實踐中爭議較大的就是法院采納檢察機關從寬建議作出一審判決后被告人又上訴的如何處理，檢察機關能否抗訴。對這一問題需要把握兩點：
上訴權是被告人的基本訴訟權利，雖然被告人上訴使認罪認罰制度的效率價值大為減損，但保障上訴權是程序公正的基本要求，是結果公正的救濟途徑，也是認罪認罰從寬制度可持續發展和良好運行的保證。只有保有被告人對于認罪認罰反悔上訴的權利，才能使其擁有對審判程序和訴訟結果的自由選擇權，進而對最終的裁判結果不產生抵觸情緒，增強其對認罪認罰結果的接受度。
既不能隨意抗訴，也不能一律不抗，該抗就得抗。首先，對認罪認罰案件，人民法院改變檢察機關量刑建議、加重被告人的刑罰確有錯誤的，應當依法提出抗訴。其次，對被告人否認指控的犯罪事實、不積極履行具結書中賠禮道歉、退贓退賠、賠償損失等義務，而提出上訴，符合抗訴條件的，檢察機關可以提出抗訴。再次，現階段對檢察機關提出精準量刑建議，法院采納后被告人無正當理由上訴，原則上應當抗訴。因為這一行為違背了具結，而具結書是有法律效力的，這也使得被告人的具結是一種“虛假認罰”，帶來了“不當得利”，可以通過抗訴權予以制約。對檢察機關提出幅度量刑建議，法院在幅度中線或者上線量刑后，被告人上訴的，則不宜抗訴。
