái)解渴。然而這終非持久之計(jì)。勢(shì)在危急，只好硬著頭皮，派人向張獻(xiàn)忠求情，送去大量馬騾作為條件，請(qǐng)求張獻(xiàn)忠放他一馬。張獻(xiàn)忠不予理會(huì)，命令將士加緊圍攻。陜西巡撫鄭崇儉聞知后，本不打算出兵迎救，多虧監(jiān)軍張克儉曉以利害，說(shuō)張令忠勇可佳，方今用兵之時(shí)，棄之不顧，何以使人用兵？鄭才答應(yīng)發(fā)兵馬救援。鄭崇儉的部署是兵分六路：副將賀人龍、李國(guó)奇從滿月槽出發(fā)；參將張應(yīng)元、汪云鳳從八臺(tái)山出發(fā)；副將曹變蛟、左光先為一路；副將賈登聯(lián)、莫宗文為一路；總兵方國(guó)安為一路；四川總兵羅尚文為一路，統(tǒng)一行動(dòng)。六月十一日，會(huì)同張克儉、鄭崇儉直向柯家坪，兵眾10余萬(wàn)人，分別在寒溪寺、鹽井（今四川通井）、板箱溝、木瓜溪等地與農(nóng)民軍交戰(zhàn)。由于明朝援軍陸續(xù)到來(lái)，戰(zhàn)場(chǎng)上兵力對(duì)比出現(xiàn)新的變化，即敵眾我寡，在此與敵軍展開(kāi)決戰(zhàn)，勢(shì)必兇多吉少，為此，張獻(xiàn)忠于包圍13天之后，下令撤圍。這樣，張令方才脫險(xiǎn)，免于血濺疆場(chǎng)，全軍覆滅。
柯家坪之戰(zhàn)，張獻(xiàn)忠雖然最終取得好的結(jié)局，但戰(zhàn)果并不理想，部隊(duì)有著較大的傷亡。楊嗣昌則大肆吹唬官軍取得了什么異常大捷，火速向崇禎帝報(bào)捷。列出六月內(nèi)七大戰(zhàn)功，宣稱張只身逃走，其親子及心腹精壯盡數(shù)招降云云，崇禎帝哪會(huì)了解戰(zhàn)地真實(shí)情景，見(jiàn)到告捷的奏報(bào)，興奮不已。為了表彰楊嗣昌等的這一赫赫戰(zhàn)績(jī)，特發(fā)銀1萬(wàn)兩犒賞，并賜斗牛衣、良馬金鞍各二。此番報(bào)捷的使者返回，還未出城門，左良玉、賀人龍、李國(guó)奇于瑪瑙山大敗張獻(xiàn)忠的捷報(bào)也送達(dá)御前，崇禎帝大喜過(guò)望，興奮之下，傳旨再發(fā)銀5萬(wàn)兩犒師，晉楊嗣昌爵為太子太保，晉左良玉爵平賊將軍、太子少保，諸將論功升賞有差。外賜楊嗣昌服物鞍馬帑金3萬(wàn)兩，錦幣千端，勉勵(lì)他們擴(kuò)大戰(zhàn)果，早日凱旋。
柯家坪之戰(zhàn)后，張獻(xiàn)忠所剩兵馬不多，有說(shuō)只有千余，不一定可信，但總數(shù)也不會(huì)太多。持續(xù)遭到追擊，冒死突圍，使將士們疲憊不堪，迫切需要休息整頓。進(jìn)入興歸山區(qū)之后，張獻(xiàn)忠看到這里崇山峻嶺，古木陰森，連綿數(shù)百里的天然地形，有利于隱蔽，休息整頓，便命令部隊(duì)在此住下。而此時(shí)無(wú)論左良玉還是鄭崇儉，對(duì)于繼續(xù)尾隨追擊都感到頭痛。因?yàn)椋@里地處深山，地形復(fù)雜，道路崎嶇，不利于大軍的行動(dòng)。如果深入山地，進(jìn)行追逐，弄不好就會(huì)重蹈張令的覆轍。再者，明軍內(nèi)部矛盾也出現(xiàn)了新情況。左良玉和賀人龍都是楊嗣昌信得過(guò)的將領(lǐng)，可以說(shuō)是他的左右手。