病毒性心肌炎的確診是必須建立在臨床表現和病毒感染等證據上的，所以病人即使出現胸悶、心悸、心臟擴大、心律失常或心力衰竭等心臟明顯受損的表現，也無法判斷病人一定是病毒性心肌炎，還需要有以下病毒感染的證據。
有發熱、腹瀉或流感癥狀，發生后不久出現心臟癥狀或心電圖變化。
血清病毒中和抗體測定陽性結果。如柯薩奇B組病毒中和抗體或流行性感冒病毒血凝抑制抗體等）滴度(在起病早期和2～4周各取血標本一次)，如二次抗體效價示升高4倍以上或其中一次抗體效價≥640者為陽性。
咽、肛門病毒分離，如陽性有輔助診斷意義，但其意義須與陽性中和抗體測定結果相結合。
用聚合酶鏈反應法從糞便、血清或心肌組織中檢出病毒RNA。
心肌活檢，從心肌組織中檢測到病毒RNA。
