保護區屬于水域內陸濕地生態系統類型,保護對象是區內的森林、沼澤、草甸和水域生態系統,以及珍稀野生動、植物。是東北最大的森林濕地自然保護區。保存了完整的原始森林濕地生態系統,有原始森林、沼澤、草甸、湖泊、溪流、河川、冰雪等景觀。
南甕河自然保護區位是以森林濕地及其生物多樣性和嫩江源頭為保護對象的保護區,保護區內幾乎容納了大興安嶺寒溫帶針葉林區所有的森林植物、野生動物、森林昆蟲、大型真菌。保護區內具有豐富的生態系統多樣性,其中有森林生態系統、草甸生態系統、沼澤生態系統、水生生態系統。保護重點是區內森林、沼澤、草甸和水域及野生動植物。
南甕河自然保護區內植物資源豐富,有植物約1000余種,其中藥用植物400余種。已發現植物資源61科42種,被列為國家重點保護植物有樟子松、鉆天柳、黃波蘿、草蓯蓉、黃芪、五味子,珍稀蘭科植物有紫點芍蘭、大花芍蘭、小斑葉蘭、手參、鳥巢蘭、綬草。