左良玉英勇善戰(zhàn)，懂得軍事，對(duì)戰(zhàn)局有自己的看法，對(duì)楊嗣昌的部署，并非百依百順，擁兵自重的弱點(diǎn)日益顯現(xiàn)，再加上他的部下紀(jì)律極差，驕縱難制，楊嗣昌表請(qǐng)他為平賊將軍后，一度有些后悔。看到賀人龍?jiān)趹?zhàn)場(chǎng)上，驍勇能戰(zhàn)，屢建功勛，便想將“平賊將軍”官銜改授給賀人龍，并且將這個(gè)打算告訴了兵部尚書(shū)陳新甲，很快得到朝廷批準(zhǔn)。賀人龍對(duì)即將到手的將軍桂冠又驚又喜，像盼星星盼月亮那樣，期待這一天的到來(lái)。然而，不久左良玉瑪瑙山之戰(zhàn)中立了大功，在朝中上下都有影響，若是此時(shí)撤換了他，勢(shì)必引起一系列麻煩。基于此，楊又決定維持現(xiàn)狀，請(qǐng)求朝廷收回成命。賀人龍獲悉楊中途變卦，心里很不平衡，便對(duì)楊嗣昌懷恨在心。一怒之下，就將楊對(duì)自己的許諾告訴了左良玉。左良玉見(jiàn)楊腳踩兩只船，對(duì)自己既信任又不信任，玩弄臨陣換將、釜底抽薪把戲，大為不滿。就這樣，二人誰(shuí)也不愿意為他效力，更談不上主動(dòng)配合了。楊嗣昌面對(duì)如此情景，心中也窩了一肚子火，像啞巴吃黃連一樣，有苦說(shuō)不出。無(wú)奈，只好拿敗將游擊邵仲光出氣，將他推出斬首。雖然顯示出他執(zhí)法嚴(yán)厲，但這同樣不能使日益低落的明軍士氣得以起死回生。
張獻(xiàn)忠入據(jù)興歸山后，與當(dāng)?shù)厣矫翊虺梢黄Ｋ杓Z食與貨物，均通過(guò)與山民貿(mào)易獲得。他是死是活，藏躲在何處，官軍全然不知。為了弄清他的下落，楊嗣昌曾派都司曹進(jìn)功、白顯、曹志耀等率領(lǐng)200騎兵入山伺察，他們經(jīng)百子溪，到鐵義鋪、小峰口，再到朝陽(yáng)洞，山民始終不告訴他的真實(shí)所在。在山民的熱情支援下，張獻(xiàn)忠及其部下再次度過(guò)了最為困難的時(shí)期。
隨著張獻(xiàn)忠的入蜀，明朝最高軍事集團(tuán)在對(duì)付農(nóng)民軍作戰(zhàn)計(jì)劃上的分歧日益明顯。楊嗣昌得知張獻(xiàn)忠已經(jīng)入蜀，急忙檄令平賊將軍左良玉扼守陜、鄂邊界，四川巡撫邵捷春嚴(yán)守夔門，自己率領(lǐng)大軍緊緊追擊張獻(xiàn)忠。然而，左良玉不贊成這一部署。楊利用手中的權(quán)力下達(dá)命令給左：說(shuō)賊軍不可能大舉入川，仍然會(huì)在陜西境內(nèi)奔突活動(dòng)。將軍若是從漢陽(yáng)、西鄉(xiāng)一帶進(jìn)入四川，萬(wàn)一兵從老路奔平利，再向竹山、房縣，將如何防御？不然,則走寧昌，入歸州、巫山，與羅汝才會(huì)合，我們的大軍尾隨其后，促使他返回湖北，這對(duì)我們也是不利的。左良玉則說(shuō)：四川土地肥沃，賊兵渡過(guò)險(xiǎn)關(guān)，任意流竄，以后就很難制伏。而且賊兵入川，有糧草可恃，返回鄖陽(yáng)，則無(wú)地可掠。因此，他們不會(huì)返回湖北。這是很明顯的。兵力合起來(lái)就強(qiáng)，分散了就弱。現(xiàn)在已有劉國(guó)能、李萬(wàn)慶屯駐鄖陽(yáng)，如果再分出3000人馬入川，駐守興安、平利的兵力薄弱，賊兵打來(lái)，能抵擋得住嗎？楊9次下令敦促左良玉出兵合擊，左則按兵不動(dòng)。
楊嗣昌還用分化誘降的手段來(lái)瓦解破壞農(nóng)民軍，到處張貼告示懸賞張獻(xiàn)忠首級(jí)，并派農(nóng)民軍叛徒飛上天前往巫山以北的磨石棋、白水諸山農(nóng)民軍營(yíng)地當(dāng)說(shuō)客，進(jìn)行招降。飛上天不敢與羅汝才直接見(jiàn)面，只把前往招降的消息告訴羅軍管隊(duì)黑旋風(fēng)。羅汝才知道后拿不定主意。從開(kāi)縣回到巫山與張獻(xiàn)忠會(huì)面，張獻(xiàn)忠多方勸阻羅汝才不要被官軍的花言巧語(yǔ)所迷惑，并以過(guò)天星惠登相降明后被楊嗣昌解往北京請(qǐng)功被斬的具體事例進(jìn)行說(shuō)服，使他消除心存僥幸的幻想，明白如果向官軍投降，那就只能像過(guò)天星那樣，死路一條。張獻(xiàn)忠還以果斷地殺掉楊嗣昌派來(lái)的“安撫官”姚宗中的實(shí)際行動(dòng)表明自己的決心和態(tài)度。在張獻(xiàn)忠的幫助下，徘徊在十字路口上的羅汝才，終于放棄了投降念頭，逮捕了入營(yíng)說(shuō)降的飛上天，另一個(gè)叛徒黑旋風(fēng)匆忙逃走，羅決心與張獻(xiàn)忠一道繼續(xù),堅(jiān)持斗爭(zhēng)。
七月，盛夏酷暑，為大規(guī)模的軍事行動(dòng)帶來(lái)諸多不便，明軍將士入據(jù)山谷后病死者相繼。京營(yíng)總兵張應(yīng)元、汪云鳳按照楊嗣昌的部署率先趕到土地嶺后，按兵不動(dòng)，等待賀人龍前來(lái)會(huì)師夾擊。賀人龍到達(dá)開(kāi)縣后屯駐下來(lái)，以餉乏為辭，屯兵不進(jìn)。
張獻(xiàn)忠率部到達(dá)土地嶺，經(jīng)過(guò)偵察，發(fā)現(xiàn)楊嗣昌與左良玉、賀人龍的矛盾尖銳起來(lái)，決定利用這些矛盾來(lái)為自己的發(fā)展開(kāi)辟道路。早在興歸山中，張獻(xiàn)忠戰(zhàn)敗退走，行將為左良玉軍隊(duì)追上時(shí)，張獻(xiàn)忠遣黨馬元利攜帶重寶賄賂左良玉，并對(duì)左說(shuō)：你的部下，到處燒殺搶掠，楊閣部對(duì)你專權(quán)跋扈，早已猜忌。沒(méi)有了張獻(xiàn)忠，你的死期也不會(huì)太久。話說(shuō)得雖然有些直，可也全是實(shí)話。左良玉為之心動(dòng)，收下賄賂，網(wǎng)開(kāi)一面，放他過(guò)去。張獻(xiàn)忠來(lái)到土地嶺，發(fā)現(xiàn)張應(yīng)元、汪云鳳的部隊(duì)都是剛剛從湖廣招募來(lái)的新兵，既沒(méi)有經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的軍事訓(xùn)練，又缺乏臨陣作戰(zhàn)的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)，駐扎在土地嶺。這是形勢(shì)不利中的有利。他權(quán)衡雙方的兵力，揚(yáng)長(zhǎng)避短，決定在土地嶺狙擊來(lái)犯之?dāng)场?/p>
八月二十五日，一場(chǎng)激烈的戰(zhàn)斗在土地嶺展開(kāi)。張獻(xiàn)忠與羅汝才聯(lián)合出戰(zhàn)，發(fā)現(xiàn)官軍傾巢出動(dòng)，孤軍深入，后繼無(wú)人，也沒(méi)有部隊(duì)留守，便派出一支部隊(duì)繞到后山,從上而下直沖明軍軍營(yíng)。官軍發(fā)現(xiàn)已陷入前后夾攻之中，奮力拼搏。兩軍殺傷相當(dāng)。明將李長(zhǎng)茂遭到白掊棒擊幾乎墜馬墮地，獻(xiàn)忠也身負(fù)重傷。戰(zhàn)斗從早晨一直進(jìn)行到中午，異常激烈。新兵先亂，到處亂竄，農(nóng)民軍前后合擊，張應(yīng)元、李長(zhǎng)茂企圖組織頑抗，但為時(shí)已晚，無(wú)從下手，傍晚，戰(zhàn)斗結(jié)束，官軍5000多人被殲，明將白顯、潘映奎被殺，總兵張應(yīng)元身受重傷，汪云鳳掛傷逃跑，終因失血過(guò)多而喪命。在這次戰(zhàn)斗中，農(nóng)民軍也有損失，首領(lǐng)禿尾狼、小關(guān)索英勇?tīng)奚?/p>
明軍逐漸移入川東。楊嗣昌的行營(yíng)原設(shè)在夷陵，不便指揮，隨著他的入川，行營(yíng)移至夔門，不久又移至萬(wàn)縣、云陽(yáng)、順慶。總之，被張獻(xiàn)忠農(nóng)民軍牽著鼻子走。
九月，張獻(xiàn)忠集中優(yōu)勢(shì)兵力，迅速攻取觀音巖、三黃嶺，穿過(guò)凈壁，進(jìn)抵大昌城下。由于巡撫邵捷春在此駐守，遂繞過(guò)大昌，向開(kāi)縣、新寧（今四川開(kāi)江縣）、梁山（今四川梁平縣）行進(jìn)。月底，在達(dá)縣尤溪口擊敗追襲而來(lái)的總兵方國(guó)安、參將羅于莘部官軍，趁勢(shì)進(jìn)取巴州（今四川巴中），后經(jīng)廣元，渡嘉陵江。十月十三日，攻克劍州（今四川劍閣）。原本打算北上廣元，出平陽(yáng)關(guān)，進(jìn)入陜西漢中，由于明總兵趙光遠(yuǎn)、賀人龍統(tǒng)重兵把守川陜交界的朝天關(guān)，張、羅見(jiàn)入陜有困難，遂改變計(jì)劃，通過(guò)昭化向川西行進(jìn)，并在劍州設(shè)伏，生擒明將4人。進(jìn)而南下，進(jìn)攻梓潼縣。守衛(wèi)在這里的是明將張應(yīng)元所領(lǐng)的楚、蜀兵，張獻(xiàn)忠在森林茂密的七曲山埋伏重兵，等明軍到達(dá)七曲山上亭鋪時(shí)，一躍而起，殺得明軍七零八落，副將羅萬(wàn)象、韓光榮、劉貴、譚繹等被擊斃，賀人龍、李國(guó)奇部也被打得大敗，叛徒掃地王張一川被活捉，就地正法，隨即進(jìn)克綿州。
四川巡撫邵捷春獲悉梓潼戰(zhàn)敗，急派川將孫逢圣、衛(wèi)嘉增等在涪江以北順河布防，以阻止義軍渡河。農(nóng)民軍在綿州北沉香鋪和亢香鋪與官軍遭遇，官軍怯戰(zhàn)，望風(fēng)敗退，涪江水淺，義軍從3里長(zhǎng)的北線，蜂擁涉水而過(guò)，孫逢圣部近萬(wàn)人的涪江防線不戰(zhàn)而潰。邵捷春晝夜趕回成都，豈知在他到達(dá)之前，義軍已先抵城郊，形成東、西、北三面合圍的態(tài)勢(shì)。張獻(xiàn)忠恐攻城羈延時(shí)日，就在一夜之間全部撤圍，南下簡(jiǎn)陽(yáng)、資陽(yáng)。楊嗣昌見(jiàn)大勢(shì)已去，向崇禎回報(bào)，嫁禍于邵捷春防守不力，此時(shí),張獻(xiàn)忠已由水道入據(jù)瀘州，復(fù)渡南溪，越成都，走漢州、德陽(yáng)、復(fù)至綿河，走劍州、廣元，又走巴州，渡達(dá)河而東。
二十五日，張獻(xiàn)忠由劍州向梓潼進(jìn)發(fā)，殺死頑抗的劍州署印官，陜西副將李國(guó)奇、賀勇，楚將張應(yīng)元，四川總兵方國(guó)安等聽(tīng)說(shuō)后趕至梓潼，張獻(xiàn)忠探知敵人行軍速度為日行百里，因輜重拖累，就在上亭鋪至廟埡約10里路旁埋伏3萬(wàn)軍馬，方國(guó)安的先頭部隊(duì)一到，就被吃掉，并乘勝奪取梓潼。方國(guó)安看到先頭部隊(duì)敗沒(méi)，急調(diào)劍閣兵馬救援，企圖挽回殘局。張獻(xiàn)忠將計(jì)就計(jì)，將部隊(duì)埋伏在城西南，故意從梓潼城內(nèi)撤出，方國(guó)安興致勃勃地命令部隊(duì)入城，伏兵一躍而出，并以猛烈的炮火向城東北發(fā)起攻擊，從城南火燒橋至石馬壩之間炮火連天，殺聲震天。明朝費(fèi)了九牛二虎之力糾集起來(lái)的13省聯(lián)軍，就這樣消失在梓潼。
義軍在劍州、梓潼的勝利，給了明主將楊嗣昌以沉重打擊。迫使他不得不向朝廷請(qǐng)罪。他在奏疏中說(shuō)：
“該署鎮(zhèn)方國(guó)安遣羅萬(wàn)象、韓光榮、劉貴等，一潰于劍州之上真鋪；撫臣邵捷春遣寅啟高、孫逢圣、衛(wèi)嘉增、鄒鳴等，再潰于綿州之亢香鋪。皆行無(wú)哨探，止無(wú)營(yíng)壘，夢(mèng)夢(mèng)焉如尋常走路，掉臂遨游，而悠然遇賊，穩(wěn)步入其伏中，即客將李國(guó)奇、賀勇、張應(yīng)元與署鎮(zhèn)方國(guó)安等梓潼一戰(zhàn)，亦不提防賊'打倒番’，而先勝后敗，得不償失。臣在中途聞之，拊心頓足，仰天嗟吁，何區(qū)區(qū)二孽，若是其兇且狡，而我兵未能得志也。”
從土地嶺之戰(zhàn)到梓潼之戰(zhàn)，義軍一連串的勝利，宣告了楊嗣昌在三峽地區(qū)消滅張獻(xiàn)忠的“圓盤”計(jì)劃的徹底破產(chǎn)，張獻(xiàn)忠從明軍手中得馬騾兵器無(wú)算，壯大了自己的隊(duì)伍，改善了部隊(duì)武器裝備，鼓舞了士氣，扭轉(zhuǎn)了自瑪瑙山軍敗以來(lái)的被動(dòng)局面，突破川鄂交界地帶的32隘口，勢(shì)若摧枯拉朽，“所至關(guān)隘防兵多遠(yuǎn)遁，賊長(zhǎng)驅(qū)而過(guò)”，四川地區(qū)由是亂了起來(lái)。
楊嗣昌把圍剿的失敗，歸罪于四川巡撫邵捷春等疏于防范和陜西官軍的挾餉噪歸。對(duì)于張獻(xiàn)忠向四川挺進(jìn)，邵捷春是十分關(guān)注的。他曾派總兵方國(guó)安擔(dān)任扼守32溢口防務(wù)。原打算堅(jiān)守大昌的上、中、下馬渡，游擊邵仲光認(rèn)為這一帶地勢(shì)平闊，河水淺沽，不易固守，便派百總張問(wèn)禮以100人守觀音巖，令守將周良登領(lǐng)兵300人守三黃嶺、磨子嶺；令守備郭先登、千總?cè)娇I(lǐng)兵300人守夜叉巖；令沖鋒嚴(yán)廷俊領(lǐng)兵100人守下涌；令把總聞?wù)李I(lǐng)兵100人守李家灣。他的這一部署與楊嗣昌撤銷四川、湖廣兩省交界隘口的命令相抵牾。楊嗣昌也十分清楚，若四川方面防守嚴(yán)密，張獻(xiàn)忠很有可能調(diào)過(guò)頭來(lái)繼續(xù)在湖北與自己決斗，所以，他決心抽調(diào)蜀兵入據(jù)湖北。由于楊嗣昌大權(quán)在握，邵捷春無(wú)法改變他的既定主張，結(jié)果防守四川的軍隊(duì)相繼被調(diào)出，邵捷春麾下名義上說(shuō)有2萬(wàn)人，實(shí)際上多是殘弱在守重慶。邵捷春憤憤地說(shuō)：《令甲》上說(shuō)丟失一城，巡撫坐罪。現(xiàn)在拱手將四川給賊軍，這是督師要?dú)⑽野。∫虼耍瑑扇嗣茉椒e越深。這時(shí)，眼看張獻(xiàn)忠的部隊(duì)到達(dá)成都，心中十分焦急。他急忙返回成都，成都已被農(nóng)民軍包圍。楊嗣昌已將四川失守的情形上奏朝廷，崇禎帝作出批復(fù)，將邵捷春逮捕下獄論死，任命監(jiān)軍道廖大亨接替四川巡撫。陜西總督鄭崇儉也因此被罷官，任命丁啟睿取代繼任。
十一月，張獻(xiàn)忠部義軍克中江，破什邡，軍至漢州（今四川廣漢縣)，又經(jīng)綿竹、金堂、簡(jiǎn)州（今四川簡(jiǎn)陽(yáng)）、資陽(yáng)到達(dá)安岳、樂(lè)至一帶。楊嗣昌和監(jiān)軍大理寺評(píng)事萬(wàn)元吉見(jiàn)官軍步調(diào)不一，處處被動(dòng)，便提拔總兵猛如虎為總統(tǒng)，張應(yīng)元為副總統(tǒng)，負(fù)責(zé)組織追剿。由于四川軍政官員腐敗到極點(diǎn)，積重難返，根本沒(méi)有組織協(xié)調(diào)能力，再加上張獻(xiàn)忠、羅汝才采取機(jī)動(dòng)靈活的戰(zhàn)術(shù)，快速行進(jìn)，聲東擊西，使追剿的官軍疲于奔命。在當(dāng)時(shí)的官軍士兵中傳布著“閑殺我左鎮(zhèn)，跑殺我猛鎮(zhèn)”的流言，對(duì)猛如虎驅(qū)迫他們跟在起義軍后面窮追不舍的做法深為不滿。
督師楊嗣昌還極力挑撥張獻(xiàn)忠與羅汝才的關(guān)系，公開(kāi)發(fā)布告示，宣布羅汝才之罪，可以赦免，只要投降，即可授官。而張獻(xiàn)忠則罪不可赦，有能擒斬者，賞銀萬(wàn)兩，爵侯。他還興致勃勃地填詞一首：不作安安餓殍，效尤奮臂螳螂，往來(lái)楚蜀肆猖狂，弄兵潢池?zé)o狀。云屯雨聚師集，蛇豕奔突奚藏，許爾軍民綁來(lái)降，爵賞酬功上上。
張獻(xiàn)忠也積極行動(dòng)起來(lái)。就在楊嗣昌發(fā)布通緝令的第二天，在重慶城內(nèi)大街小巷甚至連他的公堂、廚房、浴室、廁所都貼上了張獻(xiàn)忠發(fā)布的“有斬督師獻(xiàn)者，賞白金三錢”的通告。一位明朝堂堂的軍事統(tǒng)帥，在張獻(xiàn)忠眼里，只不過(guò)價(jià)值三錢銀子的小人。這對(duì)趾高氣揚(yáng)的楊嗣昌是一個(gè)強(qiáng)有力的回?fù)簦彩菍?duì)整個(gè)明軍辛辣的嘲弄。他盛怒之下，連續(xù)三次下令敦促賀人龍進(jìn)兵，沒(méi)想到，賀人龍卻按兵不動(dòng)，后來(lái)干脆“兵噪而西歸”。
十二月，張獻(xiàn)忠率部攻克隆昌，到達(dá)瀘州。瀘州位于長(zhǎng)江與沱江匯合處，三面環(huán)水，只有立石站一條通路；加上城內(nèi)設(shè)防嚴(yán)密，安裝有神機(jī)毒火，草龍地網(wǎng)，可謂銅墻鐵壁。守將明監(jiān)軍萬(wàn)元吉判斷張獻(xiàn)忠攻打?yàn)o州一定要途經(jīng)立石站，遂在附近的玉蟾寺設(shè)下伏兵，等候張獻(xiàn)忠來(lái)投羅網(wǎng)。然而，機(jī)會(huì)卻總是留給有心人。總兵猛如虎到達(dá)立石站，還未布置就緒，就被張獻(xiàn)忠的偵察兵發(fā)覺(jué)。張獻(xiàn)忠根據(jù)這一信息，馬上改變軍事行動(dòng)計(jì)劃。命令部隊(duì)火速移營(yíng)渡過(guò)長(zhǎng)江。明軍隔水而望，不能進(jìn)擊。到了夜間，張獻(xiàn)忠在不少空船和木筏上點(diǎn)上燈火，順?biāo)畺|下，制造乘船東去的假象，誘使城內(nèi)守?cái)尺B忙星夜向東追擊。就在這時(shí)，張獻(xiàn)忠率領(lǐng)主力西走，甩掉了身后追擊的明軍。明軍發(fā)覺(jué)后，掉頭向西追擊。哪知張獻(xiàn)忠經(jīng)過(guò)成都而不攻，以最快速度急行軍，經(jīng)漢州、德陽(yáng)、綿州、鹽亭、南部、儀隴，折而東返。初七日，攻克南溪縣；十一日又克榮縣，進(jìn)圍井研；十四日克仁壽縣,殺知縣劉三策；十六日清晨，起義軍到達(dá)成都東門外,見(jiàn)官軍守御嚴(yán)密，即繞城北上，再次攻克德陽(yáng)。此后又繼續(xù)北上，于昭化縣境渡過(guò)嘉陵江，二十九日夜間以騎兵詐稱楊閣部差兵賺開(kāi)巴州。這樣，張獻(xiàn)忠、羅汝才起義軍自九月入川之后，在四個(gè)月里拖著官軍在四川腹地來(lái)了個(gè)千里大游行。起義軍戰(zhàn)士們快速流動(dòng)作戰(zhàn)，連獲戰(zhàn)捷，心情激蕩，在營(yíng)中飲酒鼓掌歌唱：“前有邵巡撫(指邵捷春），常來(lái)團(tuán)傳（轉(zhuǎn)）舞，后有廖參軍（指廖大亨），不戰(zhàn)隨我行，好個(gè)楊閣部（指楊嗣昌），離我三天路。”傾訴了起義農(nóng)民對(duì)官軍的鄙視和對(duì)未來(lái)勝利充滿的信心。
這時(shí)，瀘州知州蘇瓊招募的守城兵丁剛被調(diào)走，兵力相對(duì)減弱。新任瀘州兵備道的是松潘兵備使黃諫卿，正在赴任途中。農(nóng)民軍巧作安排，設(shè)下埋伏，利用黃到任打開(kāi)城門迎接之機(jī)，一舉沖進(jìn)城內(nèi)，弄得蘇瓊不知所措，當(dāng)即被擒拿處斬。
時(shí)間不到半年，張獻(xiàn)忠農(nóng)民軍在四川縱橫馳騁五六千里，足跡遍及全川，而且方向不定，倏東倏西，弄得明軍昏頭轉(zhuǎn)向，27個(gè)日日夜夜不停息的尾隨窮追，令他們筋疲力盡。
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